genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  57  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15923391--15923447	13	4.0	13	75	20	60	7	14	1	77	1.06
15923489--15923544	12	4.7	11	81	16	60	17	1	1	78	0.92
15923488--15923544	13	4.7	12	80	8	62	17	1	1	78	0.91
15923516--15923545	11	2.8	11	95	5	53	16	0	0	83	0.65
15925792--15925835	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
15927315--15927345	12	2.6	12	94	0	53	80	9	0	9	0.90
15927385--15927424	13	2.9	14	92	7	73	65	0	12	22	1.26
15933533--15933582	20	2.5	20	84	15	59	28	14	26	32	1.94
15938553--15938599	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
15940269--15940374	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
15941394--15941467	14	5.2	14	69	13	53	6	16	2	74	1.15
15942906--15942952	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
15943958--15943995	12	3.2	12	92	3	60	13	2	7	76	1.11
15948116--15948153	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
15948117--15948154	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
15950820--15950873	17	3.6	15	81	18	60	5	14	5	74	1.19
15950817--15950861	17	2.8	16	81	18	65	6	13	8	71	1.31
15950852--15950928	13	5.5	13	76	14	64	12	6	3	76	1.12
15952672--15952709	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
15952673--15952710	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
15953624--15953676	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
15953671--15953722	27	1.9	27	88	0	77	7	26	1	63	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15958565--15958608	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
15960084--15960119	12	3.0	12	95	0	63	75	13	0	11	1.06
15960160--15960200	14	2.9	15	89	10	68	65	0	12	21	1.25
15966337--15966391	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
15972447--15972496	13	3.7	14	89	7	77	68	2	12	18	1.30
15973562--15973603	17	2.6	17	81	7	52	54	2	33	9	1.46
15976078--15976140	21	3.0	21	90	2	90	33	31	4	30	1.78
15977983--15978027	19	2.3	20	84	7	65	77	2	13	6	1.05
15982059--15982104	20	2.3	21	81	11	60	28	32	13	26	1.93
15983448--15983494	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
15986112--15986174	21	3.0	21	83	2	72	31	33	4	30	1.78
15989207--15989233	12	2.2	12	100	0	54	77	7	0	14	0.97
15989251--15989285	10	3.7	9	88	11	52	85	0	11	2	0.69
15989226--15989294	21	3.2	22	77	6	79	78	1	15	4	0.98
15989609--15989674	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
16011043--16011220	27	6.6	27	79	3	160	28	29	16	25	1.97
16011064--16011219	82	1.9	81	82	3	197	27	29	17	25	1.97
16017707--16017884	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
16017708--16017863	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
16017706--16017884	82	2.2	81	84	3	234	26	15	27	30	1.96
16025842--16026019	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
16025843--16025998	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16025841--16026019	82	2.2	81	84	3	234	26	15	27	30	1.96
16035888--16036065	98	1.8	98	82	11	231	24	28	21	25	1.99
16040706--16040880	27	6.4	27	82	3	190	27	14	28	30	1.95
16040706--16040859	82	1.9	81	86	4	220	27	14	27	29	1.95
16040700--16040880	82	2.2	81	81	2	211	27	14	28	29	1.95
16048202--16048379	27	6.6	27	81	3	187	28	14	27	29	1.95
16048199--16048379	82	2.2	81	81	2	211	28	14	27	29	1.96
16051370--16051540	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	22	1.99
16051365--16051537	46	3.7	46	77	10	199	28	27	21	22	1.99
16063595--16063761	46	3.7	44	85	6	203	23	29	16	29	1.97
16067493--16067534	22	2.0	21	81	13	50	42	2	21	33	1.66
16069249--16069382	26	5.2	26	98	0	259	30	6	26	35	1.82
16076308--16076389	26	3.2	26	96	0	155	31	7	25	35	1.84
16077878--16077930	26	2.0	25	82	13	63	35	22	15	26	1.93
16081105--16081156	25	2.1	25	85	0	68	38	9	15	36	1.80
16082675--16082819	43	3.4	42	83	10	152	33	27	16	22	1.95
16086326--16086766	47	9.4	47	92	0	675	33	8	29	28	1.87
16086475--16086597	22	5.3	22	63	14	68	33	9	29	27	1.89
16090225--16090441	40	5.5	40	84	4	253	23	23	27	24	2.00
16090225--16090441	79	2.7	79	83	5	244	23	23	27	24	2.00
16090225--16090441	119	1.8	119	83	5	287	23	23	27	24	2.00
16101748--16101799	25	2.1	25	88	0	77	38	11	15	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16103501--16103584	23	3.8	23	82	4	93	16	19	23	40	1.91
16106443--16106467	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
16107761--16107794	17	2.0	17	94	0	59	67	11	2	17	1.34
16109054--16109102	20	2.4	21	80	10	57	36	22	2	38	1.66
16109301--16109451	43	3.5	42	79	10	146	31	25	17	25	1.97
16110693--16110727	18	1.9	18	88	0	52	28	22	8	40	1.84
16111828--16111857	10	3.1	10	95	4	53	20	40	0	40	1.52
16115504--16115554	26	2.0	26	88	3	77	64	1	0	33	1.05
16120600--16120770	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	22	1.98
16120592--16120767	46	3.8	46	76	14	191	30	28	19	22	1.98
16129797--16129827	8	3.8	8	95	4	53	38	0	0	61	0.96
16129786--16129850	7	9.3	7	79	15	55	40	1	0	58	1.07
16129791--16129844	16	3.6	16	81	16	62	40	0	0	59	0.98
16130426--16130487	31	1.9	33	81	12	76	58	11	3	27	1.48
16145963--16146172	39	5.3	39	93	2	325	24	27	22	25	2.00
16145963--16146224	78	3.3	80	84	10	321	24	27	22	25	2.00
16149394--16149437	23	2.0	22	86	13	63	40	18	15	25	1.90
16149477--16149660	27	6.8	27	84	9	189	22	17	19	40	1.91
16149504--16149660	81	1.9	81	87	5	228	22	16	19	41	1.90
16149640--16149900	27	9.7	27	86	2	328	42	16	12	28	1.84
16149640--16149900	81	3.2	81	87	0	380	42	16	12	28	1.84
16154673--16154753	26	3.0	26	89	10	135	30	25	3	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16154673--16154752	29	2.9	29	94	5	139	31	25	3	40	1.73
16158285--16158314	15	1.9	16	93	6	53	83	3	0	13	0.77
16158277--16158312	18	1.9	18	88	5	54	80	5	2	11	0.98
16158397--16158436	17	2.4	17	100	0	80	32	42	10	15	1.79
16159365--16159427	21	3.0	20	73	19	56	33	3	1	61	1.21
16159422--16159475	21	2.7	19	78	10	54	37	5	0	57	1.22
16159437--16159504	26	2.8	24	80	12	70	35	4	1	58	1.27
16166727--16166904	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16166748--16166903	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16167388--16167413	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
16174836--16175013	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16174857--16175012	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16175494--16175519	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
16180723--16180799	38	2.0	38	100	0	154	42	12	10	33	1.77
16185834--16185977	40	3.6	40	84	5	175	26	25	25	23	2.00
16199288--16199559	76	3.6	78	89	7	409	42	14	4	38	1.67
16210144--16210421	78	3.6	78	93	2	470	38	4	14	43	1.65
16211169--16211273	41	2.6	41	89	3	149	25	20	29	24	1.99
16211453--16211561	34	3.1	35	79	9	105	33	8	17	40	1.79
16212373--16212474	27	3.8	27	78	8	93	28	24	13	33	1.93
16225173--16225207	18	2.1	17	89	10	54	34	0	31	34	1.58
16234896--16234921	13	2.0	13	100	0	52	23	0	15	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16237176--16237260	42	2.0	42	81	4	100	40	20	7	32	1.79
16269725--16269953	40	5.7	40	83	0	278	20	29	16	33	1.95
16269879--16269944	20	3.3	20	66	16	55	22	36	15	25	1.93
16269725--16269976	80	3.1	80	85	0	324	22	28	16	32	1.96
16278165--16278315	40	3.8	38	80	6	167	20	26	19	33	1.96
16278165--16278314	80	1.9	80	83	5	196	20	26	19	33	1.97
16280833--16280881	20	2.5	20	81	15	66	57	8	22	12	1.61
16283047--16283079	15	2.2	15	100	0	66	33	12	18	36	1.88
16289669--16289693	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
16292757--16292787	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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