genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  72  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20638239--20638280	17	2.5	17	84	3	50	38	14	21	26	1.91
20639185--20639235	25	2.0	25	100	0	102	27	11	23	37	1.90
20642189--20642286	49	2.0	49	93	0	169	41	7	20	30	1.79
20645013--20645125	37	3.1	37	74	15	101	40	3	4	51	1.39
20645031--20645165	68	2.0	69	88	1	200	41	3	5	49	1.43
20649812--20649844	17	1.9	17	93	0	57	78	3	3	15	0.99
20656975--20657012	18	2.1	19	90	5	60	47	2	0	50	1.15
20658697--20658824	43	3.0	43	89	3	197	25	20	3	51	1.62
20659509--20659550	5	8.8	5	89	10	54	0	21	0	78	0.75
20662205--20662329	56	2.2	57	84	4	155	41	1	20	36	1.62
20662258--20662331	20	3.8	20	76	18	59	41	0	18	39	1.51
20662225--20662358	57	2.4	56	87	3	180	41	0	20	37	1.58
20669747--20669791	11	4.1	11	85	8	65	46	8	15	28	1.76
20670540--20670692	9	16.6	9	85	5	189	34	32	9	24	1.87
20670620--20670689	29	2.4	29	100	0	140	41	30	8	20	1.82
20670699--20670759	17	3.4	17	68	12	50	54	11	1	32	1.46
20670693--20670805	37	3.1	37	93	1	183	47	13	5	33	1.65
20670846--20670904	24	2.5	24	94	0	100	30	27	0	42	1.56
20672876--20672906	15	2.1	15	100	0	62	16	32	12	38	1.86
20673603--20673638	17	2.1	17	100	0	72	52	5	5	36	1.48
20673844--20673868	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
20673973--20674025	27	2.0	27	96	0	97	62	7	9	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20678734--20678771	17	2.2	17	100	0	76	15	26	10	47	1.78
20679291--20679341	11	4.5	11	78	4	57	39	1	1	56	1.22
20679291--20679341	23	2.3	22	89	3	75	39	1	1	56	1.22
20679326--20679360	8	4.2	8	92	3	52	48	0	0	51	1.00
20683825--20683891	30	2.2	30	82	7	82	28	11	32	26	1.92
20685576--20685652	40	1.9	40	89	0	118	24	27	24	23	2.00
20693689--20693714	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
20695483--20695568	19	4.4	18	73	20	59	60	1	1	37	1.12
20695495--20695585	19	4.6	19	80	14	87	59	0	2	38	1.10
20695521--20695604	10	9.0	9	74	13	64	63	0	2	34	1.08
20695533--20695604	19	3.7	19	80	10	67	62	0	2	34	1.10
20695856--20696000	19	7.9	18	76	12	111	33	2	0	63	1.11
20695856--20696000	9	15.7	9	69	16	91	33	2	0	63	1.11
20695857--20695938	10	8.4	10	71	12	55	31	2	1	64	1.14
20697308--20697368	18	3.4	18	93	0	95	40	9	26	22	1.85
20698907--20698957	19	2.7	18	81	6	57	66	0	1	31	1.03
20698908--20698950	18	2.4	17	81	14	50	67	0	0	32	0.91
20700441--20700480	2	21.5	2	80	14	50	50	0	0	50	1.00
20714075--20714107	17	1.9	17	88	11	50	39	0	3	57	1.14
20714462--20714487	12	2.2	12	100	0	52	38	0	15	46	1.46
20714554--20714671	19	6.5	19	72	18	99	33	0	11	54	1.43
20714587--20714763	8	21.4	8	64	21	62	33	1	15	49	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20714578--20714692	27	4.8	26	77	20	126	33	0	13	53	1.39
20714561--20714784	45	4.8	48	86	8	225	32	1	15	51	1.52
20714595--20714671	19	3.9	19	85	9	100	35	0	11	53	1.38
20714682--20714763	26	3.4	26	71	22	97	32	2	19	45	1.64
20714627--20714784	45	3.4	45	92	4	246	31	1	17	50	1.55
20714778--20714899	60	2.0	60	87	3	174	31	0	13	54	1.46
20714933--20715013	37	2.2	37	95	2	144	54	1	2	41	1.21
20715177--20715423	122	2.0	122	92	0	413	48	9	6	34	1.62
20715475--20715554	37	2.2	37	100	0	160	41	2	2	53	1.27
20715588--20715709	60	2.0	60	87	3	174	54	13	0	31	1.46
20715750--20715983	19	12.2	19	68	21	123	55	12	1	30	1.46
20715750--20715983	41	5.5	41	70	19	185	55	12	1	30	1.46
20715766--20715862	49	2.0	49	93	0	167	56	12	1	29	1.43
20715817--20716000	103	1.8	99	86	9	262	55	14	1	29	1.46
20715817--20716053	103	2.3	101	80	11	252	55	12	1	30	1.45
20716424--20716457	17	1.9	18	94	5	61	55	2	0	41	1.15
20717914--20717977	32	2.0	32	100	0	128	21	6	28	43	1.77
20719919--20719961	23	1.9	23	95	4	79	34	4	11	48	1.60
20721022--20721062	19	2.2	18	83	8	55	51	7	2	39	1.43
20721280--20721470	96	2.0	96	93	0	328	35	16	25	22	1.94
20723217--20723251	15	2.4	14	86	13	52	80	0	17	2	0.84
20723216--20723275	25	2.4	25	80	8	68	75	0	20	5	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20723213--20723285	37	1.9	38	83	8	96	72	1	17	8	1.16
20724134--20724204	35	2.0	35	100	0	142	52	5	19	22	1.67
20726535--20726652	44	2.7	43	79	7	148	29	29	16	24	1.96
20727541--20727597	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
20731157--20731291	50	2.7	49	80	5	130	31	22	16	29	1.96
20731152--20731340	51	3.7	49	78	4	171	30	23	15	29	1.96
20738144--20738199	26	2.1	28	90	6	89	39	5	0	55	1.23
20748563--20748591	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
20751511--20751535	7	3.6	7	100	0	50	32	0	12	56	1.36
20755548--20755666	28	4.3	28	78	1	105	28	12	30	28	1.93
20763828--20764175	40	8.7	40	95	0	606	30	20	27	22	1.98
20769785--20770132	40	8.7	40	95	0	606	30	20	27	22	1.98
20771853--20771906	27	2.0	27	100	0	108	22	0	33	44	1.53
20775522--20775672	27	5.6	27	85	3	160	27	15	28	28	1.96
20775521--20775672	55	2.8	54	83	4	171	27	15	28	28	1.96
20775522--20775672	82	1.8	82	81	2	187	27	15	28	28	1.96
20783674--20783824	27	5.6	27	84	3	151	27	15	28	27	1.96
20783673--20783824	55	2.8	54	81	4	162	27	16	28	27	1.97
20785273--20785333	25	2.4	25	78	10	63	37	1	3	57	1.25
20800283--20800392	28	3.9	28	84	4	141	28	10	31	29	1.91
20802647--20802694	24	2.0	25	87	4	71	20	0	4	75	0.97
20806845--20806902	30	1.9	30	89	0	89	43	6	18	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20807238--20807288	26	2.0	26	92	0	84	21	21	27	29	1.99
20807261--20807584	85	3.8	85	85	1	400	25	16	24	33	1.96
20807309--20807545	43	5.6	42	75	10	185	22	17	24	35	1.96
20810686--20810870	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
20810686--20810870	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
20822561--20822823	40	6.6	40	80	10	231	24	26	21	27	1.99
20822561--20822824	79	3.3	80	82	7	317	25	26	21	27	1.99
20822561--20822822	119	2.2	119	79	11	288	24	26	20	27	1.99
20828121--20828185	3	21.3	3	81	9	78	61	1	4	32	1.26
20828130--20828207	15	5.1	15	80	7	86	58	2	7	30	1.39
20834765--20834818	25	2.2	26	87	12	78	27	1	24	46	1.63
20846259--20846606	40	8.7	40	97	0	642	29	20	27	22	1.98
20856815--20857105	85	3.4	84	71	13	252	31	20	20	27	1.97
20856730--20857149	44	9.7	43	68	11	191	31	20	21	27	1.98
20856902--20857138	128	1.8	129	85	2	334	30	19	19	29	1.97
20856730--20857181	172	2.6	173	89	0	672	31	19	21	27	1.97
20856730--20857277	172	3.2	172	83	3	638	31	19	20	27	1.97
20858713--20858804	3	30.3	3	75	10	80	32	6	2	58	1.36
20858713--20858798	18	4.7	18	80	13	104	32	5	2	59	1.34
20875716--20875929	29	7.4	29	85	0	266	21	27	15	35	1.93
20885137--20885171	18	1.9	18	88	11	54	68	8	0	22	1.16
20885141--20885183	18	2.3	18	84	4	50	69	6	2	20	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20887594--20888013	209	2.0	209	100	0	840	30	14	26	29	1.95
20894555--20894745	51	3.8	50	77	11	210	30	27	17	24	1.97
20894553--20894737	101	1.8	102	89	3	293	30	27	17	24	1.97
20894550--20894771	101	2.2	103	81	8	267	30	28	16	24	1.96
20898988--20899211	40	5.7	40	82	7	237	25	21	27	25	2.00
20898988--20899211	79	2.8	79	81	9	224	25	21	27	25	2.00
20899044--20899244	79	2.6	79	82	5	203	26	19	27	25	1.99
20901732--20901785	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
20901732--20901805	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
20901732--20901796	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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