genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  68  of  214  ( 25680 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19395871--19395927	16	3.4	16	81	9	69	73	3	0	22	0.98
19395863--19395919	27	2.1	27	83	6	71	71	3	0	24	1.01
19396221--19396261	17	2.4	19	76	23	54	36	0	0	63	0.95
19397633--19397698	24	2.8	24	83	0	87	45	6	9	39	1.61
19399362--19399690	44	7.5	44	68	11	158	27	20	21	30	1.98
19399613--19399777	44	3.7	44	79	6	147	25	26	21	26	2.00
19399986--19401006	129	7.9	129	91	1	1667	24	23	19	32	1.98
19399986--19401006	257	4.0	257	93	1	1731	24	23	19	32	1.98
19399986--19401006	386	2.6	387	91	2	1669	24	23	19	32	1.98
19403199--19403290	6	15.7	6	85	6	82	14	6	8	70	1.32
19407845--19407910	24	2.8	24	83	0	87	45	6	9	39	1.61
19409497--19409583	44	2.0	44	82	11	106	32	4	25	37	1.76
19409766--19409808	22	1.9	23	85	4	61	44	0	16	39	1.48
19411550--19411974	45	9.4	45	82	2	503	29	23	16	30	1.96
19411550--19412381	135	6.0	135	72	10	566	29	22	16	31	1.96
19411909--19412045	68	2.0	68	92	0	229	26	24	13	35	1.93
19411819--19412135	158	2.0	158	93	0	535	28	22	15	33	1.95
19411978--19412383	45	9.0	45	84	1	526	30	21	16	32	1.95
19411865--19412087	113	2.0	113	86	0	311	29	21	13	34	1.92
19411775--19412177	203	2.0	203	86	0	554	30	22	15	32	1.94
19411977--19412383	90	4.5	90	92	0	672	29	21	15	32	1.95
19413780--19413804	12	2.1	12	100	0	50	24	40	0	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19414499--19414541	18	2.4	18	88	0	59	62	6	18	11	1.50
19416499--19416525	14	1.9	14	100	0	54	48	14	7	29	1.71
19419934--19420090	59	2.6	60	70	9	151	55	3	0	40	1.20
19420029--19420101	10	7.9	10	66	17	50	56	1	0	42	1.08
19419934--19420152	117	1.9	118	94	3	388	53	4	0	40	1.27
19421544--19421647	49	2.1	49	92	0	172	49	10	7	32	1.66
19423998--19424028	16	1.9	16	100	0	62	70	0	0	29	0.87
19425555--19425709	78	2.0	78	83	0	193	28	16	21	33	1.95
19437024--19438257	132	9.4	129	89	2	1297	29	24	18	26	1.98
19437242--19437876	44	14.4	44	66	11	169	30	24	17	26	1.97
19437101--19438257	264	4.4	264	88	1	1628	29	24	18	26	1.98
19437101--19438257	396	2.9	395	88	2	1675	29	24	18	26	1.98
19440464--19440497	6	5.7	6	96	0	59	14	11	2	70	1.27
19440501--19440579	24	3.4	22	76	13	70	10	3	3	82	0.92
19447942--19447998	30	1.9	30	85	0	78	24	26	29	19	1.98
19460368--19460407	20	1.9	22	85	10	57	55	7	17	20	1.66
19466305--19466345	17	2.4	17	95	0	73	46	9	14	29	1.77
19467418--19467473	25	2.2	25	77	0	58	30	19	19	30	1.97
19467454--19467511	25	2.3	25	82	11	66	31	22	20	25	1.98
19469816--19470020	27	7.6	27	83	4	180	28	28	16	26	1.97
19469816--19470019	54	3.8	53	80	6	205	28	28	16	26	1.97
19489746--19489923	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19489747--19489902	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	28	1.96
19489743--19489923	82	2.2	81	82	2	220	27	15	28	29	1.96
19497763--19497940	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19497764--19497919	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19497760--19497940	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19499570--19499665	41	2.3	41	78	0	111	32	27	18	21	1.97
19507787--19507859	30	2.4	30	86	4	103	35	9	26	28	1.88
19507847--19507979	30	4.4	30	71	7	117	39	14	24	21	1.90
19507821--19507943	60	2.1	59	84	4	158	36	15	24	23	1.93
19511578--19511715	68	2.0	68	95	0	249	38	15	12	33	1.85
19518270--19518401	30	4.4	30	80	8	153	40	12	22	25	1.88
19518251--19518401	60	2.5	59	83	3	178	39	13	21	25	1.91
19518382--19518521	30	4.7	30	72	10	115	40	12	25	22	1.89
19518275--19518548	90	3.1	90	84	4	313	38	13	24	23	1.91
19518292--19518491	60	3.3	59	82	2	220	39	13	23	24	1.90
19528466--19528499	18	1.9	17	88	5	50	20	0	8	70	1.13
19528733--19528796	33	1.9	33	90	0	101	31	7	23	37	1.83
19534177--19534424	50	4.8	51	83	6	270	27	20	27	24	1.99
19534238--19534473	50	4.7	50	84	1	215	27	22	26	23	1.99
19536524--19536671	23	6.5	23	75	7	131	17	18	17	45	1.85
19536524--19536671	68	2.2	69	83	1	181	17	18	17	45	1.85
19544595--19544745	35	4.3	35	82	0	167	13	16	33	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19548402--19548579	27	6.6	27	81	3	160	29	29	15	25	1.96
19548423--19548578	82	1.9	81	85	3	215	28	29	16	26	1.96
19562338--19562372	17	2.1	17	89	5	54	42	0	0	57	0.99
19566139--19566344	107	2.0	102	90	6	324	48	12	13	26	1.77
19567056--19567283	40	5.7	40	76	0	204	25	30	12	31	1.93
19567054--19567275	80	2.8	80	79	1	248	24	31	13	30	1.94
19569858--19569883	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
19571785--19572159	85	4.4	84	75	11	291	28	20	19	31	1.97
19571785--19572169	128	3.0	129	94	0	673	28	21	19	31	1.97
19572439--19572490	26	2.0	26	96	0	95	28	23	15	32	1.95
19580677--19580715	18	2.1	19	86	13	55	41	10	20	28	1.85
19584384--19584409	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
19584479--19584525	23	2.1	22	84	11	60	57	6	6	29	1.49
19585956--19586002	24	2.0	23	87	4	67	25	0	10	63	1.26
19591373--19591470	40	2.5	40	86	0	124	26	27	15	30	1.96
19593511--19593537	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
19594005--19594078	28	2.6	29	78	14	82	40	0	4	55	1.19
19599959--19599998	4	10.0	4	94	0	71	25	0	22	52	1.47
19604041--19604092	15	3.3	15	81	13	52	61	9	5	23	1.48
19606029--19606278	44	5.6	44	77	4	205	28	21	20	29	1.98
19613484--19613542	30	1.9	31	86	3	84	30	18	1	49	1.58
19615574--19615614	18	2.3	18	91	0	64	7	26	29	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19620414--19620446	9	3.7	9	100	0	66	66	9	0	24	1.20
19624320--19624355	17	2.1	18	89	5	56	30	2	2	63	1.22
19625860--19625954	25	3.8	25	64	15	70	29	23	21	26	1.99
19629375--19629403	15	1.9	15	100	0	58	31	6	0	62	1.22
19629736--19629761	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
19634186--19634221	6	6.2	6	93	6	65	0	16	0	83	0.65
19635177--19635244	17	3.9	17	73	9	57	26	1	2	69	1.12
19636611--19636660	19	2.6	19	80	0	55	10	8	10	72	1.30
19640444--19640568	40	3.2	39	74	12	121	32	23	17	27	1.97
19640444--19640569	41	3.2	39	76	7	121	32	23	17	26	1.96
19641399--19641436	17	2.2	17	90	0	58	5	18	0	76	0.97
19643992--19644033	20	2.1	20	100	0	84	19	14	28	38	1.90
19651644--19651685	20	2.1	20	100	0	84	19	14	28	38	1.90
19653473--19653722	111	2.2	111	86	0	347	25	26	19	28	1.99
19653543--19653805	27	9.5	28	70	11	112	26	25	18	29	1.98
19653670--19653793	56	2.2	54	79	13	128	28	24	20	26	1.99
19653668--19653850	29	6.5	28	73	8	124	26	23	20	30	1.98
19653781--19653902	57	2.1	57	82	5	140	28	24	16	30	1.96
19654029--19654185	48	3.1	52	80	10	189	26	21	12	38	1.90
19655711--19655904	41	4.7	41	82	5	205	19	24	22	33	1.97
19657061--19657292	73	3.2	73	95	1	410	30	18	17	32	1.95
19660832--19661084	16	16.1	15	70	26	138	46	12	1	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19660792--19661150	93	3.9	93	98	1	679	46	11	1	39	1.52
19660926--19661084	50	3.3	50	76	15	208	46	12	1	38	1.53
19662948--19663117	87	2.0	87	86	6	238	42	17	27	12	1.86
19663095--19663160	21	3.1	21	88	0	87	31	15	45	7	1.74
19663462--19663561	43	2.4	42	77	3	110	22	22	28	28	1.99
19663480--19663902	43	9.8	43	85	4	523	23	21	30	25	1.99
19663480--19663967	129	3.8	130	80	5	463	24	20	29	25	1.99
19665586--19665770	51	3.7	50	78	6	203	30	27	17	24	1.97
19674099--19674288	59	3.2	59	68	16	149	42	1	5	51	1.31
19674130--19674289	31	5.3	30	64	22	84	42	0	4	52	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214