genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  95  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27398987--27399042	27	2.1	27	93	0	94	33	25	23	17	1.96
27399534--27399632	27	3.7	27	83	2	101	25	9	23	42	1.83
27399616--27399700	26	3.2	27	85	11	122	35	8	14	42	1.75
27402918--27402963	23	2.0	23	91	0	74	43	26	13	17	1.85
27409026--27409054	13	2.1	14	93	6	51	6	20	0	72	1.07
27408924--27409038	36	3.2	36	95	2	205	12	26	3	58	1.50
27410197--27410239	18	2.4	18	84	7	52	13	16	37	32	1.88
27411477--27411520	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
27418652--27418888	40	5.9	40	81	2	143	21	26	16	35	1.94
27418660--27418895	80	2.9	79	84	1	310	22	25	16	36	1.94
27418658--27418897	120	2.0	120	84	0	309	21	25	16	37	1.93
27434358--27434390	6	5.5	6	96	0	57	69	0	30	0	0.88
27447629--27447794	78	2.1	78	90	0	260	36	17	5	40	1.73
27448106--27448135	14	2.1	14	93	0	51	0	20	3	76	0.92
27451432--27451502	25	2.8	25	76	0	70	30	21	25	22	1.98
27451492--27451539	24	2.0	25	91	4	80	41	18	20	18	1.90
27451632--27451682	26	2.0	26	92	0	84	37	21	21	19	1.95
27456498--27456606	50	2.2	50	81	3	130	25	24	31	18	1.98
27458481--27458513	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
27459477--27459510	16	2.1	16	88	5	50	38	11	8	41	1.73
27460019--27460073	20	2.8	20	88	0	83	25	21	5	47	1.72
27460400--27460451	16	3.4	16	71	17	56	42	17	0	40	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27463768--27463837	25	2.8	25	84	0	86	31	25	20	22	1.98
27471316--27471352	15	2.5	15	100	0	74	5	21	37	35	1.77
27481987--27482175	45	4.2	44	80	6	186	20	17	26	35	1.95
27481987--27482150	90	1.8	89	81	7	206	21	15	26	35	1.94
27484633--27484832	78	2.6	76	76	10	194	37	4	16	42	1.69
27485224--27485417	41	4.7	41	90	1	316	27	19	28	24	1.99
27485224--27485413	83	2.3	82	92	0	317	28	19	28	23	1.98
27485585--27485658	34	2.1	34	83	14	89	31	10	20	37	1.87
27491157--27491250	40	2.3	40	83	3	118	36	22	22	19	1.95
27491331--27491622	41	7.1	41	73	7	225	21	20	26	32	1.98
27491331--27491622	83	3.5	82	74	6	243	21	20	26	32	1.98
27497420--27497724	43	7.1	44	83	6	369	23	16	26	32	1.96
27497419--27497734	129	2.5	128	85	3	413	23	16	26	34	1.95
27500936--27501030	50	1.9	50	82	0	118	25	24	17	32	1.97
27505024--27505083	25	2.4	25	80	0	66	23	28	26	21	1.99
27509330--27509384	17	3.2	17	100	0	110	21	27	36	14	1.93
27510089--27510171	38	2.1	38	84	6	103	51	1	2	44	1.22
27516745--27516795	25	2.0	25	96	0	93	25	25	15	33	1.95
27517659--27517694	19	1.9	19	88	5	56	69	0	16	13	1.19
27530769--27530793	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27531881--27531930	21	2.3	21	83	10	57	26	0	4	70	1.05
27531900--27531929	7	4.3	7	91	0	51	26	0	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27532268--27532315	17	2.8	17	81	9	53	54	4	0	41	1.20
27532702--27532740	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
27536498--27536619	23	5.3	23	89	6	185	29	26	21	22	1.99
27536498--27536619	46	2.7	46	94	0	208	29	26	21	22	1.99
27536837--27536875	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
27539533--27539589	27	2.2	26	81	6	69	64	3	0	31	1.10
27541971--27542312	51	6.7	51	77	4	318	29	15	26	29	1.96
27541970--27542318	102	3.4	102	89	4	492	29	15	25	29	1.96
27543217--27543269	5	10.6	5	83	0	70	41	0	33	24	1.55
27544862--27544897	18	1.9	19	88	5	56	44	0	22	33	1.53
27545789--27545895	54	2.0	54	100	0	214	41	11	16	30	1.84
27546985--27547016	16	2.0	16	93	0	55	40	6	9	43	1.62
27547237--27547686	51	8.9	51	74	7	371	30	14	24	30	1.94
27547237--27547580	102	3.4	102	94	0	571	30	14	25	29	1.95
27548585--27548647	5	12.6	5	82	0	81	39	0	34	25	1.56
27548585--27548647	15	4.2	15	89	0	99	39	0	34	25	1.56
27552166--27552237	25	2.9	25	76	0	72	25	19	27	27	1.99
27558049--27558115	34	2.0	34	82	5	82	29	22	26	20	1.99
27562673--27562726	28	1.9	28	100	0	108	31	11	7	50	1.66
27562445--27563952	754	2.0	757	90	2	2368	41	18	7	33	1.79
27566915--27566967	15	3.7	15	76	16	58	45	3	0	50	1.19
27567011--27567035	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27569612--27569641	16	1.9	15	93	6	51	26	0	6	66	1.16
27580820--27580895	33	2.3	33	95	0	134	14	9	32	43	1.77
27580834--27580928	33	2.8	33	83	1	109	16	10	33	38	1.83
27583327--27583787	230	2.0	230	93	0	780	29	21	14	33	1.94
27589449--27589488	21	1.9	21	94	0	71	37	15	10	37	1.80
27589526--27590027	250	2.0	250	93	0	862	39	17	12	29	1.88
27591643--27591705	27	2.3	27	80	0	72	19	26	15	38	1.92
27598137--27598206	26	2.7	26	95	0	122	21	20	30	28	1.98
27609394--27609435	19	2.3	19	80	8	52	28	16	0	54	1.42
27611139--27611193	23	2.4	23	96	0	101	47	12	7	32	1.69
27615558--27615629	20	3.7	20	85	7	85	61	6	0	31	1.23
27615608--27615658	26	2.0	26	92	0	84	56	1	0	41	1.10
27615637--27615671	18	1.9	18	88	0	52	62	2	0	34	1.10
27617548--27617599	25	2.1	25	100	0	104	32	13	26	26	1.94
27626725--27626772	5	9.6	5	95	0	87	62	35	2	0	1.07
27627084--27627131	21	2.3	21	85	7	62	27	54	8	10	1.63
27629184--27629260	39	2.0	39	84	5	102	33	18	31	16	1.93
27634129--27634192	31	2.1	31	100	0	128	34	25	6	34	1.81
27643543--27643576	11	2.8	13	86	13	54	35	14	14	35	1.87
27644646--27644846	103	2.0	102	87	3	287	21	20	25	31	1.98
27652955--27653003	19	2.6	19	87	3	64	57	0	12	30	1.36
27653038--27653067	11	2.9	10	90	9	51	86	0	13	0	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27653632--27653693	21	3.0	21	82	0	61	24	38	19	17	1.93
27656224--27656277	26	2.1	26	82	6	65	35	18	5	40	1.74
27656435--27656519	25	3.4	25	86	0	116	37	24	18	18	1.94
27656435--27656544	25	4.4	25	84	0	112	37	23	20	19	1.94
27656422--27656532	50	2.2	49	75	1	114	36	24	19	18	1.94
27656477--27656555	25	3.2	25	81	3	79	37	21	21	18	1.94
27668819--27668855	16	2.4	16	90	4	58	56	2	0	40	1.13
27670200--27670261	29	2.1	29	82	11	74	56	16	6	20	1.62
27670489--27670528	19	2.0	20	90	4	64	42	12	10	35	1.76
27674844--27674916	35	2.1	35	100	0	146	39	19	13	27	1.89
27706026--27706104	34	2.3	34	82	0	95	29	15	25	30	1.96
27706046--27706110	17	3.8	17	79	0	67	29	15	24	30	1.96
27709994--27710075	43	1.9	43	100	0	164	20	24	23	31	1.98
27709994--27710059	22	3.0	22	65	12	64	19	25	24	30	1.98
27710011--27710079	21	3.2	21	68	11	68	21	26	21	30	1.99
27711836--27711890	18	3.3	18	75	17	55	27	1	10	60	1.41
27711860--27711887	14	2.0	14	100	0	56	35	0	7	57	1.26
27713140--27713174	16	2.2	16	89	0	52	22	8	0	68	1.16
27718803--27718840	20	2.1	18	85	14	51	34	0	13	52	1.40
27719452--27719563	40	2.8	39	80	6	118	18	29	16	35	1.93
27719455--27719566	20	5.6	20	67	8	59	18	30	16	34	1.93
27719512--27719620	20	5.4	20	68	20	84	13	31	21	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27722385--27722409	11	2.3	11	100	0	50	48	0	8	44	1.32
27722730--27722872	20	7.2	20	66	3	81	34	20	20	24	1.96
27722730--27722903	40	4.3	40	83	2	206	35	21	20	22	1.96
27722824--27722889	20	3.3	20	78	0	78	31	24	22	21	1.98
27722841--27722901	20	3.0	20	68	17	54	31	24	24	19	1.98
27722731--27722929	40	5.0	40	82	4	141	35	20	20	23	1.96
27729769--27729842	38	1.9	38	100	0	148	28	6	27	37	1.82
27730161--27730244	34	2.5	35	86	5	118	25	5	7	61	1.44
27731585--27731674	44	2.0	45	89	4	137	20	5	11	63	1.47
27740154--27740209	26	2.2	26	93	0	94	16	19	21	42	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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