genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  26  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7275444--7275502	13	4.5	13	79	12	75	64	1	3	30	1.20
7279617--7279756	24	5.7	25	66	18	71	32	22	26	18	1.97
7281017--7281046	16	1.9	15	93	6	51	66	6	16	10	1.41
7281654--7281836	47	3.9	47	88	1	260	50	7	13	27	1.69
7283145--7283184	18	2.2	18	100	0	80	22	10	5	62	1.46
7283832--7283903	32	2.2	32	82	4	92	18	20	33	27	1.96
7291685--7291758	32	2.3	32	78	2	85	60	0	1	37	1.05
7291749--7291838	11	8.2	11	73	21	73	61	0	3	35	1.13
7291726--7291838	52	2.2	52	90	3	174	59	0	2	38	1.12
7291711--7291847	41	3.3	42	81	14	144	62	0	2	35	1.11
7291781--7291814	17	2.0	17	94	0	59	67	0	0	32	0.91
7293810--7293926	62	1.9	61	86	5	166	49	4	4	41	1.42
7298906--7298947	21	1.9	21	85	9	57	45	0	4	50	1.23
7301265--7301522	126	2.1	125	87	2	365	31	14	22	32	1.93
7304039--7304071	15	2.3	15	89	5	50	66	6	0	27	1.15
7304170--7304228	30	2.0	29	90	6	93	57	1	0	40	1.09
7304262--7304312	22	2.3	21	83	9	66	33	0	33	33	1.58
7304265--7304364	52	1.9	52	91	0	164	38	0	32	30	1.58
7304317--7304372	22	2.5	22	97	2	103	41	0	30	28	1.57
7306200--7306263	13	4.9	13	75	11	51	39	6	15	39	1.73
7306395--7306477	44	1.9	44	81	16	102	46	1	2	49	1.22
7307948--7307989	21	2.0	21	95	0	75	19	35	4	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7308207--7308236	15	2.0	15	93	0	51	23	16	20	40	1.91
7308522--7308548	13	2.1	13	100	0	54	48	0	29	22	1.51
7311080--7311128	20	2.5	20	86	0	71	51	0	4	44	1.20
7311216--7311255	20	2.0	20	95	0	71	45	7	10	37	1.66
7311360--7311396	18	2.0	20	89	10	60	43	8	10	37	1.69
7311641--7311693	14	3.7	14	76	14	54	60	0	1	37	1.08
7318241--7318489	50	4.8	50	85	3	300	20	29	23	26	1.99
7318240--7318489	100	2.4	104	88	5	355	21	29	23	26	1.99
7318584--7318615	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
7326182--7326222	8	5.1	8	90	0	55	24	9	24	41	1.85
7326182--7326222	12	3.4	12	86	0	55	24	9	24	41	1.85
7333380--7333595	107	2.0	108	97	0	407	33	11	19	35	1.88
7349878--7349975	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
7349885--7349973	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
7351303--7351391	26	3.4	26	78	6	99	32	30	16	20	1.95
7356809--7356848	19	2.1	19	86	13	55	62	15	0	22	1.32
7356900--7356970	25	2.8	25	95	0	124	57	2	4	35	1.33
7364006--7364068	30	2.1	30	90	0	99	26	3	12	57	1.51
7374028--7374081	27	2.0	27	85	0	72	35	22	11	31	1.89
7375577--7375666	27	3.3	27	74	9	76	43	18	18	18	1.89
7387871--7387904	11	3.1	11	100	0	68	44	8	11	35	1.72
7393903--7393947	20	2.2	20	84	7	56	57	4	6	31	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7393992--7394036	19	2.4	18	82	7	54	60	6	0	33	1.23
7400670--7400754	23	3.7	23	84	4	100	40	18	11	29	1.86
7400690--7400754	12	5.5	12	71	10	53	41	20	13	24	1.88
7401446--7401485	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
7401454--7401520	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
7401469--7401508	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
7404775--7404939	58	2.9	57	89	6	174	35	4	3	55	1.39
7405694--7405721	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
7407806--7407861	19	2.8	20	76	15	62	60	3	0	35	1.14
7408714--7408749	18	1.9	19	88	5	56	61	2	0	36	1.11
7408746--7408806	18	3.3	18	84	6	70	32	3	3	60	1.29
7408860--7408923	20	3.2	19	87	10	92	53	1	0	45	1.10
7409538--7409593	18	3.1	18	78	17	53	67	3	3	25	1.22
7409841--7409918	25	3.1	26	75	12	81	43	3	1	51	1.28
7412857--7412899	11	4.2	10	77	16	52	53	0	2	44	1.13
7412861--7412945	36	2.4	37	90	6	138	63	0	2	34	1.07
7412857--7412933	12	6.9	11	71	17	61	58	0	2	38	1.12
7424175--7424228	23	2.3	23	96	0	99	38	0	12	48	1.42
7424184--7424226	13	3.5	13	75	18	56	37	0	13	48	1.43
7425044--7425097	17	3.0	17	81	8	54	35	7	0	57	1.27
7431823--7431897	23	3.3	23	90	0	123	40	1	10	48	1.46
7432700--7432743	17	2.4	19	88	11	65	29	4	2	63	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7433858--7433951	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
7436437--7436530	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
7457687--7457743	22	2.6	23	80	8	73	40	19	26	14	1.89
7457687--7457767	22	3.5	22	75	8	65	39	19	25	14	1.90
7457735--7457790	25	2.2	25	87	0	76	37	21	25	16	1.93
7458738--7458766	5	5.8	5	100	0	58	41	17	0	41	1.49
7459609--7459657	25	2.0	25	83	0	62	46	10	6	36	1.63
7459810--7459849	19	2.1	19	86	9	55	55	2	0	42	1.13
7462753--7462799	15	3.1	15	76	11	51	38	4	0	57	1.18
7468734--7468772	14	2.7	15	84	8	53	20	10	15	53	1.70
7475209--7475234	6	4.3	6	100	0	52	15	15	19	50	1.79
7475309--7475492	92	2.0	92	97	0	350	37	26	12	23	1.90
7476462--7476554	31	3.0	31	85	6	125	60	0	3	36	1.13
7476462--7476545	10	7.9	11	73	13	61	58	0	3	38	1.16
7476462--7476555	32	3.0	32	90	1	136	60	0	3	36	1.13
7478319--7478358	21	1.9	21	100	0	80	30	20	17	32	1.95
7482959--7483009	4	12.8	4	79	8	59	23	5	27	43	1.77
7482961--7483007	12	3.9	12	88	0	76	23	6	27	42	1.78
7484219--7484343	62	2.0	62	100	0	250	16	24	23	36	1.94
7487258--7487347	34	2.5	37	77	8	98	42	15	17	24	1.88
7487086--7487669	109	5.4	109	83	3	642	41	12	19	26	1.87
7487190--7487454	36	7.3	35	66	16	101	41	14	18	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7487401--7487487	36	2.3	36	84	9	104	37	9	21	31	1.85
7487086--7487706	218	2.9	215	83	3	727	41	12	19	26	1.87
7487620--7487734	36	3.2	36	74	4	126	40	13	19	26	1.88
7487676--7487789	55	2.1	55	91	0	183	38	11	21	28	1.88
7497418--7497446	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
7511252--7511295	21	2.0	22	83	12	56	43	9	11	36	1.72
7512968--7513106	68	2.0	68	84	7	179	42	3	6	47	1.46
7515658--7515719	22	2.9	22	83	4	74	27	0	9	62	1.26
7521649--7521692	24	1.9	22	95	4	70	18	20	13	47	1.82
7521656--7521710	24	2.3	24	84	6	67	21	20	14	43	1.87
7522971--7523059	23	4.0	22	73	17	78	17	7	22	51	1.71
7523009--7523166	34	4.5	35	63	18	85	21	7	24	46	1.77
7522965--7523194	107	2.1	107	99	0	451	24	6	24	43	1.78
7527158--7527451	91	3.4	91	86	9	425	46	3	3	46	1.33
7527173--7527324	47	3.3	47	72	15	172	45	2	3	48	1.32
7527281--7527438	78	2.0	78	95	0	280	46	2	2	48	1.29
7527469--7527657	59	3.2	58	70	19	181	42	3	3	49	1.38
7527458--7527753	120	2.5	120	96	1	540	43	2	4	48	1.38
7527419--7527753	120	2.7	129	90	5	447	44	2	4	48	1.38
7527528--7527718	61	3.2	61	70	11	194	42	3	6	47	1.44
7527532--7527715	57	3.1	59	65	22	157	42	2	6	47	1.43
7527699--7527733	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7527890--7527987	45	2.2	45	85	5	128	34	30	5	29	1.79
7538125--7538175	22	2.5	21	84	15	63	76	0	5	17	0.98
7545240--7545299	29	2.0	32	83	9	81	16	25	8	50	1.73
7554126--7554297	90	1.9	91	87	1	256	37	18	9	33	1.84
7554346--7554385	10	4.1	10	83	3	55	57	0	0	42	0.98
7554330--7554418	45	2.0	44	82	10	110	57	0	1	41	1.06
7554698--7554760	19	3.3	19	70	14	58	30	4	3	61	1.32
7554772--7554835	29	2.2	29	84	13	80	34	3	1	60	1.22
7554887--7555066	86	2.1	87	85	7	242	33	8	21	37	1.83
7558291--7558336	19	2.3	20	82	17	60	73	6	0	19	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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