genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  66  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18888978--18889089	33	3.5	32	77	15	124	33	16	0	49	1.53
18888983--18889106	23	5.5	21	71	18	65	33	16	0	49	1.52
18888978--18889107	12	11.7	10	71	19	80	32	16	0	50	1.51
18888967--18889107	57	2.4	59	87	9	191	32	17	0	49	1.51
18889182--18889220	15	2.7	15	88	4	53	23	12	0	64	1.28
18889179--18889236	20	2.9	19	80	12	64	22	13	0	63	1.29
18889262--18889307	21	2.2	21	88	7	67	28	8	0	63	1.24
18889546--18889591	22	2.1	22	87	0	65	23	21	0	54	1.45
18889691--18889779	29	3.1	27	87	3	115	26	13	1	58	1.43
18889745--18889779	17	2.1	17	94	0	61	22	14	0	62	1.31
18889680--18889788	28	3.9	29	83	8	129	26	14	0	57	1.43
18892808--18893041	18	13.0	17	67	14	112	43	10	14	31	1.80
18892794--18893082	36	7.8	36	79	13	288	43	11	15	30	1.82
18892802--18893037	72	3.3	73	90	4	356	41	10	15	32	1.81
18892993--18893093	44	2.3	44	86	3	132	49	12	11	25	1.75
18893143--18893187	17	2.6	18	78	7	65	48	15	13	22	1.79
18893019--18893235	104	2.1	104	92	3	357	44	13	12	29	1.80
18893214--18893271	29	2.0	29	93	0	98	39	12	13	34	1.82
18893214--18893315	17	6.3	17	73	14	99	37	11	13	37	1.82
18893376--18893424	17	2.9	16	82	11	62	46	10	14	28	1.77
18894193--18894260	11	5.9	11	77	16	75	2	17	0	79	0.86
18894186--18894266	28	2.8	28	85	7	83	3	16	1	79	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18894193--18894268	6	12.8	6	76	13	77	2	17	0	80	0.83
18894199--18894268	30	2.3	30	87	4	106	2	17	0	80	0.84
18894199--18894271	7	9.9	7	77	16	67	2	17	0	79	0.85
18895248--18896173	76	11.8	77	82	9	787	35	19	16	28	1.93
18895228--18896189	235	4.1	231	80	10	901	36	18	16	28	1.93
18895433--18895703	84	3.4	82	83	10	307	34	21	14	29	1.93
18897046--18897091	20	2.4	19	85	3	56	2	4	8	84	0.83
18908109--18908140	16	2.0	16	93	0	55	37	9	0	53	1.34
18908185--18908221	18	2.1	18	90	10	58	32	10	16	40	1.83
18908265--18908553	36	7.8	36	75	15	252	43	11	14	30	1.81
18908278--18908512	72	3.3	73	86	3	316	43	10	14	32	1.78
18908279--18908485	18	11.5	18	67	14	88	43	10	14	31	1.79
18908464--18908564	44	2.3	44	86	3	132	49	12	11	25	1.75
18908615--18908659	17	2.6	18	78	7	65	48	15	13	22	1.79
18908477--18908716	105	2.3	107	90	4	375	44	13	12	28	1.81
18908678--18908791	18	6.8	18	72	17	93	37	12	14	35	1.83
18908716--18908790	17	4.4	17	77	3	69	38	12	12	37	1.79
18908687--18908745	30	2.0	30	90	3	93	38	11	13	35	1.82
18908726--18908791	34	1.9	35	93	3	116	37	12	13	36	1.82
18908849--18908897	17	2.9	16	82	11	62	46	10	14	28	1.77
18909418--18909466	21	2.3	21	83	16	66	0	34	38	26	1.57
18909615--18909697	11	7.4	11	77	17	73	1	20	0	78	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18909614--18909705	6	15.8	6	74	15	86	1	19	0	79	0.80
18909607--18909704	19	4.9	19	75	17	74	2	18	1	78	0.90
18909625--18909711	8	10.1	9	73	22	64	1	20	0	78	0.82
18909620--18909716	33	2.9	33	85	10	133	1	21	0	77	0.83
18909618--18909717	44	2.3	45	81	15	120	1	22	0	77	0.84
18909620--18909705	46	1.9	43	86	11	120	1	19	0	79	0.80
18909623--18909717	25	3.7	25	75	23	74	1	22	0	76	0.84
18909620--18909708	7	11.9	7	77	17	74	1	20	0	78	0.81
18911429--18911462	6	5.7	6	96	0	59	88	0	11	0	0.52
18911653--18911693	20	2.0	20	100	0	82	34	9	0	56	1.32
18911695--18911728	11	2.8	12	86	13	52	70	11	2	14	1.27
18911774--18911825	27	1.9	27	84	7	70	34	25	23	17	1.96
18911767--18911831	27	2.4	27	79	5	69	30	26	24	18	1.98
18911914--18911953	11	3.7	11	86	6	64	70	0	30	0	0.88
18911978--18912016	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
18912080--18912133	3	17.7	3	96	3	99	0	0	31	68	0.90
18912289--18912373	36	2.4	36	92	3	138	32	0	12	54	1.39
18912355--18912379	12	2.1	12	100	0	50	16	0	16	68	1.22
18917718--18917762	22	2.0	22	95	0	81	53	0	11	35	1.37
18918541--18918720	39	4.4	43	76	15	179	0	32	0	67	0.95
18918551--18918693	29	5.1	27	70	20	89	0	30	0	68	0.95
18918576--18918693	11	11.6	10	69	24	70	0	30	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18918582--18918722	4	34.2	4	75	18	78	0	32	0	67	0.91
18918513--18918732	79	2.7	81	80	12	217	0	33	0	66	0.96
18918671--18918731	31	2.0	31	90	6	97	0	39	0	60	0.97
18918766--18918832	27	2.5	27	95	0	116	14	26	29	28	1.96
18918901--18918945	22	2.0	22	100	0	90	55	0	8	35	1.31
18919068--18919113	24	1.9	24	90	0	74	39	0	28	32	1.57
18926473--18926532	20	3.1	19	81	13	70	55	5	0	40	1.22
18926944--18927005	32	1.9	32	100	0	124	37	12	19	30	1.89
18933048--18933094	16	2.8	16	78	12	51	59	4	4	31	1.36
18934446--18934769	173	1.9	173	81	5	395	27	22	21	28	1.99
18934433--18934962	44	12.2	44	69	10	230	26	23	20	29	1.99
18934955--18935904	129	7.4	129	90	1	1460	25	23	17	33	1.96
18937191--18937219	8	3.8	8	90	9	51	10	10	0	79	0.94
18937183--18937218	15	2.4	15	90	0	54	13	11	0	75	1.06
18938118--18938200	16	5.3	15	74	16	71	13	2	7	77	1.08
18938148--18938204	21	2.7	21	81	8	71	12	0	8	78	0.95
18938147--18938198	19	2.7	20	75	21	56	13	0	7	78	0.94
18942643--18942684	14	3.1	13	78	21	50	59	4	0	35	1.19
18942651--18942688	16	2.4	16	82	4	51	60	5	0	34	1.19
18942878--18942924	16	2.8	16	78	12	51	59	4	4	31	1.36
18942941--18942979	3	13.0	3	83	0	51	61	5	2	30	1.31
18943429--18943485	9	5.8	9	78	15	51	77	1	17	3	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18948048--18948087	18	2.2	19	86	4	55	27	7	22	42	1.80
18950783--18950834	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
18950815--18950909	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
18951071--18951105	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18951029--18951101	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
18950990--18951264	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
18951218--18951252	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18951238--18951416	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
18951338--18951372	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
18951448--18951479	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
18951201--18951493	120	2.4	120	92	2	482	50	5	2	42	1.36
18951509--18951716	91	2.3	91	84	4	249	46	3	4	45	1.41
18955643--18955672	12	2.5	12	94	0	51	43	20	23	13	1.86
18966101--18966382	64	4.4	64	74	8	223	43	17	20	18	1.88
18966109--18966353	31	7.7	31	73	10	181	42	16	22	18	1.88
18966371--18966428	28	2.1	28	86	0	80	31	15	36	17	1.91
18980218--18980334	29	4.0	29	83	6	139	35	25	12	25	1.92
18980317--18980414	26	3.7	26	80	1	106	33	19	19	27	1.96
18981604--18981635	16	1.9	17	93	6	57	28	31	0	40	1.57
18982493--18982535	15	2.9	15	85	0	59	27	0	27	44	1.55
18991562--18991626	20	3.0	20	68	23	60	32	12	18	36	1.88
18995606--18995650	18	2.5	18	85	7	65	37	0	17	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19009115--19009305	50	3.9	49	74	7	161	22	26	20	29	1.99
19012205--19012234	6	5.0	6	95	0	51	36	16	13	33	1.88
19014674--19014741	24	2.8	24	88	0	100	19	17	19	44	1.88
19024988--19025075	29	3.1	29	70	3	88	20	17	23	38	1.93
19032125--19032161	10	3.7	10	89	10	58	29	21	8	40	1.82
19033255--19033292	12	3.1	13	88	11	62	31	0	0	68	0.90
19033468--19033510	22	2.0	22	81	9	52	62	4	11	20	1.46
19035813--19036061	27	9.2	27	78	5	234	34	12	25	27	1.91
19035803--19036061	81	3.2	81	79	1	295	33	11	25	28	1.92
19038295--19038329	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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