genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  202  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59283490--59283533	23	1.9	23	90	0	70	45	0	0	54	0.99
59283505--59283575	32	2.3	32	85	7	94	38	1	0	60	1.06
59283444--59283579	40	3.6	39	81	12	153	36	2	0	61	1.08
59283505--59283593	32	3.0	27	74	19	79	39	1	0	59	1.05
59283454--59283603	11	14.4	11	68	20	65	38	2	0	59	1.12
59290005--59290048	22	2.0	22	86	0	61	70	0	0	29	0.88
59291550--59291610	25	2.5	24	82	10	63	49	3	0	47	1.18
59291957--59292037	27	3.0	27	78	12	76	44	2	8	44	1.48
59292012--59292078	29	2.3	30	82	7	75	46	2	4	46	1.38
59306063--59306139	34	2.2	35	88	9	120	45	12	15	25	1.82
59306073--59306139	34	2.0	34	96	0	125	43	13	14	28	1.84
59310918--59310946	12	2.3	13	94	5	51	82	0	13	3	0.79
59321009--59321050	15	2.9	15	79	13	52	80	4	4	9	0.99
59325902--59325954	24	2.2	24	86	0	70	39	3	7	49	1.49
59325919--59325964	24	1.9	24	86	8	67	41	6	4	47	1.49
59339119--59339152	16	2.1	16	88	0	50	67	0	2	29	1.05
59339804--59339882	29	2.8	27	81	11	70	56	1	1	40	1.15
59340101--59340162	32	1.9	34	87	9	94	45	9	4	40	1.58
59340497--59340524	13	2.2	13	100	0	56	21	14	32	32	1.93
59341341--59341393	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
59341494--59341528	13	2.7	13	90	0	61	31	5	22	40	1.78
59341761--59341817	23	2.5	21	77	11	60	49	0	5	45	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59343571--59343741	72	2.4	72	88	4	258	55	13	5	25	1.59
59346074--59346126	25	2.2	24	86	6	72	52	20	24	1	1.56
59346196--59346225	14	2.1	14	100	0	60	50	23	26	0	1.50
59348182--59348216	17	2.0	18	88	5	54	62	2	11	22	1.41
59350165--59350220	21	2.6	22	75	11	62	35	5	0	58	1.21
59359100--59359180	41	2.0	41	87	0	117	29	8	12	49	1.70
59362278--59362303	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
59364048--59364082	17	2.1	17	88	0	52	40	5	2	51	1.40
59369544--59369593	4	13.0	4	87	8	59	26	6	24	44	1.76
59382326--59382368	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
59385572--59385603	13	2.6	13	85	14	50	53	0	15	31	1.43
59390869--59390908	21	1.9	21	100	0	80	67	0	15	17	1.23
59391017--59391049	13	2.5	13	100	0	66	48	30	6	15	1.69
59392597--59392835	84	2.8	84	92	0	379	33	19	15	30	1.93
59392597--59392876	84	3.3	83	86	3	355	32	20	15	32	1.94
59393245--59393286	16	2.6	16	96	3	75	47	9	0	42	1.36
59394769--59394831	3	21.0	3	93	0	108	63	1	0	34	1.04
59395097--59395149	14	3.6	14	82	5	52	18	11	1	67	1.30
59396142--59396453	100	3.1	99	85	7	414	42	30	1	25	1.63
59396153--59396433	101	2.8	99	87	5	397	44	28	1	26	1.61
59396364--59396538	81	2.2	81	93	0	296	43	28	1	26	1.65
59404472--59404532	21	3.0	21	65	18	56	39	9	9	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59406246--59406315	27	2.6	27	80	8	79	25	2	21	50	1.63
59407695--59407736	14	3.0	14	82	0	57	42	16	9	30	1.80
59407660--59407726	34	1.9	35	87	3	100	44	13	10	31	1.77
59412180--59412204	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
59414101--59414139	18	2.1	18	85	4	51	58	2	10	28	1.44
59415952--59416070	60	2.0	60	91	3	195	53	13	0	32	1.40
59428962--59429000	6	6.5	6	100	0	78	0	0	82	17	0.68
59433805--59433839	16	2.2	16	90	10	54	28	8	5	57	1.52
59443047--59443071	4	6.2	4	100	0	50	24	0	52	24	1.48
59446593--59446623	16	1.9	16	93	0	53	67	6	16	9	1.39
59448537--59448618	31	2.8	31	71	12	75	25	15	10	47	1.78
59453106--59453131	3	8.7	3	100	0	52	34	34	0	30	1.58
59462311--59462354	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
59462342--59462423	38	2.2	38	82	12	98	43	2	20	32	1.65
59465567--59465695	43	3.0	42	82	15	174	21	19	29	29	1.98
59466519--59466769	93	2.7	93	93	0	448	24	18	15	41	1.89
59466519--59466769	47	5.4	47	94	0	450	24	18	15	41	1.89
59466519--59466811	47	6.3	47	91	1	338	25	18	16	39	1.91
59466519--59466811	140	2.1	141	89	3	448	25	18	16	39	1.91
59466730--59466893	71	2.3	69	80	8	179	28	14	18	39	1.90
59466519--59466882	187	1.9	187	81	9	438	25	17	16	40	1.90
59466767--59466907	23	6.0	23	75	8	106	30	13	18	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59471347--59471412	29	2.2	30	81	2	71	22	3	27	46	1.66
59472954--59472992	18	2.1	19	95	4	71	5	30	33	30	1.79
59473036--59473074	15	2.5	15	83	8	51	12	0	33	53	1.39
59473161--59473251	34	2.8	32	78	6	101	34	2	15	48	1.57
59473318--59473574	126	2.0	125	93	0	433	37	17	17	27	1.92
59476823--59476868	24	1.9	24	95	0	83	15	4	50	30	1.63
59478771--59478810	18	2.2	18	86	0	53	37	20	10	32	1.85
59478809--59478883	37	2.0	37	92	0	123	48	13	2	36	1.57
59479011--59479088	38	2.0	39	90	7	124	17	3	26	51	1.63
59479069--59479093	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
59479070--59479119	17	2.8	18	81	6	66	14	2	40	44	1.56
59479575--59479639	30	2.2	30	91	5	105	38	3	29	29	1.72
59480443--59480505	29	2.2	29	82	0	72	34	12	7	44	1.72
59493761--59493786	9	2.9	9	100	0	52	30	34	0	34	1.58
59497740--59497825	43	2.0	43	100	0	172	23	13	16	46	1.83
59504226--59504328	53	1.9	53	84	7	138	8	21	13	56	1.64
59514660--59514747	46	2.0	44	90	4	140	30	13	27	28	1.94
59514653--59514786	46	3.0	45	80	4	135	34	14	24	26	1.94
59517339--59517372	7	4.6	7	89	10	50	41	32	0	26	1.56
59522620--59522707	46	2.0	44	90	4	140	30	13	27	28	1.94
59522613--59522746	46	3.0	45	80	4	135	34	14	24	26	1.94
59525666--59525753	46	2.0	44	90	4	140	30	13	27	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59525659--59525792	46	3.0	45	80	4	135	34	14	24	26	1.94
59528740--59528827	46	2.0	44	90	4	140	30	13	27	28	1.94
59528733--59528866	46	3.0	45	80	4	135	34	14	24	26	1.94
59531857--59531945	45	2.0	45	88	6	135	30	14	26	28	1.95
59531850--59531963	45	2.5	46	81	4	124	34	14	23	27	1.94
59534934--59535021	46	2.0	44	90	4	140	30	13	27	28	1.94
59534927--59535060	46	3.0	45	80	4	135	34	14	24	26	1.94
59537598--59537628	7	4.6	7	92	8	55	41	29	0	29	1.56
59537598--59537628	13	2.3	14	94	5	55	41	29	0	29	1.56
59542851--59542938	46	2.0	44	90	4	140	30	13	27	28	1.94
59542844--59542977	46	3.0	45	80	4	135	34	14	24	26	1.94
59545961--59546048	46	2.0	44	90	4	140	30	13	27	28	1.94
59545954--59546087	46	3.0	45	80	4	135	34	14	24	26	1.94
59549075--59549162	46	2.0	44	90	4	140	30	13	27	28	1.94
59549068--59549201	46	3.0	45	80	4	135	34	14	24	26	1.94
59552188--59552275	46	2.0	44	90	4	140	30	13	27	28	1.94
59552181--59552314	46	3.0	45	80	4	135	34	14	24	26	1.94
59554868--59554901	7	4.6	7	89	10	50	41	32	0	26	1.56
59565870--59566038	78	2.2	78	92	0	275	31	14	23	30	1.94
59576792--59576824	17	1.9	17	100	0	66	36	18	0	45	1.49
59582006--59582137	41	3.2	41	88	5	178	56	0	3	40	1.14
59587583--59587649	33	2.0	33	83	11	84	34	0	4	61	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59590498--59590679	7	25.7	7	75	12	86	45	33	0	20	1.55
59590506--59590617	49	2.3	50	81	4	120	45	35	0	18	1.50
59591066--59591214	40	3.7	40	81	3	165	26	24	22	26	2.00
59591060--59591225	40	4.2	40	80	0	107	27	24	21	26	1.99
59591253--59591381	40	3.2	39	76	7	114	28	21	18	31	1.97
59596912--59597023	56	2.0	56	94	0	197	44	20	5	29	1.73
59601257--59601298	19	2.2	18	84	16	50	30	2	0	66	1.04
59605974--59606036	25	2.5	25	77	10	65	23	19	23	33	1.97
59606021--59606087	25	2.7	25	77	13	75	34	20	20	23	1.97
59615302--59615445	49	2.9	49	90	1	216	24	13	29	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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