genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  58  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16293083--16293141	30	2.0	30	83	6	75	20	40	0	38	1.53
16294382--16294421	21	2.0	21	90	5	64	42	2	12	42	1.56
16295899--16295933	4	8.8	4	93	0	61	28	0	20	51	1.47
16297111--16297218	40	2.7	40	80	4	112	40	23	19	16	1.91
16297284--16297516	41	5.7	39	81	10	252	23	21	23	31	1.98
16297284--16297516	82	2.8	80	86	5	315	23	21	23	31	1.98
16298318--16298360	7	6.1	7	88	0	68	20	0	51	27	1.48
16298320--16298367	14	3.4	14	85	2	69	20	0	50	29	1.49
16301469--16301686	43	5.1	43	80	3	199	25	16	27	30	1.97
16302016--16302171	43	3.7	43	80	6	176	27	22	17	32	1.96
16306144--16306180	15	2.4	16	82	13	51	27	13	27	32	1.94
16314412--16314463	23	2.3	23	86	0	68	3	21	1	73	1.10
16314412--16314469	23	2.5	23	80	8	64	5	20	1	72	1.13
16315004--16315092	28	3.1	27	79	17	92	73	0	21	5	1.04
16315122--16315154	15	2.1	16	88	5	50	27	6	0	66	1.15
16317565--16317642	38	2.1	38	97	0	147	48	12	10	28	1.74
16317625--16317660	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
16319317--16319446	50	2.4	54	87	7	178	27	20	30	22	1.98
16319358--16319487	50	2.6	50	82	2	154	26	23	29	20	1.99
16319757--16319793	19	1.9	19	89	10	58	54	5	24	16	1.63
16335124--16335155	15	2.1	15	94	0	55	12	3	0	84	0.74
16335126--16335158	8	4.2	8	92	7	50	12	6	0	81	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16337261--16337299	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
16338835--16338885	27	1.9	26	84	11	68	23	9	11	54	1.66
16339643--16339672	9	3.3	9	100	0	60	20	0	0	80	0.72
16339651--16339727	39	2.0	40	94	2	138	32	1	1	64	1.09
16339701--16339775	28	2.6	28	87	10	98	40	2	0	57	1.13
16339719--16339752	17	2.0	17	94	0	59	41	2	0	55	1.15
16339708--16339762	11	5.4	11	75	22	57	40	3	0	56	1.17
16346802--16346852	23	2.2	23	79	6	59	66	1	7	23	1.28
16350661--16350726	8	8.6	8	73	18	52	33	4	0	62	1.16
16350665--16350724	29	2.1	29	84	9	79	31	5	0	63	1.16
16360257--16360326	25	2.8	25	91	0	113	25	21	18	34	1.96
16361463--16361492	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
16367247--16367300	25	2.2	25	86	0	72	24	11	46	18	1.81
16367416--16367462	24	2.1	21	84	11	58	31	4	40	23	1.74
16367435--16367486	24	2.1	24	82	10	61	34	1	40	23	1.66
16368547--16368656	27	4.1	27	86	0	148	40	19	16	24	1.91
16368851--16368900	26	1.9	26	83	0	64	20	20	22	38	1.94
16373476--16373582	50	2.1	49	81	6	126	28	22	29	19	1.98
16373873--16373911	20	2.0	20	90	10	62	56	7	20	15	1.63
16375253--16375388	40	3.4	39	77	9	134	39	22	17	19	1.92
16375423--16375700	41	6.8	41	86	0	358	22	18	29	29	1.98
16376029--16376062	14	2.4	14	95	0	59	20	0	35	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16376228--16376362	68	2.0	70	92	2	229	29	0	22	47	1.57
16376418--16376590	94	1.8	93	87	3	258	34	1	20	43	1.59
16380695--16380743	22	2.2	22	100	0	98	48	16	20	14	1.80
16383461--16383491	15	2.1	15	94	5	55	74	0	0	25	0.82
16399805--16399843	20	2.0	20	100	0	78	30	5	15	48	1.66
16402645--16402698	25	2.1	26	86	10	76	31	3	1	62	1.23
16407340--16407399	30	2.0	30	93	0	102	30	16	11	41	1.84
16409304--16409341	18	2.2	17	86	9	51	36	15	2	44	1.61
16418145--16418191	23	2.1	22	84	11	60	8	17	6	68	1.37
16418302--16418352	13	3.5	14	74	15	50	19	1	7	70	1.21
16418842--16418871	13	2.4	12	89	10	51	16	0	3	80	0.85
16420037--16420063	14	1.9	14	100	0	54	44	25	7	22	1.79
16421809--16421875	29	2.3	29	84	0	80	46	16	11	25	1.81
16424301--16424359	30	2.0	30	86	0	82	37	8	25	28	1.85
16424811--16424904	23	4.1	23	83	0	116	24	20	22	32	1.97
16424814--16424909	46	2.1	46	94	0	165	23	18	23	33	1.97
16437616--16438091	27	17.7	27	82	3	459	43	17	19	19	1.89
16438288--16438358	26	2.7	26	95	0	124	14	25	26	33	1.94
16438426--16438518	28	3.2	28	82	7	114	25	24	20	29	1.99
16444299--16444839	47	11.6	47	93	0	888	30	10	32	26	1.89
16444970--16445049	37	2.2	37	83	0	106	25	18	28	27	1.98
16446926--16447432	40	12.7	40	94	0	816	25	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16446850--16447432	80	7.3	80	93	2	881	25	22	28	24	1.99
16446850--16447432	120	4.9	120	92	2	888	25	22	28	24	1.99
16451250--16451790	47	11.6	47	93	0	888	30	10	32	26	1.89
16451921--16452000	37	2.2	37	83	0	106	25	18	28	27	1.98
16457317--16457708	27	14.6	27	78	5	339	43	16	19	20	1.88
16458108--16458164	30	1.9	30	92	0	96	22	22	28	26	1.99
16462222--16462337	29	4.0	29	87	3	155	27	15	15	41	1.87
16469755--16470288	266	2.0	266	88	1	802	25	15	17	41	1.89
16472001--16472025	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
16473125--16473172	20	2.4	20	82	0	60	16	35	16	31	1.92
16474776--16474832	30	1.9	30	85	0	78	17	26	31	24	1.97
16478768--16478854	20	4.3	20	73	4	77	12	31	20	35	1.90
16481666--16481758	36	2.6	36	85	6	120	36	2	13	47	1.56
16488821--16488922	43	2.4	43	83	0	123	33	26	14	25	1.95
16492355--16492426	37	1.9	37	88	5	110	59	8	12	19	1.58
16493452--16493492	13	3.1	14	82	6	50	43	7	0	48	1.30
16493475--16493504	15	1.9	16	93	6	53	56	10	0	33	1.32
16493834--16493867	14	2.4	14	90	9	52	64	0	2	32	1.08
16504399--16504452	21	2.6	21	81	0	63	18	24	27	29	1.98
16508125--16508175	20	2.4	22	81	15	63	15	9	11	62	1.53
16509750--16509809	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
16509759--16509792	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16511184--16511222	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
16513561--16513620	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
16513570--16513603	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
16530256--16530290	17	2.1	17	100	0	70	40	11	22	25	1.88
16532734--16532925	101	1.9	102	90	3	307	22	17	28	31	1.97
16532730--16532925	51	3.9	51	81	4	236	22	17	28	31	1.97
16532734--16532929	102	1.9	101	88	3	295	23	17	27	30	1.97
16536210--16536501	144	2.0	144	97	0	557	30	19	10	39	1.85
16537495--16537543	18	2.8	18	74	20	50	71	8	4	16	1.26
16549549--16549790	50	4.7	50	84	7	272	25	22	30	22	1.99
16549549--16549798	100	2.4	103	84	9	330	24	22	30	23	1.99
16556355--16556471	40	3.0	38	80	5	110	40	17	17	24	1.91
16556392--16556471	38	2.1	39	86	4	110	38	13	18	28	1.89
16556530--16556687	41	3.9	41	80	0	156	24	17	25	32	1.97
16556612--16556696	40	2.1	40	93	0	143	25	16	18	38	1.92
16556751--16556889	7	19.4	7	69	10	57	23	0	27	48	1.56
16558618--16558664	18	2.6	18	86	6	60	0	55	0	44	0.99
16566028--16566179	43	3.6	43	82	7	157	23	14	26	35	1.93
16579486--16579524	20	1.9	21	89	5	62	64	5	7	23	1.40
16581148--16581271	44	2.8	43	76	2	131	32	21	16	29	1.96
16581199--16581358	44	3.7	43	77	6	144	25	24	22	28	2.00
16581468--16581712	128	1.9	128	83	1	312	24	24	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16581972--16582004	7	4.7	7	88	11	50	12	15	0	72	1.12
16581973--16581999	13	2.1	13	100	0	54	14	14	0	70	1.17
16582385--16582453	30	2.4	27	83	9	84	11	8	10	69	1.37
16582385--16582463	27	2.8	28	83	11	90	11	7	10	70	1.33
16582391--16582472	27	2.9	28	82	12	80	10	7	10	70	1.33
16586729--16586767	20	1.9	21	89	5	62	64	5	7	23	1.40
16589966--16590602	50	12.7	50	69	4	321	23	20	23	32	1.98
16589966--16590608	100	6.4	100	86	2	772	23	20	23	32	1.98
16590657--16590908	44	5.5	44	72	13	168	27	19	20	32	1.96
16592283--16592328	7	6.6	7	92	7	76	15	13	0	71	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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