genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  64  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18354610--18354665	27	2.1	27	100	0	112	35	17	17	28	1.93
18356782--18356848	33	2.0	33	97	0	125	20	11	28	38	1.88
18368273--18368529	115	2.2	114	88	2	363	37	15	14	32	1.88
18368780--18368853	20	3.7	20	78	7	87	39	0	14	45	1.45
18368773--18368852	40	2.0	40	97	0	151	38	0	17	43	1.49
18372102--18372185	35	2.4	35	86	4	116	33	16	27	22	1.96
18378499--18378541	12	3.3	13	77	9	52	48	0	13	37	1.43
18378486--18378556	13	5.5	13	74	12	65	46	2	18	32	1.63
18378481--18378556	26	2.9	26	94	0	134	43	2	18	35	1.64
18378480--18378569	26	3.5	26	89	0	126	42	4	17	35	1.70
18381417--18381441	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
18383180--18383204	12	2.1	12	100	0	50	32	0	24	44	1.54
18383200--18383253	27	2.0	27	82	13	67	48	5	5	40	1.50
18386483--18386526	22	2.0	22	90	0	70	47	43	0	9	1.35
18387174--18387213	20	2.0	20	100	0	80	25	20	20	35	1.96
18388954--18388980	12	2.2	12	100	0	54	33	11	22	33	1.89
18389625--18389665	21	2.0	21	85	0	55	51	14	4	29	1.63
18391718--18391761	21	2.1	21	91	0	70	11	18	29	40	1.85
18391831--18392018	86	2.2	85	82	5	225	30	26	19	22	1.98
18391853--18392036	43	4.3	43	89	0	271	32	28	17	20	1.96
18392564--18392633	29	2.4	28	76	6	68	38	22	8	30	1.84
18396432--18396587	43	3.6	43	80	6	163	20	12	23	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18405485--18405517	16	2.1	16	94	5	59	66	6	0	27	1.15
18405741--18405785	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
18415798--18415841	22	2.0	22	100	0	88	22	13	54	9	1.67
18417650--18417683	4	8.0	4	90	9	50	70	5	0	23	1.09
18417650--18417683	9	4.0	9	96	3	54	70	5	0	23	1.09
18419028--18419080	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
18421432--18421465	4	8.0	4	90	9	50	70	5	0	23	1.09
18421432--18421465	9	4.0	9	96	3	54	70	5	0	23	1.09
18426603--18426682	40	2.0	40	85	4	108	45	17	18	18	1.86
18427285--18427401	60	2.0	60	98	0	225	39	17	10	33	1.83
18427290--18427415	60	2.1	60	91	2	200	38	19	11	30	1.86
18429923--18430109	49	3.6	49	81	9	169	27	24	27	21	1.99
18429923--18430109	100	1.8	103	83	10	249	27	24	27	21	1.99
18442409--18442441	15	2.2	15	94	0	57	6	30	12	51	1.63
18449129--18449397	136	2.0	129	95	5	475	40	11	9	38	1.74
18455626--18455739	53	2.1	54	91	1	185	52	1	7	38	1.39
18457227--18457252	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
18457428--18457630	109	1.8	113	85	4	288	23	19	28	29	1.98
18457546--18457784	73	3.3	73	85	2	315	25	20	26	28	1.99
18457797--18457821	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
18457814--18457844	12	2.6	12	100	0	62	45	0	6	48	1.28
18458014--18458081	22	3.1	22	76	4	75	19	5	38	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18458123--18458169	16	3.1	15	88	8	69	21	0	36	42	1.53
18458106--18458169	15	4.2	16	84	9	82	20	1	35	42	1.62
18458100--18458167	8	8.8	8	75	12	52	20	1	36	41	1.62
18458204--18458340	14	9.9	14	71	12	68	21	0	29	48	1.50
18458322--18458540	103	2.1	103	93	0	375	28	4	28	38	1.77
18458782--18459080	116	2.6	114	79	6	318	21	14	20	44	1.86
18461388--18461584	9	20.4	9	69	16	101	46	15	2	35	1.60
18461414--18461480	27	2.5	27	97	0	125	50	14	0	34	1.44
18461344--18461584	128	1.9	128	93	1	421	45	15	2	35	1.62
18463433--18463482	21	2.4	21	90	6	75	34	16	46	4	1.65
18463820--18464017	42	4.8	41	78	9	199	38	20	20	20	1.93
18463816--18463973	79	2.0	79	87	0	226	39	19	18	21	1.92
18463990--18464108	42	2.8	42	88	0	184	22	21	21	34	1.97
18463953--18464108	84	1.9	84	80	2	188	26	20	21	32	1.98
18464517--18464557	19	2.1	19	90	9	64	65	14	0	19	1.26
18467197--18467316	54	2.2	54	86	2	161	30	23	24	22	1.99
18467200--18467340	54	2.6	54	82	2	140	31	24	23	19	1.98
18472269--18472308	20	2.0	21	85	5	55	60	15	15	10	1.60
18472725--18472769	18	2.4	19	77	11	56	35	0	0	64	0.94
18473939--18473988	19	2.4	21	83	9	59	72	4	2	22	1.12
18474039--18474101	27	2.3	27	91	5	101	9	30	34	25	1.88
18474284--18474556	88	3.1	86	63	12	190	35	4	11	47	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18475136--18475194	27	2.2	27	87	0	82	25	32	30	11	1.92
18475250--18475301	11	4.6	11	83	7	61	19	0	5	75	1.01
18479682--18479730	5	10.2	5	78	12	50	61	16	22	0	1.34
18483075--18483171	48	2.0	48	91	0	158	43	19	2	35	1.63
18483900--18483943	2	22.0	2	95	0	79	50	47	0	2	1.13
18497950--18498094	50	2.9	50	81	2	157	29	20	26	23	1.99
18498880--18499030	72	2.1	72	96	1	277	48	7	26	17	1.74
18499219--18499256	19	2.0	19	100	0	76	52	5	26	15	1.64
18500453--18500561	57	1.9	57	83	7	141	30	18	26	24	1.98
18505871--18505922	26	2.0	27	88	11	81	67	7	3	21	1.32
18505878--18505936	26	2.2	26	79	8	66	69	10	3	16	1.30
18506050--18506118	17	4.2	16	75	17	61	62	8	0	28	1.25
18506082--18506125	23	1.9	23	85	0	61	59	9	0	31	1.29
18507489--18507639	45	3.4	44	75	12	137	27	25	15	31	1.95
18507716--18508027	143	2.2	143	84	2	405	29	20	20	30	1.97
18507951--18508080	44	2.9	44	77	8	129	26	23	21	27	1.99
18507716--18508071	143	2.5	143	81	3	378	29	20	19	30	1.97
18516804--18516850	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
18521812--18522296	240	2.0	240	94	0	853	38	15	22	23	1.92
18525276--18525328	9	5.4	9	77	16	52	67	1	16	13	1.31
18525276--18525338	31	2.0	31	93	0	108	61	4	20	12	1.49
18526090--18526130	20	2.0	20	85	4	55	41	7	7	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18526895--18526925	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
18528041--18528068	5	5.6	5	100	0	56	42	0	0	57	0.99
18535509--18535547	20	1.9	20	89	5	60	30	2	2	64	1.21
18537395--18537836	125	3.5	125	89	1	672	32	17	21	28	1.96
18542648--18542676	15	1.9	15	100	0	58	31	0	20	48	1.50
18542656--18542708	27	1.9	28	92	3	90	28	1	30	39	1.67
18542683--18542882	21	9.5	21	88	7	291	25	0	31	43	1.55
18542657--18542880	85	2.6	86	80	15	200	25	0	30	42	1.59
18545300--18545345	22	2.1	22	87	0	65	54	0	19	26	1.44
18545293--18545394	51	2.0	53	84	7	138	50	0	20	27	1.54
18546597--18546621	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
18547345--18547396	25	2.0	27	85	7	72	40	3	0	55	1.18
18555599--18555655	25	2.3	24	79	8	62	1	28	1	68	1.09
18564286--18564392	51	2.1	51	85	0	142	29	14	10	45	1.77
18574300--18574337	17	2.2	18	90	4	60	63	13	2	21	1.42
18574859--18574946	26	3.3	26	79	3	95	63	5	2	28	1.29
18579789--18580678	132	6.8	132	88	2	1317	27	23	19	28	1.98
18579789--18580678	265	3.4	263	90	2	1369	27	23	19	28	1.98
18581946--18581986	7	5.9	7	86	11	57	12	17	0	70	1.16
18581944--18581986	21	2.1	20	91	4	68	13	18	0	67	1.23
18581950--18581998	21	2.3	22	75	10	57	14	20	0	65	1.27
18589554--18589587	4	8.5	4	100	0	68	23	0	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18592543--18592632	39	2.3	40	82	7	112	26	25	26	21	1.99
18593320--18593949	322	2.0	311	84	8	826	28	21	22	27	1.99
18594879--18594970	31	2.7	35	74	20	97	53	2	2	42	1.25
18596223--18596261	20	2.0	20	94	0	69	30	5	15	48	1.66
18600798--18600843	20	2.3	20	88	0	65	26	6	15	52	1.67
18603081--18603287	114	1.8	114	84	0	288	33	15	15	34	1.90
18613321--18613346	12	2.2	12	100	0	52	38	23	7	30	1.83
18616294--18616331	17	2.2	17	86	9	51	42	2	7	47	1.46
18620972--18620996	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
18626796--18626834	21	1.9	20	89	5	60	48	5	2	43	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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