genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  31  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8622405--8622437	17	1.9	17	93	0	57	48	0	12	39	1.40
8622428--8622460	9	3.8	9	84	8	50	45	0	3	51	1.16
8628745--8628796	25	2.1	25	85	7	70	13	25	21	40	1.89
8628758--8628805	25	2.0	25	83	4	62	14	25	20	39	1.91
8628952--8628999	24	2.0	24	91	0	78	18	27	18	35	1.95
8634518--8634550	11	2.9	11	95	4	57	30	0	0	69	0.88
8634551--8634591	18	2.3	19	80	16	52	65	12	0	21	1.25
8634673--8634733	29	2.1	30	90	3	97	59	11	3	26	1.48
8636198--8636255	27	2.1	28	84	9	75	48	6	5	39	1.52
8636384--8636524	41	3.5	40	77	3	140	42	16	24	16	1.88
8636457--8636550	40	2.3	40	83	7	120	45	19	19	15	1.85
8641594--8641782	99	1.9	99	86	4	274	35	7	13	42	1.73
8642129--8642173	24	1.9	23	90	4	72	51	4	2	42	1.34
8648093--8648230	66	2.1	66	83	2	170	39	20	26	13	1.90
8648533--8648632	43	2.3	43	80	0	119	26	20	27	27	1.99
8653375--8653437	23	2.7	25	78	16	80	69	3	1	25	1.12
8653399--8653581	9	20.2	9	66	14	58	65	5	2	26	1.26
8653375--8653463	47	2.0	45	84	10	119	66	5	2	25	1.25
8653491--8653725	20	12.2	16	69	26	67	61	3	1	32	1.24
8653516--8653722	20	10.4	20	68	19	89	61	4	1	32	1.27
8653496--8653698	21	10.3	20	68	19	90	61	3	1	33	1.24
8653444--8653726	9	30.6	9	68	17	120	62	4	1	30	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8653400--8653726	19	17.7	18	65	20	83	62	5	1	29	1.27
8654224--8654311	8	10.0	8	84	11	52	31	0	2	65	1.05
8654225--8654270	24	2.0	23	86	4	65	30	0	0	69	0.89
8654225--8654310	9	9.6	9	85	12	90	31	0	2	66	1.04
8654274--8654309	11	3.4	11	88	7	56	25	0	5	69	1.10
8667751--8667791	21	2.0	21	85	0	55	73	2	9	14	1.19
8668641--8668681	5	8.2	5	91	0	55	26	12	0	60	1.31
8670727--8670777	3	17.0	3	76	15	52	33	0	1	64	1.05
8670727--8670777	15	3.4	15	89	5	68	33	0	1	64	1.05
8671150--8671208	27	2.2	27	84	6	75	33	11	1	52	1.48
8683453--8684000	72	8.0	64	78	15	432	29	18	20	31	1.96
8683644--8684158	72	6.9	73	84	6	651	29	18	19	32	1.96
8684015--8684155	73	1.9	74	88	1	212	29	18	21	30	1.97
8683857--8684527	159	4.3	156	79	10	694	30	16	18	33	1.94
8684180--8684431	73	3.5	72	88	3	355	32	17	18	30	1.94
8683644--8684527	306	2.9	306	82	10	965	30	17	19	33	1.94
8689851--8689972	60	2.0	59	85	6	165	39	3	16	40	1.65
8690695--8690773	11	7.5	11	75	21	62	40	3	0	55	1.18
8690676--8690760	40	2.2	38	85	12	118	36	2	0	61	1.09
8690674--8690803	48	2.7	49	88	5	185	39	2	0	58	1.11
8690746--8690843	37	2.8	36	81	15	100	36	1	2	60	1.15
8691984--8692034	8	6.2	8	95	2	84	45	0	3	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8693532--8693557	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
8694072--8694116	19	2.4	19	81	11	56	42	0	2	55	1.12
8696942--8697140	42	4.7	42	86	4	260	23	20	18	37	1.94
8697539--8697587	21	2.3	21	85	0	62	4	36	20	38	1.72
8703119--8703250	9	14.8	9	75	10	119	32	1	18	46	1.59
8703084--8703317	25	9.3	25	72	13	151	31	3	17	47	1.66
8703119--8703250	34	3.7	34	77	9	138	32	1	18	46	1.59
8703261--8703365	35	2.9	35	72	26	94	35	2	12	49	1.55
8703483--8703526	15	2.8	16	82	10	54	56	0	4	38	1.20
8703730--8703774	23	2.0	23	81	0	54	40	4	8	46	1.55
8707303--8707340	14	2.7	14	91	0	58	39	44	0	15	1.47
8707384--8707435	13	3.8	13	76	23	54	36	46	0	17	1.48
8707381--8707435	20	2.7	20	80	2	65	38	45	0	16	1.47
8707561--8707593	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
8708133--8708539	114	3.6	114	86	2	498	24	24	18	31	1.97
8709884--8709926	17	2.7	17	82	13	56	51	0	4	44	1.22
8709885--8709942	15	4.1	14	72	18	50	53	0	1	44	1.10
8717301--8717332	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
8717501--8717648	43	3.5	41	80	5	127	30	28	17	23	1.97
8724031--8724126	37	2.8	33	73	16	86	21	12	1	64	1.33
8724075--8724121	22	2.1	22	88	7	69	21	8	2	68	1.27
8724780--8724822	18	2.4	17	81	11	50	48	4	6	39	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8728124--8728183	29	2.1	29	87	6	86	41	8	3	46	1.50
8728109--8728183	34	2.4	34	84	10	97	42	6	2	48	1.43
8732676--8732741	35	2.0	32	85	8	87	45	1	6	46	1.37
8733081--8733132	20	2.6	19	72	19	52	36	32	9	21	1.86
8733684--8733913	90	2.5	91	84	3	286	32	11	15	40	1.83
8734450--8734559	29	3.7	29	80	7	112	39	14	13	32	1.85
8739103--8739144	21	2.0	21	86	13	59	54	0	2	42	1.13
8739103--8739154	20	2.5	21	78	9	54	51	0	1	46	1.12
8748365--8748408	22	2.0	22	82	8	54	50	0	2	47	1.13
8749313--8749352	20	2.0	21	85	5	55	15	2	32	50	1.57
8751760--8751801	22	1.9	22	95	0	75	64	0	26	9	1.24
8751886--8751910	13	1.9	13	100	0	50	24	8	16	52	1.70
8751891--8751997	45	2.4	45	83	7	128	19	4	23	52	1.65
8754194--8754268	35	2.3	32	78	14	89	29	22	12	36	1.90
8754204--8754274	35	2.0	35	94	0	124	30	21	12	35	1.91
8756301--8756460	45	3.7	43	76	16	161	26	28	19	25	1.99
8758710--8758740	14	2.2	14	100	0	62	51	6	12	29	1.65
8771359--8771392	18	1.9	18	94	5	61	32	0	14	52	1.42
8778578--8778616	16	2.4	17	86	4	53	71	2	25	0	0.98
8792215--8792296	42	2.0	42	85	4	112	43	18	20	17	1.88
8792241--8792338	21	4.8	21	72	8	76	46	17	15	20	1.83
8804728--8804772	16	2.7	18	73	16	51	53	0	2	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8810852--8810878	13	2.1	13	100	0	54	14	37	22	25	1.93
8812316--8812364	26	2.0	24	84	8	62	55	6	0	38	1.25
8822361--8822463	53	1.9	53	94	0	179	39	10	20	29	1.86
8824485--8824525	16	2.7	15	85	10	57	48	2	0	48	1.14
8829035--8829064	10	3.1	10	95	4	53	10	0	30	60	1.30
8833525--8833566	17	2.5	17	88	0	57	30	9	14	45	1.77
8836733--8836772	19	2.0	20	85	4	55	25	0	20	55	1.44
8838488--8838594	55	1.9	55	84	3	144	28	25	25	21	1.99
8850420--8850519	37	2.7	37	92	0	155	44	27	13	16	1.84
8851874--8851906	9	3.7	9	84	15	50	12	21	0	66	1.23
8854736--8855410	113	5.9	113	87	3	937	21	23	23	31	1.99
8854736--8855410	227	3.0	224	86	3	958	21	23	23	31	1.99
8854753--8855406	340	1.9	342	90	2	1048	22	23	23	30	1.99
8856019--8856271	92	2.8	89	88	4	373	28	1	26	44	1.64
8856306--8856344	18	2.2	18	90	4	62	35	7	20	35	1.81
8856653--8856699	12	4.2	11	80	20	53	80	0	6	12	0.88
8856653--8856699	23	2.1	22	88	11	69	80	0	6	12	0.88
8857618--8857662	21	2.1	21	91	0	72	11	26	13	48	1.75
8858334--8858395	31	2.0	31	81	6	72	53	9	3	33	1.50
8858385--8858436	22	2.4	22	86	0	77	46	9	0	44	1.36
8858457--8858735	9	31.7	9	66	18	70	42	13	2	40	1.60
8858462--8858575	16	7.1	16	72	23	71	43	15	2	37	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8858335--8858629	81	3.6	81	88	6	409	45	11	3	39	1.56
8858737--8858793	25	2.3	25	84	0	69	43	14	5	36	1.67
8864232--8864362	66	2.0	66	89	3	201	41	17	23	16	1.89
8864232--8864395	66	2.5	66	85	4	188	40	16	26	16	1.89
8864413--8864484	21	3.4	21	76	0	72	36	15	40	8	1.77
8864835--8865057	86	2.6	86	78	1	232	22	18	28	30	1.97
8864835--8865126	43	6.8	43	76	4	180	24	20	26	28	1.99
8864835--8865103	129	2.1	129	78	2	272	24	20	26	28	1.99
8865516--8865549	17	2.0	17	88	0	50	35	8	26	29	1.87
8869577--8869902	96	3.4	96	89	2	474	38	17	2	41	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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