genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  69  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19674198--19674249	22	2.4	21	79	17	54	38	0	5	55	1.24
19674038--19674323	121	2.4	118	92	5	465	43	0	4	51	1.26
19674038--19674358	121	2.7	119	87	8	351	43	0	4	51	1.28
19683533--19683592	30	2.0	31	83	9	79	40	1	38	20	1.62
19683885--19683915	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
19689722--19689773	18	2.8	19	74	11	54	51	0	0	48	1.00
19692484--19692508	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
19692751--19692788	12	3.2	12	88	0	58	63	0	2	34	1.09
19692717--19692810	43	2.2	42	85	9	120	58	1	5	35	1.28
19700687--19700723	18	2.1	17	90	5	56	54	2	0	43	1.14
19700691--19700729	18	2.2	18	86	4	53	56	2	0	41	1.13
19703728--19703777	18	2.8	18	78	6	57	42	16	2	40	1.59
19703706--19703777	36	2.0	36	84	13	94	36	15	5	43	1.70
19708816--19709004	50	3.8	49	74	8	152	21	28	21	28	1.99
19710199--19710223	10	2.5	10	100	0	50	36	8	0	56	1.29
19723029--19723206	27	6.6	27	83	3	187	30	27	14	27	1.95
19723050--19723205	82	1.9	81	88	3	233	30	27	14	27	1.95
19729643--19729675	16	2.1	16	100	0	66	42	24	6	27	1.78
19733646--19733703	20	2.8	20	89	7	82	67	0	3	29	1.07
19738905--19738948	19	2.4	19	80	3	54	31	2	6	59	1.36
19749111--19749194	42	2.0	42	95	4	152	64	19	2	14	1.39
19752053--19752083	16	1.9	16	93	0	53	64	0	6	29	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19753599--19753873	44	6.4	43	69	15	160	29	20	20	29	1.98
19753678--19753873	85	2.3	84	78	12	231	28	22	20	28	1.99
19753540--19753832	128	2.3	129	82	3	335	29	20	20	29	1.98
19753716--19753874	85	1.9	84	87	6	232	28	20	22	29	1.98
19753929--19754540	100	6.1	100	87	2	854	27	23	20	29	1.99
19753929--19754546	50	12.4	50	71	2	398	27	23	20	29	1.99
19754680--19754849	88	1.9	88	87	0	250	25	25	20	28	1.99
19759489--19759552	26	2.4	26	84	7	76	62	9	10	17	1.53
19765102--19765160	30	2.0	29	86	6	82	40	0	38	20	1.53
19765375--19765402	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
19768504--19768537	17	2.0	17	94	0	59	61	5	2	29	1.34
19768797--19768836	4	9.8	4	89	5	62	80	0	0	20	0.72
19770235--19771541	44	30.3	44	67	11	209	27	23	20	29	1.98
19770218--19771172	132	7.2	131	89	0	1320	28	24	18	28	1.98
19771143--19771587	82	5.4	82	93	0	755	22	21	24	30	1.99
19771593--19771754	50	3.3	49	73	2	153	22	22	21	33	1.97
19771830--19772177	44	8.0	43	81	3	347	30	25	16	27	1.97
19771819--19772149	132	2.5	131	83	5	384	29	25	16	28	1.97
19780791--19780840	24	2.2	22	89	7	73	2	18	2	78	0.95
19780807--19780843	17	2.2	17	95	0	65	0	18	2	78	0.87
19780791--19780831	12	3.4	12	80	12	57	2	19	0	78	0.87
19781278--19781321	16	2.8	15	80	16	54	0	6	9	84	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19781277--19781321	17	2.8	17	78	21	60	0	6	8	84	0.78
19784565--19784632	34	2.0	34	97	0	127	26	13	8	51	1.70
19784955--19784988	17	2.0	17	94	0	59	61	5	2	29	1.34
19785248--19785285	4	9.8	4	94	5	69	78	0	0	21	0.74
19786636--19786660	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
19787540--19787566	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
19787541--19787573	11	3.1	11	91	4	50	24	0	3	72	0.98
19787618--19787642	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
19788653--19788691	15	2.5	17	88	12	57	66	0	10	23	1.22
19789459--19789806	30	11.6	31	73	12	128	38	14	24	22	1.91
19789519--19789772	30	8.5	29	81	8	165	40	13	25	20	1.89
19789603--19789825	30	7.4	30	81	8	177	39	13	23	23	1.90
19789577--19789833	119	2.1	122	82	7	310	38	13	25	22	1.91
19797167--19797466	30	10.1	29	77	7	205	39	13	24	23	1.90
19797167--19797466	60	5.1	60	74	10	235	39	13	24	23	1.90
19802122--19802216	25	3.8	25	85	0	118	30	17	25	26	1.98
19804820--19804855	17	2.1	17	89	0	54	72	2	16	8	1.21
19805094--19805153	27	2.3	27	94	2	104	13	21	18	46	1.83
19811318--19811342	11	2.3	11	100	0	50	48	8	0	44	1.32
19815525--19815555	7	4.3	7	95	4	53	41	16	0	41	1.48
19815989--19816064	38	2.0	38	92	0	125	35	18	18	27	1.94
19822783--19822826	18	2.6	17	82	7	54	2	27	0	70	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19823547--19823603	19	3.0	19	84	0	78	45	0	17	36	1.49
19841425--19841780	27	13.2	27	87	0	444	40	22	19	18	1.91
19843230--19843416	51	3.7	50	74	8	164	24	18	28	27	1.98
19843427--19843514	45	2.0	45	86	0	122	26	18	22	32	1.97
19848745--19848830	45	1.9	45	90	0	136	29	16	22	32	1.95
19853960--19853984	6	4.2	6	100	0	50	36	0	48	16	1.46
19884921--19885011	35	2.6	35	82	3	103	26	25	20	27	1.99
19889174--19889198	5	5.0	5	100	0	50	0	0	20	80	0.72
19890514--19890560	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
19890634--19890680	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
19890754--19890800	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
19890278--19891059	245	3.2	241	94	2	1322	49	4	2	42	1.39
19890278--19891059	365	2.2	359	92	3	1300	49	4	2	42	1.39
19890278--19891059	120	6.5	120	94	2	1300	49	4	2	42	1.39
19895790--19895822	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
19900198--19900242	10	4.3	11	81	16	51	22	6	6	64	1.41
19903006--19903067	24	2.7	22	70	18	63	32	0	22	45	1.53
19903965--19903994	15	2.0	15	100	0	60	60	13	0	26	1.34
19904069--19904102	15	2.3	15	94	0	59	5	41	17	35	1.74
19905526--19905637	27	4.1	27	75	0	98	25	27	12	34	1.92
19905776--19905955	45	4.0	45	80	1	200	23	18	12	44	1.85
19905880--19905949	23	3.1	23	69	19	65	22	21	12	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19905784--19905956	90	1.9	90	85	2	240	23	18	12	45	1.84
19912229--19912453	99	2.3	98	83	5	269	46	9	9	34	1.69
19914918--19914952	14	2.5	14	86	13	54	60	0	0	40	0.97
19914918--19914955	5	8.0	5	88	11	62	60	0	0	39	0.97
19919073--19919113	19	2.2	19	100	0	82	26	14	0	58	1.37
19925875--19925918	23	2.0	22	86	4	61	52	13	4	29	1.60
19928983--19929022	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
19929006--19929045	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
19928991--19929057	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
19929141--19929174	10	3.4	10	87	0	50	50	0	0	50	1.00
19943257--19943334	39	2.0	39	100	0	156	41	17	17	23	1.91
19949329--19949372	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
19949493--19949667	51	3.5	50	83	5	219	32	28	16	24	1.96
19949489--19949675	101	1.8	102	88	5	290	32	28	16	22	1.96
19952360--19952396	17	2.2	17	90	0	56	70	2	2	24	1.14
19953471--19953517	24	1.9	25	82	4	60	23	21	12	42	1.87
19960221--19960283	30	2.1	30	82	11	76	57	1	14	26	1.47
19961139--19961195	25	2.3	25	78	3	71	15	24	19	40	1.90
19963127--19963182	2	28.0	2	100	0	112	50	0	50	0	1.00
19963182--19963230	2	24.5	2	91	0	80	4	0	46	48	1.20
19980768--19980843	11	6.8	11	71	21	52	52	1	1	44	1.17
19980731--19980829	17	5.8	18	70	21	63	50	4	2	43	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19984851--19984890	20	2.1	20	86	9	57	17	2	15	65	1.39
19992207--19992268	2	31.5	2	76	9	56	45	6	3	45	1.45
19997548--19997686	53	2.6	53	84	6	172	38	0	33	27	1.62
19997548--19997684	54	2.5	54	85	4	170	37	0	33	27	1.62
19997690--19997726	18	2.0	18	89	5	56	37	0	35	27	1.57
19997563--19997859	126	2.3	127	84	9	356	39	0	33	26	1.60
19997800--19997839	20	2.0	21	90	5	64	35	0	37	27	1.57
19997746--19997900	75	2.1	74	87	6	224	38	0	35	25	1.56
20001697--20002486	23	33.9	24	72	12	374	40	17	14	27	1.89
20001675--20002339	93	7.1	93	92	1	1082	39	17	15	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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