genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  61  of  214  ( 25680 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17253682--17253734	21	2.6	21	84	3	72	71	1	3	22	1.12
17253854--17253963	57	1.9	57	82	14	136	63	1	6	28	1.29
17253900--17254007	47	2.3	47	85	7	141	63	0	5	30	1.17
17260946--17261127	51	3.6	51	79	3	208	24	17	28	30	1.97
17261136--17261230	45	2.1	45	92	0	163	28	18	22	30	1.97
17262729--17262784	19	2.7	20	76	21	53	41	1	16	41	1.58
17264463--17264701	40	5.9	40	91	1	379	23	28	22	25	1.99
17264463--17264701	122	2.0	120	91	1	388	23	28	22	25	1.99
17264463--17264698	82	2.9	81	94	1	393	23	28	22	25	1.99
17273067--17273222	40	3.9	39	89	5	224	23	28	21	25	1.99
17273067--17273222	80	2.0	80	92	1	260	23	28	21	25	1.99
17280310--17280692	46	8.6	46	89	6	574	29	21	15	33	1.94
17280584--17280656	36	2.0	36	97	0	137	26	20	16	36	1.93
17280538--17280692	82	1.9	82	97	0	292	29	21	13	35	1.92
17283894--17283929	18	1.9	19	88	5	56	2	0	25	72	0.98
17292680--17292728	24	2.0	24	92	0	80	42	14	2	40	1.57
17298225--17298322	41	2.4	41	85	0	124	33	26	21	18	1.96
17298300--17298338	16	2.4	16	91	0	60	30	25	25	17	1.97
17302972--17303128	41	3.8	41	82	0	188	19	17	26	36	1.94
17303904--17303940	18	2.1	17	90	5	56	35	0	13	51	1.41
17303932--17304337	69	5.9	69	92	0	605	25	9	19	45	1.80
17306064--17306103	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17306052--17306118	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
17306087--17306126	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
17314679--17314923	123	2.0	123	91	1	393	36	28	19	16	1.93
17314678--17314926	41	6.1	41	88	0	356	35	28	18	16	1.93
17347836--17347871	18	2.1	17	89	5	54	72	0	2	25	0.98
17349011--17349051	13	3.2	13	89	6	66	51	0	9	39	1.35
17349014--17349051	12	3.1	12	92	3	58	52	0	10	36	1.36
17349532--17349571	4	9.8	4	84	15	55	72	0	5	22	1.04
17349534--17349570	13	2.9	13	84	15	51	70	0	5	24	1.08
17353210--17353380	48	3.4	48	71	13	164	49	2	1	47	1.22
17353279--17353323	18	2.3	20	81	18	67	40	0	0	60	0.97
17353287--17353321	18	1.9	18	100	0	70	42	0	0	57	0.99
17353249--17353406	48	3.1	49	68	16	135	48	1	0	49	1.13
17353222--17353407	103	1.8	101	95	3	284	48	2	1	47	1.20
17355161--17355260	28	3.5	27	76	6	92	19	17	17	47	1.84
17355160--17355274	58	2.1	53	81	13	137	17	17	17	47	1.83
17381446--17381505	26	2.3	26	91	0	93	33	13	28	25	1.93
17382939--17383105	93	1.8	91	82	11	218	38	19	7	34	1.80
17383062--17383207	71	2.1	72	85	2	197	38	15	6	39	1.73
17383044--17383225	71	2.6	69	78	10	181	35	17	5	41	1.72
17386496--17386550	21	2.6	21	91	0	92	21	9	40	29	1.84
17386812--17386886	22	3.3	22	88	7	98	49	5	0	45	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17403713--17403790	40	2.0	40	84	0	102	44	1	21	32	1.60
17406703--17406737	5	7.0	5	100	0	70	80	0	0	20	0.72
17407582--17407701	25	4.8	25	74	10	84	27	22	20	30	1.98
17407584--17407697	50	2.3	50	79	8	133	26	21	21	30	1.98
17418222--17418255	12	2.8	12	95	4	59	32	2	0	64	1.08
17419714--17419794	24	3.6	24	69	24	68	17	34	0	48	1.48
17420318--17420364	24	1.9	26	87	12	73	42	2	8	46	1.46
17421607--17421652	20	2.3	20	85	7	58	50	6	0	43	1.28
17425118--17425363	45	5.5	45	84	1	185	21	25	15	37	1.92
17427752--17427788	6	6.2	6	93	0	65	48	32	0	18	1.49
17428089--17428152	9	7.1	9	81	0	65	25	31	0	43	1.55
17434211--17434250	20	2.0	20	90	0	62	75	2	5	17	1.10
17436102--17436289	51	3.7	49	80	10	200	25	17	26	31	1.97
17436294--17436386	45	2.1	45	93	0	159	25	19	23	31	1.98
17436432--17436475	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
17438801--17438847	15	3.1	15	79	14	60	27	2	2	68	1.13
17438879--17438940	26	2.3	27	83	2	81	24	4	11	59	1.51
17438926--17438965	15	2.6	15	88	4	53	37	0	0	62	0.95
17439472--17439516	17	2.6	17	85	3	54	22	4	13	60	1.51
17446318--17447073	51	15.6	51	75	12	657	28	16	24	30	1.97
17446318--17447065	97	7.8	96	80	6	762	28	16	24	30	1.97
17446844--17446924	40	2.0	40	85	2	108	24	14	28	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17446318--17447073	386	2.0	387	85	2	1018	28	16	24	30	1.97
17447116--17447438	142	2.3	142	86	1	439	28	18	24	27	1.98
17447598--17447634	15	2.4	16	82	13	51	75	2	2	18	1.04
17447601--17447640	20	2.0	20	90	0	62	75	2	5	17	1.10
17448973--17449034	26	2.3	28	78	10	76	24	6	8	61	1.48
17449020--17449059	16	2.6	15	88	11	55	35	0	0	65	0.93
17452352--17452435	36	2.3	36	87	0	132	45	27	9	17	1.80
17463233--17463265	14	2.2	16	89	10	52	30	0	30	39	1.57
17467269--17467309	22	1.9	21	85	5	55	21	2	24	51	1.60
17469915--17469949	18	1.9	18	88	0	52	40	0	2	57	1.14
17482899--17483148	131	1.9	131	85	3	342	38	12	16	31	1.87
17485677--17485861	40	4.7	40	80	6	207	24	22	27	25	2.00
17485730--17485894	79	2.1	79	80	6	183	26	20	26	26	1.99
17488650--17488705	20	2.6	22	86	11	80	33	0	3	62	1.12
17488625--17488716	20	3.9	23	75	20	75	35	2	4	57	1.31
17500966--17501562	132	4.6	132	89	3	951	30	21	23	24	1.99
17502921--17502969	21	2.3	21	80	16	57	22	2	0	75	0.90
17503036--17503083	21	2.2	21	85	3	60	31	2	4	62	1.26
17503393--17503432	13	3.0	14	79	20	50	15	5	7	72	1.24
17503438--17503470	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
17507421--17507480	13	4.5	13	74	15	59	51	5	1	41	1.33
17507421--17507480	26	2.2	28	88	11	90	51	5	1	41	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17509372--17509453	21	3.9	21	73	6	76	24	35	18	21	1.96
17509363--17509456	42	2.2	42	88	3	145	23	36	21	19	1.95
17512433--17513924	743	2.0	743	92	0	2450	25	16	25	32	1.96
17516731--17516880	37	4.1	37	92	0	246	26	32	19	21	1.97
17517073--17517148	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
17516999--17517367	49	7.7	47	92	2	535	28	29	9	32	1.88
17521094--17521124	12	2.6	12	100	0	62	19	12	19	48	1.81
17522714--17522796	25	3.3	25	77	0	94	34	21	16	26	1.95
17528674--17528723	17	3.0	17	75	13	59	26	28	6	40	1.79
17533897--17534009	55	2.1	55	96	0	208	30	15	12	41	1.83
17535723--17535768	23	2.0	23	82	4	56	50	2	2	45	1.26
17540586--17540660	39	1.9	39	97	0	141	26	9	17	46	1.78
17540594--17540673	39	2.1	38	84	6	101	32	6	17	43	1.74
17544276--17544327	27	1.9	27	84	0	68	32	34	13	19	1.90
17545745--17545940	39	5.0	39	80	0	194	42	20	6	30	1.77
17545742--17545940	78	2.6	78	85	1	247	41	20	6	31	1.77
17547790--17547825	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
17552013--17552057	23	1.9	24	86	13	67	13	15	6	64	1.47
17556275--17556493	30	7.4	30	81	6	241	25	26	12	35	1.91
17561555--17561582	10	2.8	10	100	0	56	32	10	7	50	1.64
17562016--17562124	29	3.7	29	75	1	101	24	28	9	37	1.86
17571482--17571520	18	2.3	16	86	8	51	69	5	5	20	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17571504--17571543	20	2.0	21	85	5	55	75	2	12	10	1.15
17577081--17577145	25	2.6	25	85	0	85	27	23	18	30	1.97
17588800--17588965	40	4.2	40	92	0	253	24	19	29	26	1.99
17588821--17589002	79	2.3	80	81	3	208	25	20	28	25	1.99
17590580--17590653	31	2.4	29	84	10	85	33	17	6	41	1.76
17590593--17590653	31	1.9	32	93	3	106	34	19	6	39	1.78
17592008--17592199	50	3.8	51	80	4	185	21	30	22	25	1.99
17592008--17592199	100	1.9	101	88	5	291	21	30	22	25	1.99
17593419--17593486	28	2.4	28	92	5	109	30	20	23	25	1.98
17593852--17594275	27	15.8	27	79	8	300	21	19	16	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214