genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  63  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17975625--17975662	20	1.9	19	89	5	58	34	5	0	60	1.19
17986192--17986457	142	1.9	143	87	3	392	28	22	21	27	1.99
17991221--17991497	141	2.0	140	82	7	337	29	21	19	29	1.98
17997775--17997851	38	2.0	38	100	0	154	25	20	27	25	1.99
17998809--17998852	22	2.0	22	100	0	88	50	18	13	18	1.79
18014565--18014591	13	2.1	13	100	0	54	22	37	33	7	1.82
18023152--18023207	19	2.8	20	81	2	60	26	1	8	62	1.35
18023181--18023231	22	2.3	21	78	15	50	37	3	5	52	1.44
18023320--18023349	14	2.1	15	93	6	53	26	3	0	70	1.03
18023266--18023399	9	14.9	9	68	16	55	29	2	3	64	1.26
18023349--18023385	19	1.9	19	94	0	65	21	5	5	67	1.31
18027806--18028048	101	2.4	100	83	6	303	26	16	25	31	1.96
18027807--18028040	51	4.6	50	79	6	231	26	16	25	32	1.96
18027807--18028077	101	2.7	101	80	7	291	28	14	25	32	1.95
18036584--18036625	13	3.2	13	78	15	50	42	21	2	33	1.66
18046342--18046404	31	2.0	31	93	6	110	38	15	26	19	1.92
18049072--18049104	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
18052140--18052254	61	1.9	61	85	0	158	48	6	4	40	1.48
18052199--18052292	37	2.5	36	83	6	107	52	3	5	39	1.40
18071334--18071394	30	2.0	30	96	0	113	49	16	11	22	1.78
18079190--18079268	40	2.0	40	100	0	158	30	2	18	48	1.62
18082411--18082504	45	2.1	45	91	0	152	31	24	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18082506--18082696	51	3.8	50	81	5	224	32	27	15	24	1.95
18082508--18082692	101	1.8	101	88	3	282	32	27	16	24	1.96
18099035--18099238	27	7.6	27	86	3	277	33	16	13	36	1.88
18102291--18102369	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
18102488--18102851	49	7.6	49	90	3	546	28	30	8	32	1.87
18102488--18102851	96	3.8	95	91	2	559	28	30	8	32	1.87
18104538--18104562	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
18107112--18107152	21	2.0	21	85	0	55	68	2	9	19	1.29
18108715--18108859	60	2.4	59	80	7	175	37	4	15	42	1.69
18108715--18108847	61	2.2	62	85	7	177	36	4	15	42	1.68
18114818--18114923	27	3.9	27	89	7	153	44	20	15	19	1.87
18123578--18123676	26	3.8	26	75	1	83	33	17	9	40	1.81
18123822--18123851	12	2.5	12	94	0	51	16	26	0	56	1.40
18125910--18125962	26	2.1	24	93	6	88	32	7	5	54	1.52
18125919--18125972	26	2.2	25	83	6	65	42	9	5	42	1.60
18126621--18126650	13	2.2	14	94	5	53	46	13	10	30	1.75
18137814--18138005	25	7.9	25	71	10	114	33	21	26	18	1.96
18140346--18140434	43	2.1	43	85	4	117	25	12	23	38	1.90
18140730--18140857	66	1.9	66	85	3	177	12	25	18	42	1.86
18153788--18153972	79	2.3	81	82	7	227	25	27	22	24	2.00
18153788--18153972	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
18161761--18161945	40	4.7	40	80	7	207	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18169596--18169620	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
18172870--18172938	30	2.3	30	92	0	120	23	37	21	17	1.94
18174069--18174182	25	4.6	25	76	10	99	30	23	22	22	1.99
18174069--18174176	50	2.2	50	87	0	153	31	24	21	23	1.98
18174320--18174432	25	4.5	25	74	12	115	30	22	23	23	1.99
18174320--18174432	50	2.3	50	86	6	165	30	22	23	23	1.99
18174078--18174558	248	1.9	248	90	1	768	31	22	19	26	1.98
18187877--18188118	50	4.8	49	80	4	225	23	27	21	27	1.99
18190575--18190622	10	4.6	10	82	10	51	35	2	4	58	1.29
18204433--18204520	36	2.6	34	87	7	124	36	38	11	13	1.81
18206650--18206690	22	1.9	21	85	5	55	53	2	14	29	1.54
18207516--18207999	82	5.9	82	80	5	473	21	18	22	36	1.95
18207532--18208026	123	4.0	123	82	6	520	22	17	22	37	1.94
18207516--18208002	41	11.9	41	78	7	413	21	18	22	36	1.95
18207520--18207992	203	2.3	203	83	5	526	21	18	22	36	1.95
18212236--18212325	41	2.2	41	97	0	171	50	6	23	20	1.71
18223523--18223566	17	2.5	17	82	10	54	50	2	15	31	1.57
18228986--18229041	26	2.4	22	76	23	69	66	8	3	21	1.35
18228996--18229059	26	2.5	26	92	5	103	67	7	3	21	1.31
18230723--18230766	22	2.0	22	100	0	88	18	18	22	40	1.91
18231770--18231831	29	2.1	29	96	0	115	19	3	22	54	1.58
18234869--18234926	23	2.5	23	94	0	98	27	10	25	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18252524--18252568	16	2.8	16	96	0	81	24	28	4	42	1.74
18255142--18255166	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
18255923--18256038	44	2.6	44	76	12	121	27	25	17	30	1.97
18256616--18256871	44	5.8	44	87	1	325	29	21	18	30	1.97
18256617--18256855	132	1.8	132	88	1	372	30	21	17	30	1.96
18256887--18257076	88	2.2	88	87	1	265	20	25	25	28	1.99
18262838--18262868	11	2.9	11	95	4	55	74	0	0	25	0.82
18263322--18263370	25	2.0	23	88	7	71	63	4	4	28	1.31
18268666--18268777	50	2.2	50	80	0	116	36	18	22	22	1.95
18268666--18268748	25	3.3	25	78	6	87	36	19	24	20	1.95
18271995--18272030	7	5.1	7	96	0	54	0	50	0	50	1.00
18272779--18272935	27	5.8	27	83	3	172	42	21	17	18	1.89
18272768--18272935	54	3.1	53	82	3	192	44	21	16	17	1.87
18272778--18272940	81	2.0	81	85	0	218	43	21	16	18	1.88
18275278--18275322	22	2.0	22	100	0	90	35	8	26	28	1.87
18277557--18277888	27	12.3	27	81	4	294	44	20	16	18	1.87
18277772--18277912	27	5.2	27	75	10	101	43	18	16	21	1.87
18278063--18278130	26	2.6	26	95	0	118	17	23	22	36	1.94
18280982--18281029	25	1.9	25	91	8	80	29	20	20	29	1.98
18280986--18281046	25	2.4	25	78	10	70	29	21	24	24	1.99
18298879--18298943	27	2.4	27	89	0	94	43	9	10	36	1.72
18302967--18303025	27	2.2	27	93	0	100	30	18	20	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18302978--18303055	27	2.9	27	86	3	95	32	14	24	29	1.94
18307421--18307497	13	5.9	13	82	0	91	31	6	24	37	1.81
18307722--18307782	19	3.1	19	81	9	70	50	0	1	47	1.10
18309545--18309719	72	2.4	73	78	10	189	54	12	8	25	1.65
18310127--18310174	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
18311185--18311221	15	2.5	15	100	0	74	43	0	5	51	1.24
18311068--18311482	132	3.3	129	86	11	624	36	7	6	49	1.57
18311151--18311477	116	2.7	117	88	8	458	36	7	6	50	1.56
18311301--18311337	15	2.5	15	100	0	74	43	0	5	51	1.24
18311433--18311469	15	2.5	15	95	0	65	43	0	2	54	1.14
18313489--18313528	19	2.1	19	85	0	53	47	15	30	7	1.72
18314823--18314932	27	4.1	27	77	8	109	37	10	22	30	1.87
18314824--18314976	27	5.7	27	71	7	98	34	10	24	30	1.89
18314822--18314976	54	2.9	54	80	8	147	35	10	24	29	1.89
18317835--18317859	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
18319591--18319625	15	2.3	15	90	0	52	17	0	0	82	0.66
18319571--18319642	30	2.4	31	81	11	78	18	2	2	76	1.03
18319698--18319744	17	2.7	17	81	15	60	29	0	4	65	1.11
18319701--18319746	18	2.5	17	83	13	56	30	0	4	65	1.12
18324223--18324324	54	1.9	53	84	9	138	28	26	0	45	1.54
18326382--18326434	21	2.3	24	75	18	60	49	1	0	49	1.12
18327283--18327385	50	2.0	52	88	7	158	42	1	6	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18328963--18329355	63	6.2	63	84	2	366	33	31	6	28	1.82
18328963--18329355	189	2.1	188	80	8	431	33	31	6	28	1.82
18330599--18330651	24	2.2	24	82	0	61	22	11	13	52	1.71
18330785--18330834	24	2.1	23	85	3	64	62	24	6	8	1.46
18332164--18332204	14	2.7	15	88	11	57	51	4	2	41	1.36
18332258--18332311	20	2.9	19	75	20	60	55	1	1	40	1.21
18332258--18332359	37	2.7	38	77	16	108	52	2	2	41	1.31
18333963--18333993	16	1.9	16	93	0	53	70	6	12	9	1.31
18347951--18347997	20	2.5	18	80	13	51	61	10	19	8	1.53
18353757--18353798	16	2.6	17	77	11	52	26	4	2	66	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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