genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  87  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24757579--24757630	22	2.4	22	83	3	61	30	42	0	26	1.56
24757711--24757760	22	2.3	22	92	0	82	28	42	2	28	1.67
24763655--24763815	69	2.3	69	84	2	216	36	16	24	22	1.94
24764837--24764901	33	2.0	33	96	0	121	24	4	12	58	1.53
24766548--24766602	25	2.2	26	87	9	78	50	1	10	36	1.48
24766548--24766611	25	2.5	24	85	12	76	50	1	10	37	1.47
24767049--24767115	25	2.6	25	81	13	82	74	1	7	16	1.11
24770820--24771062	50	4.8	50	90	0	369	21	32	21	24	1.98
24773479--24773511	9	3.7	9	88	11	50	24	0	0	75	0.80
24773477--24773717	28	9.6	24	68	21	113	29	3	2	64	1.24
24773482--24773567	14	6.3	14	66	20	56	26	4	1	67	1.17
24773498--24773737	26	9.4	26	72	15	169	29	3	3	63	1.28
24773476--24773737	54	5.2	50	74	17	220	29	3	3	64	1.25
24773620--24773699	24	3.4	22	70	21	56	25	2	6	66	1.28
24773678--24773737	27	2.3	26	85	8	77	28	0	6	65	1.18
24776680--24777534	44	18.9	44	72	8	216	31	19	20	28	1.97
24776682--24777531	88	9.4	89	71	10	292	31	19	20	28	1.97
24777043--24777532	44	10.9	45	72	8	248	32	20	19	27	1.97
24777316--24777563	44	5.6	43	80	8	223	31	20	19	27	1.97
24777319--24777559	132	1.8	132	82	7	310	31	20	19	28	1.97
24779127--24779314	54	3.6	51	76	13	172	30	5	2	61	1.32
24779127--24779314	26	7.2	26	75	14	140	30	5	2	61	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24779311--24779372	25	2.4	25	83	2	79	25	1	4	67	1.19
24779321--24779446	45	2.9	42	80	8	128	28	2	3	65	1.23
24780458--24780500	6	7.2	6	94	0	50	58	0	25	16	1.38
24780459--24780500	18	2.3	18	87	0	66	57	0	26	16	1.40
24780650--24780712	27	2.4	27	86	2	83	46	12	9	31	1.74
24782084--24782108	7	3.6	7	100	0	50	76	12	0	12	1.04
24784932--24785001	20	3.5	20	74	16	63	25	25	11	37	1.90
24785093--24785150	28	2.1	28	83	0	71	34	5	10	50	1.59
24786382--24786412	12	2.6	12	100	0	62	74	0	6	19	1.03
24791672--24791714	11	4.2	10	80	14	52	23	23	11	41	1.87
24791642--24791710	20	3.4	19	79	16	68	24	27	11	36	1.90
24791802--24791859	28	2.1	28	83	0	71	34	5	10	50	1.59
24794113--24794144	14	2.3	15	89	10	50	37	9	12	40	1.75
24797526--24797570	22	2.1	21	84	12	56	37	2	2	57	1.23
24798826--24798881	3	19.0	3	96	3	105	0	33	0	66	0.92
24799252--24799312	30	2.0	30	100	0	122	37	9	13	39	1.77
24802861--24803330	235	2.0	235	99	0	922	33	18	17	31	1.94
24805205--24805238	18	1.9	17	88	5	50	58	2	26	11	1.47
24809845--24809887	18	2.5	17	85	7	59	30	0	23	46	1.52
24809856--24809891	18	2.0	18	100	0	72	22	0	22	55	1.44
24826833--24828564	736	2.4	733	91	1	2736	35	16	19	28	1.93
24829878--24829916	19	2.1	19	95	0	69	48	25	0	25	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24830518--24830663	75	1.9	75	81	2	177	46	13	13	26	1.80
24830411--24830931	268	1.9	268	99	0	1024	46	13	12	27	1.79
24853556--24853818	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
24861504--24861703	39	5.3	39	86	7	234	28	29	19	23	1.98
24873604--24873827	40	5.7	40	86	5	269	26	27	21	24	2.00
24873604--24873827	79	2.8	79	85	6	276	26	27	21	24	2.00
24874952--24875071	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
24876203--24876235	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
24879344--24879606	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
24887290--24887552	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
24896073--24898268	889	2.5	889	89	2	3250	35	10	16	37	1.83
24898335--24898365	15	2.1	15	93	0	53	58	16	6	19	1.59
24901693--24901739	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
24907726--24907766	20	2.0	20	100	0	82	19	19	31	29	1.96
24908804--24909204	143	2.8	143	87	3	558	30	18	22	27	1.98
24908804--24909258	143	3.2	140	81	6	492	30	18	22	28	1.97
24909529--24909568	12	3.3	12	83	13	55	77	10	0	12	0.99
24927020--24927197	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24927041--24927196	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24934162--24934339	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24934183--24934338	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24938056--24938092	17	2.2	17	86	13	51	72	0	24	2	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24938603--24938632	15	2.0	15	100	0	60	13	20	20	46	1.83
24940041--24940176	47	2.9	48	85	4	170	32	13	14	38	1.86
24947390--24947438	25	2.0	24	84	11	64	36	2	2	59	1.21
24948149--24948206	22	2.7	21	84	7	71	34	3	18	43	1.68
24975225--24975289	27	2.4	27	89	5	96	30	7	0	61	1.24
24975232--24975289	26	2.2	26	90	3	89	31	6	0	62	1.22
24975232--24975299	26	2.6	26	86	4	75	33	5	0	60	1.21
24976123--24976199	30	2.5	31	75	12	88	27	19	15	37	1.92
24977147--24977191	18	2.7	16	83	16	56	55	35	2	6	1.38
24978723--24978801	29	2.8	28	80	3	77	31	6	2	59	1.36
24982953--24982990	9	4.4	9	83	12	53	78	7	2	10	1.04
24982955--24982990	16	2.2	16	95	0	63	77	8	2	11	1.08
24983002--24983040	6	6.8	6	85	8	55	82	0	15	2	0.79
24982978--24983041	27	2.3	27	78	2	65	75	0	17	7	1.04
24985376--24985511	44	3.1	43	68	10	121	31	16	23	28	1.96
24985311--24986065	45	17.0	45	63	8	231	29	17	25	27	1.98
24985285--24986339	89	11.9	89	84	1	1075	28	19	25	26	1.99
24985285--24986266	177	5.5	177	88	1	1225	28	19	25	26	1.99
24985271--24986176	266	3.4	266	83	2	1122	28	19	25	27	1.99
24986034--24986248	44	4.8	45	67	10	145	24	24	25	25	2.00
24986058--24986280	45	5.0	44	67	9	155	25	26	25	23	2.00
24986027--24986363	179	1.9	178	86	1	487	26	24	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24988388--24988414	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
24988437--24988534	29	3.5	27	76	13	92	32	8	1	58	1.34
24989969--24990023	20	2.8	20	80	0	65	27	34	7	30	1.84
24992308--24992941	47	13.4	47	93	1	1052	32	8	29	29	1.87
24992308--24992941	284	2.2	284	95	0	1128	32	8	29	29	1.87
24993060--24993138	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
24998640--24998686	15	3.1	16	82	17	64	17	46	0	36	1.48
24998651--24998692	19	2.2	19	86	0	57	14	47	0	38	1.44
25007685--25007881	56	3.8	50	79	12	195	25	21	29	23	1.99
25012270--25012404	49	2.7	50	84	5	168	22	24	21	31	1.98
25012257--25012404	25	6.0	25	70	14	101	22	23	21	32	1.98
25014931--25014969	20	2.0	20	94	0	69	33	15	25	25	1.95
25014974--25015012	19	2.0	20	95	5	71	41	15	30	12	1.85
25017455--25017494	21	2.0	21	90	5	64	20	12	2	65	1.38
25018958--25019061	50	2.0	52	83	3	131	18	19	35	26	1.95
25021980--25022037	23	2.5	23	82	0	80	43	27	13	15	1.85
25025660--25025755	43	2.2	43	83	1	111	19	30	32	17	1.95
25028798--25028969	43	4.0	43	78	6	168	20	34	27	17	1.95
25028920--25029415	85	5.8	85	75	3	424	19	32	30	17	1.95
25028932--25029416	255	1.9	256	82	3	618	19	31	30	18	1.96
25029151--25029739	298	2.0	298	81	5	708	19	30	30	19	1.96
25028992--25029523	255	2.1	254	77	6	540	19	31	30	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25029321--25029569	128	1.9	128	83	1	320	19	30	30	19	1.96
25029411--25030222	85	9.5	85	79	2	779	18	31	30	19	1.96
25029465--25030209	42	17.5	42	70	9	235	18	31	31	19	1.95
25030488--25030782	43	6.9	42	85	3	349	21	32	27	18	1.97
25030488--25030782	85	3.5	84	84	3	367	21	32	27	18	1.97
25034718--25036185	85	17.2	85	74	7	700	18	32	30	18	1.95
25035017--25036317	213	6.1	211	78	4	1107	18	32	30	18	1.95
25034931--25036365	128	11.2	127	73	8	601	18	32	30	18	1.95
25034847--25036372	298	5.1	294	78	5	967	18	32	30	18	1.95
25035613--25036354	42	17.5	42	73	10	202	17	32	30	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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