genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   

This is table  203  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59618636--59618838	46	4.3	48	88	7	274	35	14	22	28	1.93
59618570--59618838	98	2.7	98	94	0	466	34	14	22	28	1.93
59618802--59618947	37	4.0	37	91	1	233	37	16	21	24	1.93
59620158--59620340	37	5.0	37	94	1	307	24	21	16	37	1.94
59620304--59620618	52	6.2	52	81	9	384	28	22	14	34	1.93
59620354--59620624	46	5.7	46	81	10	328	28	22	14	34	1.93
59620303--59620624	98	3.3	98	95	0	554	28	22	14	34	1.93
59621473--59621612	37	3.8	37	95	0	235	38	12	21	27	1.90
59621574--59621697	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
59624101--59624421	46	7.5	44	82	15	215	35	14	22	26	1.94
59624108--59624310	46	4.3	48	88	7	274	35	14	22	28	1.93
59624042--59624310	98	2.7	98	94	0	466	34	14	22	28	1.93
59624274--59624419	37	4.0	37	93	1	251	36	16	22	24	1.94
59625673--59625816	49	2.9	49	92	1	225	23	13	29	32	1.94
59629004--59629206	46	4.3	48	88	7	274	35	14	22	28	1.93
59628938--59629206	98	2.7	98	94	0	466	34	14	22	28	1.93
59629170--59629342	37	5.0	37	82	14	226	36	16	21	25	1.94
59629199--59629254	27	2.1	27	100	0	112	33	17	19	28	1.95
59629170--59629291	64	1.9	64	98	0	235	36	18	18	26	1.94
59634531--59634674	49	2.9	49	92	1	225	23	13	29	32	1.94
59636272--59636526	46	5.3	46	80	13	246	34	14	22	28	1.93
59636213--59636509	52	5.9	51	80	9	353	34	14	22	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59636206--59636527	98	3.3	98	94	0	545	34	13	22	28	1.93
59636490--59636672	37	5.0	37	94	1	307	37	16	21	24	1.94
59643003--59643264	46	5.5	46	75	20	200	34	14	22	28	1.93
59642958--59643264	52	6.1	51	82	10	382	34	14	22	28	1.93
59642944--59643265	98	3.3	98	95	0	554	34	14	22	28	1.93
59643228--59643410	37	5.0	37	94	1	307	37	16	21	24	1.94
59644331--59644587	37	7.0	37	92	0	419	24	22	15	37	1.93
59644331--59644587	111	2.3	111	97	1	482	24	22	15	37	1.93
59644551--59644917	46	7.6	46	83	10	437	29	22	13	34	1.92
59644594--59644911	52	6.3	52	85	9	444	29	22	12	35	1.91
59644562--59644917	98	3.6	98	94	0	595	29	21	13	34	1.92
59645279--59645387	37	3.0	37	94	1	193	24	21	16	37	1.93
59645394--59645427	7	4.7	7	88	3	50	26	26	5	41	1.78
59645351--59645657	52	6.1	51	84	7	373	29	22	13	34	1.92
59645350--59645671	98	3.3	97	82	10	411	29	22	13	34	1.92
59651024--59651147	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
59651024--59651221	37	4.8	45	84	10	207	26	21	16	35	1.94
59651110--59651248	37	3.8	37	95	0	233	25	21	13	38	1.90
59653619--59653775	46	3.3	46	83	10	206	35	13	22	28	1.92
59653657--59653775	52	2.2	52	91	2	184	36	14	23	26	1.93
59653739--59653921	37	5.0	37	94	1	307	37	16	21	24	1.94
59655072--59655223	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59655140--59655408	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
59655183--59655402	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
59655140--59655408	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
59658946--59659069	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
59658946--59659143	37	4.8	45	84	10	207	26	21	16	35	1.94
59659032--59659166	37	3.6	37	94	0	225	25	21	13	40	1.89
59664392--59664510	58	2.0	59	96	1	222	24	13	30	31	1.93
59664452--59664594	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94
59666363--59666617	46	5.3	46	84	10	214	35	14	22	27	1.93
59666311--59666617	52	6.1	51	84	10	409	34	14	22	28	1.93
59666297--59666617	98	3.3	98	96	0	579	34	14	22	28	1.94
59666580--59666726	37	4.0	37	92	1	235	36	15	22	25	1.93
59667726--59667857	39	3.4	38	85	8	176	61	0	3	35	1.12
59667736--59667840	10	10.5	10	76	12	65	57	0	3	39	1.17
59667768--59667830	28	2.2	30	80	8	76	60	0	3	36	1.13
59668229--59668296	25	2.7	25	83	0	82	29	17	22	30	1.97
59670523--59670574	26	2.0	26	88	0	77	28	17	17	36	1.92
59671360--59671384	11	2.3	11	100	0	50	32	0	32	36	1.58
59675055--59675199	71	2.0	72	96	4	267	25	13	19	41	1.88
59689777--59689900	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
59689777--59689974	37	4.8	45	84	10	207	26	21	16	35	1.94
59689863--59690001	37	3.8	37	95	0	233	25	21	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59695209--59695327	58	2.0	59	96	1	222	24	13	30	31	1.93
59695269--59695411	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94
59697183--59697437	46	5.3	46	84	10	214	35	14	22	27	1.93
59697131--59697437	52	6.1	51	84	10	409	34	14	22	28	1.93
59697117--59697437	98	3.3	98	96	0	579	34	14	22	28	1.94
59697400--59697546	37	4.0	37	92	1	235	36	15	22	25	1.93
59698546--59698677	39	3.4	38	85	8	176	61	0	3	35	1.12
59698556--59698660	10	10.5	10	76	12	65	57	0	3	39	1.17
59698588--59698650	28	2.2	30	80	8	76	60	0	3	36	1.13
59699053--59699120	25	2.7	25	83	0	82	29	17	22	30	1.97
59701355--59701407	27	2.0	27	88	0	79	28	16	16	37	1.91
59702197--59702221	11	2.3	11	100	0	50	32	0	32	36	1.58
59705909--59706056	73	2.0	73	100	0	296	25	13	18	41	1.87
59717544--59717590	18	2.6	18	86	0	67	42	0	25	31	1.55
59724397--59724465	33	2.1	34	97	2	131	43	21	8	26	1.81
59728476--59728670	26	7.8	26	69	16	108	39	23	19	17	1.92
59739764--59739822	30	2.0	30	87	9	77	30	1	15	52	1.52
59744551--59744595	19	2.4	19	81	7	56	6	22	33	37	1.80
59748280--59748307	3	9.3	3	100	0	56	35	32	0	32	1.58
59753028--59753067	21	2.0	20	90	5	62	30	10	5	55	1.54
59753098--59753146	27	1.9	24	88	12	71	67	0	2	30	1.02
59756280--59756377	52	1.9	51	81	6	117	50	3	2	44	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59756609--59756633	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
59757330--59757376	22	2.1	22	84	7	60	55	19	14	10	1.68
59757976--59758041	21	3.2	21	61	26	50	39	1	10	48	1.47
59757959--59758086	41	3.1	41	95	0	229	44	2	10	42	1.51
59763560--59763593	18	2.0	17	88	11	52	35	35	14	14	1.87
59773717--59773779	29	2.2	29	86	5	85	6	25	3	65	1.32
59773730--59773790	17	3.9	16	70	22	58	4	29	1	63	1.24
59773731--59773792	29	2.1	29	87	0	88	4	29	1	64	1.23
59777388--59777422	17	2.1	17	94	0	61	54	2	5	37	1.39
59777854--59777911	3	19.3	3	82	7	73	62	1	5	31	1.27
59779609--59779970	43	8.5	43	71	12	164	26	21	20	30	1.98
59779597--59779972	87	4.4	83	77	12	338	26	21	20	31	1.98
59779633--59780015	46	8.8	45	72	12	236	26	20	21	31	1.98
59793595--59793627	15	2.1	16	94	5	59	39	6	0	54	1.25
59794066--59794090	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
59794373--59794426	27	2.0	28	82	10	67	48	3	11	37	1.57
59797536--59797648	57	2.0	58	86	10	162	53	14	0	31	1.41
59802211--59802316	55	1.9	56	88	5	162	31	7	13	48	1.70
59810132--59810168	6	6.5	6	93	6	60	0	0	81	18	0.70
59810134--59810173	11	3.6	11	87	9	55	2	0	80	17	0.83
59823187--59823253	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
59829685--59829731	25	2.0	24	83	8	60	46	0	4	48	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59852213--59852336	62	2.0	62	95	0	221	39	20	16	22	1.92
59852641--59852714	20	3.7	21	70	13	57	59	4	4	32	1.35
59852642--59852717	40	1.9	40	86	5	109	56	5	3	34	1.40
59854081--59854126	24	1.9	24	90	0	74	28	4	2	65	1.23
59855123--59855147	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
59855471--59855496	12	2.2	12	100	0	52	0	7	7	84	0.77
59877664--59877720	29	1.9	30	86	10	82	40	5	0	54	1.23
59877668--59877711	21	2.1	21	84	16	56	43	6	0	50	1.29
59877691--59877729	18	2.1	19	86	13	55	43	5	0	51	1.24
59877683--59877732	18	2.5	21	72	27	54	46	4	0	50	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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