genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  86  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24475893--24476027	50	2.7	49	80	4	137	22	30	20	25	1.99
24481384--24481410	13	2.1	13	100	0	54	29	22	33	14	1.94
24491398--24491451	20	2.8	20	80	8	67	81	9	9	0	0.88
24491854--24491990	42	3.3	42	88	2	195	21	17	21	39	1.92
24492888--24493056	53	3.2	53	67	11	155	39	4	12	43	1.63
24492881--24493096	107	2.0	107	90	6	339	43	3	13	39	1.62
24492890--24493056	54	3.1	54	67	10	153	38	4	11	44	1.63
24493333--24493390	21	2.7	21	79	10	64	34	5	13	46	1.66
24492960--24493378	160	2.7	153	84	6	531	43	4	11	40	1.61
24499474--24499560	20	4.3	20	73	17	56	8	32	2	57	1.40
24500504--24500554	22	2.4	21	83	9	59	25	7	1	64	1.31
24512674--24512886	110	1.9	111	81	4	261	42	10	5	40	1.63
24519236--24519281	16	2.9	15	87	6	56	32	4	8	54	1.51
24522286--24522338	20	2.6	20	76	8	54	50	9	18	20	1.74
24523071--24523312	20	12.2	20	76	12	164	57	4	16	21	1.58
24523035--24523094	30	2.1	30	87	12	90	65	5	11	18	1.43
24523002--24523132	68	1.9	67	81	7	158	57	7	15	19	1.62
24523071--24523280	61	3.6	58	73	10	165	57	5	16	21	1.59
24523122--24523314	100	1.9	101	84	5	257	58	4	16	21	1.56
24523071--24523301	41	5.8	39	73	7	162	56	5	16	21	1.60
24524485--24524526	9	4.7	9	77	11	50	42	2	2	52	1.27
24525766--24526206	125	3.5	124	92	1	722	32	17	21	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24529248--24529298	16	2.8	19	67	27	56	37	0	11	50	1.39
24529215--24529408	102	1.9	102	94	0	343	39	7	8	44	1.63
24529464--24529523	15	4.2	15	76	20	74	23	1	30	45	1.63
24529476--24529529	27	2.0	27	96	0	99	22	1	35	40	1.65
24529499--24529735	21	11.4	21	92	2	390	24	0	30	43	1.58
24529499--24529735	62	3.8	63	94	3	399	24	0	30	43	1.58
24529476--24529735	41	6.1	42	87	7	366	25	0	30	43	1.60
24529765--24529804	7	5.9	7	83	16	57	52	0	0	47	1.00
24529762--24529804	12	3.3	12	78	15	50	53	0	0	46	1.00
24530976--24531001	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
24532155--24532191	11	3.2	12	88	11	60	51	5	16	27	1.66
24532208--24532268	11	5.5	11	82	5	70	45	3	27	22	1.68
24534175--24534320	62	2.3	63	76	2	161	36	14	21	28	1.92
24534303--24534378	21	3.6	21	77	10	66	36	17	21	25	1.94
24534452--24534531	34	2.4	34	81	8	92	45	13	10	31	1.77
24534475--24534614	34	4.1	34	78	9	117	44	12	10	32	1.76
24535810--24535885	34	2.2	34	95	0	134	34	6	14	44	1.71
24535953--24536101	74	2.0	74	93	0	253	24	4	22	48	1.70
24536042--24536068	10	2.7	10	100	0	54	22	0	22	55	1.44
24549201--24549234	15	2.3	15	90	10	52	38	5	17	38	1.74
24553480--24553656	64	2.8	64	88	6	256	33	8	16	41	1.79
24553775--24554016	41	5.9	41	90	0	376	29	19	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24554191--24554287	34	2.8	36	73	12	92	27	9	20	42	1.83
24562847--24562885	18	2.1	19	90	4	62	53	5	2	38	1.37
24563725--24563772	22	2.2	22	77	3	53	56	4	2	37	1.30
24566616--24566671	25	2.2	26	79	17	73	62	1	1	33	1.16
24566780--24566821	21	2.0	20	86	13	59	21	9	47	21	1.79
24567332--24567373	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
24567434--24567492	30	2.0	30	90	3	93	47	10	8	33	1.68
24570681--24570726	21	2.1	22	84	4	58	67	2	23	6	1.25
24575574--24575629	29	1.9	29	96	0	103	16	14	25	44	1.84
24589435--24589725	50	5.7	50	80	2	287	20	28	23	27	1.99
24593593--24593641	10	4.8	10	79	20	57	61	6	2	30	1.32
24594649--24594701	26	2.0	26	85	0	70	32	20	7	39	1.81
24600497--24600527	14	2.2	14	94	0	53	45	6	3	45	1.45
24601620--24601659	18	2.2	18	90	0	62	42	5	15	37	1.68
24603603--24603657	28	2.0	28	88	0	83	29	23	25	21	1.99
24604061--24604229	27	6.2	28	78	6	138	20	17	18	43	1.88
24604079--24604229	81	1.9	81	88	2	232	19	16	19	44	1.87
24604061--24604229	54	3.1	53	83	5	205	20	17	18	43	1.88
24604907--24604948	20	2.2	18	87	8	57	54	0	42	2	1.13
24616124--24616159	9	4.0	9	88	0	54	47	19	8	25	1.77
24616121--24616158	18	2.1	18	95	0	67	50	15	7	26	1.72
24626743--24626863	30	4.1	28	77	9	116	28	24	24	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24626972--24627072	26	3.9	26	81	0	130	39	22	20	16	1.92
24626964--24627069	52	2.0	52	87	3	151	39	23	19	16	1.92
24627254--24627501	27	9.3	27	81	5	256	22	16	17	43	1.87
24627254--24627462	80	2.6	81	84	5	273	22	15	17	44	1.86
24627256--24627501	107	2.3	106	83	6	302	21	16	17	43	1.87
24631659--24631698	20	2.0	21	85	5	55	55	5	0	40	1.22
24631962--24632001	20	2.0	21	85	5	55	55	5	0	40	1.22
24634319--24634410	45	2.0	45	100	0	184	38	17	8	35	1.81
24634882--24634910	6	4.8	6	100	0	58	0	13	0	86	0.58
24642447--24642536	20	4.5	20	79	9	94	48	11	6	33	1.65
24642447--24642534	40	2.2	40	84	8	108	48	10	6	34	1.63
24649307--24649388	30	2.7	30	90	0	119	42	12	25	19	1.86
24666144--24666206	31	2.0	31	82	11	76	42	9	12	34	1.76
24668621--24668710	41	2.2	40	78	9	94	16	33	27	22	1.95
24668720--24668781	29	2.1	29	85	5	81	37	22	17	22	1.94
24669488--24669544	29	2.0	29	86	6	80	28	17	15	38	1.91
24669752--24669805	22	2.5	22	90	0	90	27	25	0	46	1.53
24669807--24669859	22	2.4	22	84	6	72	33	32	0	33	1.58
24669891--24669946	28	2.0	27	86	10	78	41	1	1	55	1.21
24669894--24669953	28	2.1	28	82	11	70	40	1	1	56	1.19
24670044--24670077	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
24670172--24670203	15	2.1	15	100	0	64	28	25	34	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24671049--24671073	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
24671961--24672242	125	2.3	126	87	5	396	32	20	15	30	1.94
24673247--24673276	15	2.0	15	100	0	60	26	0	6	66	1.16
24673406--24673440	17	2.1	17	88	0	52	37	8	0	54	1.31
24675166--24675200	16	2.2	16	89	0	52	17	17	22	42	1.88
24675626--24675672	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
24675725--24675750	4	6.5	4	100	0	52	53	46	0	0	1.00
24677812--24678144	102	3.3	102	94	0	576	32	28	18	20	1.96
24685326--24685552	33	6.5	33	69	22	144	22	18	26	32	1.97
24685396--24685449	27	2.0	28	92	3	92	22	24	27	25	2.00
24685324--24685524	102	2.0	102	95	0	366	21	18	27	31	1.97
24685461--24685597	42	3.5	41	69	17	119	23	16	27	32	1.96
24685424--24685626	75	2.7	75	89	1	300	23	17	28	31	1.97
24690029--24690585	45	12.4	45	84	0	727	28	18	24	29	1.98
24691330--24691365	3	12.0	3	87	0	54	27	0	5	66	1.13
24691496--24691530	17	2.1	17	88	0	52	37	8	0	54	1.31
24698764--24698826	29	2.2	29	97	0	117	42	3	0	53	1.16
24699228--24699264	17	2.2	17	90	4	58	45	0	0	54	1.00
24699543--24699572	15	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
24708912--24708944	15	2.1	16	94	5	59	42	21	0	36	1.53
24709077--24709200	43	2.9	43	81	9	153	31	26	18	23	1.97
24709357--24709398	20	2.1	20	100	0	84	45	14	0	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24711668--24711705	18	2.1	19	85	5	51	39	13	10	36	1.79
24732504--24732566	29	2.2	29	97	0	117	42	3	0	53	1.16
24732968--24733004	17	2.2	17	90	4	58	45	0	0	54	1.00
24733283--24733312	15	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
24739030--24739080	15	3.3	15	73	10	50	37	1	3	56	1.29
24742638--24742670	15	2.1	16	94	5	59	42	21	0	36	1.53
24742803--24742926	43	2.9	43	81	9	153	31	26	18	23	1.97
24743083--24743124	20	2.1	20	100	0	84	45	14	0	40	1.45
24745393--24745430	18	2.1	19	85	5	51	39	13	10	36	1.79
24750514--24750545	16	2.0	16	100	0	64	18	43	6	31	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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