genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  110  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33164535--33164848	40	7.8	40	95	0	547	24	21	29	24	1.99
33167552--33167618	19	3.4	19	67	15	55	31	28	22	17	1.97
33167531--33167616	40	2.1	41	89	4	129	32	25	23	18	1.97
33171750--33171774	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
33186585--33186922	29	11.8	28	75	7	207	25	15	19	39	1.90
33186582--33186966	87	4.5	87	74	6	279	25	15	20	38	1.92
33186641--33186985	29	12.0	29	76	5	171	24	14	21	39	1.90
33186584--33186985	58	7.0	57	73	6	213	25	14	20	38	1.92
33191687--33191718	14	2.3	14	94	0	55	15	15	0	68	1.21
33190864--33191923	530	2.0	528	94	0	1877	33	15	19	31	1.92
33196844--33196899	26	2.1	26	84	15	71	37	35	12	14	1.84
33196811--33196884	27	2.8	27	81	2	87	35	36	13	14	1.86
33201449--33201510	28	2.2	28	82	0	79	32	11	11	45	1.76
33209050--33209083	16	2.0	18	88	11	54	41	0	2	55	1.15
33210071--33210095	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
33210416--33210512	21	4.5	21	80	10	106	32	31	8	26	1.86
33210415--33210505	45	2.0	45	95	0	164	34	29	7	28	1.85
33211185--33211520	45	7.5	45	85	2	352	40	17	17	24	1.91
33211227--33211486	90	2.9	90	88	0	403	37	17	18	26	1.93
33211185--33211519	135	2.5	135	83	0	420	40	17	17	24	1.91
33211455--33211666	46	4.6	46	88	0	273	45	18	19	16	1.86
33221184--33221272	21	4.4	21	67	21	55	51	1	3	43	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33221283--33221331	20	2.7	18	77	22	57	51	4	0	44	1.20
33230413--33230712	157	1.9	157	98	0	582	22	16	17	43	1.87
33231101--33231131	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
33232564--33232605	21	2.0	21	100	0	84	38	14	14	33	1.86
33233650--33233703	28	1.9	28	81	7	65	62	11	0	25	1.28
33236096--33236161	24	2.8	24	83	4	71	37	10	10	40	1.74
33259897--33259939	21	2.0	22	82	8	54	32	2	20	44	1.65
33259897--33259944	21	2.2	22	81	7	53	35	4	18	41	1.70
33272515--33272541	14	1.9	14	100	0	54	37	22	25	14	1.93
33276854--33276887	18	1.9	17	88	5	50	5	38	0	55	1.24
33277554--33277624	35	2.0	35	100	0	142	36	8	14	40	1.76
33279570--33279762	50	3.8	50	88	0	269	20	30	22	26	1.98
33285228--33285429	100	2.0	100	100	0	404	30	20	14	34	1.93
33287610--33287655	22	2.1	22	87	0	65	39	47	4	8	1.54
33287622--33287682	11	5.5	11	76	0	59	34	49	4	11	1.61
33290227--33290257	16	2.0	16	93	6	55	38	0	29	32	1.57
33290912--33290961	11	4.6	10	82	7	55	40	50	4	6	1.46
33290913--33290961	22	2.2	22	92	0	80	38	51	4	6	1.46
33295069--33295159	48	1.9	47	88	2	137	19	17	25	37	1.94
33296942--33297171	49	4.8	50	76	10	246	26	16	24	33	1.96
33296942--33297171	93	2.4	93	88	5	318	26	16	24	33	1.96
33302683--33302710	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33303585--33303982	197	2.0	199	92	3	669	36	19	12	31	1.89
33303940--33303965	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
33305708--33305780	32	2.3	32	85	4	94	31	15	16	36	1.90
33307045--33307091	23	2.0	23	100	0	94	8	8	34	48	1.64
33315464--33315507	13	3.1	14	78	15	54	54	0	0	45	0.99
33315470--33315506	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
33315464--33315519	29	2.0	27	83	16	69	53	3	0	42	1.18
33317620--33317657	18	2.2	17	86	13	51	18	0	0	81	0.69
33319842--33319883	21	2.0	21	85	0	57	21	16	9	52	1.72
33321863--33322047	101	1.8	102	91	3	311	23	17	27	31	1.97
33321859--33322054	51	3.9	51	81	4	218	23	17	28	30	1.97
33321969--33322049	26	3.2	26	62	28	64	23	14	28	33	1.94
33322051--33322145	45	2.1	45	92	0	154	28	17	22	31	1.97
33329276--33329389	41	2.8	41	89	1	167	21	28	15	35	1.94
33332663--33332709	24	2.0	24	100	0	94	29	6	21	42	1.77
33351029--33351057	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
33366132--33366277	50	2.8	50	84	6	175	20	30	22	26	1.98
33368404--33368441	18	2.1	18	90	0	58	31	34	7	26	1.85
33373705--33373821	50	2.3	50	86	0	162	20	29	23	25	1.99
33375844--33375873	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
33377398--33377459	31	2.1	30	82	17	76	29	17	8	45	1.77
33383931--33383966	18	2.0	18	100	0	72	44	16	11	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33389660--33389699	21	1.9	21	89	0	62	30	22	25	22	1.99
33393314--33393347	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
33396238--33396271	15	2.3	15	90	5	52	88	8	2	0	0.62
33396962--33397018	10	5.6	10	78	10	53	38	1	1	57	1.19
33396962--33397022	20	3.0	20	80	9	61	37	1	3	57	1.25
33414110--33414294	101	1.8	101	88	5	284	23	17	28	29	1.97
33414104--33414292	51	3.8	48	82	4	216	23	17	29	29	1.97
33414215--33414296	26	3.2	26	63	27	66	24	14	29	31	1.95
33425620--33425654	17	2.1	17	100	0	70	51	8	17	22	1.72
33429460--33429499	19	2.1	19	85	0	53	15	2	15	67	1.34
33448658--33448689	4	7.8	4	96	3	55	25	3	0	71	1.00
33456106--33456133	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
33460199--33460231	11	3.0	11	100	0	66	72	9	0	18	1.10
33460275--33460312	16	2.4	16	100	0	76	68	5	10	15	1.36
33477691--33477735	18	2.4	18	85	3	54	11	28	0	60	1.31
33477689--33477764	27	2.7	27	73	8	71	11	25	1	61	1.38
33479081--33479127	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
33481149--33481188	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
33482246--33482298	13	4.0	13	92	2	88	24	13	0	62	1.31
33482246--33482298	27	2.0	26	92	3	88	24	13	0	62	1.31
33482335--33482370	14	2.6	14	95	4	65	22	0	5	72	1.05
33483358--33483404	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33487064--33487196	50	2.6	51	80	6	148	39	13	14	33	1.85
33489574--33489617	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
33495485--33495546	32	1.9	32	83	9	81	12	25	6	54	1.62
33495544--33495599	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
33495543--33495599	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
33495561--33495699	18	7.7	18	71	11	88	7	20	2	69	1.27
33495561--33495668	6	17.7	6	70	5	74	6	18	3	71	1.23
33495563--33495701	12	11.6	12	72	16	83	7	19	2	69	1.26
33496681--33496756	40	2.0	37	85	10	100	7	15	5	71	1.28
33496739--33496771	10	3.3	10	91	8	50	15	3	9	72	1.21
33500216--33500278	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
33500276--33500331	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
33500275--33500331	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
33500293--33500396	18	5.6	18	73	10	84	6	18	3	71	1.24
33500293--33500400	6	17.7	6	70	5	74	6	18	3	71	1.23
33500656--33500730	33	2.2	34	88	2	107	41	12	9	37	1.74
33501714--33501760	22	2.1	22	100	0	94	44	17	17	21	1.86
33504036--33504083	12	3.9	12	86	5	69	70	8	2	18	1.22
33504039--33504085	25	1.9	24	91	4	76	72	6	2	19	1.17
33504125--33504161	18	2.2	17	90	9	58	62	5	10	21	1.48
33511683--33511726	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
33514548--33514587	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33515647--33515681	14	2.5	14	95	0	61	17	11	2	68	1.31
33515721--33515757	13	2.8	13	91	0	56	18	2	2	75	1.04
33515724--33515760	12	3.0	12	84	7	56	18	2	5	72	1.15
33521362--33521415	24	2.2	25	78	12	60	70	5	14	9	1.31
33525081--33525145	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
33527560--33527625	30	2.2	29	86	2	87	9	10	7	72	1.27
33527575--33527613	17	2.3	17	86	8	53	5	10	10	74	1.21
33527604--33527642	12	3.2	12	78	7	51	15	7	2	74	1.15
33527617--33527666	13	3.5	13	75	19	55	18	4	4	74	1.14
33529289--33529353	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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