genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  4  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1096201--1096286	43	2.0	43	90	2	138	44	15	8	32	1.75
1096319--1096483	58	2.9	57	82	7	183	52	3	1	42	1.29
1098267--1098291	13	1.9	13	100	0	50	32	8	28	32	1.86
1099336--1099390	16	3.4	16	82	5	67	45	7	20	27	1.77
1102693--1102825	70	1.9	69	89	1	203	34	17	18	30	1.93
1103251--1103311	25	2.6	23	77	12	61	57	0	1	40	1.08
1107299--1107360	30	2.1	29	82	11	72	46	0	4	48	1.23
1108430--1108641	43	4.9	43	90	2	293	32	25	16	25	1.96
1119827--1119862	17	2.1	17	89	5	54	0	19	0	80	0.71
1119827--1119862	6	6.2	6	90	6	56	0	19	0	80	0.71
1119825--1119866	18	2.3	18	84	8	59	0	21	0	78	0.75
1124444--1124500	29	2.0	29	82	3	71	57	7	10	24	1.56
1125287--1125345	18	3.2	18	79	11	59	71	5	0	23	1.06
1125604--1125633	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
1129449--1129479	12	2.5	12	94	5	53	29	29	19	22	1.98
1138017--1138078	30	2.0	31	93	3	108	27	6	22	43	1.77
1145852--1145909	30	1.9	30	86	6	82	51	6	1	39	1.39
1156366--1156443	9	8.3	9	70	14	52	69	0	2	28	1.02
1156370--1156443	30	2.6	28	89	10	123	67	0	2	29	1.04
1169390--1169430	6	6.8	6	88	0	55	58	0	24	17	1.38
1169572--1169645	26	2.9	25	84	6	103	33	5	22	37	1.77
1180307--1180361	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1183501--1183678	97	1.8	97	84	7	245	33	5	16	44	1.71
1186887--1186916	16	1.9	15	93	6	51	30	33	23	13	1.93
1187933--1187973	19	2.2	20	86	8	59	24	4	9	60	1.47
1190229--1190259	6	5.2	6	100	0	62	48	35	0	16	1.46
1194374--1194410	19	1.9	19	88	0	56	59	2	0	37	1.12
1194919--1194970	24	2.2	25	83	13	65	19	7	5	67	1.36
1195922--1195957	11	3.2	11	88	7	54	66	2	0	30	1.06
1195922--1195957	12	3.1	12	92	4	56	66	2	0	30	1.06
1197693--1197767	25	2.9	25	78	11	71	73	5	2	18	1.15
1198247--1198308	29	2.1	29	85	5	81	33	8	1	56	1.38
1201350--1201383	16	2.1	17	88	5	52	47	0	11	41	1.40
1203124--1203169	24	2.0	23	82	4	56	71	2	4	21	1.14
1207766--1207836	31	2.3	31	82	4	90	38	5	22	33	1.78
1214956--1215021	35	1.9	34	84	6	89	30	7	16	45	1.75
1216671--1216697	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
1222761--1222794	14	2.4	15	90	9	54	70	2	0	26	1.01
1222790--1222909	30	4.1	29	74	13	95	32	20	2	45	1.64
1223155--1223204	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
1223158--1223200	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
1223270--1223320	3	16.3	3	92	8	84	68	0	31	0	0.90
1223591--1223673	15	5.2	15	80	12	94	80	0	18	1	0.77
1223591--1223673	8	10.4	8	76	13	82	80	0	18	1	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1223625--1223675	9	5.6	9	81	11	59	78	0	21	0	0.75
1224218--1224261	23	2.0	22	86	8	63	54	15	4	25	1.60
1224257--1224419	17	9.4	17	77	9	150	30	12	9	47	1.73
1224257--1224419	35	4.7	34	79	8	159	30	12	9	47	1.73
1224380--1224507	36	3.4	37	71	15	111	34	9	13	42	1.76
1234949--1234995	8	5.4	9	78	17	55	65	0	2	31	1.04
1234949--1235016	16	4.2	16	78	10	68	70	0	2	26	1.01
1235012--1235054	22	2.0	22	86	4	61	51	2	0	46	1.13
1235245--1235427	56	3.2	58	78	6	174	44	14	17	23	1.85
1235315--1235434	60	2.0	60	85	3	161	49	16	12	21	1.79
1236783--1236832	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1241422--1241471	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1242050--1242082	18	1.9	17	88	11	50	54	0	0	45	0.99
1242348--1242378	16	1.9	16	93	0	53	45	0	0	54	0.99
1242884--1242931	24	2.0	24	87	4	69	12	12	2	72	1.20
1242902--1242938	17	2.1	18	95	5	67	16	8	0	75	1.02
1248598--1248740	57	2.4	57	83	9	162	30	19	27	23	1.98
1253403--1253458	19	2.8	20	71	15	53	30	5	3	60	1.36
1254902--1255021	59	2.0	59	100	0	240	47	3	5	44	1.41
1261140--1261187	24	2.0	24	100	0	96	25	20	25	29	1.99
1262432--1262644	96	2.2	95	86	4	304	39	16	1	41	1.58
1262752--1262848	40	2.4	40	84	0	131	24	24	22	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1262752--1262859	40	2.7	40	82	0	108	25	22	22	29	1.99
1266844--1267173	44	7.6	44	74	10	238	26	20	21	31	1.98
1282080--1282124	1	45.0	1	100	0	90	0	0	0	100	0.00
1292249--1292282	17	2.0	17	88	0	50	29	5	17	47	1.71
1301970--1302014	19	2.3	20	78	17	51	35	2	2	60	1.22
1310336--1310383	21	2.3	21	85	7	62	35	0	4	60	1.16
1310473--1310507	18	1.9	18	88	0	52	31	5	11	51	1.61
1312061--1312110	24	2.0	26	88	7	77	50	0	2	48	1.12
1312096--1312126	13	2.4	13	94	0	53	61	0	3	35	1.12
1315666--1315708	18	2.3	19	84	8	61	67	4	0	27	1.10
1316362--1316419	30	2.0	28	83	6	71	29	12	8	50	1.69
1317131--1317394	72	3.6	73	78	7	295	39	11	12	36	1.79
1321752--1321794	18	2.5	17	78	10	52	74	2	2	20	1.04
1322059--1322091	16	2.0	17	88	5	50	27	3	0	69	1.03
1322423--1322494	30	2.4	30	76	17	69	34	1	1	62	1.13
1334791--1334878	44	2.0	44	90	0	140	27	9	6	56	1.55
1336065--1336122	26	2.2	26	81	9	64	29	5	5	60	1.40
1338686--1338778	46	2.0	46	100	0	186	39	23	15	21	1.91
1351524--1351652	63	2.0	63	86	0	177	28	19	17	34	1.94
1352162--1352194	16	2.1	16	94	0	57	21	33	6	39	1.78
1354498--1354640	59	2.4	58	87	2	214	22	18	21	37	1.95
1354682--1354737	26	2.2	26	83	6	69	23	12	8	55	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1355175--1355209	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1355121--1355346	120	1.9	120	99	0	443	44	1	5	48	1.35
1355295--1355329	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1355494--1355584	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
1355565--1355633	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
1355565--1355633	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
1358486--1358553	3	22.7	3	100	0	136	67	0	32	0	0.91
1358922--1358964	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
1358945--1358977	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
1358956--1359050	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
1359212--1359246	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1359170--1359242	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
1359238--1359465	77	3.1	77	66	25	227	46	3	5	45	1.43
1359131--1359546	144	2.9	144	97	1	769	46	3	3	46	1.36
1359356--1359390	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1359500--1359534	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1399284--1399477	105	1.9	103	85	2	271	33	6	23	37	1.80
1400788--1400844	29	2.0	29	85	0	78	35	14	5	45	1.67
1401781--1401808	4	7.0	4	100	0	56	25	0	75	0	0.81
1406920--1406974	20	2.9	18	80	17	58	29	0	1	69	0.99
1410838--1410897	29	2.1	28	78	6	68	46	13	15	25	1.81
1420006--1420045	20	2.0	20	90	0	62	25	0	2	72	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1422912--1422995	44	1.9	43	85	7	116	44	4	1	50	1.31
1426834--1426883	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1431473--1431522	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1434754--1434937	72	2.6	72	99	0	359	41	23	6	27	1.79
1434938--1434969	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
1439186--1439369	72	2.6	72	99	0	359	41	23	6	27	1.79
1439370--1439410	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
1442761--1442821	30	2.0	30	90	0	95	40	18	14	26	1.89
1454054--1454152	17	5.5	17	72	13	90	62	0	2	35	1.07
1454042--1454151	34	2.9	39	81	14	158	62	0	2	34	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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