genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  73  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20903402--20903461	13	4.3	14	76	14	52	71	3	8	16	1.24
20903427--20903462	14	2.6	14	90	0	54	83	2	5	8	0.89
20903453--20903496	16	2.8	16	76	13	54	70	11	11	6	1.33
20904537--20904570	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
20905836--20905889	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
20905836--20905909	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
20905836--20905900	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
20916791--20916873	43	1.9	43	90	0	130	22	20	22	33	1.97
20918292--20918343	23	2.2	24	89	3	79	26	28	19	25	1.98
20919101--20919271	85	2.0	85	100	0	342	38	12	22	26	1.90
20926738--20926794	27	2.2	26	87	3	78	19	17	17	45	1.86
20934910--20934954	23	2.0	22	83	16	56	35	24	0	40	1.56
20935097--20935283	51	3.7	51	81	5	236	30	27	17	25	1.97
20935095--20935279	101	1.8	102	91	3	311	30	27	17	24	1.97
20949442--20949683	50	4.7	50	80	5	220	24	26	21	27	1.99
20953568--20953626	17	3.6	17	81	4	59	38	35	18	6	1.78
20961877--20961909	17	1.9	17	93	0	57	51	27	15	6	1.66
20968009--20968060	21	2.4	22	80	6	61	63	5	0	30	1.18
20971237--20971537	38	7.9	38	84	0	395	43	25	17	13	1.86
20978521--20978571	21	2.4	21	83	3	57	0	29	0	70	0.87
20978529--20978565	11	3.2	12	85	14	51	0	24	0	75	0.80
20987273--20987501	38	6.0	38	79	2	235	44	22	17	15	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20987255--20987499	114	2.1	114	81	3	287	45	22	16	15	1.85
20987275--20987506	76	3.0	75	85	4	277	45	21	16	15	1.85
20995366--20995410	23	2.0	23	81	0	54	66	4	2	26	1.22
20996859--20997002	50	2.9	50	91	2	218	25	18	20	36	1.95
20996859--20997041	50	3.7	50	87	2	208	25	18	22	34	1.96
20996859--20997041	100	1.8	100	82	2	233	25	18	22	34	1.96
20997165--20997545	44	8.2	44	68	19	159	27	20	18	33	1.96
20997117--20997593	142	3.4	142	92	0	783	28	19	17	34	1.95
20997315--20997501	98	1.9	97	81	6	225	28	20	18	32	1.96
20998842--20998934	42	2.2	42	92	0	150	33	27	10	27	1.90
21004455--21004677	79	2.8	78	82	9	256	24	26	22	25	2.00
21004455--21004677	39	5.7	40	85	8	257	24	26	22	25	2.00
21017433--21017505	13	5.8	12	74	19	60	73	4	9	12	1.21
21017427--21017480	28	1.9	28	88	0	81	68	5	9	16	1.35
21017460--21017505	24	1.9	24	91	8	76	78	4	8	8	1.09
21017433--21017508	39	1.9	40	86	2	109	73	3	9	13	1.21
21017484--21017512	15	1.9	15	100	0	58	72	6	6	13	1.26
21020756--21020809	20	2.7	20	85	0	63	27	18	16	37	1.93
21021333--21021386	24	2.3	23	78	15	56	64	3	20	11	1.40
21021313--21021363	18	2.6	19	79	20	52	64	3	19	11	1.41
21025621--21025674	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
21025621--21025694	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21025621--21025685	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
21027262--21027332	12	5.6	12	76	12	61	76	4	5	14	1.13
21027262--21027320	13	4.5	13	82	12	68	76	5	3	15	1.10
21027272--21027332	27	2.3	26	88	8	88	75	3	6	14	1.13
21027262--21027347	39	2.2	38	87	4	118	74	5	6	12	1.20
21027272--21027332	13	4.6	13	78	15	63	75	3	6	14	1.13
21027312--21027385	29	2.6	29	77	12	80	70	6	13	9	1.33
21028269--21028306	15	2.4	16	82	13	51	71	0	21	7	1.11
21028276--21028306	15	2.1	15	93	0	53	70	0	22	6	1.09
21028388--21028421	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
21029683--21029736	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
21029683--21029756	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
21029683--21029747	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
21031344--21031404	12	4.5	14	76	17	58	70	3	8	18	1.26
21032479--21032512	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
21033773--21033826	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
21033773--21033846	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
21033773--21033837	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
21038449--21038596	72	2.0	73	83	3	183	29	29	16	25	1.96
21038783--21038814	16	2.0	16	100	0	64	50	25	12	12	1.75
21039457--21039500	17	2.5	17	79	17	54	70	4	15	9	1.30
21040464--21040560	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21045562--21045610	19	2.5	20	83	6	55	16	6	10	67	1.39
21047620--21047666	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
21057301--21057335	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
21058230--21058274	17	2.6	17	76	13	56	6	11	11	71	1.31
21058210--21058299	28	3.1	27	73	16	81	10	11	6	72	1.28
21061507--21061541	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
21062435--21062478	17	2.7	16	77	19	54	6	11	11	70	1.33
21062469--21062539	12	5.7	12	76	12	63	15	7	4	73	1.21
21065708--21065742	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
21066616--21066689	30	2.5	29	85	8	96	9	13	8	68	1.38
21066613--21066728	28	4.0	28	72	12	76	12	11	6	69	1.34
21071342--21071399	12	4.7	12	87	6	80	12	6	1	79	1.00
21071342--21071399	25	2.3	25	90	0	89	12	6	1	79	1.00
21075257--21075310	17	3.6	15	80	9	58	22	12	5	59	1.54
21075257--21075308	15	3.3	15	94	5	86	21	11	5	61	1.50
21075348--21075396	12	4.2	12	92	5	82	22	0	8	69	1.14
21076385--21076431	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
21077333--21077381	10	4.9	10	78	9	55	26	16	30	26	1.97
21077335--21077381	20	2.3	20	89	7	69	25	17	31	25	1.97
21077709--21077747	18	2.2	17	82	13	51	5	17	2	74	1.12
21086543--21086604	11	5.6	10	74	25	54	80	1	14	3	0.91
21086530--21086611	20	3.8	20	76	22	69	76	2	14	6	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21087338--21087391	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
21087337--21087411	30	2.5	30	87	8	100	21	20	18	40	1.92
21087337--21087402	20	3.3	20	70	16	55	22	21	16	39	1.92
21093166--21093272	56	1.9	56	86	3	153	25	21	13	40	1.89
21093897--21093951	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
21094163--21094201	15	2.7	15	92	4	62	23	12	2	61	1.43
21094238--21094284	13	3.8	13	86	11	71	17	2	6	74	1.12
21094242--21094287	12	4.0	11	89	10	74	17	2	8	71	1.21
21094238--21094287	24	2.1	24	96	0	91	20	2	8	70	1.23
21096279--21096325	11	4.0	11	86	13	67	72	8	0	19	1.10
21096279--21096326	12	4.0	12	86	10	71	72	8	0	18	1.08
21096282--21096327	13	3.7	13	88	8	69	78	6	0	15	0.95
21096368--21096410	17	2.7	16	92	7	70	62	4	11	20	1.46
21099339--21099382	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
21100159--21100196	12	3.1	12	92	3	58	78	7	0	13	0.94
21100159--21100196	13	3.0	13	96	3	69	78	7	0	13	0.94
21108474--21108528	15	3.8	15	85	2	69	1	21	1	74	1.01
21110676--21110707	13	2.5	13	100	0	64	12	15	12	59	1.61
21113389--21113442	20	2.5	20	80	20	56	68	1	20	9	1.27
21113397--21113437	19	2.0	19	86	13	55	73	2	19	4	1.13
21118263--21118309	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
21119985--21120019	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21120914--21120962	15	3.6	14	82	17	59	6	16	6	71	1.27
21120942--21121014	12	5.9	12	78	10	76	15	6	5	72	1.24
21120891--21121002	27	4.0	27	71	13	68	13	12	5	68	1.36
21122506--21122552	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
21125277--21125358	12	6.9	12	70	16	55	12	24	1	62	1.37
21125337--21125374	18	2.1	18	90	0	58	7	26	0	65	1.19
21127861--21127921	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
21127862--21127922	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
21127878--21127942	30	2.2	30	80	5	78	30	13	29	26	1.94
21129994--21130028	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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