genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  65  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18653978--18654029	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
18656462--18656498	5	7.4	5	100	0	74	0	18	62	18	1.34
18658280--18658370	30	2.7	36	70	19	95	27	13	29	29	1.94
18658224--18658391	66	2.5	66	84	0	201	27	14	27	29	1.95
18658264--18658388	36	3.6	36	72	12	109	26	13	28	31	1.94
18660199--18660267	31	2.2	31	79	5	77	39	13	14	33	1.85
18664280--18664305	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
18665191--18665248	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
18666401--18666443	5	8.4	5	97	2	77	79	0	0	20	0.74
18676215--18676373	53	3.0	52	79	8	151	40	1	30	27	1.67
18676349--18676393	20	2.3	20	84	3	56	48	0	24	26	1.51
18676293--18676487	73	2.7	73	85	7	247	43	0	28	27	1.59
18679195--18679283	26	3.3	26	65	9	70	48	3	7	40	1.49
18683669--18683711	22	1.9	23	85	4	61	41	13	13	30	1.84
18685691--18685831	50	2.8	50	80	5	167	26	15	27	29	1.96
18685837--18685935	46	2.2	43	79	12	101	23	19	25	32	1.97
18686036--18686108	37	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
18708496--18708722	43	5.4	42	79	8	239	35	25	15	22	1.94
18708488--18708722	85	2.8	85	90	1	357	34	25	17	22	1.95
18708496--18708722	42	5.4	42	80	9	248	35	25	15	22	1.94
18712898--18712934	7	5.3	7	93	0	65	45	16	0	37	1.47
18722264--18722315	27	1.9	27	84	0	68	36	21	26	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18722280--18722349	27	2.6	27	88	0	104	32	20	28	18	1.96
18722280--18722361	27	3.0	27	85	0	92	32	18	30	18	1.95
18723509--18723609	45	2.2	45	82	6	125	41	18	18	20	1.90
18724972--18725032	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
18724980--18725059	35	2.3	35	83	8	94	50	3	0	46	1.19
18726230--18726284	22	2.5	22	84	0	74	47	18	21	12	1.82
18728195--18728237	22	2.0	22	81	9	52	39	2	4	53	1.34
18728273--18728306	6	5.7	6	100	0	68	52	0	0	47	1.00
18728400--18728457	29	2.0	29	96	0	107	46	6	13	32	1.70
18729494--18729609	60	1.9	60	94	0	205	31	8	22	37	1.84
18729968--18729992	7	3.6	7	100	0	50	24	0	28	48	1.52
18730049--18730261	88	2.4	90	85	7	306	25	7	15	51	1.69
18738445--18738494	19	2.5	20	75	21	50	58	0	4	38	1.17
18740972--18741021	5	9.6	5	82	4	55	14	26	0	60	1.34
18740971--18741021	22	2.4	21	81	9	59	13	25	0	60	1.33
18741014--18741042	15	1.9	15	100	0	58	27	6	0	65	1.18
18741009--18741071	20	3.3	19	77	18	69	23	11	0	65	1.25
18741009--18741064	21	2.7	21	86	5	69	25	10	0	64	1.26
18741121--18741229	17	6.8	17	68	27	62	30	15	0	54	1.42
18741156--18741285	5	23.4	5	73	18	80	32	16	0	50	1.51
18741145--18741285	28	4.8	29	75	16	148	32	17	0	49	1.51
18741156--18741267	33	3.5	32	77	15	124	33	16	0	49	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18741161--18741284	23	5.5	21	71	18	65	33	16	0	49	1.52
18741156--18741285	12	11.7	10	71	19	80	32	16	0	50	1.51
18741145--18741285	57	2.4	59	87	9	191	32	17	0	49	1.51
18741359--18741397	15	2.7	15	88	4	53	23	12	0	64	1.28
18741440--18741485	21	2.2	21	88	7	67	28	8	0	63	1.24
18741732--18741781	23	2.2	23	81	0	55	26	20	0	54	1.45
18741918--18741956	18	2.2	18	85	0	51	28	12	0	58	1.34
18741915--18741963	11	4.8	11	73	19	52	26	16	0	57	1.40
18741861--18741963	29	3.6	29	86	3	138	27	14	0	57	1.44
18744906--18744953	19	2.5	19	83	6	62	33	12	16	37	1.86
18744998--18745230	17	13.0	19	65	21	87	42	10	14	31	1.80
18745000--18745230	18	13.0	17	68	15	119	43	10	14	31	1.80
18744999--18745226	72	3.2	72	89	7	342	42	10	14	32	1.81
18745166--18745218	19	2.8	18	77	5	52	45	9	11	33	1.72
18745183--18745281	43	2.3	43	85	3	128	50	13	12	24	1.75
18745331--18745360	16	1.9	16	93	6	53	46	16	10	26	1.78
18745389--18745489	17	6.2	16	67	19	59	38	13	15	31	1.87
18745196--18745426	101	2.3	103	89	5	359	45	13	12	27	1.81
18745397--18745454	30	2.0	28	86	6	80	39	12	13	34	1.82
18745436--18745498	33	1.9	33	83	6	83	36	12	15	34	1.86
18745389--18745497	16	6.8	17	71	18	90	37	12	15	33	1.86
18745559--18745606	17	2.8	17	84	9	71	47	10	14	27	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18746332--18746398	26	2.5	27	90	2	109	1	13	0	85	0.68
18746952--18747809	74	11.1	76	80	10	476	34	19	16	29	1.93
18747264--18747431	86	2.0	85	89	3	257	33	20	15	30	1.93
18747350--18747915	74	7.3	76	85	8	725	37	18	16	28	1.92
18747350--18747915	228	2.4	225	86	8	755	37	18	16	28	1.92
18758496--18758550	27	2.0	27	82	6	67	50	1	3	43	1.30
18761637--18761704	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
18761526--18761853	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
18761806--18761884	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
18769074--18769141	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
18768963--18769290	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
18769243--18769321	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
18776360--18776686	173	1.9	173	97	0	618	30	24	14	29	1.95
18776639--18776717	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
18783816--18783883	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
18783705--18784030	174	1.9	172	96	1	598	30	24	14	30	1.95
18783985--18784061	29	2.7	30	78	17	92	28	31	14	25	1.95
18791172--18791239	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
18791061--18791388	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
18791341--18791419	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
18797266--18797533	38	7.0	38	79	6	256	16	16	23	43	1.87
18797264--18797533	76	3.5	76	82	3	283	16	16	23	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18797272--18797533	114	2.3	114	87	2	364	16	16	24	43	1.87
18798015--18798046	15	2.0	17	88	11	50	46	0	25	28	1.53
18802201--18802286	17	4.8	17	70	18	59	30	3	1	65	1.17
18802252--18802308	21	2.6	21	80	5	60	29	0	5	64	1.15
18808986--18809041	27	2.1	27	100	0	112	46	7	14	32	1.71
18818043--18818226	79	2.3	81	81	7	216	25	22	27	25	2.00
18818042--18818226	40	4.7	40	82	6	216	24	22	27	25	2.00
18818095--18818259	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	26	1.99
18825967--18826151	40	4.6	39	81	5	185	24	22	27	25	2.00
18826020--18826184	79	2.1	79	82	6	192	26	21	26	24	2.00
18836705--18836747	12	3.8	11	82	11	52	79	2	4	13	1.00
18836700--18836756	11	4.9	12	79	16	66	73	3	5	17	1.16
18844566--18844614	23	2.1	23	100	0	98	38	8	4	48	1.52
18848522--18848567	19	2.4	18	82	10	56	28	23	8	39	1.84
18856513--18856735	39	5.7	40	84	8	257	25	22	26	24	2.00
18856513--18856735	79	2.8	80	82	11	262	25	22	26	24	2.00
18856565--18856768	79	2.6	79	83	8	213	26	21	27	24	1.99
18873016--18873046	16	1.9	16	93	0	53	3	9	9	77	1.10
18873323--18873383	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
18873331--18873410	35	2.3	35	83	8	94	50	3	0	46	1.19
18877312--18877343	16	2.1	16	94	5	57	53	0	6	40	1.26
18877437--18877546	56	1.9	57	92	1	186	31	9	23	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18877457--18877550	26	3.5	26	67	25	77	30	7	22	39	1.81
18877900--18877924	7	3.6	7	100	0	50	24	0	28	48	1.52
18886269--18886318	19	2.5	20	75	21	50	58	0	4	38	1.17
18888791--18888840	5	9.6	5	82	4	55	14	26	0	60	1.34
18888790--18888840	22	2.4	21	81	9	59	13	25	0	60	1.33
18888827--18888867	16	2.6	16	84	0	55	29	7	0	63	1.21
18888828--18888885	22	2.6	22	86	5	73	24	10	0	65	1.23
18888943--18889051	17	6.8	17	68	27	62	30	15	0	54	1.42
18888978--18889107	5	23.4	5	73	18	80	32	16	0	50	1.51
18888967--18889107	28	4.8	29	75	16	148	32	17	0	49	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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