genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  59  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16592283--16592323	13	3.1	13	93	6	73	14	14	0	70	1.16
16597286--16598206	410	2.2	410	98	0	1790	36	14	14	35	1.86
16598118--16598294	88	2.0	88	100	0	354	35	15	14	33	1.89
16600418--16600470	26	2.0	26	100	0	106	33	18	11	35	1.87
16601856--16601890	18	2.0	17	88	5	52	37	20	0	42	1.52
16607345--16607398	21	2.6	21	96	0	99	27	29	20	22	1.98
16609627--16609674	18	2.7	18	81	15	55	41	14	0	43	1.45
16615082--16615304	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
16615082--16615304	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
16615082--16615337	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
16623064--16623285	39	5.7	40	84	9	257	25	22	27	24	2.00
16623115--16623318	79	2.6	79	83	8	213	26	21	27	24	1.99
16627642--16627675	16	2.1	16	100	0	68	32	26	17	23	1.97
16629058--16629101	17	2.6	17	85	0	61	31	29	11	27	1.91
16629108--16629172	17	3.8	17	74	8	51	29	16	20	33	1.95
16633757--16633813	27	2.1	27	96	0	105	42	10	5	42	1.62
16634169--16634199	13	2.5	13	94	5	55	64	0	0	35	0.94
16634369--16634405	13	2.5	15	87	12	51	62	2	16	18	1.45
16635654--16635713	29	2.1	29	84	6	77	36	0	10	53	1.35
16644560--16644633	37	2.0	37	100	0	148	27	18	10	43	1.83
16657573--16657602	16	1.9	15	93	6	51	20	16	0	63	1.31
16657826--16658019	51	3.8	51	79	9	236	31	27	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16657828--16658011	102	1.8	102	89	4	293	32	26	17	23	1.97
16664930--16664979	25	2.0	25	84	0	64	4	36	2	58	1.29
16667602--16667632	14	2.2	14	100	0	62	41	19	6	32	1.77
16667710--16667844	45	3.0	45	80	3	128	43	17	18	20	1.88
16667774--16667883	46	2.4	46	84	1	123	43	15	22	18	1.87
16673461--16673568	54	2.0	54	98	0	207	41	16	19	22	1.90
16675529--16675573	23	2.0	22	95	4	81	44	6	17	31	1.75
16679101--16679167	33	1.9	33	82	8	80	47	8	31	11	1.71
16685997--16686024	12	2.3	12	100	0	56	71	0	0	28	0.86
16686391--16686434	22	2.0	22	81	0	52	59	0	9	31	1.29
16691861--16691906	22	2.1	22	91	0	74	28	15	17	39	1.90
16692099--16692406	138	2.2	137	79	3	323	28	18	24	28	1.98
16692176--16692577	207	1.9	207	81	3	477	28	17	24	29	1.97
16692298--16692577	69	4.1	69	78	8	273	26	17	26	29	1.97
16692345--16692751	138	2.9	137	78	6	403	26	17	26	28	1.98
16692219--16692670	207	2.2	207	78	4	448	27	17	25	29	1.98
16695051--16695086	10	3.6	10	84	0	54	33	16	25	25	1.96
16695043--16695088	20	2.3	20	96	0	83	36	15	23	23	1.93
16697218--16697252	18	1.9	18	88	11	54	25	17	0	57	1.40
16697282--16697325	18	2.4	18	84	0	61	9	20	4	65	1.38
16699674--16699719	20	2.3	20	84	0	56	36	17	23	21	1.94
16701677--16701710	8	4.2	8	96	0	59	52	0	38	8	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16716151--16716387	42	5.6	41	76	10	210	24	16	24	33	1.96
16716160--16716387	85	2.7	84	88	2	312	23	17	25	33	1.96
16723627--16723674	24	2.0	24	84	8	62	31	16	12	39	1.86
16725016--16725049	17	1.9	17	88	5	50	14	35	29	20	1.93
16726190--16726372	51	3.6	49	81	3	206	22	18	27	31	1.97
16726190--16726374	101	1.8	102	89	3	293	22	18	28	31	1.97
16726296--16726376	26	3.2	26	64	22	71	22	16	28	33	1.95
16732616--16732723	35	3.1	35	73	7	110	25	19	24	30	1.98
16732615--16732802	71	2.6	71	80	4	182	26	22	23	27	2.00
16737369--16737398	16	1.9	16	93	6	53	53	0	13	33	1.40
16742239--16742571	164	2.0	164	94	0	576	47	13	12	26	1.79
16759320--16759404	42	2.0	42	81	4	100	32	7	20	40	1.79
16771326--16771360	18	2.1	17	89	10	54	34	31	0	34	1.58
16784009--16784076	27	2.5	27	85	4	84	30	16	23	29	1.96
16784036--16784088	27	2.0	27	88	0	79	37	13	22	26	1.91
16784039--16784100	27	2.3	27	82	0	70	33	11	25	29	1.91
16784919--16785027	34	3.1	35	79	9	105	40	17	8	33	1.79
16785207--16785311	41	2.6	41	89	3	149	24	29	20	25	1.99
16786059--16786336	78	3.6	78	93	2	470	43	14	4	38	1.65
16791944--16792221	78	3.6	78	94	0	477	43	13	3	39	1.60
16793344--16793418	37	2.0	37	100	0	150	46	16	5	32	1.69
16794575--16794599	7	3.6	7	100	0	50	28	12	0	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16806825--16806867	12	3.8	12	87	12	72	37	0	9	53	1.33
16806825--16806870	22	2.1	22	100	0	92	36	0	8	54	1.32
16806891--16806971	41	2.0	41	85	9	112	50	2	8	38	1.46
16812043--16812094	24	2.2	24	86	3	70	53	5	13	26	1.62
16812534--16812563	14	2.1	14	93	0	51	56	13	0	30	1.37
16813386--16813449	30	2.1	32	82	5	78	15	26	31	26	1.96
16816372--16816415	21	2.1	21	82	0	52	29	27	0	43	1.55
16816375--16816440	14	4.6	14	75	9	53	31	19	0	48	1.49
16818473--16818501	6	4.8	6	100	0	58	51	0	31	17	1.45
16818885--16818928	23	1.9	23	90	0	70	43	4	9	43	1.56
16818885--16818934	23	2.3	22	86	6	66	44	6	8	42	1.58
16818987--16819025	19	2.2	18	86	9	53	74	2	12	10	1.17
16820211--16820270	21	2.8	20	80	9	75	18	23	21	36	1.95
16823086--16823152	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
16828352--16828389	17	2.2	17	86	9	51	44	5	0	50	1.24
16840187--16840255	36	1.9	36	87	0	102	27	31	7	33	1.84
16842817--16842892	11	6.8	11	68	24	52	55	1	1	42	1.16
16842785--16842878	17	5.5	17	68	22	63	52	4	2	41	1.33
16847877--16847906	10	3.0	10	100	0	60	70	0	0	30	0.88
16847843--16847916	38	1.9	38	83	5	96	63	0	4	32	1.13
16853210--16853478	124	2.2	124	89	0	421	28	21	16	33	1.95
16853580--16853605	6	4.3	6	100	0	52	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16854377--16854504	14	8.8	14	71	17	55	48	28	1	21	1.59
16854470--16854510	20	2.0	20	85	0	55	48	31	0	19	1.49
16854552--16854618	7	9.6	7	78	12	50	47	32	0	19	1.50
16854546--16854591	21	2.2	21	84	0	56	47	30	0	21	1.51
16854554--16854618	28	2.3	28	82	10	71	49	32	0	18	1.48
16854796--16854886	40	2.3	40	81	7	105	30	24	20	24	1.99
16854955--16855044	40	2.2	41	84	9	114	26	21	20	32	1.97
16854974--16855066	40	2.3	40	81	3	98	22	21	22	33	1.97
16855151--16855275	40	3.1	40	78	0	133	27	20	21	30	1.98
16854921--16855298	195	1.9	195	83	4	494	25	19	21	33	1.97
16855335--16855448	39	2.9	39	76	6	97	19	22	21	36	1.95
16866263--16866349	27	3.3	26	72	23	74	60	12	3	22	1.47
16867402--16867440	19	2.1	18	85	4	51	69	0	5	25	1.09
16874100--16874574	235	2.0	235	92	0	797	32	24	15	27	1.96
16876180--16876218	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
16876491--16876615	50	2.5	50	81	0	142	20	27	24	28	1.99
16881878--16881919	21	2.0	21	81	9	50	40	7	7	45	1.59
16886291--16886350	25	2.6	22	76	16	59	20	6	6	66	1.38
16890917--16890956	17	2.3	19	80	20	52	42	5	0	52	1.23
16900047--16900080	17	1.9	18	88	5	52	38	8	5	47	1.59
16904447--16904477	13	2.3	14	94	5	55	54	0	0	45	0.99
16906593--16906691	42	2.4	42	91	1	155	21	28	13	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16908366--16908595	43	5.4	43	80	3	232	22	14	20	42	1.88
16908365--16908562	86	2.3	86	85	1	263	22	14	21	41	1.89
16910520--16910594	27	2.8	27	76	8	71	41	14	24	20	1.89
16910543--16910620	27	2.9	27	83	5	95	38	15	26	19	1.91
16917841--16917932	43	2.1	43	100	0	184	31	21	25	21	1.98
16917841--16917951	43	2.6	43	90	5	136	35	20	23	20	1.96
16917995--16918075	42	1.9	42	85	5	110	41	19	12	25	1.87
16929814--16929947	40	3.3	40	83	2	135	34	17	20	28	1.95
16929667--16930259	195	3.0	193	78	6	601	32	16	21	30	1.95
16930303--16930357	14	3.8	14	76	21	51	21	0	27	50	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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