genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  195  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57148747--57149225	79	6.0	78	82	13	377	45	20	1	31	1.61
57148748--57149190	52	8.3	51	75	14	299	45	20	1	31	1.61
57148747--57149165	158	2.6	157	82	12	519	46	21	1	31	1.60
57148959--57149177	87	2.5	87	81	9	216	45	20	1	32	1.60
57149124--57149228	25	4.2	25	77	11	115	42	20	2	33	1.67
57154724--57154789	21	3.1	21	91	0	78	33	19	43	3	1.66
57155176--57155415	42	5.6	42	80	6	252	24	19	22	32	1.97
57155195--57155415	85	2.6	84	84	4	284	24	20	23	31	1.98
57155435--57155478	22	2.0	22	90	0	70	50	27	13	9	1.72
57155762--57155825	21	2.9	21	81	11	67	39	4	1	54	1.31
57172297--57172335	18	2.1	19	85	4	53	43	15	15	25	1.86
57177575--57177667	18	5.2	18	90	0	150	32	17	23	26	1.96
57177575--57177667	36	2.6	36	96	0	168	32	17	23	26	1.96
57178848--57178878	15	2.0	16	93	6	55	51	0	0	48	1.00
57179776--57179818	21	2.0	22	86	13	63	32	4	9	53	1.53
57179797--57179869	16	4.4	17	78	11	71	41	9	13	35	1.77
57179807--57179873	17	3.9	18	72	20	63	44	10	16	28	1.80
57179968--57180243	17	15.4	17	73	9	122	45	10	13	31	1.76
57180005--57180070	21	3.0	22	86	8	91	40	7	7	43	1.61
57180188--57180243	18	3.1	19	76	7	62	41	14	10	33	1.80
57180238--57180288	18	2.9	17	77	8	57	47	7	9	35	1.66
57180781--57180837	7	7.9	7	94	5	96	0	15	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57180779--57180838	22	2.7	22	92	2	93	0	16	0	83	0.65
57180958--57180994	13	2.7	13	91	8	56	2	5	8	83	0.88
57180963--57181023	18	3.2	19	73	15	63	1	6	13	78	1.01
57180961--57181028	19	3.5	20	72	8	68	1	7	11	79	0.99
57195182--57195620	17	24.6	18	70	18	106	44	10	12	33	1.75
57195188--57195253	16	3.9	16	78	13	53	48	10	13	27	1.75
57195354--57195629	17	15.4	17	73	9	122	45	10	13	31	1.76
57195391--57195456	21	3.0	22	86	8	91	40	7	7	43	1.61
57195574--57195629	18	3.1	19	76	7	62	41	14	10	33	1.80
57195624--57195674	18	2.9	17	77	8	57	47	7	9	35	1.66
57196171--57196227	7	7.9	7	94	5	96	0	15	0	84	0.63
57196169--57196228	22	2.7	22	92	2	93	0	16	0	83	0.65
57196496--57196532	14	2.8	13	91	4	56	0	35	0	64	0.94
57196487--57196531	21	2.1	22	87	4	65	0	31	0	68	0.89
57196588--57196637	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
57196592--57196634	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
57196883--57196999	30	3.9	29	77	11	94	44	3	21	30	1.69
57196898--57196999	30	3.4	30	83	2	125	44	3	21	30	1.70
57196997--57197032	16	2.2	17	90	5	56	19	0	2	77	0.88
57196997--57197032	17	2.1	17	89	0	54	19	0	2	77	0.88
57197532--57198112	54	10.9	54	93	3	989	28	15	18	37	1.91
57197534--57198112	213	2.7	215	94	2	1001	28	15	17	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57197532--57198112	267	2.2	268	97	1	1087	28	15	18	37	1.91
57198354--57198390	19	2.0	20	89	10	60	78	2	0	18	0.87
57198388--57198503	30	3.9	29	81	7	117	31	21	3	43	1.69
57198749--57198798	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
57198752--57198794	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
57198854--57198899	3	15.0	3	82	17	51	65	0	34	0	0.93
57198857--57198885	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
57199018--57199050	17	1.9	17	93	0	57	78	12	6	3	1.04
57199031--57199056	12	2.2	12	100	0	52	84	7	7	0	0.77
57199191--57199251	7	8.6	7	92	7	97	85	0	14	0	0.60
57199191--57199251	22	2.9	21	90	9	97	85	0	14	0	0.60
57199793--57199866	37	2.0	37	84	5	96	33	12	12	41	1.79
57199804--57199988	18	10.5	17	77	8	104	30	15	10	44	1.79
57199858--57199987	35	3.8	34	79	9	113	28	16	9	45	1.78
57199966--57200049	21	4.0	21	75	21	88	41	7	8	42	1.62
57199814--57200242	18	24.0	17	69	19	66	33	12	10	44	1.75
57199984--57200032	24	2.1	24	92	3	82	51	6	8	34	1.57
57200020--57200064	17	2.7	17	89	3	56	33	8	11	46	1.70
57200170--57200241	16	4.3	17	75	19	62	34	12	9	43	1.76
57200170--57200241	17	4.3	16	76	15	65	34	12	9	43	1.76
57200221--57200267	20	2.3	20	82	13	60	53	8	6	31	1.57
57200684--57200738	23	2.4	24	84	6	69	72	10	3	12	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57200686--57200748	25	2.6	24	80	7	65	73	11	1	14	1.18
57201813--57201931	43	2.8	44	81	8	131	26	21	21	31	1.98
57201859--57201952	43	2.2	44	86	5	129	23	25	19	31	1.98
57202655--57202713	26	2.3	26	96	0	109	42	3	15	38	1.63
57202995--57203037	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
57204392--57204431	16	2.5	16	87	0	53	22	15	47	15	1.82
57204514--57204566	24	2.3	22	90	6	79	35	0	41	22	1.54
57204524--57204574	12	4.2	12	78	14	52	37	1	43	17	1.61
57204820--57204857	20	1.9	20	94	0	67	57	7	0	34	1.28
57205053--57205086	15	2.2	16	89	5	52	38	2	0	58	1.13
57205212--57205269	21	2.8	21	83	0	71	46	31	3	18	1.66
57205365--57205407	22	2.0	22	90	4	70	51	30	2	16	1.57
57205895--57205963	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
57205895--57205963	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
57205944--57206034	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
57206199--57206233	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
57206214--57206401	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	42	1.39
57206298--57206349	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
57206182--57206474	120	2.4	121	94	1	518	49	5	2	42	1.37
57206415--57206697	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
57206515--57206575	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
57206522--57206665	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57206490--57206697	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
57206515--57206657	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
57206540--57206678	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
57210723--57211441	114	6.4	113	86	6	982	24	20	19	36	1.95
57211114--57211422	101	2.9	101	79	15	356	22	22	18	36	1.95
57210723--57211445	330	2.2	335	86	5	996	24	20	18	36	1.95
57211240--57211485	114	2.2	113	85	5	309	24	20	19	35	1.96
57219038--57219120	10	8.0	10	75	15	53	81	6	10	1	0.90
57219057--57219096	9	4.4	9	81	12	55	82	7	10	0	0.84
57219050--57219112	16	3.9	16	78	17	67	82	7	9	0	0.84
57219622--57219672	7	6.9	8	81	18	58	72	0	13	13	1.12
57219625--57219674	6	7.0	7	79	20	59	72	0	14	14	1.14
57219632--57219676	15	2.9	16	93	6	76	71	0	15	13	1.15
57221109--57222006	100	9.0	100	89	0	1314	29	22	25	22	1.99
57223493--57223523	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
57223754--57223795	14	3.0	14	86	6	50	38	9	0	52	1.34
57231592--57231635	21	2.0	23	86	8	65	2	31	0	65	1.05
57234495--57234609	43	2.7	43	82	8	144	26	29	20	24	1.99
57251609--57251649	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
57253488--57253526	14	2.8	14	100	0	78	30	15	0	53	1.42
57258308--57258338	15	2.1	15	93	0	53	41	25	0	32	1.56
57259753--57259821	35	2.0	35	94	0	120	18	49	10	21	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57261042--57261087	19	2.4	18	89	10	74	19	0	0	80	0.71
57261054--57261085	17	1.9	16	93	6	55	21	0	0	78	0.76
57261043--57261088	20	2.4	19	88	3	74	17	0	0	82	0.67
57261269--57261300	3	10.3	3	93	6	55	31	0	3	65	1.08
57269214--57269859	88	7.3	89	76	4	481	28	16	26	29	1.96
57269209--57269833	132	4.7	132	94	0	1090	28	16	25	29	1.97
57269991--57270600	134	4.6	134	93	0	990	26	20	23	29	1.99
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57270162--57270357	45	4.4	45	63	18	102	27	18	23	29	1.98
57272271--57272300	10	3.0	10	95	0	51	13	0	0	86	0.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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