genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  94  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27126471--27126539	29	2.4	29	85	4	86	26	4	10	59	1.48
27126884--27126919	10	3.6	10	85	14	56	19	5	0	75	1.00
27126884--27126945	20	3.2	20	80	11	74	25	4	1	67	1.19
27126943--27126995	22	2.4	22	81	12	56	49	1	1	47	1.23
27131208--27131264	12	4.8	12	77	0	51	8	17	5	68	1.35
27131207--27131271	18	3.6	18	74	0	67	7	16	6	69	1.33
27132188--27132241	17	3.3	17	80	12	60	12	9	3	74	1.20
27137667--27137774	20	5.4	20	74	4	101	12	23	21	43	1.85
27137669--27137804	40	3.4	40	82	2	157	11	24	20	44	1.84
27149227--27149406	87	2.1	87	86	5	247	42	9	8	39	1.69
27153240--27153348	33	3.5	32	81	14	138	32	28	22	16	1.96
27153296--27153502	76	2.8	74	85	7	251	33	27	17	22	1.96
27159598--27159750	40	3.8	40	81	3	182	20	26	16	35	1.94
27159598--27159752	80	1.9	80	88	0	229	21	25	16	36	1.94
27159598--27159778	40	4.5	40	75	5	132	20	27	16	35	1.93
27173319--27173380	27	2.3	27	83	10	74	43	19	17	19	1.88
27182157--27182341	51	3.6	51	79	3	171	24	16	26	32	1.96
27189166--27189410	135	1.8	135	80	2	294	33	25	20	20	1.97
27195993--27196027	16	2.2	16	90	10	54	54	2	11	31	1.51
27198248--27198336	45	2.0	45	93	0	151	42	2	12	42	1.54
27211231--27211272	22	2.0	22	90	4	68	16	7	2	73	1.15
27211228--27211284	12	5.0	12	82	8	75	21	8	1	68	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27211254--27211287	13	2.8	13	91	8	54	17	8	0	73	1.08
27211422--27211459	19	2.1	18	90	5	58	18	21	13	47	1.82
27212474--27212546	29	2.5	29	90	0	110	45	13	8	32	1.73
27212700--27213064	185	2.0	184	98	0	712	24	24	22	29	1.99
27218753--27218786	18	1.9	17	88	5	50	41	11	17	29	1.85
27231524--27231602	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27231721--27232419	47	14.4	47	90	4	984	30	28	8	32	1.87
27231736--27232419	145	4.7	145	93	3	1120	30	28	8	32	1.87
27235613--27235848	40	5.9	40	79	4	210	24	27	23	24	2.00
27235613--27235848	120	2.0	120	80	11	270	24	27	23	24	2.00
27236158--27236236	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27236218--27236320	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
27238175--27238253	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27238372--27239353	47	20.4	47	87	7	1266	30	28	8	33	1.87
27238387--27239353	145	6.7	145	89	6	1383	30	28	8	32	1.87
27239116--27239188	36	2.0	36	97	0	137	28	34	9	27	1.88
27239065--27239338	87	3.0	87	84	13	367	30	29	8	31	1.87
27239152--27239343	49	3.9	49	93	2	316	30	29	8	31	1.87
27242546--27242781	40	5.9	40	79	4	210	24	27	23	24	2.00
27242546--27242781	120	2.0	120	80	11	270	24	27	23	24	2.00
27243090--27243169	29	2.7	29	86	5	108	28	32	15	23	1.95
27243151--27243253	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27245107--27245186	37	2.2	37	86	0	115	27	31	17	23	1.97
27245305--27245946	47	13.2	47	89	6	915	29	27	8	33	1.87
27245305--27245949	98	6.6	94	89	5	903	29	27	8	33	1.87
27245321--27245949	145	4.3	145	92	4	987	29	27	8	33	1.87
27246798--27246876	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27246859--27246960	43	2.4	43	98	0	195	27	36	13	22	1.92
27248719--27248875	40	3.9	40	86	0	215	26	29	20	23	1.99
27248732--27248939	40	5.2	41	81	4	153	25	29	20	25	1.99
27248809--27248993	40	4.6	40	76	9	139	24	27	22	25	2.00
27249299--27249377	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27251284--27251359	37	2.1	37	89	0	116	26	31	19	22	1.98
27251481--27251855	47	7.9	49	91	4	581	28	30	9	31	1.88
27251789--27251926	71	1.9	71	100	0	276	30	30	8	30	1.87
27251860--27252080	49	4.6	49	94	3	378	28	29	9	32	1.89
27251597--27252080	263	1.8	263	96	0	905	29	29	9	31	1.89
27251742--27251975	120	2.0	118	96	1	432	29	30	8	30	1.88
27251860--27252080	94	2.3	95	93	3	372	28	29	9	32	1.89
27255066--27255141	37	2.1	37	89	0	116	26	31	19	22	1.98
27255263--27255906	47	13.4	47	88	6	832	29	29	8	32	1.87
27255275--27255906	145	4.4	145	90	4	897	30	29	8	32	1.87
27259098--27259333	40	5.9	40	77	4	192	24	27	24	23	2.00
27259643--27259721	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27259703--27259805	43	2.4	43	98	0	197	27	35	14	22	1.93
27261516--27261594	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27261713--27262360	47	13.4	47	90	5	945	29	28	8	33	1.87
27261713--27262358	98	6.7	97	89	5	936	29	28	8	32	1.87
27261728--27262360	145	4.4	145	94	2	1085	29	28	8	32	1.87
27264342--27264420	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27264539--27265186	47	13.4	47	90	5	945	29	28	8	33	1.87
27264539--27265184	98	6.7	97	89	5	936	29	28	8	32	1.87
27264554--27265186	145	4.4	145	94	2	1085	29	28	8	32	1.87
27267173--27267434	39	6.7	40	87	7	328	24	27	22	25	2.00
27274638--27274899	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
27282091--27282299	39	5.3	39	92	4	316	24	27	22	25	2.00
27282091--27282299	77	2.7	79	91	5	318	24	27	22	25	2.00
27289557--27289818	39	6.6	39	87	6	311	25	27	21	25	1.99
27293985--27294220	40	5.9	40	79	4	210	24	27	23	24	2.00
27293985--27294220	120	2.0	120	80	11	270	24	27	23	24	2.00
27294529--27294607	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27294589--27294691	43	2.4	43	98	0	197	27	35	14	22	1.93
27296549--27296624	37	2.1	37	89	0	116	26	31	18	23	1.97
27296743--27297488	47	15.4	47	90	5	1087	29	28	8	33	1.87
27296743--27297488	98	7.7	94	90	5	1114	29	28	8	33	1.87
27296758--27297487	145	5.0	145	93	3	1171	29	28	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27311479--27311509	16	2.0	16	93	6	55	80	0	0	19	0.71
27311479--27311509	5	6.0	5	92	7	53	80	0	0	19	0.71
27315283--27315596	157	2.0	156	98	0	610	43	10	7	38	1.68
27317896--27317929	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
27317991--27318049	30	2.0	30	86	6	84	49	11	6	32	1.66
27319978--27320104	27	4.7	27	86	1	139	40	21	9	29	1.84
27320003--27320117	54	2.1	54	79	6	126	40	18	10	30	1.84
27320559--27320614	27	2.1	27	89	0	85	17	21	25	35	1.95
27326169--27326404	81	2.9	82	84	3	291	37	16	19	25	1.93
27326146--27326404	27	9.7	27	82	1	261	37	16	20	25	1.93
27326444--27326520	24	3.3	23	72	5	66	25	5	19	49	1.69
27326698--27326763	32	2.1	32	85	2	89	24	16	19	39	1.92
27338186--27338370	79	2.3	82	84	7	238	24	27	22	25	2.00
27338186--27338370	40	4.7	40	84	6	234	24	27	22	25	2.00
27342662--27342738	5	15.0	5	94	2	127	40	0	20	38	1.53
27342887--27342927	20	2.0	20	85	0	55	12	24	21	41	1.87
27344162--27344189	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
27353469--27353522	26	2.1	26	100	0	108	50	14	0	35	1.44
27359452--27359487	18	2.0	18	100	0	72	44	16	22	16	1.86
27363781--27364006	51	4.5	50	76	6	168	27	26	17	28	1.98
27371386--27371428	14	3.1	14	75	24	54	34	27	13	23	1.93
27371378--27371425	12	3.7	12	77	20	51	37	29	10	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27371395--27371531	51	2.7	51	82	4	170	32	26	18	23	1.97
27374953--27375023	36	2.0	36	88	0	106	42	18	19	19	1.90
27385501--27385545	20	2.2	20	96	0	81	40	17	33	8	1.81
27385473--27385554	20	4.1	20	73	6	67	39	18	28	14	1.90
27388792--27388872	40	2.0	40	82	2	99	30	24	20	23	1.99
27395644--27395699	27	2.1	27	82	0	67	33	23	23	19	1.97
27396189--27396349	27	6.0	27	81	5	157	29	5	21	42	1.76
27396184--27396344	54	3.0	54	82	1	198	29	6	21	42	1.78
27396163--27396335	81	2.1	81	77	6	181	29	8	20	41	1.81
27398399--27398437	18	2.1	18	85	4	51	48	12	7	30	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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