genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  36  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9929304--9929395	44	2.1	44	89	6	141	31	4	29	34	1.77
9929533--9929887	119	3.0	119	96	0	647	51	5	0	41	1.31
9932657--9932696	18	2.2	18	95	0	71	55	5	35	5	1.44
9936946--9936976	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
9942243--9942302	22	2.7	22	84	0	84	26	6	23	43	1.78
9942305--9942380	33	2.3	33	84	4	91	31	21	19	27	1.97
9942369--9942630	29	9.0	28	70	8	139	29	24	22	24	1.99
9942369--9942541	87	2.0	87	85	2	231	30	25	21	22	1.99
9942446--9942592	58	2.5	58	82	0	159	28	25	23	22	1.99
9942369--9942582	87	2.5	87	81	0	221	29	24	21	23	1.99
9942598--9942663	34	1.9	34	84	0	87	28	24	24	22	1.99
9945129--9945320	106	1.8	106	91	0	321	32	21	18	27	1.97
9949288--9949669	43	9.0	43	90	2	524	30	24	21	23	1.99
9949978--9950032	21	2.6	21	79	0	65	7	45	12	34	1.70
9949993--9950196	87	2.3	87	84	3	259	11	31	16	40	1.84
9950085--9950130	21	2.2	21	84	0	56	2	36	19	41	1.64
9955689--9956477	103	8.0	94	85	9	434	38	1	13	46	1.51
9955805--9956479	103	6.4	103	84	9	737	37	0	14	47	1.49
9956094--9956277	87	2.1	87	93	2	316	38	1	13	47	1.49
9955888--9956479	293	2.0	296	95	1	1066	37	0	14	47	1.48
9956180--9956477	34	8.7	34	77	11	304	37	1	13	47	1.50
9956956--9957049	47	2.0	47	89	0	143	32	22	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9959233--9959287	14	4.0	14	75	11	51	41	32	1	23	1.65
9960777--9960825	22	2.3	22	85	3	64	63	4	4	28	1.31
9961026--9961087	19	2.9	21	79	20	67	64	1	4	29	1.23
9963487--9963526	16	2.6	15	84	4	53	77	0	12	10	0.99
9965434--9965466	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
9965982--9966034	16	3.3	16	74	10	54	33	24	5	35	1.79
9966224--9966359	41	3.5	40	74	7	125	33	25	15	25	1.95
9966506--9966552	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
9967230--9967269	4	10.2	4	84	15	57	0	27	0	72	0.85
9972859--9973012	20	7.7	20	72	5	96	54	9	18	17	1.69
9972910--9973025	60	1.9	61	82	5	146	56	6	18	18	1.62
9972940--9973025	20	4.3	20	67	20	54	56	4	17	20	1.58
9974639--9974855	105	2.1	101	79	5	238	34	15	23	26	1.94
9979539--9979570	8	3.9	8	95	4	55	46	0	0	53	1.00
9979613--9979654	13	3.2	13	84	15	59	76	0	16	7	1.00
9982195--9982242	20	2.5	19	78	18	55	37	12	2	47	1.53
9982755--9982830	20	3.8	18	78	16	71	55	6	11	26	1.60
9983014--9983070	21	2.7	21	81	10	71	38	1	0	59	1.08
9983015--9983070	22	2.6	23	76	23	68	39	1	0	58	1.08
9984969--9985074	42	2.5	42	80	8	126	15	19	16	48	1.82
9991329--9991376	18	2.7	18	83	9	62	68	0	31	0	0.90
9998063--9998122	24	2.5	24	89	5	86	13	43	0	43	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10000925--10001028	42	2.5	42	93	0	181	31	27	17	23	1.97
10002354--10002540	51	3.7	51	81	5	202	24	17	27	31	1.97
10002358--10002542	101	1.8	102	86	5	268	24	17	27	31	1.97
10002509--10002533	12	2.1	12	100	0	50	24	16	28	32	1.96
10011866--10011900	18	1.9	18	88	0	52	77	5	2	14	1.07
10012261--10012475	45	4.8	45	82	2	184	39	17	20	22	1.92
10012398--10012522	44	2.8	44	84	4	153	42	16	19	22	1.89
10012825--10012886	13	4.7	13	76	11	54	56	1	8	33	1.38
10012929--10012963	13	2.7	13	100	0	70	40	11	22	25	1.88
10012972--10013108	73	1.9	73	87	0	202	34	6	18	40	1.77
10015549--10015595	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
10016494--10016573	23	3.5	23	73	11	65	30	12	30	27	1.93
10019281--10019323	23	1.9	23	85	4	61	58	0	6	34	1.25
10020180--10020239	27	2.2	28	88	5	88	40	21	23	15	1.91
10020424--10020507	26	3.2	26	81	6	116	27	15	17	39	1.90
10027261--10027305	18	2.6	18	89	3	65	20	15	0	64	1.29
10034159--10034464	45	6.8	45	91	0	477	28	15	25	30	1.96
10034560--10034727	51	3.3	51	85	0	228	27	16	23	32	1.96
10034560--10034751	51	3.8	51	83	2	215	28	16	23	31	1.96
10034560--10034765	102	2.0	103	83	0	261	29	15	25	30	1.96
10036174--10036246	18	4.9	14	73	25	62	26	8	0	65	1.20
10037475--10037546	32	2.2	32	82	0	90	50	2	25	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10037556--10037644	39	2.3	39	88	1	135	37	15	15	31	1.90
10041962--10042033	32	2.2	32	85	0	99	45	2	26	25	1.67
10042043--10042131	39	2.3	39	94	1	153	38	15	14	31	1.88
10042323--10042360	20	2.0	20	90	10	62	21	26	10	42	1.85
10043932--10044052	64	1.9	64	87	3	181	33	25	12	28	1.92
10045250--10045416	43	3.9	44	82	7	198	29	30	16	23	1.96
10045242--10045458	86	2.5	87	82	2	249	29	29	16	24	1.97
10045250--10045458	43	4.9	42	78	4	175	29	29	16	24	1.96
10058089--10058126	3	12.7	3	94	0	67	2	34	0	63	1.09
10059394--10059436	22	2.0	21	82	13	52	65	9	2	23	1.34
10062254--10062354	45	2.2	45	87	0	139	38	15	18	26	1.91
10062270--10062370	45	2.2	45	89	0	148	39	11	18	29	1.87
10067838--10067892	25	2.2	25	77	6	58	23	3	7	65	1.34
10073399--10073443	22	2.0	23	82	4	56	40	4	13	42	1.64
10073892--10073951	30	2.0	31	83	3	77	43	6	15	35	1.72
10080167--10080196	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
10083108--10083144	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
10083276--10083316	17	2.4	17	83	0	55	70	7	4	17	1.28
10086506--10086628	63	2.0	63	96	0	228	31	1	13	52	1.50
10090745--10090899	78	2.0	78	97	0	292	41	17	13	27	1.87
10092756--10092783	10	2.8	10	100	0	56	60	17	0	21	1.36
10097398--10097528	67	2.0	67	83	1	165	36	20	16	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10103160--10103188	14	2.0	15	93	6	51	48	6	24	20	1.74
10105779--10105822	15	2.9	14	78	18	52	77	2	9	11	1.08
10114893--10114956	29	2.2	29	91	0	101	53	14	10	21	1.71
10117611--10117652	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
10117717--10117789	16	4.6	16	73	19	55	53	1	0	45	1.09
10117742--10117789	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
10117602--10118016	120	3.5	120	94	1	717	49	5	2	43	1.38
10118032--10118323	91	3.2	91	96	0	532	46	3	3	46	1.36
10118297--10118329	17	2.0	17	88	5	50	39	6	9	45	1.61
10118098--10118325	47	5.1	44	69	21	177	46	3	3	45	1.38
10118632--10118662	16	1.9	16	100	0	62	25	6	9	58	1.54
10118675--10118795	64	1.9	64	98	0	233	30	7	9	52	1.62
10118863--10118912	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
10120872--10121074	41	5.0	41	87	4	212	19	18	28	33	1.95
10135634--10135856	25	9.1	25	70	14	142	22	15	26	34	1.94
10135674--10135853	24	7.4	24	70	13	125	22	15	26	35	1.94
10135648--10135856	49	4.3	49	83	3	269	22	15	27	35	1.94
10137138--10137175	16	2.5	15	91	8	67	60	10	13	15	1.59
10137217--10137250	13	2.7	13	95	4	61	41	0	0	58	0.98
10137439--10137505	32	2.0	35	83	13	88	44	1	5	47	1.36
10141172--10141290	22	5.4	22	76	7	116	39	21	22	16	1.92
10141172--10141290	44	2.7	44	84	0	148	39	21	22	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10144874--10144943	33	2.1	34	94	5	124	31	14	7	47	1.71
10145085--10145114	14	2.2	13	94	5	51	46	0	6	46	1.29
10146740--10146784	18	2.4	18	81	3	54	53	4	0	42	1.21
10150899--10150945	8	5.3	9	82	7	53	21	2	0	76	0.89
10150899--10150956	19	3.2	19	79	15	70	20	3	0	75	0.94
10150914--10150994	20	4.2	19	73	14	67	25	2	3	67	1.19
10150981--10151040	26	2.2	27	82	5	68	28	10	1	60	1.39
10151036--10151102	17	3.8	17	76	7	53	26	5	1	65	1.24
10153491--10153516	11	2.4	11	100	0	52	53	7	0	38	1.30
10153464--10153546	9	9.2	9	74	20	59	54	2	0	43	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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