genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  84  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23799292--23799328	12	3.1	12	96	0	65	45	0	2	51	1.15
23811407--23811578	23	7.5	23	89	0	245	38	18	13	28	1.89
23812261--23812395	40	3.3	40	81	5	146	33	26	14	25	1.95
23813955--23814012	31	1.9	31	86	6	84	48	1	20	29	1.60
23815580--23815611	16	2.0	16	100	0	64	43	0	6	50	1.27
23816577--23816623	14	3.1	15	77	20	53	53	2	17	27	1.55
23821489--23821520	11	2.8	12	86	13	50	34	0	0	65	0.93
23825046--23825072	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
23827430--23827622	50	3.9	49	75	8	162	29	19	28	23	1.98
23829450--23829479	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
23830562--23831255	143	4.9	143	86	2	840	27	21	20	30	1.98
23830562--23831255	285	2.4	285	86	2	917	27	21	20	30	1.98
23831195--23831609	44	9.3	45	70	12	223	27	20	19	32	1.97
23832853--23832953	47	2.1	48	88	1	150	11	19	18	49	1.78
23833908--23833949	12	3.7	12	75	12	52	26	2	7	64	1.32
23833899--23833945	22	2.3	20	89	10	69	25	4	4	65	1.29
23836883--23837196	40	7.8	40	93	0	520	23	29	21	24	1.99
23845361--23845672	40	7.8	40	92	1	502	23	29	22	25	1.99
23845361--23845672	118	2.6	120	93	1	520	23	29	22	25	1.99
23851249--23851280	10	3.3	10	95	4	57	62	0	0	37	0.95
23851578--23851631	20	2.4	24	80	20	64	59	1	7	31	1.36
23851558--23851614	20	2.9	20	75	17	57	57	1	5	35	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23852811--23852858	12	4.2	12	76	10	55	12	0	14	72	1.11
23852806--23852847	22	1.9	22	90	9	68	16	0	11	71	1.14
23855891--23855941	2	25.5	2	91	0	84	49	0	47	3	1.20
23859779--23859803	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
23863291--23863473	51	3.6	51	78	4	217	28	14	26	30	1.95
23863451--23863489	14	2.8	14	96	0	69	30	15	25	28	1.96
23866377--23866402	8	3.2	8	100	0	52	34	11	11	42	1.77
23867434--23867493	30	2.0	30	93	0	102	45	11	18	25	1.83
23869099--23869123	7	3.6	7	100	0	50	24	44	0	32	1.54
23874951--23875144	50	3.9	50	88	0	271	22	30	21	25	1.99
23879947--23880097	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92
23888164--23888286	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
23888164--23888286	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
23888189--23888299	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
23895130--23895174	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
23896732--23897801	44	24.5	44	69	12	460	28	26	18	26	1.98
23896708--23897848	218	5.2	218	91	0	1764	28	26	17	27	1.98
23896808--23897711	85	10.4	89	68	10	381	28	27	17	26	1.98
23897418--23897760	174	2.0	173	80	9	385	27	27	18	26	1.98
23899107--23899149	7	6.1	7	81	10	52	16	13	0	69	1.19
23899998--23900044	22	2.1	22	84	7	60	2	23	0	74	0.93
23900035--23900107	6	12.7	6	81	5	53	10	8	9	71	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23906771--23907064	50	5.8	51	91	1	407	20	31	22	25	1.98
23906807--23906886	25	3.2	25	61	22	58	18	27	22	31	1.97
23918974--23919130	66	2.3	68	91	3	246	15	17	3	63	1.45
23919122--23919184	19	3.4	19	71	20	53	7	19	3	69	1.27
23926047--23926075	5	5.8	5	100	0	58	62	0	0	37	0.96
23930217--23930269	22	2.4	22	84	6	63	28	0	3	67	1.07
23932190--23932251	31	2.1	30	82	8	74	58	1	0	40	1.08
23940550--23940580	14	2.1	15	94	5	55	48	0	0	51	1.00
23942880--23943025	50	2.9	51	78	8	172	31	25	13	29	1.94
23946387--23946859	107	4.5	106	91	2	738	34	17	15	32	1.92
23946387--23946859	213	2.2	214	91	3	760	34	17	15	32	1.92
23956666--23956939	96	2.9	96	80	10	299	37	3	17	41	1.66
23956979--23957394	126	3.3	126	92	0	670	32	18	21	27	1.97
23958401--23958501	52	1.9	52	97	0	193	32	22	18	25	1.97
23965995--23966062	34	2.0	35	88	2	102	45	8	5	39	1.60
23972533--23972669	50	2.7	50	81	13	156	21	18	28	31	1.97
23972893--23972924	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
23979983--23980016	18	1.9	18	88	5	52	20	29	38	11	1.88
23987900--23987938	16	2.4	16	86	0	51	28	30	12	28	1.93
23988428--23988466	20	1.9	21	85	15	55	41	17	12	28	1.87
23991416--23991451	14	2.6	14	100	0	72	16	5	5	72	1.23
23995924--23995992	20	3.4	20	73	11	68	36	20	31	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23995944--23996028	21	4.1	21	81	3	118	32	17	30	18	1.95
23995772--23996011	41	5.9	41	81	2	232	37	16	27	19	1.92
23996777--23996845	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
23996777--23996845	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
23996826--23996916	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
23997061--23997115	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
23997067--23997115	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
23997297--23997348	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
23997432--23997472	16	2.5	17	85	14	52	53	0	2	43	1.13
23997064--23997473	120	3.4	120	93	2	693	50	5	1	41	1.37
24006364--24006424	20	3.0	20	68	2	59	36	16	29	18	1.92
24006330--24006489	41	3.9	41	85	0	205	33	16	28	21	1.95
24006365--24006471	20	5.2	20	63	12	56	34	14	31	18	1.92
24006335--24006480	20	7.2	20	61	13	55	34	15	28	20	1.94
24010022--24010058	3	12.3	3	94	0	65	67	0	29	2	1.04
24013561--24013720	71	2.3	71	85	2	205	38	26	13	21	1.90
24013615--24013777	71	2.3	70	83	6	186	35	23	15	25	1.94
24015802--24015845	11	3.9	11	82	5	52	34	0	2	63	1.07
24021912--24022033	60	2.0	60	83	0	154	24	15	20	39	1.91
24021910--24022057	30	4.9	30	76	6	129	25	16	19	38	1.92
24022599--24022679	40	2.0	40	92	0	135	29	9	14	45	1.77
24022803--24022849	9	4.9	9	82	12	58	23	0	19	57	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24022818--24022850	11	3.2	11	91	8	52	18	0	18	63	1.31
24030478--24030904	40	10.7	40	94	0	746	29	20	27	22	1.98
24039118--24039393	40	6.9	40	97	0	525	30	19	27	22	1.98
24039397--24039562	40	4.2	40	93	0	287	30	18	28	22	1.98
24039299--24039495	98	2.0	98	98	0	385	30	17	28	23	1.97
24039259--24039531	138	2.0	138	95	0	492	30	18	28	23	1.97
24039219--24039562	178	1.9	178	96	0	634	30	18	28	22	1.98
24050541--24050582	19	2.2	19	86	0	57	23	0	19	57	1.41
24050542--24050594	10	5.3	10	84	8	63	22	0	16	60	1.36
24050561--24050594	11	3.2	11	95	4	61	17	0	17	64	1.29
24058191--24058571	40	9.7	40	94	3	675	30	20	27	21	1.98
24066797--24067223	40	10.7	40	94	0	755	29	20	28	22	1.98
24072652--24072686	17	2.0	18	88	5	54	54	11	17	17	1.71
24072890--24072937	20	2.5	18	83	6	51	68	4	2	25	1.18
24075633--24075825	98	2.0	98	88	0	287	27	10	24	37	1.88
24078777--24079309	267	2.0	267	98	0	1039	30	11	19	37	1.88
24087473--24087905	45	9.7	43	70	16	233	29	20	22	27	1.99
24087666--24087857	95	2.0	95	93	0	330	29	20	23	26	1.99
24087873--24088040	67	2.5	67	94	0	284	30	22	23	23	1.99
24089921--24090115	98	2.0	98	92	0	327	27	11	24	36	1.90
24097444--24097655	29	7.3	29	83	2	230	38	16	25	19	1.92
24097444--24097655	58	3.6	58	83	3	257	38	16	25	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24097444--24097656	88	2.4	87	86	2	275	38	16	25	19	1.92
24103045--24103081	15	2.5	15	100	0	74	32	13	24	29	1.93
24107341--24107591	125	2.0	127	88	3	373	31	16	20	30	1.95
24108313--24108369	29	2.0	29	96	0	105	49	8	7	35	1.61
24109467--24109525	30	1.9	30	86	10	84	55	1	3	38	1.26
24111268--24111309	21	2.0	21	85	0	57	2	21	45	30	1.65
24111565--24111607	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
24112742--24112826	11	8.0	11	69	20	56	43	2	30	23	1.66
24112726--24112825	51	2.0	51	92	4	166	45	2	28	25	1.65
24114152--24114208	30	1.9	30	85	7	80	38	12	1	47	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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