Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  20  of  214  ( 25680 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5562485--5562534
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2.0
25
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0
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28
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2.7
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120
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16
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16
3.0
16
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12
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2
0
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1.13
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16
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19
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54
1
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0
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1
0
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1.11
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16
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52
2
0
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1.13
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5588029--5588102
38
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38
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40
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0
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202
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33
1.11
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30
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32
1.09
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1.10
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2.5
20
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9
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53
8
0
38
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
19
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5
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2.0
18
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23
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1.13
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16
1.9
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12
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18
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2.3
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1
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5599226--5599272
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2.5
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1
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1.26
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2.1
25
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34
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34
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1.89
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0
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19
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100
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18
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75
5
19
0
0.99
5637827--5637864
10
4.0
10
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13
53
76
0
23
0
0.79
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2.9
25
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10
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29
19
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1.96
5638444--5638533
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10
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26
21
32
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5638469--5638552
25
3.3
25
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8
73
20
26
20
33
1.97
5645289--5645338
25
2.0
26
88
4
75
20
4
8
68
1.32
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3.5
125
90
0
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20
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3.7
7
100
0
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57
15
0
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1.38
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9
13.0
9
72
17
81
35
0
3
60
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5662565--5662683
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56
90
7
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0
3
61
1.13
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8
3.5
8
100
0
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0
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10
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0
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22
0
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2.0
82
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2
234
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22
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2.3
23
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0
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6
100
0
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17
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90
0
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10
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0
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0
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18
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13
15
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1.9
18
94
0
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40
48
0
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2.1
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27
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1.84
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2.0
92
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0
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0
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1.13
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20
2.2
20
86
4
59
21
4
4
69
1.26
5755071--5755117
19
2.4
19
82
3
58
21
4
4
70
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5755637--5755732
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2.4
40
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8
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25
23
29
21
1.99
5755658--5755746
40
2.3
39
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3
115
23
29
24
22
1.99
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114
2.7
112
77
4
309
27
17
23
31
1.97
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2.0
73
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9
172
31
14
19
34
1.91
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3.5
21
71
5
58
21
0
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34
1.53
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7
10.9
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75
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18
1
51
28
1.54
5768888--5768964
22
3.6
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10
61
18
1
51
28
1.54
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2.0
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14
51
1.59
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2.0
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2.0
20
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5
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1.45
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25
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4
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50
19
3
27
1.63
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41
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14
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19
2
29
1.64
5772072--5772306
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17
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31
1.67
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16
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19
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30
1.65
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21
2.1
21
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18
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19
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1.65
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20
4
32
1.70
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21
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20
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19
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5
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23
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54
40
9
9
40
1.68
5780089--5780384
157
1.9
156
85
4
409
33
20
10
35
1.87
5782313--5782392
30
2.6
32
80
9
96
72
3
0
23
1.01
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5782316--5782392
15
5.2
15
74
11
70
71
3
0
24
1.03
5785050--5785108
30
1.9
31
83
10
77
44
5
6
44
1.52
5787289--5787319
4
7.8
4
92
0
53
0
22
0
77
0.77
5800846--5800989
40
3.6
40
80
3
164
31
14
30
22
1.94
5810308--5810361
21
2.6
21
87
0
81
24
9
37
29
1.86
5816921--5816945
12
2.1
12
100
0
50
8
8
8
76
1.18
5817273--5817298
11
2.4
11
100
0
52
57
7
26
7
1.54
5829670--5829715
18
2.4
19
82
14
58
50
4
8
36
1.53
5829682--5829718
18
2.1
18
100
0
74
43
5
5
45
1.49
5833884--5833935
20
2.6
20
100
0
104
44
30
13
11
1.79
5834761--5834817
26
2.2
26
87
9
82
49
1
1
47
1.22
5837576--5837915
51
6.7
51
80
5
343
29
16
25
29
1.96
5837576--5837915
102
3.4
101
84
4
393
29
16
25
29
1.96
5841734--5841781
16
3.0
16
82
8
53
43
25
0
31
1.55
5859960--5860013
27
2.0
27
100
0
108
25
11
22
40
1.87
5860633--5860694
30
2.1
30
87
0
88
40
8
19
32
1.81
5861372--5861403
16
2.0
16
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0
55
31
0
9
59
1.29
5861825--5861869
22
2.0
22
95
0
81
24
13
24
37
1.91
5865490--5865542
25
2.1
25
96
0
97
18
16
24
39
1.91
5869380--5869411
16
2.0
16
93
0
55
34
0
6
59
1.23
5869691--5869751
19
3.3
18
68
11
52
68
0
1
29
0.99
5869694--5869764
36
1.9
37
88
8
110
70
0
1
28
0.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5869740--5869765
6
4.3
6
100
0
52
80
0
0
19
0.71
5872520--5872548
15
1.9
15
100
0
58
13
20
17
48
1.81
5876427--5876477
3
17.0
3
100
0
102
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0
0
33
0.92
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9
3.1
9
100
0
56
89
0
0
10
0.49
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49
4.8
49
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8
266
53
13
8
23
1.67
5884237--5884474
99
2.4
99
84
6
293
53
13
8
23
1.67
5884367--5884502
55
2.6
50
79
12
148
52
11
8
27
1.64
5886040--5886111
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2.3
32
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13
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9
15
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1.43
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2.2
28
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13
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52
3
1
42
1.27
5921434--5921499
27
2.4
27
83
14
75
56
3
3
37
1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214