genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  82  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23208372--23208437	21	3.1	21	91	0	96	13	43	24	18	1.86
23208433--23208483	20	2.5	20	93	0	84	39	43	9	7	1.67
23208480--23208533	7	7.7	7	87	0	54	33	51	3	11	1.55
23208480--23208540	14	4.4	14	75	8	61	31	52	4	11	1.58
23208478--23208533	21	2.7	21	77	8	69	33	50	5	10	1.60
23208535--23208619	21	4.0	21	85	0	107	17	38	25	17	1.92
23208530--23208631	7	14.6	7	83	0	96	17	42	22	17	1.89
23208647--23208705	14	4.1	14	84	2	73	42	33	3	20	1.69
23208647--23208705	7	8.3	7	79	3	55	42	33	3	20	1.69
23208647--23208702	28	2.0	28	89	0	85	42	33	3	19	1.69
23213697--23214010	42	7.4	42	77	7	280	18	25	34	21	1.96
23213700--23213995	85	3.5	83	79	10	314	18	25	34	21	1.96
23213932--23214031	42	2.4	42	89	0	146	21	28	33	18	1.96
23214426--23215638	85	14.3	84	79	5	910	16	30	34	18	1.93
23214404--23215641	170	7.3	168	76	6	1018	16	31	33	18	1.93
23214732--23215638	298	3.0	296	86	3	1171	16	30	33	18	1.94
23214402--23215625	340	3.6	338	83	5	1335	16	30	33	18	1.93
23216990--23217108	43	2.8	42	79	3	132	31	24	18	26	1.98
23219016--23219042	14	1.9	14	100	0	54	59	7	14	18	1.58
23219720--23219755	18	2.1	18	89	5	56	61	2	30	5	1.33
23229092--23229137	18	2.6	18	85	0	65	67	2	0	30	1.03
23229266--23229326	17	3.4	17	72	12	59	32	1	13	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23229256--23229335	37	2.2	37	93	0	133	33	2	13	50	1.56
23229281--23229335	17	3.0	18	70	15	58	36	1	14	47	1.55
23231468--23231499	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
23231495--23231543	19	2.7	18	84	9	55	42	2	4	51	1.32
23231733--23231763	9	3.4	9	95	0	53	41	16	12	29	1.85
23238505--23238533	8	3.6	8	100	0	58	10	0	0	89	0.48
23238530--23238555	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
23238513--23238635	39	3.1	39	85	11	178	32	3	0	64	1.10
23238552--23238612	10	6.4	10	77	19	60	29	1	0	68	0.99
23238555--23238626	17	4.0	17	73	18	65	36	1	0	62	1.04
23238552--23238612	9	6.4	9	76	16	52	29	1	0	68	0.99
23238609--23238644	11	3.3	11	88	11	56	38	2	0	58	1.13
23238520--23238662	38	3.5	39	84	12	173	35	2	0	60	1.16
23240360--23240561	43	4.8	42	84	8	225	30	27	15	26	1.96
23240361--23240561	84	2.4	84	85	7	248	30	27	15	26	1.96
23243930--23243972	21	2.0	22	86	13	63	44	0	13	41	1.44
23243930--23243973	20	2.1	21	84	12	56	45	0	13	40	1.44
23244008--23244195	64	2.9	64	82	7	159	34	7	17	40	1.78
23244046--23244222	64	2.8	66	81	13	214	33	7	18	40	1.79
23245183--23245225	21	2.0	20	83	16	52	30	11	16	41	1.83
23246751--23246878	56	2.3	57	91	2	215	28	22	23	25	1.99
23246750--23246878	28	4.6	28	94	0	195	27	23	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23247333--23247393	27	2.3	27	88	5	88	22	18	19	39	1.92
23251997--23252165	40	4.2	40	86	0	205	24	30	21	23	1.99
23259883--23260052	40	4.3	40	90	0	234	25	28	21	24	1.99
23259881--23260105	80	2.8	79	81	4	211	25	28	21	24	1.99
23263377--23263592	79	2.8	78	85	4	260	25	22	26	25	2.00
23263377--23263585	39	5.3	40	81	5	239	24	22	26	25	2.00
23267166--23267206	10	3.9	10	81	12	55	85	0	14	0	0.60
23278343--23278441	39	2.5	39	85	3	128	44	23	5	27	1.74
23286164--23286208	21	2.1	21	95	0	81	40	4	42	13	1.64
23291735--23291787	5	10.4	5	87	4	79	0	41	1	56	1.10
23292470--23292611	27	5.3	27	88	0	185	37	26	24	11	1.89
23292952--23293060	28	3.9	28	87	2	157	21	24	23	30	1.99
23292952--23293062	56	2.0	56	91	3	179	20	25	23	30	1.99
23299302--23299369	5	14.0	5	86	6	95	2	33	0	63	1.10
23300066--23300277	27	7.9	27	79	8	200	43	22	19	14	1.87
23300066--23300277	54	3.9	54	81	9	229	43	22	19	14	1.87
23300066--23300262	81	2.4	80	83	4	236	43	23	18	14	1.87
23300066--23300293	81	2.8	78	78	9	235	41	22	19	15	1.90
23300636--23300742	28	3.8	28	82	2	135	26	23	23	27	2.00
23300633--23300754	56	2.2	55	79	7	138	25	20	22	31	1.98
23301503--23301692	40	4.8	40	88	2	256	19	30	15	34	1.93
23301519--23301624	20	5.3	19	68	20	74	16	33	15	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23302453--23302522	30	2.3	31	92	7	126	25	28	20	25	1.99
23303931--23303957	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
23304057--23304342	50	5.7	50	91	0	446	25	22	31	20	1.98
23307277--23307355	21	3.9	20	77	8	72	5	24	1	69	1.16
23307289--23307355	20	3.3	20	81	10	75	5	22	0	71	1.07
23307288--23307357	13	5.2	13	72	16	54	5	24	0	70	1.09
23308550--23308733	101	1.8	102	91	3	309	24	16	26	32	1.96
23308549--23308741	51	3.8	51	78	4	194	24	17	27	31	1.97
23308738--23308832	45	2.1	45	90	3	156	27	18	23	30	1.98
23308907--23308979	37	1.9	37	84	13	96	42	1	23	32	1.63
23313806--23313839	17	2.0	17	100	0	68	47	0	5	47	1.26
23315830--23316239	213	1.9	213	97	0	784	26	17	18	37	1.93
23317762--23317863	51	2.0	51	100	0	204	43	7	15	33	1.76
23317773--23317854	26	3.2	26	61	22	64	46	7	17	29	1.74
23318484--23318509	11	2.4	11	100	0	52	19	0	0	80	0.71
23319918--23319981	33	1.9	34	90	3	103	7	28	6	57	1.51
23321679--23321809	40	3.3	40	83	0	154	33	22	18	25	1.97
23321998--23322104	40	2.7	40	82	2	126	28	18	23	28	1.98
23321834--23322113	154	1.8	154	83	3	375	30	18	22	28	1.97
23322565--23322596	15	2.1	15	94	0	55	21	0	43	34	1.53
23326636--23326699	21	2.9	23	77	13	71	39	6	4	50	1.49
23332022--23332065	7	6.4	7	82	12	56	65	0	18	15	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23332026--23332065	13	3.0	13	88	3	53	67	0	17	15	1.23
23332022--23332065	21	2.2	20	91	4	70	65	0	18	15	1.27
23333285--23333529	87	2.8	87	94	0	418	28	22	24	24	1.99
23335857--23335883	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
23340294--23340478	49	3.8	49	81	7	198	28	22	27	22	1.99
23341793--23341981	43	4.4	43	79	4	184	28	19	24	27	1.99
23341792--23341951	85	1.9	86	82	3	207	28	17	26	27	1.98
23341930--23342044	57	2.0	57	79	3	124	33	22	19	24	1.97
23343907--23343984	40	2.0	39	82	12	97	51	12	7	28	1.67
23348415--23348599	51	3.7	50	77	9	196	29	25	17	26	1.98
23348413--23348597	101	1.8	101	89	3	291	30	25	17	26	1.98
23350450--23350489	13	3.1	13	88	0	62	30	15	17	37	1.90
23351602--23351655	26	2.0	27	92	3	92	42	0	14	42	1.46
23352628--23352666	8	4.9	8	100	0	78	12	23	51	12	1.74
23353448--23353531	16	5.2	16	73	15	75	15	25	2	57	1.51
23353448--23353531	32	2.6	32	82	0	105	15	25	2	57	1.51
23355022--23355682	150	4.3	151	87	5	902	28	11	8	51	1.66
23356080--23356372	125	2.3	124	88	2	453	27	18	23	30	1.98
23361306--23361518	43	5.0	43	74	5	198	23	27	20	29	1.99
23361306--23361548	86	2.8	86	81	4	242	23	25	20	30	1.99
23367416--23367886	9	55.3	9	66	20	203	31	3	19	45	1.66
23367420--23367774	16	22.1	16	68	19	122	30	3	19	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23367408--23367773	25	14.8	25	77	12	230	31	3	19	46	1.66
23367420--23367717	41	7.0	42	74	9	175	30	3	18	47	1.65
23367420--23367748	66	5.0	67	80	9	334	30	3	18	47	1.66
23367583--23367742	41	3.9	41	84	4	121	29	3	21	46	1.66
23367802--23367849	25	1.9	25	86	0	69	33	0	20	45	1.52
23367815--23367886	37	1.9	37	94	0	126	33	0	16	50	1.46
23368714--23368750	16	2.3	16	90	9	58	54	0	0	45	1.00
23370867--23370906	15	2.6	16	80	8	55	52	0	2	45	1.14
23372806--23372859	24	2.3	24	81	12	67	35	3	5	55	1.41
23378029--23378067	20	2.0	20	85	10	53	28	2	2	66	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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