genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  54  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15058029--15058585	281	2.0	281	83	2	706	27	22	19	31	1.97
15058914--15058965	26	2.0	26	92	0	86	19	17	21	42	1.89
15061932--15062202	102	2.6	103	78	6	244	29	18	18	33	1.95
15081959--15082050	25	3.6	25	79	4	87	35	22	20	20	1.96
15082669--15082710	21	2.0	21	85	0	57	38	23	0	38	1.55
15082680--15082710	10	2.9	11	90	9	55	35	29	0	35	1.58
15090411--15090550	46	3.0	46	93	0	235	27	26	8	37	1.86
15098656--15098704	24	2.0	24	100	0	98	24	8	16	51	1.71
15098662--15098718	24	2.4	24	88	2	80	26	8	19	45	1.79
15104201--15104240	12	3.6	11	80	12	55	82	0	17	0	0.67
15104209--15104241	6	5.5	6	100	0	66	84	0	15	0	0.61
15105774--15105846	37	2.0	37	91	2	121	19	6	6	67	1.37
15136640--15136712	37	2.0	37	91	2	121	20	6	6	65	1.40
15143971--15144016	11	4.2	11	78	10	58	52	8	0	39	1.33
15149178--15149601	125	3.4	125	85	2	627	29	18	22	29	1.97
15153268--15153307	18	2.2	18	90	0	62	37	7	32	22	1.82
15155176--15155228	11	4.7	12	82	15	60	45	0	28	26	1.54
15155117--15155214	51	1.9	51	83	4	126	45	2	24	27	1.64
15156241--15156284	21	2.0	22	83	12	56	9	6	15	68	1.38
15158703--15158839	26	5.3	26	77	0	139	25	11	25	37	1.90
15158702--15158839	52	2.7	52	80	2	170	26	11	25	36	1.90
15160828--15160880	19	2.8	19	77	11	65	71	1	0	26	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15160828--15160873	18	2.5	19	85	3	58	71	2	0	26	0.97
15162553--15162653	49	2.1	49	84	0	130	30	27	13	27	1.94
15165303--15165341	4	10.0	4	94	5	71	74	0	0	25	0.82
15165646--15165741	31	3.1	31	93	3	165	45	12	9	32	1.74
15168903--15168965	23	2.8	23	73	2	65	4	12	7	74	1.19
15169512--15169607	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
15172215--15172327	43	2.6	43	78	13	133	23	22	26	27	1.99
15173022--15173056	10	3.4	10	96	4	61	8	51	31	8	1.63
15173074--15173133	28	2.2	28	85	5	88	70	0	1	28	0.97
15173444--15173483	22	2.0	20	85	14	55	25	2	17	55	1.55
15177273--15177312	20	2.0	21	85	5	55	20	7	5	67	1.34
15179167--15179214	23	2.1	23	84	0	60	18	27	20	33	1.96
15179154--15179293	73	1.9	73	88	5	212	19	25	21	34	1.96
15179153--15179306	25	6.3	25	71	17	96	18	25	21	34	1.96
15179297--15179363	25	2.7	25	81	4	73	28	26	13	31	1.94
15182098--15182149	9	5.8	9	77	8	52	28	7	3	59	1.43
15182095--15182137	15	2.9	15	82	0	50	32	6	0	60	1.23
15182098--15182159	27	2.3	27	83	5	72	32	6	4	56	1.46
15185122--15185168	22	2.1	22	96	0	85	38	4	23	34	1.74
15205771--15206108	44	7.7	44	72	4	200	28	19	23	28	1.98
15206829--15206872	23	2.0	22	82	13	54	11	13	2	72	1.21
15209284--15209320	19	2.0	18	94	5	65	48	5	16	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15211361--15211389	15	1.9	15	100	0	58	68	3	0	27	1.05
15213625--15213704	42	1.9	42	89	0	124	35	27	21	16	1.94
15213586--15213728	43	3.4	42	76	5	128	31	27	20	20	1.98
15214188--15214238	21	2.4	21	86	0	66	3	41	17	37	1.68
15220603--15220884	101	2.8	101	89	2	399	23	19	26	30	1.98
15220595--15220937	150	2.3	152	84	5	444	23	18	27	30	1.98
15220603--15220935	51	6.6	50	81	6	309	23	19	26	30	1.98
15220947--15221158	43	5.0	43	80	8	247	22	17	25	34	1.96
15220943--15221158	85	2.6	85	94	0	380	22	18	25	33	1.96
15222831--15222940	7	14.0	7	80	16	94	27	0	21	50	1.49
15222838--15223501	9	77.2	9	75	11	560	33	0	18	46	1.55
15223017--15223479	158	3.0	157	85	8	680	34	0	18	46	1.55
15223675--15223743	9	7.9	9	80	6	79	31	0	18	49	1.48
15223889--15223922	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
15223897--15223939	15	2.9	15	89	0	59	58	0	4	37	1.19
15223994--15224084	23	4.0	23	81	7	116	52	1	2	43	1.20
15223997--15224083	24	4.0	21	80	15	88	54	1	2	42	1.20
15223995--15224083	43	2.0	47	86	8	132	53	1	2	42	1.20
15225658--15225682	13	1.9	13	100	0	50	24	12	24	40	1.88
15242555--15242595	15	2.7	15	100	0	82	29	34	19	17	1.94
15245437--15245602	43	3.9	42	82	7	169	32	19	22	24	1.98
15251561--15251799	25	8.9	25	71	20	119	38	1	18	42	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15251561--15251924	9	40.6	9	67	17	177	35	1	17	44	1.60
15251630--15251681	19	2.8	19	85	2	70	32	1	19	46	1.61
15251614--15251849	16	14.8	16	71	16	109	36	1	17	44	1.57
15251708--15251833	25	4.8	25	69	13	74	37	1	16	44	1.58
15253561--15254076	173	3.0	172	88	3	758	30	10	36	22	1.88
15254208--15254738	261	2.0	261	94	0	936	33	20	18	27	1.96
15254600--15254839	115	2.1	115	92	1	399	33	20	18	27	1.96
15255489--15255538	20	2.5	21	83	6	68	48	38	0	14	1.44
15256348--15256497	72	2.1	72	81	2	167	30	25	21	23	1.99
15259665--15259723	25	2.4	25	85	2	84	20	40	27	11	1.87
15259954--15259988	18	1.9	18	88	11	54	45	0	14	40	1.45
15262654--15262695	22	1.9	22	85	0	57	26	7	7	59	1.50
15267360--15267392	10	3.4	10	91	4	50	21	0	6	72	1.05
15267360--15267431	19	3.8	19	80	5	74	29	2	2	65	1.21
15267360--15267633	9	29.4	9	66	18	82	34	3	2	59	1.27
15267377--15267421	20	2.4	19	81	7	56	33	2	0	64	1.06
15267502--15267568	27	2.4	27	87	7	91	32	1	4	61	1.25
15267497--15267564	35	1.9	35	82	8	84	35	1	2	60	1.21
15267579--15267626	21	2.4	19	77	12	51	27	2	0	70	0.98
15267584--15267626	21	2.1	20	86	4	59	23	2	0	74	0.93
15267511--15267633	27	4.5	27	75	16	94	30	1	1	65	1.11
15268691--15268769	38	2.1	38	100	0	158	50	7	12	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15275193--15275339	74	2.0	74	100	0	294	48	12	12	26	1.75
15277975--15278008	11	3.1	11	82	0	50	11	23	38	26	1.89
15280137--15280227	40	2.3	40	96	0	164	37	5	35	21	1.77
15285482--15285542	30	2.0	30	87	0	86	45	13	13	27	1.80
15295789--15295885	25	3.8	26	86	5	126	24	20	27	26	1.99
15297330--15297445	54	2.1	54	85	0	151	25	24	31	19	1.98
15299625--15299667	22	1.9	23	86	13	63	32	16	9	41	1.80
15312429--15312651	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
15312504--15312686	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
15320304--15320526	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
15320379--15320561	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
15327026--15327130	41	2.6	40	80	4	111	29	22	21	25	1.99
15327062--15327153	41	2.2	41	94	0	157	28	18	20	32	1.96
15327270--15327400	61	2.1	61	81	2	156	40	16	8	35	1.78
15327352--15327494	65	2.2	65	82	5	164	41	15	9	33	1.78
15335007--15335142	41	3.3	41	82	2	157	29	16	20	33	1.94
15340876--15340950	33	2.3	33	83	0	87	49	17	14	18	1.80
15343457--15343691	50	4.7	50	90	0	344	29	16	25	28	1.97
15344845--15344880	18	2.0	18	88	0	54	33	0	22	44	1.53
15350708--15350740	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
15355339--15355381	19	2.2	20	80	12	54	34	16	0	48	1.46
15355459--15355552	45	2.1	45	87	0	134	31	23	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15355554--15355634	26	3.2	26	64	22	62	30	29	17	22	1.96
15355558--15355744	51	3.7	50	79	4	205	29	28	17	24	1.97
15355555--15355774	101	2.2	101	83	5	275	30	28	16	24	1.96
15359161--15359342	51	3.6	50	83	5	231	28	14	26	30	1.95
15359157--15359349	101	1.9	102	88	1	289	29	15	25	29	1.96
15359164--15359381	101	2.1	102	81	2	251	30	13	26	29	1.94
15361106--15361165	26	2.3	26	85	0	75	30	21	23	25	1.99
15361119--15361171	26	2.0	27	92	3	90	24	20	24	30	1.99
15363198--15363477	77	3.6	78	78	6	275	31	12	10	45	1.77
15371305--15371355	20	2.5	20	81	6	59	29	11	15	43	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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