genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   

This is table  8  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2481331--2481762	17	25.0	18	70	15	227	30	13	11	44	1.79
2481331--2481467	55	2.5	53	80	3	157	27	13	12	46	1.78
2481344--2481485	73	1.9	73	81	8	173	30	14	11	42	1.81
2481334--2481762	18	24.8	18	70	17	207	30	13	11	44	1.80
2493441--2494231	252	3.1	252	97	0	1467	28	14	20	35	1.92
2493448--2494194	123	6.0	123	83	7	950	27	14	20	36	1.92
2494103--2494631	72	7.2	72	88	4	704	30	16	18	34	1.93
2494107--2494635	145	3.6	146	89	4	732	30	16	18	34	1.93
2494553--2494770	86	2.5	86	89	1	330	27	17	19	35	1.94
2494714--2494937	55	4.1	56	82	12	268	30	16	16	36	1.91
2494956--2494989	13	2.5	14	90	4	52	17	11	8	61	1.54
2494970--2495126	73	2.2	73	90	2	244	25	17	23	33	1.96
2494890--2495184	160	1.8	158	88	4	448	25	17	22	34	1.95
2495128--2495296	56	3.1	54	78	5	203	30	15	17	35	1.92
2495572--2495673	30	3.4	30	83	2	125	30	23	2	43	1.69
2496895--2496934	17	2.4	17	83	8	55	40	15	5	40	1.68
2496989--2497037	16	3.0	16	80	16	64	32	14	12	40	1.83
2497036--2497072	19	1.9	20	94	5	67	43	13	10	32	1.79
2497065--2497135	6	11.7	6	77	16	58	78	0	0	21	0.74
2497072--2497122	3	16.7	3	83	4	66	74	0	0	25	0.82
2497066--2497135	9	7.6	9	85	7	79	78	0	0	21	0.75
2497075--2497137	12	5.3	12	83	7	67	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2497202--2497633	18	25.0	18	71	15	243	30	13	11	44	1.79
2497202--2497633	17	25.0	17	72	12	231	30	13	11	44	1.79
2497202--2497633	53	8.3	53	70	12	181	30	13	11	44	1.79
2497215--2497356	73	1.9	73	81	8	173	30	14	11	42	1.81
2498428--2498678	133	1.9	133	94	0	448	28	8	17	45	1.77
2498840--2498884	6	7.7	6	82	5	56	0	2	28	68	1.01
2499121--2499169	14	3.5	14	72	10	55	22	0	22	55	1.44
2499121--2499193	28	2.6	28	95	0	128	21	2	21	53	1.59
2505717--2505742	13	2.0	13	100	0	52	23	7	30	38	1.83
2509038--2509080	21	2.0	21	82	8	52	6	23	0	69	1.12
2516367--2516410	20	2.2	20	84	4	54	65	4	2	27	1.23
2516897--2516950	13	3.9	13	80	19	65	40	42	0	16	1.48
2516889--2516950	30	2.1	30	90	6	99	40	40	0	19	1.52
2516889--2516946	17	3.6	16	77	20	59	39	41	0	18	1.51
2517105--2517167	17	3.5	17	73	12	63	36	3	11	49	1.54
2517102--2517176	37	2.0	37	92	0	123	37	4	13	45	1.62
2517175--2517205	9	3.4	9	95	0	53	25	3	29	41	1.71
2517175--2517213	9	4.3	9	90	0	51	25	5	28	41	1.77
2518472--2518527	11	5.4	11	76	20	57	51	0	3	44	1.18
2523407--2523450	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
2532435--2532474	19	2.1	19	85	0	53	17	0	15	67	1.23
2533501--2533556	15	3.5	16	76	18	55	62	0	1	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538686--2538726	18	2.2	19	87	12	59	56	29	0	14	1.39
2539999--2540065	22	3.0	22	72	10	64	37	1	8	52	1.42
2552321--2552788	151	3.1	148	87	6	640	45	10	3	40	1.56
2554885--2554920	12	3.0	12	91	0	63	33	11	0	55	1.35
2555404--2555809	17	22.6	18	68	16	80	42	10	13	33	1.78
2555396--2555559	36	4.6	36	72	13	124	43	10	13	32	1.79
2555404--2555715	53	5.8	53	70	14	145	43	11	12	31	1.79
2555590--2555695	19	5.4	21	76	14	66	42	7	13	36	1.72
2555645--2555699	21	2.7	21	91	5	87	38	10	12	38	1.79
2555607--2555699	19	4.8	20	77	11	88	41	8	11	37	1.73
2555604--2555742	19	7.6	18	74	16	83	41	9	12	36	1.75
2556490--2556553	20	3.2	20	82	4	67	6	28	46	18	1.73
2556788--2556838	6	8.3	6	78	4	57	1	19	1	76	0.98
2557379--2557545	30	5.6	30	72	7	110	40	2	22	34	1.69
2557379--2557511	59	2.3	59	80	7	146	39	2	25	33	1.68
2560361--2560468	51	2.1	51	94	0	189	29	27	0	41	1.62
2560469--2560531	28	2.2	30	91	5	103	38	0	0	61	0.96
2562289--2562323	18	1.9	18	94	0	61	28	34	5	31	1.81
2562844--2563049	29	7.3	29	89	8	327	44	25	0	29	1.58
2562865--2563041	23	6.6	23	73	26	120	45	25	0	28	1.58
2562844--2563049	88	2.5	81	91	6	324	44	25	0	29	1.58
2563096--2563120	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2563193--2563225	9	3.9	9	84	15	52	54	9	0	36	1.32
2566236--2566583	123	2.8	125	92	1	592	32	20	16	31	1.94
2573705--2573733	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2575467--2575491	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
2577909--2577946	20	1.9	20	88	0	58	31	2	2	63	1.22
2581815--2581840	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
2583794--2584069	138	2.0	138	97	0	516	31	24	13	30	1.93
2592898--2592936	18	2.2	18	85	0	51	15	23	2	58	1.49
2600211--2600337	55	2.2	58	84	4	170	43	3	3	49	1.37
2602448--2602480	17	2.0	16	94	5	57	30	21	6	42	1.77
2605514--2605588	36	2.1	36	94	0	132	45	12	9	33	1.73
2606318--2606350	16	2.1	16	88	11	50	36	0	9	54	1.32
2606519--2606572	26	2.1	27	86	6	76	31	11	9	48	1.70
2606784--2606820	13	2.8	13	87	4	56	21	5	5	67	1.31
2616099--2616132	14	2.4	14	90	0	50	47	8	11	32	1.71
2626603--2626642	21	1.9	21	100	0	80	47	15	15	22	1.82
2645492--2645584	18	5.2	18	89	0	132	30	22	13	33	1.93
2652174--2652213	19	2.2	18	86	4	53	40	2	0	57	1.12
2653774--2654972	309	3.9	307	87	2	1584	34	15	18	31	1.92
2655501--2655733	78	3.0	78	81	6	240	27	23	11	37	1.89
2658005--2658083	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
2658202--2658522	47	6.8	47	92	0	498	28	30	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2660377--2660496	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
2661217--2661281	9	7.2	9	75	13	62	40	1	0	58	1.07
2661221--2661281	18	3.4	18	82	8	70	39	1	0	59	1.08
2661228--2661283	19	2.8	21	76	15	64	39	1	0	58	1.08
2661441--2661465	12	2.1	12	100	0	50	56	28	0	16	1.41
2661606--2661775	84	2.0	84	88	0	250	45	19	14	21	1.85
2669161--2669191	6	5.2	6	100	0	62	35	0	48	16	1.46
2670488--2671324	308	2.7	306	86	2	1124	35	14	19	30	1.92
2673386--2673411	11	2.4	11	100	0	52	7	0	0	92	0.39
2689717--2689826	56	2.0	56	96	0	202	41	10	7	40	1.66
2690540--2690594	23	2.4	24	85	14	80	60	0	7	32	1.24
2691945--2691992	15	3.4	14	77	13	53	33	4	20	41	1.72
2692041--2692073	9	3.7	9	95	0	57	42	15	24	18	1.88
2694612--2694769	82	1.9	82	92	0	262	33	18	20	27	1.96
2694608--2694779	41	4.2	41	85	0	227	33	16	22	26	1.96
2694817--2695009	43	4.6	41	78	13	207	22	18	25	33	1.96
2694731--2695009	84	3.4	83	87	2	357	24	17	25	32	1.97
2694815--2695009	41	4.6	43	78	10	215	22	17	26	33	1.96
2695119--2695191	37	1.9	37	83	2	92	50	4	16	28	1.63
2700193--2700249	29	2.0	29	85	0	78	31	28	15	24	1.96
2702967--2703169	101	2.0	101	92	0	334	45	15	17	22	1.85
2709075--2709129	23	2.4	24	85	14	80	60	0	7	32	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2709148--2709191	15	3.1	15	81	18	67	31	0	25	43	1.55
2709146--2709212	27	2.4	27	80	2	80	37	0	19	43	1.51
2715852--2715959	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
2716836--2716870	9	3.9	9	84	0	52	2	17	0	80	0.84
2716836--2716875	18	2.2	19	90	4	64	2	15	2	80	0.93
2716879--2716951	5	14.6	5	76	20	64	56	4	0	39	1.19
2716880--2716922	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
2716886--2716950	24	2.6	25	80	9	71	58	4	0	36	1.19
2721997--2722104	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
2722981--2723021	19	2.1	20	90	4	66	2	14	2	80	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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