genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  41  of  214  ( 25680 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11359509--11359927	222	1.9	220	88	3	637	35	18	17	29	1.94
11360443--11360491	23	2.2	23	82	14	66	53	2	8	36	1.43
11360521--11360567	18	2.6	18	86	0	67	61	6	6	25	1.44
11362243--11362572	148	2.2	148	86	1	448	30	19	19	30	1.96
11370870--11371524	23	28.7	23	75	11	445	30	6	22	40	1.79
11370903--11371524	137	4.5	136	79	7	445	30	6	22	40	1.79
11370861--11371432	160	3.6	160	94	0	1013	30	6	22	40	1.79
11372141--11372260	43	2.8	43	90	0	186	22	18	30	28	1.97
11375219--11375344	9	14.0	9	79	11	107	46	19	0	34	1.50
11375204--11375346	47	2.9	47	82	10	164	45	17	0	37	1.49
11379493--11379604	43	2.6	43	88	0	161	30	17	21	30	1.96
11390888--11390939	27	1.9	27	92	0	86	25	26	9	38	1.86
11402349--11402384	10	3.5	10	92	7	63	0	0	8	91	0.41
11402349--11402391	11	3.9	11	93	6	70	0	0	11	88	0.52
11402356--11402391	12	3.1	12	92	4	56	0	0	11	88	0.50
11403395--11403428	15	2.3	15	94	0	59	14	14	11	58	1.63
11404973--11405504	266	2.0	266	98	0	1028	32	18	25	22	1.97
11405622--11405805	62	3.0	62	95	0	323	41	20	4	33	1.74
11407040--11407093	23	2.3	23	79	17	58	81	11	3	3	0.95
11407883--11408078	108	1.8	108	92	0	329	25	17	10	46	1.80
11408462--11408683	46	4.9	46	69	12	136	28	18	23	28	1.98
11408699--11408806	54	2.0	54	100	0	216	27	22	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11408753--11409200	95	4.7	95	98	0	833	30	19	22	27	1.98
11409170--11409498	46	7.3	46	63	12	153	26	20	22	30	1.98
11409100--11409605	134	3.7	135	94	1	872	28	20	22	29	1.98
11409505--11409797	97	3.0	96	94	2	507	29	19	23	28	1.98
11409505--11409797	95	3.0	95	94	2	496	29	19	23	28	1.98
11409635--11409784	45	3.2	45	67	18	124	28	19	24	28	1.98
11409799--11410082	40	6.9	42	79	9	325	32	24	20	22	1.98
11409799--11410081	82	3.5	82	96	0	521	32	24	20	22	1.98
11411470--11411641	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
11411472--11411694	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
11411470--11411694	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
11411626--11411703	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
11417479--11417615	69	2.0	69	100	0	274	31	13	11	43	1.79
11418433--11418604	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
11418435--11418657	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
11418433--11418657	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
11418589--11418666	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
11425332--11425503	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
11425334--11425556	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
11425332--11425556	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
11425488--11425565	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
11428159--11428192	12	2.8	12	95	0	59	0	0	11	88	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11429196--11429229	15	2.3	15	94	0	59	14	14	11	58	1.63
11432599--11432706	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
11432589--11432712	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
11437283--11437376	30	3.1	30	93	1	152	25	25	6	42	1.78
11437293--11437370	15	5.2	15	70	11	70	25	23	7	43	1.80
11446684--11446745	15	4.2	15	77	6	56	50	1	4	43	1.33
11457690--11457761	34	2.1	34	97	0	135	34	20	6	37	1.80
11463472--11463508	18	2.0	19	89	5	58	29	0	2	67	1.04
11468344--11468426	27	3.1	27	78	3	87	19	22	32	25	1.97
11471973--11472025	6	8.8	6	91	0	79	1	45	32	20	1.62
11471958--11472019	18	3.5	17	82	10	70	1	45	27	25	1.63
11471969--11472031	18	3.5	18	88	0	90	1	44	28	25	1.63
11473656--11473694	16	2.4	16	100	0	78	58	5	0	35	1.20
11473808--11473929	60	2.0	60	93	0	208	54	13	0	31	1.39
11473917--11473965	21	2.3	22	92	7	91	59	12	0	28	1.34
11474281--11474339	27	2.2	27	87	0	82	16	32	23	27	1.96
11477763--11477811	21	2.4	21	86	3	64	18	32	10	38	1.84
11481857--11481941	44	1.9	44	82	0	107	21	15	12	50	1.77
11483925--11484053	43	3.0	43	75	8	127	20	18	27	32	1.96
11488503--11488571	34	2.0	34	100	0	138	20	17	17	44	1.86
11495214--11495262	6	7.8	6	78	17	55	77	4	2	16	1.01
11501479--11501585	39	2.7	39	85	5	128	51	10	1	36	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11507114--11507146	17	2.0	16	94	5	57	42	6	21	30	1.77
11513229--11513262	17	1.9	17	88	5	50	58	17	0	23	1.38
11522286--11522375	18	5.0	18	90	0	144	32	15	22	30	1.95
11528965--11529036	23	3.3	22	78	11	76	8	18	25	48	1.75
11538001--11538041	19	2.1	20	86	4	57	31	9	2	56	1.45
11538448--11538513	27	2.4	28	78	14	75	3	19	6	71	1.21
11538523--11538609	43	2.1	39	81	12	95	44	4	2	48	1.36
11544799--11544847	13	3.6	14	77	22	52	22	0	4	73	1.00
11544813--11544847	12	2.9	12	86	0	52	22	0	5	71	1.07
11544802--11544847	24	1.9	24	82	8	58	23	0	4	71	1.03
11546398--11546448	16	3.0	16	83	11	57	45	0	33	21	1.52
11546810--11546846	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
11547168--11547412	43	5.8	43	84	2	298	26	31	18	23	1.98
11547171--11547411	85	2.8	85	84	1	313	26	31	18	23	1.98
11547166--11547412	127	1.9	127	88	1	370	26	31	18	23	1.97
11547166--11547470	127	2.4	126	81	4	326	28	30	17	23	1.97
11552330--11552382	21	2.4	22	81	6	63	39	37	0	22	1.54
11552377--11552419	14	3.0	15	86	10	63	37	37	0	25	1.56
11552670--11552711	14	2.9	14	86	6	57	35	40	0	23	1.55
11552666--11552714	15	3.4	15	86	8	66	38	38	0	22	1.54
11552982--11553265	41	6.9	41	86	0	352	28	33	20	17	1.95
11552943--11553265	82	4.0	82	83	1	371	29	32	19	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11552940--11553265	123	2.7	123	81	2	379	29	32	19	18	1.96
11556623--11556702	39	2.1	39	92	0	133	27	6	32	33	1.82
11556662--11556987	180	1.8	177	87	3	483	31	12	27	28	1.93
11561048--11561108	26	2.3	27	94	5	106	40	8	0	50	1.32
11561164--11561214	27	1.9	27	88	4	77	25	21	37	15	1.93
11561647--11561698	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
11563566--11563617	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
11563695--11563784	18	4.8	19	70	17	57	70	0	30	0	0.88
11563706--11563786	41	2.0	42	87	7	121	67	0	32	0	0.91
11563723--11563788	21	3.1	21	71	18	64	69	0	30	0	0.88
11568142--11568206	13	4.9	13	74	9	60	38	21	7	32	1.82
11574006--11574044	19	2.0	21	85	10	55	69	12	0	17	1.19
11574276--11574338	26	2.4	27	97	2	119	47	0	11	41	1.39
11582502--11583128	209	3.0	209	93	0	1020	32	13	20	33	1.91
11584636--11584685	13	3.8	13	78	0	64	38	6	18	38	1.75
11584636--11584685	26	1.9	26	87	0	73	38	6	18	38	1.75
11592210--11592293	26	3.3	27	80	8	95	34	22	26	16	1.95
11596049--11596118	34	2.1	34	97	0	131	30	25	21	22	1.99
11597840--11597930	45	2.2	43	81	13	102	28	3	3	64	1.25
11598253--11598292	17	2.3	18	82	8	55	57	12	0	30	1.36
11599142--11599260	51	2.4	49	83	8	143	33	17	25	23	1.96
11599216--11599448	118	2.0	118	84	2	308	31	16	21	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11599500--11599525	12	2.2	12	100	0	52	0	7	15	76	0.99
11602486--11602542	16	3.6	15	77	11	60	63	1	10	24	1.36
11602528--11602583	21	2.6	21	78	10	60	66	1	12	19	1.33
11602543--11602693	27	5.9	26	69	19	95	62	1	13	21	1.38
11602580--11602674	22	4.1	22	73	21	79	64	1	12	22	1.34
11602584--11602763	48	3.7	49	80	12	156	61	0	17	21	1.39
11602584--11602699	49	2.3	51	88	7	168	62	0	14	22	1.38
11602686--11602762	5	14.6	5	89	8	109	59	0	22	18	1.37
11602686--11602762	21	3.7	20	89	5	109	59	0	22	18	1.37
11602686--11602762	16	4.9	15	87	9	109	59	0	22	18	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214