genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  91  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25962954--25963016	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
25963357--25963399	16	2.7	16	96	0	77	72	0	13	13	1.13
25966904--25966948	19	2.3	20	84	7	65	77	2	13	6	1.05
25978317--25978354	20	1.9	20	88	0	58	21	10	34	34	1.87
25979281--25979305	9	2.8	9	100	0	50	84	0	0	16	0.63
25987508--25987569	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
25987508--25987570	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
25989537--25989581	14	3.1	14	87	3	63	2	22	2	73	1.05
25996251--25996321	30	2.4	30	85	0	88	29	35	7	28	1.83
26000222--26000524	40	7.6	40	89	2	378	27	28	20	24	1.99
26000456--26000533	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
26002684--26002754	30	2.4	30	85	0	88	29	35	7	28	1.83
26007589--26007628	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
26008689--26008723	13	2.6	13	90	4	52	20	8	0	71	1.11
26008689--26008729	14	2.9	14	92	0	73	24	12	0	63	1.28
26008768--26008812	11	3.9	12	80	11	58	15	6	8	68	1.36
26026450--26026504	20	2.8	20	78	10	67	34	10	30	23	1.89
26032833--26032874	20	2.1	20	100	0	84	45	14	9	30	1.77
26035774--26035810	9	4.1	9	86	13	58	32	10	10	45	1.74
26036543--26036594	24	2.2	24	96	0	95	17	42	0	40	1.49
26046072--26046133	5	12.6	5	83	8	58	0	14	3	82	0.80
26046073--26046133	23	2.7	23	80	9	65	0	14	3	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26052542--26052616	27	2.8	27	83	0	105	24	18	33	24	1.97
26052627--26052688	27	2.3	28	77	8	74	22	14	37	25	1.92
26062638--26062689	13	3.9	13	90	5	86	25	13	0	61	1.32
26062638--26062689	27	1.9	27	96	0	95	25	13	0	61	1.32
26062730--26062761	12	2.7	12	95	0	55	12	0	9	78	0.97
26062729--26062774	13	3.8	12	85	11	58	13	2	8	76	1.11
26065765--26065810	22	2.1	22	100	0	92	23	8	21	45	1.80
26066017--26066054	18	2.1	18	85	9	51	42	5	7	44	1.56
26067353--26067384	11	2.9	11	95	0	55	78	0	3	18	0.89
26072434--26072483	25	2.0	25	81	11	59	28	10	16	46	1.78
26083701--26083968	40	6.8	40	93	1	459	22	27	20	30	1.98
26083701--26083968	79	3.4	80	93	1	459	22	27	20	30	1.98
26083701--26083968	119	2.3	119	93	1	457	22	27	20	30	1.98
26092187--26092458	40	6.8	40	93	0	463	22	27	20	30	1.98
26120669--26120713	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
26124787--26124854	12	5.7	12	92	0	109	75	8	2	13	1.16
26131636--26133759	823	2.6	823	87	4	2932	23	20	12	43	1.85
26133214--26135580	909	2.6	905	86	3	3152	29	18	13	38	1.89
26140517--26140694	27	6.6	27	80	7	164	27	15	28	28	1.96
26140518--26140668	82	1.9	81	88	4	232	27	15	28	27	1.96
26140514--26140694	82	2.2	81	83	2	229	27	15	28	28	1.96
26148556--26148733	27	6.6	27	80	7	164	27	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26148557--26148707	82	1.9	81	88	4	232	27	15	28	27	1.96
26148553--26148733	82	2.2	81	83	2	229	27	15	28	28	1.96
26150898--26151014	39	3.0	40	86	5	150	44	11	8	35	1.71
26157608--26157793	77	2.4	78	84	8	241	25	27	20	25	1.99
26157608--26157830	40	5.7	40	84	7	253	25	27	22	24	2.00
26157608--26157830	117	1.9	120	81	8	278	25	27	22	24	2.00
26165593--26165816	79	2.8	79	83	8	249	25	27	22	25	2.00
26165593--26165816	40	5.7	40	85	6	262	25	27	22	25	2.00
26168927--26169084	45	3.6	45	82	5	126	32	25	17	24	1.97
26175604--26175789	40	4.7	40	83	5	207	24	21	27	26	1.99
26175605--26175822	80	2.7	79	79	7	192	26	21	27	25	1.99
26183555--26183740	40	4.7	40	83	5	207	24	21	27	26	1.99
26183556--26183773	80	2.7	79	79	7	192	26	21	27	25	1.99
26199505--26199557	25	2.2	25	83	10	65	33	18	22	24	1.97
26204774--26204821	10	4.8	10	77	10	53	29	16	31	22	1.96
26204774--26204821	20	2.4	20	86	6	71	29	16	31	22	1.96
26206185--26206222	20	1.9	20	88	0	58	28	31	18	21	1.97
26208528--26208592	24	2.5	26	78	9	71	32	7	35	24	1.84
26209734--26209794	27	2.2	26	77	11	68	50	8	9	31	1.65
26211901--26211942	18	2.2	20	79	12	52	71	2	4	21	1.16
26216210--26216247	19	2.0	19	100	0	76	21	21	21	36	1.95
26218064--26218288	40	5.7	40	80	6	197	25	26	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26226030--26226060	16	1.9	16	93	0	53	41	6	9	41	1.63
26227538--26227589	12	4.6	12	86	11	74	80	5	0	13	0.88
26227549--26227587	10	3.7	10	87	12	60	76	7	0	15	0.99
26227538--26227587	22	2.3	21	93	3	82	80	6	0	14	0.90
26237435--26237461	12	2.2	12	100	0	54	37	11	29	22	1.89
26260830--26261068	42	5.7	43	78	11	237	34	25	15	23	1.95
26260830--26261068	85	2.8	85	86	4	331	34	25	15	23	1.95
26261053--26261120	26	2.6	26	90	0	109	19	35	23	22	1.96
26261456--26261520	30	2.2	30	80	0	76	32	27	4	35	1.77
26266773--26266949	27	6.5	26	81	6	167	25	16	28	28	1.97
26266769--26266928	82	2.0	81	87	3	232	25	16	29	28	1.97
26266773--26266949	82	2.2	81	83	3	212	25	16	28	28	1.97
26284780--26284856	24	3.2	24	81	9	93	27	19	20	32	1.97
26284818--26284885	25	2.7	24	81	4	73	27	19	22	30	1.97
26293896--26293920	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
26300935--26301049	43	2.7	43	80	10	135	30	29	17	22	1.97
26303860--26303921	25	2.5	25	84	2	81	29	22	19	29	1.98
26303881--26303928	25	1.9	25	82	0	60	31	20	18	29	1.97
26305113--26305142	12	2.5	12	94	0	51	26	36	26	10	1.88
26309991--26310126	51	2.7	51	86	4	186	31	26	18	23	1.97
26317787--26317838	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
26322114--26322292	91	2.0	91	83	2	225	34	16	20	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26342372--26342415	19	2.1	21	88	12	65	36	11	4	47	1.60
26344062--26344213	27	5.6	27	92	3	232	26	13	28	30	1.94
26344062--26344213	55	2.8	55	93	0	250	26	13	28	30	1.94
26362987--26363117	65	2.0	65	95	0	235	32	12	17	37	1.87
26372201--26372286	45	1.9	45	92	0	145	36	23	15	25	1.94
26372308--26372487	51	3.5	51	77	6	195	32	27	15	24	1.95
26375200--26375281	42	2.0	42	85	4	112	30	24	14	30	1.95
26378325--26378373	20	2.5	20	96	0	89	30	16	22	30	1.96
26380686--26380728	17	2.5	17	81	7	52	46	16	11	25	1.80
26383350--26383388	20	2.0	20	85	9	55	48	5	5	41	1.47
26386156--26386306	71	2.1	70	82	1	176	28	21	22	27	1.99
26389535--26389574	17	2.4	17	88	12	57	80	5	7	7	1.03
26403250--26403323	33	2.2	32	81	9	78	56	5	2	35	1.36
26404127--26404181	28	2.0	28	100	0	110	45	18	10	25	1.82
26407031--26407118	28	3.1	28	88	1	131	28	23	23	23	2.00
26407452--26407514	27	2.3	27	83	0	72	22	15	25	36	1.94
26407467--26407681	27	8.0	27	79	6	188	18	17	20	43	1.88
26407463--26407683	54	4.1	54	82	3	268	18	17	21	42	1.89
26407468--26407684	81	2.7	81	84	1	274	18	17	20	43	1.88
26408335--26408403	35	2.0	35	86	11	97	59	8	26	5	1.50
26413860--26413892	17	2.0	16	94	5	57	18	27	12	42	1.85
26414680--26414768	28	3.2	28	80	1	99	29	19	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26414882--26414952	26	2.7	26	84	0	79	42	21	19	16	1.89
26414902--26414955	26	2.1	26	89	0	81	42	20	20	16	1.89
26415003--26415070	32	2.1	32	94	0	118	30	16	16	36	1.90
26415163--26415443	108	2.6	107	88	3	379	21	16	18	44	1.87
26415163--26415510	27	13.0	27	79	7	273	20	15	19	43	1.87
26418943--26418988	21	2.1	23	84	8	60	36	15	10	36	1.82
26419417--26419548	50	2.6	52	77	7	144	36	12	15	34	1.86
26425073--26425132	23	2.6	23	100	0	120	48	11	3	36	1.56
26425202--26425263	20	3.1	20	71	0	61	40	25	17	16	1.90
26425192--26425297	40	2.7	39	82	5	124	35	23	16	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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