genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  30  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8310120--8310147	12	2.3	12	100	0	56	46	32	14	7	1.71
8312040--8312102	20	3.1	20	76	15	67	46	3	0	50	1.17
8312040--8312099	10	5.8	10	78	11	50	48	3	0	48	1.18
8312033--8312105	30	2.4	30	80	8	78	50	2	1	45	1.24
8312498--8312553	7	8.1	7	80	4	51	39	41	1	17	1.60
8313617--8313935	41	7.8	41	91	1	496	28	30	21	20	1.98
8315285--8315367	30	2.7	31	92	5	143	26	14	20	38	1.91
8316219--8316403	95	1.9	95	93	0	316	29	4	25	39	1.77
8321628--8321682	27	2.0	27	100	0	110	21	18	25	34	1.96
8327649--8327692	19	2.4	19	80	3	54	27	6	6	59	1.49
8327865--8327923	18	3.3	18	92	0	100	25	5	23	45	1.73
8327857--8327923	9	7.4	9	84	0	89	25	5	23	44	1.76
8330587--8330691	42	2.5	43	79	4	133	47	16	20	16	1.82
8338738--8338930	51	3.8	50	82	5	217	25	13	26	34	1.94
8344426--8344706	46	6.6	46	84	10	318	29	22	14	34	1.93
8344562--8344668	36	3.0	36	91	0	178	27	19	14	38	1.91
8354463--8354928	229	2.0	228	85	1	628	23	16	19	40	1.91
8355454--8356229	387	2.0	387	95	0	1410	29	15	16	38	1.90
8368949--8369052	52	2.0	50	88	3	154	34	13	14	37	1.85
8382879--8383078	44	4.6	44	83	6	210	31	17	20	31	1.96
8391157--8391190	11	3.2	11	87	4	52	2	0	26	70	1.01
8391162--8391202	21	2.0	21	90	0	64	7	2	19	70	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8391718--8391742	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
8391872--8391924	2	26.5	2	100	0	106	0	50	0	49	1.00
8397844--8397904	31	2.0	31	90	6	97	60	0	1	37	1.07
8397844--8397895	10	4.9	11	79	11	56	57	0	1	40	1.10
8397844--8397945	42	2.4	43	87	6	131	60	0	3	35	1.15
8397879--8397912	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
8402212--8402259	18	2.7	18	83	9	62	81	0	14	4	0.84
8402402--8402452	2	25.5	2	100	0	102	0	49	0	50	1.00
8403468--8403590	57	2.2	57	96	0	228	36	15	26	21	1.93
8404784--8404824	19	2.2	19	86	0	55	31	2	0	65	1.05
8407632--8407690	24	2.6	23	84	7	68	55	3	6	33	1.43
8407644--8407690	24	1.9	25	91	4	78	55	2	6	36	1.37
8411369--8411429	29	2.2	28	85	5	79	26	13	14	45	1.81
8411592--8411945	126	2.8	126	90	2	586	30	16	20	32	1.95
8415060--8415084	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
8415076--8415350	56	4.9	56	87	4	405	46	5	11	36	1.64
8415066--8415350	110	2.5	110	89	4	437	46	5	11	36	1.64
8415354--8415402	6	8.5	6	84	10	59	18	0	42	38	1.50
8415350--8416120	29	25.6	29	81	12	719	22	0	31	45	1.55
8415348--8416120	87	8.6	87	83	9	847	22	0	31	45	1.55
8415659--8415686	6	4.7	6	100	0	56	14	0	50	35	1.43
8415630--8415715	41	2.1	41	95	0	154	19	0	37	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8416083--8416135	23	2.3	23	90	3	79	26	1	28	43	1.65
8416184--8416232	25	1.9	25	87	4	71	40	16	2	40	1.60
8417319--8417343	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
8417858--8417910	23	2.3	23	96	0	97	16	9	26	47	1.77
8422561--8423166	31	19.8	31	72	8	206	43	16	6	33	1.74
8422561--8423136	123	4.7	123	76	8	383	43	17	6	32	1.75
8422577--8423159	184	3.2	184	90	1	873	43	16	6	33	1.75
8422561--8423159	92	6.5	92	84	1	738	43	17	6	32	1.75
8429507--8429540	11	2.8	12	86	13	52	41	5	8	44	1.60
8429968--8430008	10	3.8	10	82	17	55	41	0	2	56	1.13
8435545--8435588	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
8438910--8438980	25	2.8	25	78	6	72	23	23	23	28	2.00
8449164--8449227	30	2.1	30	86	11	87	10	9	9	70	1.35
8450190--8450229	19	2.2	18	90	4	62	75	0	2	22	0.93
8450181--8450236	16	3.4	16	77	15	51	71	3	1	23	1.11
8451377--8451437	31	2.0	29	84	12	77	73	0	21	4	1.01
8455124--8455306	96	1.9	97	93	1	314	36	8	14	39	1.77
8458665--8458705	21	2.0	21	95	0	73	39	17	12	31	1.86
8461176--8461343	84	2.0	84	90	1	266	36	29	7	26	1.84
8463202--8463240	2	19.5	2	94	0	69	51	0	48	0	1.00
8466377--8466446	27	2.6	26	78	17	72	61	8	0	30	1.26
8466377--8466448	29	2.5	30	85	14	100	59	9	0	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8466752--8466785	16	2.3	14	90	10	50	38	5	2	52	1.41
8478779--8478807	11	2.7	11	94	5	51	44	20	10	24	1.82
8483836--8483901	31	2.1	31	86	10	91	10	9	9	71	1.32
8484867--8484904	18	2.2	18	90	4	60	73	0	2	23	0.95
8486055--8486115	31	2.0	29	84	12	77	73	0	21	4	1.01
8489812--8489996	98	1.9	98	94	0	325	36	8	14	40	1.77
8495779--8495941	82	2.0	80	86	4	229	34	30	7	26	1.85
8497508--8497535	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
8500548--8500585	18	2.1	19	90	5	60	42	0	0	57	0.98
8501004--8501037	16	2.3	14	90	10	50	38	5	2	52	1.41
8515153--8515181	11	2.7	11	94	5	51	44	20	10	24	1.82
8520056--8520116	29	2.1	28	88	8	88	11	9	9	68	1.39
8521050--8521088	18	2.2	18	90	4	62	74	0	2	23	0.94
8525951--8526135	98	1.9	98	94	0	325	36	8	14	40	1.77
8529495--8529535	21	2.0	21	95	0	73	39	17	12	31	1.86
8532012--8532179	84	2.0	84	90	1	266	36	29	7	26	1.84
8534036--8534074	2	19.5	2	94	0	69	51	0	48	0	1.00
8537225--8537304	31	2.7	30	86	13	112	55	10	0	35	1.34
8537624--8537657	16	2.3	14	90	10	50	38	5	2	52	1.41
8541732--8542168	114	3.9	114	77	5	305	32	20	21	25	1.97
8542016--8542282	113	2.3	113	80	4	277	33	19	20	26	1.96
8542551--8542639	39	2.3	39	92	0	151	26	3	22	47	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8543956--8544030	29	2.6	29	89	0	114	22	20	9	48	1.78
8544988--8545025	13	2.9	13	77	14	51	18	5	31	44	1.72
8545413--8545456	23	2.0	22	82	8	54	25	11	18	45	1.82
8545688--8545820	67	2.0	67	85	7	180	45	6	4	44	1.48
8545699--8545834	67	2.0	67	81	5	159	45	5	5	42	1.52
8545851--8545875	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
8546007--8546039	9	3.7	9	100	0	66	45	21	0	33	1.52
8546101--8546154	25	2.2	25	89	0	81	44	22	1	31	1.63
8546101--8546157	9	6.8	9	74	22	52	45	21	1	31	1.62
8558642--8558686	23	2.1	21	84	12	56	20	26	11	42	1.85
8560350--8560380	13	2.4	13	88	0	53	35	19	6	38	1.77
8569163--8569275	56	2.0	56	87	0	163	33	7	19	39	1.79
8574574--8574774	44	4.7	44	67	10	119	26	23	20	28	1.99
8575000--8575437	86	5.1	86	88	0	608	23	23	22	31	1.99
8575206--8575423	43	5.1	43	63	18	121	25	22	21	30	1.99
8579506--8579549	20	2.1	21	83	4	54	11	22	11	54	1.68
8583269--8583316	18	2.7	17	87	9	69	12	54	31	2	1.49
8583311--8583382	32	2.1	34	82	12	87	31	15	33	19	1.93
8583482--8583588	11	10.4	11	71	21	72	37	1	0	60	1.07
8583493--8583579	30	3.0	30	79	11	83	37	1	0	60	1.04
8583465--8583597	39	3.3	39	88	5	203	35	1	0	63	1.04
8583571--8583610	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8592011--8592140	45	2.9	43	81	5	143	40	14	20	25	1.90
8596057--8596142	45	1.9	45	85	0	118	47	4	8	39	1.54
8597942--8597994	23	2.3	23	90	0	88	22	20	24	32	1.98
8610708--8610740	15	2.1	16	88	5	50	39	15	18	27	1.90
8612715--8612791	38	2.0	38	97	0	145	41	22	12	23	1.88
8615179--8615236	24	2.4	24	94	0	98	48	25	6	18	1.73
8615179--8615268	24	3.8	24	81	11	94	46	24	5	23	1.73
8615223--8615314	24	3.8	24	80	2	94	39	22	9	28	1.86
8615330--8615474	27	5.3	27	77	7	123	21	19	20	38	1.93
8622232--8622271	21	1.9	21	84	0	53	37	7	0	55	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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