genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  98  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28360518--28361085	195	2.9	194	83	4	737	31	21	20	26	1.98
28361097--28361246	44	3.4	44	82	0	147	29	19	22	29	1.98
28361174--28361483	96	3.4	93	70	17	261	29	17	21	31	1.96
28361141--28361568	181	2.4	181	88	1	617	29	18	21	31	1.97
28361694--28361807	45	2.6	44	82	1	129	33	21	18	26	1.96
28361694--28361847	44	3.5	44	80	0	146	35	22	16	24	1.95
28362005--28362118	43	2.6	43	81	5	140	29	21	21	26	1.99
28362005--28362131	44	2.9	44	81	6	152	29	20	24	25	1.99
28362005--28362164	44	3.7	44	80	3	144	30	19	23	27	1.98
28363959--28364000	4	10.5	4	94	0	75	50	26	0	23	1.50
28375995--28376197	72	2.7	73	84	4	273	31	19	15	33	1.93
28375956--28376174	111	2.0	112	92	0	368	32	19	16	31	1.94
28375957--28376190	39	6.1	38	84	7	289	32	19	15	32	1.93
28379792--28379839	23	2.0	24	88	4	71	29	25	18	27	1.98
28393257--28393324	34	2.0	34	97	0	127	33	5	25	35	1.80
28406178--28406587	124	3.3	124	91	1	669	32	18	19	29	1.96
28409788--28410153	49	7.5	49	97	0	651	45	8	3	42	1.50
28410278--28410332	21	2.6	22	86	11	71	9	14	43	32	1.77
28416057--28416110	25	2.2	25	83	3	65	33	3	9	53	1.50
28430607--28430650	21	2.1	21	86	0	61	34	36	9	20	1.84
28452460--28452501	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
28452451--28452492	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28452608--28452659	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
28452594--28452892	117	2.5	120	95	3	559	41	1	6	50	1.35
28452676--28452860	61	3.1	61	69	18	199	41	1	7	49	1.41
28452841--28452889	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
28452841--28452895	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
28453040--28453130	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
28453111--28453179	16	4.2	16	96	3	129	37	36	0	26	1.57
28453111--28453179	33	2.1	32	97	2	129	37	36	0	26	1.57
28455156--28455194	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
28455536--28455593	30	1.9	30	82	6	73	29	24	10	36	1.88
28458701--28458741	18	2.3	18	95	0	73	60	17	9	12	1.57
28458852--28458884	8	4.1	8	92	0	57	48	0	3	48	1.17
28458920--28458976	30	1.9	30	82	13	73	47	3	1	47	1.29
28463482--28463518	9	4.4	9	80	19	53	13	13	54	18	1.71
28466808--28466856	5	9.8	5	97	0	89	36	0	2	61	1.08
28467146--28467188	16	2.6	17	85	7	54	34	0	2	62	1.08
28468382--28468450	23	3.0	23	91	0	102	18	20	23	37	1.94
28468377--28468532	21	7.4	21	80	8	111	19	25	23	32	1.97
28468420--28468519	41	2.4	42	81	10	114	19	30	23	28	1.98
28468383--28468532	41	3.5	41	68	16	99	19	25	22	32	1.97
28468889--28468914	12	2.2	12	100	0	52	42	0	26	30	1.56
28472169--28472241	29	2.5	29	79	0	83	26	13	17	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28475717--28475749	16	2.1	16	100	0	66	27	24	18	30	1.98
28482879--28483102	40	5.7	40	86	4	269	25	21	27	25	2.00
28482879--28483121	79	3.1	78	80	8	269	25	21	27	25	2.00
28482879--28483135	40	6.5	40	83	7	233	26	21	26	25	1.99
28486020--28486101	41	2.0	41	100	0	164	29	9	19	41	1.83
28486917--28486943	7	3.9	7	100	0	54	74	0	11	14	1.08
28494904--28494986	42	2.0	42	92	0	139	19	24	33	22	1.97
28498403--28498633	116	2.0	117	90	4	367	28	11	29	30	1.92
28506766--28506832	29	2.2	30	89	5	100	28	5	14	50	1.66
28520966--28521005	17	2.2	19	83	16	50	40	25	5	30	1.77
28529317--28529374	24	2.4	24	97	0	107	17	31	12	39	1.86
28529308--28529375	12	5.7	12	80	3	75	14	32	13	39	1.85
28536515--28536591	40	1.9	40	84	10	104	27	28	19	24	1.99
28538310--28538448	42	3.3	42	74	11	124	17	23	15	43	1.87
28544579--28544641	29	2.2	29	94	2	110	42	20	14	22	1.88
28548918--28548990	17	4.5	17	68	22	57	41	2	2	53	1.29
28548908--28549003	48	2.0	48	89	4	149	36	4	5	54	1.42
28549363--28549480	45	2.6	46	94	2	213	35	4	16	44	1.67
28554021--28554215	48	4.1	48	80	0	210	22	28	20	28	1.99
28554023--28554196	96	1.8	96	84	0	240	20	29	21	28	1.98
28558107--28558246	25	5.7	25	71	9	85	33	16	27	22	1.95
28564999--28565221	40	5.6	40	87	3	254	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28565073--28565256	79	2.3	80	81	3	212	26	20	27	26	1.99
28564999--28565256	119	2.2	120	79	5	256	25	20	27	26	1.99
28578320--28578358	20	2.0	20	84	0	51	58	2	2	35	1.25
28578864--28578903	20	2.0	21	90	5	64	42	0	2	55	1.13
28579846--28579914	28	2.5	28	95	0	120	36	0	8	55	1.31
28586088--28586114	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
28590202--28590254	14	3.8	14	94	0	88	35	9	0	54	1.33
28593928--28594236	43	7.2	43	85	0	350	28	32	18	21	1.96
28594008--28594249	128	1.9	128	82	3	308	29	32	17	20	1.96
28594160--28594387	116	2.0	116	87	3	334	39	24	9	26	1.85
28599469--28599531	10	6.1	10	75	12	56	46	3	0	50	1.17
28599463--28599534	30	2.4	29	77	11	74	50	2	1	45	1.25
28601043--28601267	41	5.5	41	90	3	321	29	28	23	18	1.98
28601603--28601659	22	2.8	21	78	7	55	59	1	7	31	1.34
28601977--28602029	19	2.8	19	80	5	63	33	11	1	52	1.48
28604196--28604308	42	2.7	41	75	10	113	57	1	0	39	1.15
28604437--28604466	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
28612861--28613038	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28612882--28613037	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28620919--28621096	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28620940--28621095	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28639354--28639393	21	1.9	21	85	10	55	30	7	10	52	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28646543--28646780	71	3.4	71	93	0	413	31	21	12	33	1.91
28647900--28647934	16	2.1	17	89	5	54	42	8	0	48	1.33
28658506--28658565	18	3.3	18	72	6	59	31	3	21	43	1.69
28679503--28679677	48	3.6	47	81	8	176	27	22	25	24	2.00
28679503--28679717	45	4.6	47	78	11	160	28	22	25	24	1.99
28679923--28679961	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
28687348--28687384	19	1.9	19	89	10	58	54	5	24	16	1.63
28711569--28711636	34	2.0	34	85	5	93	20	26	23	29	1.99
28715685--28715816	50	2.6	50	84	4	176	28	21	28	21	1.99
28723362--28723528	50	3.2	50	77	5	163	25	23	29	21	1.99
28723806--28723854	20	2.5	20	78	15	57	55	6	26	12	1.60
28732028--28732408	44	8.7	43	86	4	476	27	23	19	29	1.98
28732057--28732401	177	2.0	176	88	4	525	27	23	18	30	1.98
28733431--28733503	22	3.2	22	64	17	58	35	5	28	30	1.80
28733413--28733511	47	2.1	47	98	0	189	38	6	28	27	1.80
28734467--28734500	14	2.4	14	90	0	50	29	29	11	29	1.92
28740517--28740559	23	2.0	22	86	13	63	62	4	6	25	1.40
28745080--28745157	39	2.0	38	85	2	102	48	21	3	25	1.67
28751293--28751417	23	5.3	23	67	17	76	40	16	16	26	1.90
28751288--28751417	48	2.7	48	86	0	197	42	16	16	25	1.88
28753079--28753130	19	2.7	21	77	14	58	34	9	0	55	1.32
28756969--28757007	20	2.0	20	100	0	78	20	30	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28759263--28759362	23	4.3	23	74	14	96	39	19	16	26	1.91
28759944--28760022	42	1.9	41	86	2	113	32	25	16	25	1.96
28761578--28761614	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
28767520--28767697	89	2.0	89	95	0	320	32	15	19	32	1.93
28776031--28776071	20	2.0	20	86	9	57	36	0	2	60	1.10
28782135--28782179	20	2.1	22	84	8	58	73	0	6	20	1.05
28783002--28783033	4	7.8	4	93	6	55	46	25	0	28	1.53
28794945--28795021	18	4.3	18	72	9	59	18	35	3	42	1.68
28794945--28795021	36	2.1	36	83	4	93	18	35	3	42	1.68
28801391--28801431	20	2.0	20	100	0	82	41	24	14	19	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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