genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  51  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13975112--13975196	46	1.9	43	83	11	109	22	16	25	35	1.95
13975335--13975370	16	2.3	16	90	4	56	58	0	16	25	1.38
13996088--13996118	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
13996171--13996207	9	4.1	9	89	0	56	48	10	10	29	1.72
14015667--14015797	49	2.7	49	79	3	138	26	23	19	30	1.98
14015730--14015898	50	3.4	50	77	8	166	21	29	20	27	1.98
14019952--14020081	48	2.7	49	82	7	176	21	17	26	34	1.96
14031794--14031834	18	2.3	18	88	12	59	36	0	19	43	1.51
14032058--14032110	23	2.3	23	90	6	81	26	18	24	30	1.98
14041355--14041402	22	2.3	20	89	7	69	47	0	0	52	1.00
14045761--14045811	14	3.6	14	83	2	57	50	9	0	39	1.35
14063488--14063545	29	2.0	29	80	12	66	24	6	24	44	1.77
14063639--14063663	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14065667--14065746	16	5.1	16	70	13	58	47	2	0	50	1.14
14065693--14065736	12	3.5	13	80	20	58	47	0	0	52	1.00
14065690--14065736	25	2.0	23	91	8	76	48	0	0	51	1.00
14066739--14066763	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
14068143--14068178	18	1.9	19	94	5	65	2	16	5	75	1.12
14068368--14068438	34	2.1	34	86	5	99	19	4	25	50	1.65
14069502--14069531	15	2.0	15	93	0	51	36	0	20	43	1.52
14077565--14077833	40	6.7	40	83	0	297	20	32	15	31	1.94
14079506--14079544	9	4.3	9	93	0	69	35	10	12	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14087855--14087900	20	2.3	20	84	0	65	26	4	21	47	1.69
14087855--14087933	25	3.2	25	80	3	79	29	7	20	43	1.79
14087892--14087946	25	2.2	25	77	6	58	34	7	20	38	1.80
14096720--14097254	265	2.0	265	93	1	912	28	17	15	38	1.91
14110603--14110663	23	2.7	23	74	5	61	47	1	0	50	1.10
14110672--14110727	25	2.3	25	90	6	89	53	7	0	39	1.28
14110736--14110770	18	2.0	18	88	5	54	48	5	0	45	1.26
14113521--14113553	17	1.9	17	88	11	50	45	9	0	45	1.35
14117973--14118139	85	2.0	84	82	4	201	40	19	7	32	1.80
14118147--14118211	28	2.3	27	79	12	69	64	0	6	29	1.17
14118188--14118261	37	2.0	37	86	2	103	67	2	4	25	1.21
14118440--14118534	28	3.3	28	73	10	84	32	5	2	60	1.31
14118551--14118659	25	4.0	27	71	15	98	32	1	3	62	1.23
14118667--14118840	88	2.0	90	88	4	264	36	9	20	33	1.85
14121074--14121142	36	1.9	36	85	5	95	60	5	24	8	1.48
14129016--14129146	27	4.9	27	78	3	131	25	21	10	41	1.85
14129012--14129146	52	2.5	54	77	2	139	25	20	10	43	1.83
14135910--14135955	13	3.8	13	78	18	55	19	0	4	76	0.96
14143518--14143571	20	2.7	20	88	0	72	22	31	0	46	1.52
14146714--14146758	19	2.4	19	92	3	74	57	11	0	31	1.33
14146774--14146832	20	2.9	21	76	16	61	69	1	1	27	1.07
14146829--14146861	16	2.1	16	94	0	57	54	3	6	36	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14147369--14147447	27	2.9	27	78	0	86	24	22	17	35	1.95
14149153--14149231	26	2.9	27	78	17	92	31	27	10	30	1.90
14149153--14149280	53	2.4	52	81	6	132	28	26	11	33	1.91
14149168--14149280	27	4.3	27	80	3	104	25	25	11	37	1.90
14150609--14150756	57	2.6	58	80	4	160	35	19	15	29	1.93
14150608--14150816	84	2.5	85	80	7	239	35	19	15	29	1.93
14150608--14150816	28	7.4	29	74	8	173	35	19	15	29	1.93
14150720--14150829	56	2.0	56	83	3	141	34	20	14	30	1.92
14159484--14159683	51	3.9	51	77	7	219	25	17	28	29	1.97
14159498--14159694	101	2.0	101	84	6	247	25	16	26	30	1.97
14159879--14159951	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
14164956--14165076	50	2.4	50	80	1	134	23	19	26	30	1.98
14164956--14165148	101	1.9	101	84	5	255	25	18	27	29	1.98
14165342--14165414	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
14171027--14171084	26	2.2	26	96	0	107	32	5	12	50	1.62
14172033--14172079	10	4.6	10	85	12	51	34	0	4	61	1.15
14172198--14172242	22	2.0	22	83	8	56	42	6	0	51	1.28
14178376--14178830	229	2.0	229	93	0	784	30	22	12	33	1.91
14185231--14185271	13	2.7	15	76	23	50	19	24	29	26	1.98
14188508--14188563	25	2.2	25	87	0	76	42	16	21	19	1.89
14188520--14188567	25	1.9	25	100	0	96	37	18	22	20	1.94
14189522--14189716	50	3.9	49	83	3	210	22	29	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14189522--14189715	100	1.9	99	85	1	262	22	29	20	27	1.98
14189769--14189856	41	2.2	41	85	6	117	31	21	19	27	1.97
14201042--14201233	40	4.8	40	88	6	230	22	22	30	25	1.99
14203726--14203782	30	2.0	29	82	6	71	36	14	12	36	1.83
14208214--14208388	50	3.4	51	84	4	174	27	21	27	23	1.99
14208267--14208388	50	2.4	50	90	0	190	26	22	30	21	1.99
14208359--14208418	30	2.0	30	90	0	93	31	26	26	15	1.95
14208309--14208468	80	2.0	80	87	2	232	28	22	28	20	1.99
14208389--14208588	50	4.0	50	79	7	201	27	22	27	23	1.99
14208389--14208588	99	2.0	100	81	2	233	27	22	27	23	1.99
14214819--14215055	50	4.6	50	86	3	294	27	18	28	25	1.98
14235121--14235161	12	3.4	12	89	0	64	36	36	14	12	1.84
14243749--14243786	19	2.0	19	85	10	51	21	39	0	39	1.53
14245932--14245978	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
14247642--14247745	48	2.2	48	84	10	133	14	24	1	59	1.45
14248793--14248859	29	2.4	27	83	11	82	4	14	5	74	1.17
14258690--14258755	20	3.3	20	71	12	55	36	21	28	13	1.91
14262622--14262798	27	6.5	27	82	5	169	28	28	16	25	1.97
14262643--14262802	82	2.0	81	87	3	232	28	29	16	25	1.97
14290901--14290934	14	2.4	14	100	0	68	29	0	5	64	1.17
14299708--14299747	20	2.0	20	100	0	80	20	20	10	50	1.76
14308219--14308521	40	7.6	40	88	2	378	27	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14325051--14325076	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
14328626--14328714	30	3.0	30	90	1	126	31	10	4	53	1.54
14328626--14328714	29	3.0	29	88	4	117	31	10	4	53	1.54
14330419--14330472	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
14333782--14333925	40	3.6	40	79	6	157	26	24	25	24	2.00
14341661--14342006	40	8.6	40	88	5	423	26	28	20	24	1.99
14341661--14341954	85	3.6	85	89	5	405	27	28	20	24	1.99
14341691--14341931	125	1.9	123	94	1	428	28	28	18	24	1.98
14341661--14342006	79	4.3	80	85	6	407	26	28	20	24	1.99
14349675--14349977	40	7.6	40	88	2	378	27	28	20	24	1.99
14358221--14358335	43	2.7	43	78	16	139	26	19	24	29	1.98
14360657--14360683	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
14365423--14365498	21	3.8	20	75	17	79	78	0	19	1	0.81
14365425--14365497	28	2.6	29	77	14	89	78	0	20	1	0.83
14369732--14369773	22	1.9	22	90	0	66	9	19	28	42	1.82
14369871--14370201	43	7.8	43	85	2	454	25	31	18	24	1.97
14370394--14370431	19	2.0	19	94	0	67	63	2	10	23	1.39
14376155--14376276	34	3.6	34	81	4	147	30	4	21	44	1.71
14376122--14376294	68	2.5	68	77	9	197	31	3	18	46	1.66
14376261--14376612	34	10.3	35	70	18	163	32	1	19	46	1.61
14376368--14376455	41	2.1	41	81	4	97	28	2	23	45	1.65
14376078--14376615	25	20.9	27	68	17	222	32	2	18	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14376499--14376627	12	12.1	12	69	24	60	34	1	14	49	1.53
14376541--14376586	7	6.6	7	78	16	51	28	0	10	60	1.30
14376541--14376586	15	3.3	15	79	17	62	28	0	10	60	1.30
14376078--14376615	9	62.7	9	68	17	222	32	2	18	46	1.63
14376491--14376649	21	7.6	20	75	16	92	34	3	15	47	1.61
14376630--14376655	12	2.2	12	100	0	52	46	7	7	38	1.61
14376656--14376877	61	3.7	61	82	8	258	48	5	4	40	1.49
14376737--14376770	16	2.1	16	100	0	68	47	5	0	47	1.26
14376767--14376794	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
14376702--14376816	30	3.8	30	71	15	110	49	6	6	37	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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