genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  77  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21657633--21657690	19	2.9	21	73	17	61	68	3	22	5	1.24
21663199--21663250	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
21664737--21664801	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
21665345--21665410	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
21671678--21671710	11	2.9	11	95	4	57	21	9	0	69	1.15
21672011--21672076	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
21682700--21682742	12	3.6	12	84	9	52	72	6	4	16	1.24
21682781--21682820	13	2.9	14	96	3	73	60	0	15	25	1.35
21682781--21682821	14	3.0	14	89	3	66	60	0	14	24	1.34
21684287--21684383	30	3.2	30	74	8	99	27	26	16	28	1.97
21685873--21685990	1	118.0	1	94	0	209	97	1	0	0	0.19
21688029--21688064	18	2.1	18	89	5	56	11	16	2	69	1.29
21688985--21689017	13	2.5	13	95	0	57	18	9	6	66	1.40
21689060--21689103	11	3.9	11	88	5	61	13	2	11	72	1.21
21689060--21689103	23	1.9	23	90	0	70	13	2	11	72	1.21
21714038--21714080	17	2.4	18	84	3	61	55	11	11	20	1.66
21716912--21716965	21	2.7	21	91	5	85	40	18	27	12	1.87
21718304--21718366	24	2.6	25	82	5	67	26	14	31	26	1.95
21718801--21718907	30	3.6	30	96	0	196	36	14	20	28	1.92
21722409--21722453	3	15.3	3	86	4	65	73	26	0	0	0.84
21727750--21727780	13	2.3	14	94	5	55	22	0	12	64	1.27
21727753--21727834	30	2.7	30	86	3	121	23	2	13	60	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21728465--21728503	16	2.3	17	86	8	53	23	10	12	53	1.69
21729796--21729966	45	3.8	45	81	3	202	28	12	25	33	1.92
21729803--21729966	90	1.8	89	85	1	229	28	12	25	34	1.92
21732966--21733007	17	2.5	17	85	14	52	59	2	2	35	1.23
21733469--21733511	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
21733993--21734032	18	2.2	18	86	8	55	15	30	0	55	1.41
21736185--21736233	20	2.5	19	77	6	53	14	12	6	67	1.40
21736238--21736263	11	2.4	11	100	0	52	7	11	30	50	1.67
21737839--21737863	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
21740771--21740810	21	1.9	21	84	0	53	35	10	22	32	1.87
21745352--21745462	49	2.2	50	82	10	129	15	18	36	29	1.91
21747554--21747588	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
21749252--21749651	44	8.8	44	71	12	209	28	22	17	31	1.97
21749192--21749693	232	2.2	232	96	0	925	28	22	18	31	1.97
21774215--21774268	23	2.3	23	83	0	72	40	18	18	22	1.91
21777090--21777143	28	1.9	28	88	0	81	35	25	11	27	1.90
21779046--21779070	5	5.0	5	100	0	50	40	20	0	40	1.52
21783659--21784174	256	2.0	256	99	0	1014	34	15	23	26	1.94
21787282--21787311	6	5.0	6	100	0	60	50	0	50	0	1.00
21787257--21787310	18	3.0	18	83	0	54	61	1	35	1	1.18
21789810--21789856	23	2.0	23	95	0	85	31	23	0	44	1.54
21790094--21790127	18	1.9	17	88	5	50	47	2	0	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21792318--21792372	25	2.2	25	90	0	83	29	23	18	29	1.98
21792995--21793025	12	2.6	12	94	0	53	54	0	12	32	1.38
21794063--21794101	20	2.0	20	94	0	69	10	20	23	46	1.81
21794070--21794156	20	4.3	20	76	5	77	13	25	20	40	1.89
21794070--21794156	40	2.2	40	80	0	102	13	25	20	40	1.89
21794311--21794364	24	2.2	24	90	0	81	40	9	14	35	1.78
21805845--21805872	14	2.0	14	100	0	56	50	0	14	35	1.43
21809305--21809346	21	1.9	23	85	9	61	19	9	19	52	1.72
21815207--21815239	12	2.8	12	90	9	50	33	0	0	66	0.92
21833477--21833525	8	5.7	9	81	11	50	67	2	2	28	1.13
21834115--21834139	13	1.9	13	100	0	50	12	40	8	40	1.72
21835689--21835727	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
21835748--21835831	33	2.6	32	78	12	91	46	15	9	28	1.77
21835825--21835864	20	2.1	19	95	4	71	45	15	10	30	1.78
21836132--21836161	14	2.2	13	94	5	51	33	6	20	40	1.78
21836145--21836184	20	2.0	20	100	0	80	30	10	15	45	1.78
21836131--21836194	34	1.9	32	87	12	94	34	7	15	42	1.76
21836175--21836262	33	2.7	32	76	13	99	26	9	18	46	1.78
21836277--21836322	22	2.1	22	95	0	83	47	4	0	47	1.21
21837575--21837654	32	2.5	32	83	4	99	52	18	1	27	1.53
21837597--21837643	16	2.9	16	78	12	60	53	14	0	31	1.42
21839749--21839930	91	2.0	91	100	0	364	34	7	19	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21841541--21841708	51	3.3	51	91	0	264	33	14	23	27	1.94
21842606--21842631	13	2.0	13	100	0	52	46	0	23	30	1.53
21843786--21843903	59	2.0	59	94	0	209	39	8	15	36	1.78
21845878--21845914	17	2.2	17	95	0	65	51	10	0	37	1.37
21846628--21846691	30	2.1	30	97	0	119	39	10	17	32	1.84
21850423--21850455	10	3.2	10	95	4	57	75	0	3	21	0.93
21850423--21850455	15	2.1	16	94	5	59	75	0	3	21	0.93
21855871--21855940	33	2.1	33	100	0	140	34	14	8	42	1.76
21859270--21859353	20	4.2	20	72	6	53	35	21	32	10	1.88
21859270--21859413	61	2.4	60	80	3	164	37	19	29	13	1.90
21859270--21859431	61	2.7	58	74	11	146	37	19	29	13	1.90
21866334--21866450	59	1.9	59	84	5	153	44	0	4	50	1.27
21866385--21866422	12	3.2	12	82	17	53	50	0	0	50	1.00
21868318--21868360	21	2.0	22	90	4	70	67	6	0	25	1.15
21881047--21881081	8	4.4	8	100	0	70	40	11	0	48	1.39
21902364--21902411	20	2.4	20	96	0	87	62	14	12	10	1.54
21905034--21905201	56	2.9	57	91	7	259	50	13	25	10	1.73
21906181--21906399	43	5.1	43	75	10	225	23	15	26	35	1.94
21906181--21906374	42	4.6	43	77	10	202	23	16	25	34	1.95
21906182--21906417	85	2.8	85	92	0	382	22	15	26	36	1.94
21908350--21908384	14	2.5	14	90	0	52	0	20	0	80	0.72
21924419--21924962	99	5.5	98	80	6	526	24	20	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21924522--21924899	50	7.6	50	71	7	259	23	19	23	33	1.97
21943457--21943498	19	2.2	20	87	8	61	73	0	7	19	1.05
21954805--21954853	22	2.2	22	82	7	55	14	30	2	53	1.52
21956811--21956998	51	3.7	50	82	3	207	29	26	17	26	1.97
21959914--21959944	12	2.6	12	100	0	62	32	0	12	54	1.38
21961324--21961355	11	2.6	13	90	9	50	46	9	6	37	1.61
21962415--21962464	26	1.9	26	95	0	91	16	22	32	30	1.95
21962412--21962845	102	4.3	102	94	0	753	20	19	28	31	1.97
21968264--21968311	21	2.3	21	100	0	96	27	14	18	39	1.90
21969160--21969197	5	7.4	5	85	14	51	21	0	0	78	0.74
21972702--21972776	20	3.8	20	71	7	62	36	14	36	13	1.85
21972691--21972853	40	4.1	40	79	3	159	35	15	31	16	1.91
21972691--21972817	40	3.2	39	86	3	164	35	15	33	15	1.90
21972840--21972914	20	3.8	19	70	15	62	40	16	25	18	1.91
21972843--21972928	40	2.2	40	86	0	118	40	17	25	16	1.90
21976578--21976610	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
21977659--21977907	54	4.6	54	74	9	179	22	16	18	41	1.90
21977656--21977907	27	9.3	27	74	10	160	23	17	18	41	1.90
21977657--21977896	108	2.2	109	81	7	301	22	17	18	41	1.90
21984147--21984176	14	2.2	13	94	5	51	16	0	0	83	0.65
21984570--21984966	42	9.1	44	59	19	118	25	24	22	27	2.00
21984541--21985156	87	7.1	87	94	0	1018	24	24	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21993048--21993102	25	2.1	26	83	6	67	70	3	20	5	1.22
21994129--21994161	13	2.5	13	100	0	66	18	33	27	21	1.96
21994151--21994204	25	2.2	25	86	0	72	11	35	31	22	1.89
21994999--21995270	40	6.8	40	82	5	318	36	15	29	19	1.92
21995049--21995200	20	7.6	19	66	14	74	34	13	31	20	1.92
21994993--21995270	120	2.3	120	85	3	371	35	15	29	19	1.92
21998991--21999027	18	2.0	19	89	5	58	45	29	0	24	1.53
22002281--22002315	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
22010327--22010407	23	3.4	24	83	10	78	28	1	2	67	1.11
22010339--22010409	23	3.0	23	89	8	99	32	0	1	66	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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