Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  48  of  214  ( 25680 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13065334--13065367
16
2.1
16
94
0
59
26
26
5
41
1.78
13074550--13074600
13
4.0
13
82
2
68
33
1
0
64
1.05
13079489--13079551
21
3.0
21
88
2
81
33
31
4
30
1.78
13085019--13085056
16
2.3
18
86
13
55
52
0
0
47
1.00
13086098--13086155
9
6.4
9
89
0
80
37
20
10
31
1.86
13086098--13086155
27
2.1
27
90
0
89
37
20
10
31
1.86
13086178--13086233
26
2.1
27
87
9
80
21
3
7
67
1.30
13087950--13088009
31
1.9
31
83
6
77
38
0
3
58
1.15
13088398--13088446
23
2.1
23
96
0
89
36
10
2
51
1.48
13089407--13089455
23
2.1
23
81
7
55
65
0
16
18
1.28
13090360--13090516
73
2.2
72
87
4
219
25
26
22
25
2.00
13090430--13090983
114
4.9
114
81
5
613
24
22
25
27
2.00
13090430--13090943
227
2.3
228
83
6
643
24
22
25
27
2.00
13092951--13092998
21
2.3
21
88
0
69
37
16
41
4
1.68
13093446--13093661
42
5.1
42
77
10
215
26
20
19
33
1.97
13093446--13093648
86
2.4
84
81
4
248
26
20
20
33
1.97
13097283--13097313
16
1.9
16
93
0
53
48
16
6
29
1.70
13097476--13097530
19
2.9
19
84
10
60
36
0
9
54
1.32
13097516--13097541
11
2.4
11
100
0
52
30
0
7
61
1.24
13105311--13105347
16
2.5
14
91
8
56
86
0
13
0
0.57
13105311--13105349
10
3.8
11
83
16
57
84
0
15
0
0.62
13106804--13107385
241
2.5
232
81
6
711
28
20
22
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13106230--13107124
143
6.3
143
86
1
1199
30
20
22
26
1.98
13106989--13107267
98
2.8
99
90
1
409
29
21
22
26
1.99
13107185--13107374
89
2.1
89
87
0
265
26
20
23
28
1.99
13108960--13109078
45
2.7
44
77
2
139
27
25
21
25
1.99
13108941--13109271
44
7.4
44
73
6
173
30
20
21
27
1.98
13109037--13109302
88
3.0
86
76
11
275
30
21
19
28
1.97
13109144--13109269
45
2.8
44
85
3
162
31
19
19
29
1.96
13110763--13110824
25
2.4
26
86
2
90
27
3
6
62
1.35
13110861--13110905
17
2.5
19
85
7
58
37
4
2
55
1.32
13110894--13110959
25
2.7
24
81
11
71
22
0
4
72
1.02
13110912--13110988
25
3.0
25
79
7
82
22
1
5
71
1.13
13111013--13111046
17
2.0
17
94
0
59
35
5
2
55
1.39
13116037--13116080
22
2.0
22
95
0
79
40
9
20
29
1.83
13135040--13135078
18
2.0
20
85
9
55
48
10
12
28
1.74
13151527--13151666
63
2.2
63
96
0
253
50
12
19
17
1.77
13159057--13159235
90
2.0
91
85
2
243
32
21
15
30
1.94
13158231--13159818
670
2.4
659
80
7
1770
38
13
12
35
1.82
13164528--13164565
17
2.3
17
81
4
51
5
0
10
84
0.77
13164528--13164565
16
2.3
17
82
17
53
5
0
10
84
0.77
13166369--13166398
15
2.0
15
93
0
51
6
10
13
70
1.34
13168380--13168423
12
3.4
12
79
14
52
50
36
4
9
1.55
13168518--13168607
4
22.8
4
73
8
60
24
7
1
66
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13168543--13168606
27
2.3
26
87
10
92
26
7
0
65
1.19
13168590--13168661
30
2.4
29
80
13
76
19
6
4
69
1.28
13181096--13181150
26
2.1
26
93
0
92
43
27
12
16
1.84
13201893--13202068
41
4.3
39
78
9
149
31
29
15
22
1.95
13201892--13202051
81
2.0
82
83
5
207
31
30
15
23
1.95
13201936--13202068
40
3.3
39
80
5
140
31
28
16
23
1.96
13208760--13208789
14
2.2
14
94
5
53
33
0
13
53
1.40
13215012--13215254
50
4.9
50
83
4
269
28
22
27
21
1.99
13224332--13224391
30
2.0
30
93
0
102
26
3
15
55
1.56
13232110--13232189
34
2.4
34
91
4
126
35
1
15
48
1.52
13232135--13232224
31
2.8
31
85
11
103
30
2
20
47
1.62
13234467--13234491
7
3.6
7
100
0
50
44
0
0
56
0.99
13239770--13239832
21
3.0
21
88
2
90
30
3
33
33
1.74
13250265--13250291
14
1.9
14
100
0
54
44
18
7
29
1.77
13263744--13263816
36
2.0
36
100
0
146
32
16
20
30
1.95
13274598--13274622
13
1.9
13
100
0
50
16
16
0
68
1.22
13274663--13274692
6
5.0
6
100
0
60
16
16
0
66
1.25
13277163--13277220
25
2.3
25
96
0
107
24
31
10
34
1.89
13283780--13283836
30
1.9
30
82
13
73
47
3
0
49
1.18
13284138--13284188
21
2.3
21
81
15
59
62
7
3
25
1.40
13310561--13310590
15
2.0
15
93
0
51
56
13
13
16
1.67
13313433--13313493
27
2.3
27
94
2
106
40
9
14
34
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13314957--13314982
12
2.2
12
100
0
52
23
0
15
61
1.33
13316184--13316233
26
1.9
26
84
8
66
50
22
0
28
1.49
13326810--13326857
24
2.0
25
83
4
62
68
6
6
18
1.32
13328911--13328953
20
2.2
20
87
4
61
51
13
16
18
1.77
13328986--13329030
20
2.2
20
88
0
63
66
4
11
17
1.38
13329054--13329098
20
2.2
20
84
7
56
35
4
4
55
1.40
13334810--13334942
50
2.6
51
88
3
189
31
27
15
24
1.96
13334810--13334996
51
3.7
49
83
7
189
31
25
16
27
1.96
13339468--13339533
24
2.8
24
97
0
123
42
10
15
31
1.81
13340459--13340541
40
2.1
40
100
0
166
21
19
8
50
1.73
13351296--13351444
7
20.9
7
69
13
72
42
36
0
20
1.57
13351299--13351352
22
2.5
21
77
19
58
37
48
0
14
1.45
13351341--13351386
22
2.1
22
83
0
56
47
32
0
19
1.50
13351596--13351635
14
2.8
14
84
3
53
35
45
0
20
1.51
13351603--13351656
21
2.6
21
85
5
56
35
44
0
20
1.52
13351624--13351682
21
2.8
21
86
0
73
45
32
1
20
1.61
13351684--13352003
40
8.2
39
71
10
154
29
23
18
29
1.97
13351887--13352017
40
3.3
40
86
0
181
26
23
21
28
1.99
13353012--13353073
29
2.1
29
87
0
88
27
14
8
50
1.71
13353292--13353496
35
5.7
35
81
4
230
25
20
14
38
1.91
13353291--13353501
73
2.9
71
84
4
280
26
20
15
37
1.92
13353304--13353530
108
2.1
109
80
5
255
25
20
15
37
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13357102--13357760
208
3.2
206
89
1
969
28
17
23
30
1.97
13358178--13358209
14
2.3
14
94
0
55
21
0
28
50
1.49
13361271--13361326
16
3.3
17
85
9
78
41
17
1
39
1.60
13361276--13361323
9
5.6
9
75
9
55
43
20
2
33
1.64
13361365--13361410
17
2.8
16
80
9
56
41
0
2
56
1.11
13361425--13361963
9
62.9
9
70
17
276
48
17
1
31
1.56
13361558--13361954
12
32.1
12
63
23
96
48
18
1
31
1.57
13361598--13361658
25
2.3
26
78
13
63
55
16
1
26
1.50
13361425--13361678
43
5.7
43
69
15
133
51
17
1
29
1.52
13361659--13361954
16
18.0
16
76
13
114
46
19
1
33
1.58
13361492--13361692
96
2.1
96
90
5
327
53
16
1
27
1.52
13361646--13361963
50
6.4
49
84
5
342
46
19
1
33
1.58
13361650--13361963
25
12.6
25
82
6
155
46
19
1
33
1.58
13361748--13361963
75
2.9
75
92
0
333
46
18
1
33
1.58
13364192--13364368
87
2.0
87
88
0
264
40
16
30
12
1.86
13364723--13365027
43
7.1
43
83
2
328
27
20
25
26
1.99
13365121--13365164
22
2.0
22
86
0
61
43
27
18
11
1.84
13366636--13366695
21
3.0
21
78
11
72
28
18
20
33
1.96
13366637--13366716
39
2.1
39
85
0
106
26
20
22
31
1.98
13367219--13367257
20
2.0
20
95
5
71
51
2
5
41
1.38
13367324--13367439
52
2.2
53
92
3
191
62
5
26
6
1.40
13368321--13368460
40
3.5
40
71
6
124
28
17
22
31
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13371632--13371708
27
2.9
25
79
12
82
58
2
3
35
1.30
13371625--13371718
18
5.3
18
73
7
66
60
2
3
34
1.24
13372273--13372323
25
2.0
25
81
7
59
37
29
11
21
1.89
13377500--13377551
24
2.2
24
89
0
77
53
7
3
34
1.48
13377827--13377864
19
2.1
19
85
14
53
44
0
0
55
0.99
13377827--13377864
18
2.1
18
85
14
51
44
0
0
55
0.99
13381305--13381332
14
2.0
14
100
0
56
35
21
7
35
1.81
13382527--13382756
62
3.7
62
95
0
406
48
8
6
36
1.60
13400770--13400800
16
1.9
16
93
0
53
51
0
0
48
1.00
13402442--13402486
24
1.9
23
90
4
72
20
2
22
55
1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214