genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  204  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59885072--59885100	8	3.6	8	100	0	58	24	0	0	75	0.80
59888763--59888818	20	2.6	21	75	13	60	44	23	16	16	1.86
59888763--59888827	23	3.0	22	71	24	57	43	21	18	16	1.88
59888946--59889004	30	2.0	30	83	6	75	44	16	1	37	1.59
59890001--59890072	25	3.0	25	79	4	85	33	22	23	20	1.97
59890302--59890369	24	2.8	25	78	13	77	33	17	27	20	1.95
59890559--59890606	25	1.9	25	86	0	69	39	18	14	27	1.90
59890155--59890969	410	2.0	410	92	0	1364	35	19	17	27	1.94
59896475--59896579	52	2.0	52	94	0	183	22	0	32	43	1.60
59896482--59896565	28	3.1	28	66	30	74	21	0	33	45	1.52
59914459--59914516	22	2.6	24	76	15	61	32	15	10	41	1.81
59915603--59915651	23	2.1	24	81	11	57	38	4	0	57	1.18
59933837--59933891	27	2.0	27	83	13	69	25	20	10	43	1.84
59936417--59936455	20	2.0	19	90	5	60	30	0	2	66	1.05
59944056--59944092	17	2.2	16	90	4	56	43	0	0	56	0.99
59947556--59947585	13	2.4	12	94	5	51	63	0	0	36	0.95
59949313--59949875	50	11.3	50	69	6	334	25	22	20	31	1.98
59949339--59949926	100	5.9	100	93	0	863	25	23	20	31	1.98
59949547--59949921	50	7.5	50	67	7	213	24	23	20	30	1.98
59957991--59958030	20	2.0	20	95	0	71	32	15	22	30	1.94
59965590--59965639	18	2.7	19	81	12	59	36	0	4	60	1.16
59965675--59965723	21	2.4	21	82	3	55	22	12	8	57	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59981561--59981600	20	2.0	20	90	0	62	32	12	22	32	1.91
59989100--59989149	18	2.7	19	81	12	59	36	0	4	60	1.16
59989186--59989230	22	2.0	22	82	0	54	22	13	8	55	1.65
59995621--59995707	40	2.2	40	85	8	115	31	8	20	40	1.82
59995913--59995982	33	2.1	33	91	0	113	18	18	21	41	1.91
59995946--59996135	45	4.2	46	83	4	210	23	18	16	41	1.90
59996113--59996153	18	2.2	19	86	4	57	24	21	9	43	1.83
59997708--59997750	20	2.2	20	87	8	61	46	0	2	51	1.13
59997702--59997761	20	2.9	20	75	5	57	50	0	1	48	1.11
60007204--60007239	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
60010757--60010783	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
60014184--60014242	29	2.0	29	84	12	77	25	30	1	42	1.65
60014529--60015086	230	2.4	229	92	1	924	43	19	2	33	1.65
60015551--60015590	14	2.9	14	92	0	62	42	45	0	12	1.42
60015551--60015594	7	6.3	7	78	0	52	45	40	0	13	1.44
60017287--60017318	6	5.2	6	96	3	55	65	0	0	34	0.93
60017333--60017391	29	2.0	29	96	0	109	52	5	13	28	1.61
60022681--60022721	21	2.0	21	90	9	66	41	17	4	36	1.71
60027211--60027278	25	2.6	25	84	9	75	1	27	4	66	1.20
60027338--60027369	8	4.0	8	91	0	55	53	0	0	46	1.00
60027298--60027369	16	4.2	16	74	20	56	54	1	1	43	1.17
60029511--60029543	17	1.9	17	100	0	66	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60030082--60030137	14	4.2	15	68	27	54	53	0	0	46	1.00
60030190--60030240	26	2.0	26	88	3	77	56	5	1	35	1.35
60038832--60038856	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
60039017--60039077	9	6.8	9	96	0	104	37	29	9	22	1.87
60044335--60044428	46	2.0	46	97	0	179	35	29	15	19	1.93
60047761--60047808	12	3.9	12	72	5	51	16	6	14	62	1.51
60053737--60053761	6	4.2	6	100	0	50	32	0	36	32	1.58
60056276--60056300	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
60075398--60075624	44	5.2	44	67	8	156	25	28	25	19	1.99
60075430--60075653	44	5.1	43	65	12	114	25	27	27	19	1.99
60075360--60075673	88	3.6	88	92	0	511	25	26	26	21	2.00
60075686--60076399	128	5.6	128	88	1	943	31	19	24	24	1.98
60078276--60078320	20	2.1	22	92	8	76	46	0	0	53	1.00
60078378--60078427	19	2.6	19	76	20	59	18	6	0	76	0.99
60105622--60105687	33	1.9	35	87	6	100	45	18	10	25	1.81
60112569--60112603	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
60113084--60113129	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
60113361--60113397	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
60115559--60115602	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
60119733--60119996	86	3.1	86	89	0	393	26	22	24	27	2.00
60120020--60120178	45	3.4	44	67	17	115	29	18	23	28	1.98
60119987--60122297	95	25.0	95	75	11	815	28	20	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60120147--60120340	46	4.3	46	65	15	143	24	20	23	31	1.98
60120082--60120448	134	2.7	134	96	0	680	27	19	22	29	1.98
60120429--60120591	50	3.4	48	69	17	140	31	19	22	27	1.97
60120478--60120635	45	3.4	44	67	17	113	29	19	22	28	1.98
60120540--60120906	134	2.7	134	96	0	689	28	20	22	28	1.99
60120605--60120801	46	4.4	46	65	14	140	25	20	23	30	1.98
60119987--60121230	458	2.7	458	97	0	2312	28	20	22	29	1.98
60120674--60122297	324	5.0	323	83	7	1516	28	19	22	29	1.98
60119944--60121325	229	6.0	227	77	10	1515	28	20	22	29	1.98
60121166--60121312	45	3.2	45	66	19	129	27	20	23	28	1.99
60121322--60122202	229	3.8	229	79	8	1101	28	19	22	29	1.98
60120808--60121836	419	2.5	419	98	0	1954	29	19	21	29	1.98
60121584--60121836	45	5.4	44	66	19	136	29	19	22	28	1.98
60121630--60121792	50	3.4	49	69	17	151	31	19	23	26	1.98
60121741--60122107	134	2.7	134	96	0	689	27	20	22	29	1.98
60121806--60122002	46	4.4	46	66	14	140	25	19	23	31	1.98
60121417--60122403	458	2.2	458	95	0	1771	28	20	22	29	1.98
60122411--60122920	44	11.6	45	78	5	488	28	16	25	29	1.97
60122411--60122920	132	3.9	132	95	0	885	28	16	25	29	1.97
60124473--60124518	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
60124750--60124786	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
60126347--60126401	20	2.7	21	80	8	69	29	9	16	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60151006--60151052	24	2.0	24	100	0	94	38	8	0	53	1.32
60151119--60151186	27	2.5	29	90	9	108	20	29	30	19	1.97
60151312--60151350	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
60156055--60156125	5	14.6	5	74	21	62	38	1	4	56	1.28
60156083--60156125	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
60156130--60156169	18	2.2	19	90	4	64	80	2	15	2	0.93
60157099--60157213	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
60157099--60157232	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
60159800--60159907	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
60160841--60160875	9	3.9	9	84	0	52	2	17	0	80	0.84
60160841--60160880	18	2.2	19	90	4	64	2	15	2	80	0.93
60160884--60160955	5	14.4	5	75	20	62	55	4	1	38	1.28
60160885--60160927	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
60160891--60160956	24	2.7	24	81	9	71	57	4	1	36	1.28
60161749--60161865	22	5.7	21	71	14	84	0	29	0	70	0.87
60161753--60161898	21	7.4	19	73	21	90	0	30	0	69	0.89
60161720--60161819	34	2.8	34	80	10	94	0	31	0	69	0.89
60161720--60161821	39	2.7	38	82	11	111	0	31	0	68	0.90
60161785--60161900	4	28.0	4	77	16	94	0	31	0	68	0.89
60161790--60161909	31	4.1	30	78	13	124	0	33	0	66	0.92
60161943--60162021	27	2.9	27	88	0	113	16	29	27	26	1.97
60165865--60166032	53	3.4	52	65	20	124	37	18	2	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60165834--60166073	96	2.5	96	92	2	383	37	18	2	41	1.63
60166241--60166321	40	2.0	41	82	4	101	24	24	24	25	2.00
60166539--60166597	19	3.1	18	78	11	64	49	3	0	47	1.18
60166619--60166671	27	2.0	27	81	7	63	66	5	0	28	1.15
60168736--60168787	26	2.0	25	88	3	77	38	9	1	50	1.46
60169468--60169560	18	5.0	19	76	5	100	38	11	1	48	1.47
60169468--60169560	37	2.5	37	94	0	168	38	11	1	48	1.47
60169577--60169608	5	6.2	5	92	7	55	40	0	0	59	0.97
60169640--60169678	20	2.0	20	84	0	51	41	2	12	43	1.56
60170480--60170531	27	1.9	27	92	0	86	15	32	21	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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