genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  3  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729513--729544	12	2.8	12	95	4	57	62	0	0	37	0.95
729570--729623	26	2.0	28	89	7	85	55	7	0	37	1.28
738540--738600	32	1.9	32	83	6	79	39	4	6	49	1.50
740818--740935	51	2.3	51	86	0	164	44	5	14	35	1.67
743991--744079	45	2.0	45	82	4	108	21	31	5	41	1.76
748874--748924	18	2.5	20	72	18	52	7	50	3	37	1.50
757547--757832	44	6.7	44	72	10	155	25	21	21	31	1.98
757578--757875	44	6.8	45	73	12	221	25	21	21	32	1.98
785154--785180	12	2.2	12	100	0	54	40	44	7	7	1.60
790531--790556	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
790517--790581	30	2.2	30	85	0	85	64	0	0	35	0.94
795502--795569	30	2.3	31	82	12	81	29	2	8	58	1.43
795519--795561	23	1.9	22	85	4	59	23	2	6	67	1.27
805457--805491	11	3.1	11	88	8	52	45	25	0	28	1.54
807274--807299	4	6.5	4	100	0	52	0	0	23	76	0.78
808440--808504	32	2.0	32	100	0	130	27	12	9	50	1.70
816178--816218	20	2.2	19	86	8	57	48	0	2	48	1.14
817996--818130	69	2.0	69	86	2	191	37	19	13	29	1.90
822093--822132	21	1.9	21	85	10	55	37	0	2	60	1.11
824156--824180	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
824141--824199	30	2.0	30	83	3	75	28	5	0	66	1.13
824764--824813	9	5.1	10	80	7	50	66	2	2	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824803--824870	28	2.4	29	74	16	72	58	4	2	33	1.33
824832--824890	21	2.9	21	73	14	61	59	1	1	37	1.18
825559--825652	17	5.1	18	72	16	59	37	1	3	58	1.21
825555--825703	30	5.2	29	69	22	93	36	0	3	59	1.19
825585--825635	18	2.7	19	80	17	54	39	1	1	56	1.22
825607--825667	20	3.0	20	79	9	59	34	0	4	60	1.18
825634--825675	20	2.0	21	86	4	59	28	0	7	64	1.20
825700--825731	11	3.1	11	91	8	50	31	0	0	68	0.90
825700--825758	20	3.0	20	78	12	59	27	1	1	69	1.07
833754--833796	20	2.2	20	95	0	77	44	0	11	44	1.40
837663--837705	22	2.0	22	90	0	68	37	25	18	18	1.94
840074--840099	12	2.2	12	100	0	52	26	15	0	57	1.38
843996--844020	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
849801--849887	30	2.8	31	81	6	88	43	12	11	32	1.78
853052--853085	18	1.9	17	88	5	50	58	0	17	23	1.38
854341--854372	7	4.6	7	92	0	55	31	0	25	43	1.55
861694--861826	60	2.2	59	86	4	169	31	1	12	54	1.46
862713--862753	21	1.9	22	85	5	57	21	14	2	60	1.45
865250--865287	15	2.5	15	87	8	51	63	2	0	34	1.09
866902--866935	12	2.9	12	86	4	52	29	23	0	47	1.52
867457--867499	6	6.8	6	84	10	50	13	0	51	34	1.42
867753--867803	22	2.4	21	78	15	52	54	17	0	27	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886706--886763	30	2.0	28	86	6	80	43	6	1	48	1.40
896471--896714	122	2.0	122	95	0	434	24	19	17	38	1.93
899134--899254	44	2.7	45	87	2	181	27	19	17	36	1.94
899328--899367	21	1.9	21	89	0	62	35	20	17	27	1.95
903239--903308	28	2.5	28	78	17	74	38	1	0	60	1.06
904999--905026	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
909341--909457	44	2.6	45	85	8	166	29	19	15	35	1.93
909532--909571	21	1.9	21	89	0	62	35	20	17	27	1.95
913046--913108	29	2.2	29	81	16	78	33	1	0	65	1.03
913042--913110	28	2.5	27	80	15	79	37	1	0	60	1.06
916047--916149	41	2.5	41	91	0	161	49	4	22	23	1.69
916116--916187	24	3.0	24	91	2	108	52	6	23	16	1.68
920793--920959	55	3.0	55	87	0	244	28	26	22	22	1.99
922468--922629	46	3.6	46	91	2	249	33	14	23	28	1.94
924370--924612	48	5.1	48	89	0	324	34	17	20	27	1.95
924370--924612	96	2.5	96	89	0	369	34	17	20	27	1.95
928735--928760	3	8.7	3	100	0	52	0	34	30	34	1.58
930458--930491	17	2.1	17	94	5	61	38	0	0	61	0.96
931382--931429	22	2.2	22	84	0	60	72	4	0	22	1.01
939949--939973	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
949986--950038	26	2.0	26	82	7	63	56	3	3	35	1.35
955108--955200	48	1.9	48	95	0	168	43	23	15	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
955396--955459	17	3.6	17	74	15	67	46	14	12	26	1.79
955414--955467	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
955397--955467	36	2.0	36	97	0	133	46	15	12	25	1.81
960224--960316	48	1.9	48	97	0	177	41	21	13	22	1.88
960513--960583	36	2.0	36	94	0	124	46	14	12	26	1.80
960530--960583	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
960512--960575	17	3.6	17	72	15	58	46	12	12	28	1.78
962888--963045	43	3.7	42	75	9	151	26	17	25	30	1.97
966834--966938	24	4.5	24	68	15	67	56	0	1	41	1.10
966839--967180	18	18.2	18	70	21	156	59	1	1	38	1.16
966868--967178	78	4.0	78	85	5	409	59	1	1	36	1.16
966945--967111	58	2.9	56	79	13	151	61	1	1	35	1.11
966830--967214	153	2.6	150	83	8	476	58	1	2	37	1.19
967454--967492	4	9.8	4	88	0	51	0	25	0	74	0.82
967450--967493	12	3.3	12	80	20	52	0	22	0	77	0.77
970037--970126	27	3.2	27	75	17	92	41	6	14	37	1.72
970478--970541	12	5.7	11	76	18	62	48	1	1	48	1.20
970523--970618	26	3.5	26	68	15	75	43	1	3	52	1.24
970915--970952	19	2.0	19	85	10	51	21	5	0	73	1.02
971371--971411	21	2.0	21	85	9	57	68	0	19	12	1.21
971919--971960	16	2.7	16	81	3	50	66	2	14	16	1.35
973711--973743	16	2.1	16	88	11	50	27	0	6	66	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1006292--1006330	18	2.2	18	90	0	60	79	10	0	10	0.94
1006283--1006308	5	5.2	5	100	0	52	80	19	0	0	0.71
1011258--1011325	25	2.8	24	70	12	59	54	1	7	36	1.37
1011469--1011506	12	3.2	12	88	0	58	55	0	10	34	1.34
1011468--1011527	24	2.3	26	83	8	70	58	0	8	33	1.28
1012855--1012888	15	2.3	15	90	10	52	52	0	0	47	1.00
1016359--1016383	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
1017864--1017921	21	2.9	21	80	19	63	32	3	3	60	1.30
1022850--1022911	32	2.0	31	84	9	81	54	0	6	38	1.26
1030296--1030335	20	2.0	20	100	0	80	35	10	25	30	1.88
1033433--1033482	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1038072--1038121	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1039028--1039057	12	2.5	12	100	0	60	33	16	33	16	1.92
1042429--1042466	18	2.1	19	95	5	69	47	0	0	52	1.00
1045204--1045267	32	2.0	32	100	0	128	34	18	15	31	1.93
1045934--1046015	41	2.0	41	100	0	164	39	7	21	31	1.81
1046212--1046484	117	2.3	119	94	1	478	52	3	1	43	1.26
1046370--1046555	99	1.9	98	97	1	354	50	5	1	42	1.35
1046376--1046529	35	4.5	35	67	21	96	49	5	1	43	1.35
1046512--1046555	21	2.1	21	83	8	54	56	6	0	36	1.26
1050385--1050416	13	2.5	13	100	0	64	65	9	18	6	1.42
1053817--1053860	17	2.8	15	77	12	52	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1057380--1057413	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1062018--1062051	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1064042--1064075	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
1076940--1076994	12	4.2	13	82	13	76	34	1	0	63	1.05
1076942--1076994	14	3.9	14	81	18	76	33	1	0	64	1.05
1076940--1076994	28	2.1	26	90	10	85	34	1	0	63	1.05
1077138--1077336	106	1.9	104	81	6	240	48	8	6	36	1.60
1078818--1078852	4	8.8	4	87	0	52	51	22	2	22	1.61
1085432--1085458	13	2.1	13	100	0	54	22	25	22	29	1.99
1089813--1089859	22	2.2	21	92	3	76	51	4	27	17	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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