genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  200  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58552111--58552168	30	1.9	30	89	0	89	22	13	10	53	1.70
58552137--58552192	26	2.2	25	87	6	85	23	14	8	53	1.68
58552138--58552192	12	4.4	12	84	8	74	23	14	9	52	1.70
58561623--58561808	22	9.0	21	73	15	154	32	0	12	54	1.38
58561647--58561703	19	2.9	19	86	2	78	33	0	14	52	1.41
58561622--58561865	83	2.8	85	74	14	241	32	0	12	54	1.42
58561748--58561865	19	6.4	19	69	23	99	33	0	13	52	1.46
58561764--58561984	27	8.9	25	74	20	189	32	1	13	52	1.48
58561757--58561979	100	2.3	98	90	3	349	32	1	13	52	1.48
58561906--58561963	22	2.9	19	71	14	53	34	1	12	51	1.49
58561757--58561980	49	4.5	49	84	6	299	32	1	13	52	1.49
58561757--58562050	149	2.0	147	79	10	316	32	1	13	51	1.50
58562180--58562253	38	1.9	38	91	0	121	54	4	2	39	1.34
58562364--58562405	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
58564026--58564060	6	5.8	6	93	0	61	31	34	34	0	1.58
58567262--58567604	19	18.5	19	64	23	119	54	13	0	32	1.41
58567256--58567468	49	4.3	49	84	8	297	53	13	0	31	1.43
58567262--58567609	41	8.4	40	65	27	97	54	13	0	32	1.41
58567256--58567468	97	2.2	100	90	3	342	53	13	0	31	1.43
58567417--58567602	22	9.0	21	72	20	133	55	12	0	32	1.37
58567422--58567603	83	2.2	84	77	13	198	55	12	0	32	1.37
58567773--58567805	3	11.0	3	93	0	57	0	36	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58567989--58568026	5	7.6	5	93	0	67	21	57	18	2	1.52
58572591--58572719	41	3.1	41	89	1	204	30	19	25	24	1.98
58585762--58585797	18	2.0	18	100	0	72	55	11	5	27	1.57
58597872--58597905	14	2.4	14	86	13	52	50	2	0	47	1.16
58598735--58598825	44	2.0	47	81	14	111	39	20	24	15	1.91
58598736--58598835	22	4.2	24	79	13	86	40	20	24	16	1.91
58599800--58599843	5	8.8	5	100	0	88	59	0	0	40	0.98
58601573--58601828	142	1.8	142	87	0	386	33	19	14	31	1.93
58605664--58605702	21	1.9	20	89	5	60	66	2	2	28	1.18
58606121--58606171	8	6.9	8	74	17	56	33	1	0	64	1.05
58606126--58606176	14	3.6	14	79	12	52	35	1	0	62	1.06
58606128--58606176	21	2.3	22	75	10	57	34	2	0	63	1.06
58610245--58610279	6	5.7	6	89	3	52	62	0	2	34	1.10
58618555--58618584	3	10.0	3	92	0	51	30	0	3	66	1.07
58618664--58618715	26	2.0	26	84	0	68	23	0	1	75	0.91
58620382--58620439	29	2.0	28	93	3	98	68	0	1	29	0.99
58620403--58620444	21	2.0	21	85	4	57	66	0	2	30	1.04
58623115--58623166	15	3.5	15	81	7	61	28	9	0	61	1.27
58629367--58629500	42	3.1	42	62	19	105	26	26	23	23	2.00
58629313--58629576	86	3.1	86	91	0	411	26	21	24	26	2.00
58629399--58629530	41	3.1	41	63	19	99	27	22	25	25	2.00
58629524--58629799	134	2.1	134	94	1	482	27	19	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58629735--58629987	45	5.4	45	65	19	149	29	19	22	28	1.98
58629701--58629989	95	3.0	95	98	0	560	29	20	22	27	1.98
58629780--58629942	50	3.4	50	66	17	135	31	19	23	26	1.98
58630102--58630898	44	18.1	45	74	5	646	27	16	25	30	1.97
58630102--58630701	132	4.5	132	93	0	959	27	16	25	30	1.97
58633185--58633211	14	1.9	14	100	0	54	22	3	0	74	0.98
58633216--58633266	15	3.5	15	81	13	70	29	9	0	60	1.28
58636400--58636446	24	2.0	24	95	0	85	21	12	25	40	1.89
58639646--58639690	20	2.3	19	84	7	54	62	0	0	37	0.96
58645978--58646007	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
58652095--58652155	20	3.1	19	71	15	52	67	4	3	24	1.26
58652393--58652427	18	1.9	18	88	0	52	45	11	5	37	1.64
58658793--58658820	14	2.0	14	100	0	56	7	42	7	42	1.59
58658865--58658891	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
58659506--58659537	17	1.9	16	93	6	55	15	9	0	75	1.05
58662258--58662291	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
58662377--58662511	18	8.0	17	69	19	86	40	1	1	56	1.17
58662257--58662477	120	1.8	119	96	0	406	42	1	2	52	1.26
58662392--58662450	26	2.3	25	82	8	73	40	1	1	55	1.20
58662313--58662496	41	4.6	41	66	24	122	41	2	3	52	1.29
58665725--58666245	109	4.7	110	84	5	636	39	15	17	27	1.89
58666256--58666605	115	3.0	116	87	7	530	29	16	14	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58666256--58666614	121	3.0	120	89	7	565	29	16	14	39	1.88
58669651--58669806	77	2.0	77	81	9	183	17	18	15	48	1.82
58679392--58679420	14	2.1	14	93	6	51	48	0	6	44	1.29
58681988--58682062	31	2.5	30	84	2	96	49	13	16	21	1.79
58692826--58692850	12	2.1	12	100	0	50	16	40	8	36	1.77
58709776--58709854	30	2.7	30	88	5	117	29	5	16	49	1.67
58710114--58710186	30	2.4	30	84	8	87	67	1	5	26	1.21
58710133--58710193	20	3.1	19	73	17	52	65	1	3	29	1.18
58710576--58710615	20	2.0	20	100	0	80	55	0	5	40	1.22
58712258--58712285	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
58715365--58715423	29	2.2	26	81	9	64	28	15	11	44	1.82
58732923--58732962	14	2.9	14	84	0	53	32	2	17	47	1.61
58732946--58732985	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
58732931--58732997	34	1.9	35	90	3	109	31	5	13	49	1.66
58732925--58733001	14	5.0	15	71	20	52	32	6	15	45	1.72
58735799--58735849	18	2.8	18	75	0	66	39	3	43	13	1.63
58752308--58752404	31	3.2	30	80	11	99	23	15	13	47	1.81
58761768--58761811	23	1.9	23	100	0	88	52	4	11	31	1.57
58774453--58774566	33	3.6	32	75	14	112	25	14	11	48	1.78
58774512--58774574	33	1.9	33	90	0	99	25	19	7	47	1.76
58774512--58774587	33	2.4	32	84	4	82	26	18	9	46	1.79
58774991--58775140	59	2.5	57	84	7	185	50	12	14	23	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58775612--58775641	15	2.0	15	93	0	51	23	0	3	73	0.98
58776035--58776078	19	2.2	20	88	4	63	52	0	0	47	1.00
58776046--58776106	9	6.8	9	73	14	54	52	1	0	45	1.10
58776035--58776083	18	2.7	18	84	9	55	51	0	0	48	1.00
58781462--58781528	30	2.3	29	84	10	91	28	2	7	61	1.38
58782833--58782868	16	2.2	17	90	5	56	25	0	2	72	0.98
58782843--58782884	19	2.2	19	83	8	50	30	0	2	66	1.04
58784538--58784601	25	2.6	25	82	7	78	43	9	0	46	1.35
58784675--58784733	30	2.0	30	82	0	73	40	3	3	52	1.35
58784754--58784801	17	2.9	17	85	11	57	39	8	2	50	1.44
58796432--58797006	45	12.9	45	75	5	445	32	18	22	26	1.97
58796432--58797004	90	6.4	90	78	7	526	32	17	22	26	1.97
58798721--58798756	17	2.1	17	90	10	56	36	8	0	55	1.30
58800059--58800152	40	2.3	40	80	7	109	39	3	5	52	1.40
58801885--58801933	8	5.7	9	75	15	50	34	0	2	63	1.06
58806923--58807016	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
58833725--58833800	32	2.4	32	80	12	102	34	6	5	53	1.49
58834847--58834887	18	2.3	18	87	8	57	39	0	46	14	1.45
58834859--58834887	6	4.8	6	100	0	58	34	0	48	17	1.47
58839733--58839774	18	2.3	18	84	8	59	40	2	0	57	1.12
58843185--58843214	14	2.1	14	93	0	51	33	10	0	56	1.32
58847986--58848062	38	2.0	38	87	7	111	37	9	1	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58861228--58861383	46	3.5	46	91	2	237	27	25	14	33	1.94
58873879--58874081	46	4.3	48	87	7	256	36	14	21	28	1.92
58873813--58874081	98	2.7	98	92	0	448	35	14	21	28	1.93
58874045--58874190	37	4.0	37	95	1	251	37	16	21	24	1.93
58875444--58875562	58	2.0	59	98	1	231	23	13	31	31	1.93
58875463--58875553	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
58875504--58875646	49	2.9	49	90	0	214	23	13	30	32	1.93
58878841--58879043	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
58878775--58879043	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
58879007--58879152	37	4.0	37	93	1	242	37	17	20	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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