genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  96  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27740239--27740446	25	8.3	25	69	10	88	21	25	19	32	1.97
27742889--27743024	41	3.4	41	80	10	167	32	22	18	26	1.97
27743182--27743228	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
27744001--27744033	10	3.4	10	95	4	59	57	0	0	42	0.98
27744001--27744033	15	2.3	14	94	5	57	57	0	0	42	0.98
27749484--27749515	14	2.1	16	88	11	50	75	12	3	9	1.16
27750728--27750771	19	2.2	20	88	11	65	31	2	4	61	1.28
27751270--27751315	19	2.3	21	82	17	55	19	15	13	52	1.75
27755948--27756141	83	2.3	85	93	3	329	27	18	25	28	1.98
27756119--27756647	44	11.8	44	68	15	183	31	19	21	27	1.97
27756525--27756649	44	2.8	44	88	0	187	26	19	27	27	1.99
27756648--27756710	33	1.9	33	100	0	126	22	11	9	57	1.62
27771642--27771681	19	2.1	19	90	0	62	62	5	2	30	1.29
27773591--27773623	17	1.9	17	93	0	57	15	21	30	33	1.94
27773664--27773715	20	2.6	21	78	9	63	9	34	21	34	1.86
27776640--27776687	18	2.8	17	76	17	53	18	8	10	62	1.52
27777597--27777681	32	2.6	33	77	7	93	40	9	11	38	1.74
27779956--27780214	40	6.6	39	84	9	268	24	27	22	25	2.00
27779956--27780215	76	3.3	79	85	10	313	24	27	22	25	2.00
27779956--27780215	39	6.6	39	86	8	311	24	27	22	25	2.00
27787978--27788239	39	6.7	40	87	7	328	24	27	22	25	2.00
27791935--27791984	13	3.2	16	70	18	52	54	0	4	42	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27792818--27792855	20	1.9	20	94	0	67	18	26	0	55	1.43
27795769--27795801	14	2.3	15	94	5	59	66	0	33	0	0.92
27800513--27800653	75	1.9	75	86	5	205	44	12	14	29	1.81
27801159--27801228	25	2.8	25	82	0	86	12	21	21	44	1.85
27813125--27813195	16	4.7	15	76	15	67	26	39	16	16	1.91
27813142--27813196	15	3.7	14	79	16	58	27	38	18	16	1.92
27813125--27813178	15	3.8	13	79	16	54	25	40	16	16	1.89
27813124--27813196	30	2.4	31	84	13	98	26	38	17	17	1.92
27813392--27813441	24	2.1	24	82	14	59	30	14	22	34	1.93
27815403--27815506	28	3.7	28	71	13	88	29	15	24	30	1.95
27815381--27815515	57	2.4	58	80	8	170	30	17	20	31	1.96
27815470--27815522	27	2.0	27	84	0	70	26	22	24	26	2.00
27816250--27816564	162	1.9	162	87	3	456	32	11	23	33	1.90
27818277--27818534	119	2.2	120	82	6	303	25	27	22	25	2.00
27818291--27818534	40	6.1	40	84	6	282	25	27	22	24	2.00
27825599--27825821	119	1.9	120	84	6	301	24	27	23	24	2.00
27825597--27825821	40	5.7	40	85	6	278	24	28	23	24	2.00
27828604--27828649	17	2.7	17	89	0	65	28	43	19	8	1.80
27830462--27830536	8	8.4	8	74	18	60	36	1	2	60	1.20
27830450--27830507	27	2.1	28	87	3	82	27	1	6	63	1.29
27830462--27830550	27	3.3	26	80	13	83	37	2	2	58	1.23
27830516--27830600	19	4.4	20	70	15	72	37	3	2	56	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27830488--27830546	29	2.1	29	87	9	88	38	3	0	57	1.15
27830621--27830658	16	2.2	17	86	9	51	60	2	2	34	1.24
27832296--27832351	27	2.1	27	89	0	85	19	14	37	28	1.91
27832988--27833019	12	2.6	12	95	5	55	25	0	15	59	1.36
27836319--27836365	19	2.5	19	96	0	85	38	6	10	44	1.65
27840893--27840938	19	2.5	19	96	3	85	34	4	17	43	1.69
27841546--27841620	37	2.0	37	92	0	123	45	8	22	24	1.79
27849032--27849073	18	2.3	18	87	0	57	33	30	9	26	1.88
27854288--27854317	12	2.4	13	94	5	53	20	6	6	66	1.38
27862063--27862110	18	2.7	17	81	9	60	29	35	12	22	1.91
27866304--27866488	79	2.3	82	82	7	220	25	27	22	24	2.00
27866304--27866488	40	4.6	41	79	9	195	25	27	22	24	2.00
27874361--27874545	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
27874342--27874545	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
27876721--27876947	40	5.7	40	95	1	402	22	27	19	31	1.98
27876721--27876947	119	1.9	120	94	0	402	22	27	19	31	1.98
27891896--27892033	28	4.8	28	73	9	100	23	15	23	37	1.93
27891965--27892051	29	3.0	28	81	5	102	26	12	24	36	1.91
27904518--27904618	52	1.9	52	93	0	175	32	20	18	27	1.96
27907189--27907261	27	2.7	27	87	4	94	26	26	10	36	1.89
27907879--27907927	23	2.1	23	100	0	98	48	12	18	20	1.79
27910152--27910204	23	2.3	23	86	0	70	45	15	11	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27910272--27910380	38	2.8	39	87	2	157	42	11	11	34	1.77
27912169--27912237	15	4.4	15	70	18	52	13	15	1	69	1.26
27914719--27914778	30	2.0	31	86	3	86	20	33	0	46	1.51
27923226--27923342	61	2.0	60	83	5	148	49	4	4	41	1.42
27932552--27932597	20	2.4	19	85	7	58	76	2	15	6	1.09
27938068--27938109	22	2.0	21	90	4	66	59	11	7	21	1.56
27938831--27938873	20	2.2	20	87	8	61	11	27	2	58	1.46
27939128--27939359	50	4.6	50	89	0	338	21	30	21	26	1.98
27939807--27939843	18	2.1	18	89	0	56	18	13	5	62	1.50
27947020--27947207	45	4.2	45	95	0	331	38	15	20	25	1.92
27953872--27954049	28	6.4	28	92	1	261	26	11	27	33	1.91
27957010--27957392	40	9.6	40	89	2	513	26	28	20	24	1.99
27960074--27960258	45	4.1	45	95	0	325	38	14	20	26	1.91
27963445--27963490	22	2.1	22	88	4	67	45	10	0	43	1.39
27967436--27967470	18	1.9	18	88	11	54	25	17	0	57	1.40
27967454--27967479	12	2.2	12	100	0	52	23	11	0	65	1.25
27967506--27967551	17	2.6	18	82	6	58	6	15	4	73	1.19
27967484--27967551	12	6.0	11	70	17	50	5	17	4	72	1.22
27968344--27968377	14	2.4	14	90	0	50	11	14	5	67	1.39
27968342--27968368	14	1.9	14	100	0	54	11	14	7	66	1.43
27969584--27969628	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
27971862--27971892	15	2.1	15	93	0	53	35	3	12	48	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27989342--27989418	24	3.2	24	81	9	93	27	20	20	31	1.98
27989380--27989446	25	2.7	25	80	0	71	28	17	22	31	1.97
27998464--27998488	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
28000017--28000079	20	3.2	20	68	8	56	12	31	19	36	1.89
28000015--28000093	40	2.0	40	87	0	113	13	29	17	39	1.89
28000620--28000653	12	2.8	12	95	4	59	26	38	23	11	1.89
28001614--28001657	21	2.0	21	86	8	61	40	15	9	34	1.79
28001875--28001967	42	2.2	42	92	0	150	36	13	16	33	1.88
28003740--28003840	52	1.9	52	93	0	175	33	21	17	26	1.96
28013169--28013346	79	2.3	79	87	3	243	26	20	26	25	1.99
28013116--28013339	40	5.7	40	85	5	244	26	21	26	25	1.99
28013123--28013372	40	6.3	39	80	9	181	28	20	26	25	1.99
28020685--28020908	40	5.7	40	87	4	269	25	22	26	25	2.00
28020685--28020927	79	3.1	78	81	8	269	26	22	26	24	2.00
28024981--28025432	227	2.0	227	89	0	697	33	13	23	29	1.92
28025532--28025695	29	5.7	29	80	2	154	25	15	21	37	1.92
28025527--28025685	87	1.8	86	80	9	189	26	15	21	37	1.93
28026850--28026896	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
28040906--28040978	27	2.7	27	87	4	94	26	26	10	36	1.89
28041588--28041636	23	2.1	23	100	0	98	48	12	18	20	1.79
28043953--28044060	37	2.8	39	84	5	148	41	12	11	35	1.78
28063068--28063133	33	2.0	33	96	0	123	37	12	19	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28065255--28065455	43	4.8	41	77	8	206	33	25	18	22	1.97
28065216--28065455	85	2.8	85	88	1	340	33	25	17	22	1.96
28065255--28065455	42	4.8	40	78	11	197	33	25	18	22	1.97
28071068--28071263	75	2.6	77	86	3	272	35	26	16	21	1.94
28071219--28071365	33	4.4	33	66	23	99	33	27	18	20	1.96
28071168--28071365	102	1.9	102	90	2	317	33	25	19	21	1.97
28074673--28074714	12	3.5	12	90	0	57	30	21	42	4	1.73
28085266--28085332	20	3.3	20	66	12	55	31	14	35	17	1.91
28085267--28085471	41	5.0	41	79	4	216	34	14	30	20	1.92
28085267--28085473	83	2.5	82	84	3	263	34	14	30	19	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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