genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  70  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20003185--20003310	28	4.5	26	85	9	128	30	23	12	32	1.92
20003185--20003311	56	2.3	55	83	4	155	30	23	12	33	1.92
20006276--20007067	23	33.9	24	73	11	430	40	17	14	27	1.88
20006254--20007034	186	4.2	186	88	3	1044	40	17	14	27	1.89
20006302--20007063	116	6.5	115	77	9	615	40	17	14	27	1.88
20006679--20007062	209	1.8	209	96	1	707	41	17	14	27	1.88
20006254--20006941	93	7.4	93	91	1	1069	39	17	14	27	1.89
20006897--20007065	93	1.8	93	96	0	311	42	15	12	28	1.84
20007766--20007891	28	4.5	28	89	2	173	30	24	12	32	1.92
20022143--20022296	41	3.8	41	94	0	254	27	20	22	30	1.98
20026051--20026172	59	2.1	59	100	0	244	23	15	23	36	1.93
20029544--20029637	41	2.3	41	94	0	161	26	20	23	29	1.99
20031664--20031708	16	2.9	16	87	6	58	48	0	8	42	1.34
20041858--20041897	19	2.1	19	85	0	53	62	12	2	22	1.42
20042448--20042482	17	2.1	17	89	10	54	80	11	0	8	0.92
20042448--20042482	18	2.0	17	94	5	61	80	11	0	8	0.92
20044805--20044865	13	4.7	13	81	0	77	21	1	27	49	1.59
20044805--20044865	26	2.3	26	85	0	86	21	1	27	49	1.59
20051997--20052038	18	2.5	17	81	11	50	35	7	11	45	1.69
20054206--20054254	20	2.5	20	100	0	98	42	26	8	22	1.81
20054304--20054353	21	2.5	20	80	3	64	24	12	34	30	1.91
20056251--20056283	12	2.8	12	95	0	57	12	18	45	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20057507--20057666	59	2.6	60	82	7	164	53	3	2	40	1.30
20058632--20058685	27	2.0	27	100	0	108	55	3	11	29	1.52
20061871--20062076	104	1.9	106	83	7	267	30	20	16	33	1.94
20062485--20062580	27	3.6	27	66	5	68	35	17	25	21	1.95
20066971--20067018	23	2.1	23	96	0	87	37	12	29	20	1.90
20069563--20069693	27	4.8	27	82	0	145	37	15	23	23	1.93
20069563--20069689	54	2.3	54	87	1	173	37	14	23	24	1.93
20070676--20070871	103	1.9	103	98	0	383	22	18	2	55	1.55
20073308--20073332	10	2.5	10	100	0	50	92	8	0	0	0.40
20074283--20074446	45	3.7	45	78	5	127	23	25	23	28	2.00
20074323--20074446	45	2.8	45	83	0	158	22	26	23	27	2.00
20074498--20074788	44	6.7	44	73	10	240	27	23	20	28	1.99
20074323--20074788	44	10.8	44	70	12	180	26	23	21	28	1.99
20074376--20074788	217	1.9	215	90	3	650	27	23	20	28	1.99
20074798--20075227	44	9.8	44	79	7	464	32	24	13	30	1.93
20074798--20075227	88	4.9	88	89	0	637	32	24	13	30	1.93
20074802--20075231	175	2.4	176	90	0	538	32	24	13	30	1.93
20075188--20075373	88	2.1	89	79	6	218	25	27	20	25	1.99
20091282--20091323	20	2.2	19	83	12	50	61	2	19	16	1.44
20095914--20095971	9	6.4	9	86	7	73	39	22	10	27	1.86
20098166--20098221	20	2.8	20	86	7	80	17	3	3	75	1.10
20101194--20101248	27	2.0	27	92	0	92	25	12	14	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20101411--20101569	85	1.9	85	85	4	221	44	20	14	21	1.87
20101410--20101655	129	1.9	129	82	3	307	42	19	16	21	1.89
20101410--20101663	43	5.9	43	78	1	240	42	19	16	20	1.89
20106089--20106124	15	2.5	14	86	8	54	30	0	2	66	1.06
20106598--20106631	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
20107085--20107141	30	1.9	30	89	7	89	36	0	15	47	1.46
20111962--20112007	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
20113783--20113825	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
20116301--20116384	3	28.0	3	86	0	69	54	1	10	33	1.43
20119219--20119265	26	2.0	23	84	16	60	4	34	27	34	1.77
20124921--20124982	17	3.8	16	70	14	54	53	0	0	46	1.00
20124947--20124982	18	2.1	17	89	5	54	50	0	0	50	1.00
20128291--20128390	35	2.8	35	84	1	110	18	15	23	44	1.86
20140900--20141016	50	2.4	47	83	8	137	41	18	11	27	1.86
20140995--20141200	23	8.8	22	74	15	130	45	16	15	22	1.85
20140931--20141034	50	2.1	49	87	3	147	41	19	12	26	1.87
20140966--20141202	71	3.3	71	87	4	343	43	16	15	24	1.87
20140931--20141174	120	2.0	119	82	7	287	43	18	14	24	1.87
20141927--20141995	28	2.5	28	90	0	102	30	26	11	31	1.91
20157328--20157370	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
20157351--20157383	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
20157362--20157456	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20157618--20157652	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
20157576--20157648	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
20157537--20157808	144	1.9	147	94	3	487	46	3	2	47	1.34
20157762--20157796	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
20157782--20157960	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
20157777--20157964	61	3.1	61	68	14	190	49	6	2	41	1.41
20157745--20157967	120	1.9	120	97	0	419	49	6	2	42	1.40
20157882--20157916	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
20157957--20158003	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
20157976--20158009	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
20158042--20158236	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
20162740--20162780	21	1.9	22	85	5	57	60	2	0	36	1.10
20163449--20163492	22	2.0	22	91	8	72	45	9	2	43	1.48
20167659--20167962	68	4.5	68	82	0	329	36	17	20	25	1.94
20167658--20167957	136	2.2	137	84	1	395	37	17	20	25	1.94
20170148--20170178	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
20173406--20173549	41	3.5	41	80	1	164	19	19	24	36	1.95
20173989--20174029	21	2.0	21	85	9	57	31	4	19	43	1.72
20178975--20179046	27	2.7	27	85	6	94	23	18	36	22	1.95
20178983--20179046	27	2.4	27	94	0	110	21	17	39	21	1.93
20181905--20181946	21	2.0	22	81	13	52	33	2	7	57	1.39
20187737--20187920	38	4.7	37	71	17	140	44	1	3	51	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20187784--20187937	18	8.9	18	66	18	76	42	0	2	54	1.19
20187719--20188199	120	4.0	120	95	0	759	42	1	4	50	1.31
20188032--20188087	15	4.1	13	76	14	51	42	0	1	55	1.10
20188036--20188078	15	2.8	16	79	10	54	44	0	2	53	1.13
20188156--20188197	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
20188147--20188188	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
20188413--20188448	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
20188805--20188849	20	2.2	20	84	4	54	55	0	11	33	1.35
20190279--20190313	17	2.0	18	94	5	63	60	0	0	40	0.97
20190289--20190493	61	3.4	61	72	14	201	53	4	0	40	1.29
20190369--20190409	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
20190273--20190449	59	3.0	59	71	16	166	53	3	0	42	1.21
20190273--20190498	120	1.9	118	96	1	416	53	4	0	41	1.27
20209931--20209962	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
20210438--20210524	45	1.9	46	83	2	113	31	22	8	37	1.83
20211522--20211551	10	2.8	11	90	10	53	73	0	0	26	0.84
20214618--20214663	24	2.0	24	87	8	69	28	15	23	32	1.95
20217372--20217397	9	2.9	9	100	0	52	53	0	0	46	1.00
20221229--20221253	4	6.2	4	100	0	50	52	0	24	24	1.48
20225565--20225742	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
20225586--20225741	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
20238726--20238790	18	3.9	16	75	15	60	56	0	1	41	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20239012--20239041	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
20239585--20239642	25	2.4	25	81	13	70	48	1	1	48	1.22
20252101--20252161	21	2.8	21	80	12	61	70	8	9	11	1.34
20253543--20253596	23	2.3	23	83	0	72	40	18	18	22	1.91
20256391--20256444	28	1.9	28	88	0	81	35	25	11	27	1.90
20275302--20275339	18	2.1	18	90	0	58	21	26	13	39	1.89
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20277892--20277950	17	3.4	17	71	17	57	57	3	3	35	1.32
20290894--20290978	18	4.6	17	76	20	64	38	1	3	56	1.24
20291130--20291223	46	2.1	44	84	11	120	38	24	3	34	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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