genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  60  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16930404--16930463	14	4.3	14	75	14	52	20	1	31	46	1.60
16930409--16930463	21	2.6	21	85	0	74	18	1	32	47	1.59
16930536--16930754	7	31.0	7	65	5	64	23	2	32	42	1.67
16930595--16930724	50	2.6	50	87	3	183	23	1	34	40	1.64
16930706--16930740	15	2.4	14	90	4	52	20	5	25	48	1.71
16931575--16931801	125	1.8	125	84	2	314	31	14	19	34	1.92
16931848--16931935	42	2.1	41	83	6	106	30	36	4	28	1.77
16933651--16933792	65	2.2	66	89	3	216	35	3	12	47	1.59
16933733--16933830	38	2.6	38	88	3	146	31	2	16	50	1.57
16933807--16933865	28	2.1	28	90	3	91	33	3	10	52	1.52
16934224--16934404	9	20.9	9	73	10	94	47	18	0	34	1.49
16934241--16934404	52	3.4	51	84	9	211	47	18	0	34	1.49
16934250--16934404	43	3.4	43	83	8	177	47	18	0	34	1.48
16940194--16940285	43	2.1	43	85	0	121	28	16	23	31	1.96
16940204--16940314	43	2.5	43	83	2	141	30	15	24	29	1.95
16947615--16947640	13	2.0	13	100	0	52	61	0	15	23	1.33
16950992--16951035	18	2.5	17	85	10	61	45	15	0	38	1.47
16954956--16955037	20	4.0	20	85	3	101	8	25	23	42	1.82
16960489--16960529	21	2.0	21	85	0	55	31	4	0	63	1.15
16962889--16962931	22	2.0	22	85	0	59	27	18	23	30	1.98
16965718--16965787	35	2.0	35	100	0	140	37	8	31	22	1.85
16976160--16976202	18	2.4	17	82	17	52	44	0	4	51	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16981363--16981402	20	2.0	20	90	9	64	40	10	5	45	1.60
16981718--16981742	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
16984756--16984805	26	1.9	26	88	8	75	36	2	0	62	1.07
16984763--16984806	13	3.3	13	78	15	54	34	0	0	65	0.93
16990031--16990055	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
16990991--16991056	13	5.6	12	76	20	68	50	15	0	34	1.44
16990989--16991058	23	3.0	23	93	0	122	48	15	0	35	1.46
16995242--16995317	23	3.3	23	92	0	134	22	21	26	30	1.99
16999162--16999227	13	5.5	13	67	20	54	45	16	1	36	1.57
16999162--16999236	23	3.3	23	84	3	98	46	16	1	36	1.55
17001178--17001210	16	2.1	16	88	5	50	33	0	0	66	0.92
17001304--17001330	14	1.9	14	100	0	54	37	0	7	55	1.28
17003800--17003843	20	2.2	20	83	0	52	20	13	6	59	1.57
17005747--17005793	19	2.5	19	86	6	60	25	21	10	42	1.85
17008294--17008342	7	6.7	7	93	6	80	85	0	14	0	0.59
17008294--17008342	15	3.3	15	91	5	82	85	0	14	0	0.59
17008294--17008342	22	2.2	22	92	7	82	85	0	14	0	0.59
17008665--17008975	108	2.9	106	80	3	372	24	17	10	47	1.79
17009855--17010977	46	24.4	46	90	0	1667	25	16	26	31	1.96
17011102--17011207	44	2.4	44	79	1	115	26	20	19	33	1.97
17012385--17012415	13	2.4	13	94	0	53	19	45	35	0	1.51
17013027--17013103	32	2.5	29	76	12	82	35	10	2	51	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17013370--17013400	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
17013557--17013600	20	2.2	20	83	0	52	20	13	6	59	1.57
17016380--17016426	22	2.1	23	84	11	62	42	0	0	57	0.98
17017021--17017088	35	1.9	35	88	5	102	36	20	19	23	1.95
17026160--17026217	20	2.8	20	82	12	55	68	6	8	15	1.36
17026739--17026808	23	3.1	23	76	11	65	50	1	0	48	1.09
17028120--17028178	29	2.0	30	83	3	75	49	15	5	30	1.66
17038211--17038315	45	2.3	45	86	0	138	20	20	25	34	1.96
17043964--17044454	109	4.5	109	86	1	642	30	26	19	23	1.98
17050865--17050894	7	4.3	7	100	0	60	86	0	0	13	0.57
17050861--17050900	19	2.1	19	90	9	64	85	0	0	15	0.61
17060119--17060211	44	2.1	44	98	2	179	23	21	18	36	1.95
17064161--17064194	16	2.1	16	100	0	68	32	17	23	26	1.97
17064738--17064792	23	2.4	22	75	6	56	47	25	10	16	1.79
17066783--17066927	45	3.2	45	84	2	184	36	19	20	23	1.95
17066781--17066992	45	4.7	45	78	3	149	39	18	21	20	1.92
17075306--17075359	20	2.7	20	88	0	72	48	12	7	31	1.69
17081419--17081620	45	4.5	45	85	2	253	38	18	20	22	1.93
17087880--17088083	75	2.7	75	83	3	243	44	13	12	29	1.80
17088313--17088343	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
17089739--17089780	14	3.2	14	77	16	54	47	2	0	50	1.14
17094837--17094867	6	5.2	6	100	0	62	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17096209--17096259	22	2.4	22	93	3	86	25	17	11	45	1.83
17100251--17100821	306	1.9	308	82	4	720	42	11	11	34	1.77
17102608--17102786	50	3.6	50	85	6	231	30	26	14	28	1.95
17102603--17102943	51	6.8	50	75	9	259	29	26	15	27	1.96
17102603--17102943	102	3.4	99	80	7	361	29	26	15	27	1.96
17110202--17110380	50	3.6	50	85	3	238	29	27	13	29	1.95
17110197--17110537	51	6.8	50	74	8	266	29	27	15	27	1.96
17110201--17110537	102	3.3	101	83	5	362	29	27	15	27	1.96
17121221--17121268	25	1.9	25	91	8	80	29	20	20	29	1.98
17126854--17126927	36	2.1	36	92	0	121	36	14	8	40	1.76
17133690--17133755	28	2.5	26	90	5	96	31	12	15	40	1.83
17133895--17133952	24	2.4	24	82	5	73	17	18	3	60	1.50
17135969--17136160	96	2.0	96	88	0	285	27	16	16	40	1.89
17142186--17142336	33	4.5	33	80	3	160	16	9	33	40	1.80
17148723--17148771	23	2.1	22	82	14	55	26	2	16	55	1.52
17148853--17148878	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
17149023--17149051	13	2.2	13	100	0	58	31	0	0	68	0.89
17149178--17149212	16	2.2	16	94	0	61	28	5	0	65	1.15
17154206--17154263	12	4.6	13	70	12	50	74	8	6	10	1.23
17154193--17154253	31	2.0	31	90	6	97	75	9	4	9	1.18
17154192--17154263	25	2.9	24	81	6	81	73	9	5	11	1.24
17155136--17155191	7	8.3	7	82	13	73	67	1	16	14	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17155136--17155191	20	2.8	19	86	8	76	67	1	16	14	1.31
17155136--17155182	13	3.5	13	91	2	76	70	2	14	12	1.26
17155136--17155191	13	4.2	13	86	4	67	67	1	16	14	1.31
17156554--17156666	44	2.6	44	87	2	156	34	19	16	29	1.94
17156554--17156701	44	3.4	44	83	3	138	34	18	18	29	1.94
17156803--17157368	50	11.3	50	69	8	353	33	24	19	22	1.97
17156774--17157368	100	5.9	100	85	1	753	32	24	20	22	1.97
17156774--17157354	200	2.9	201	88	1	835	32	24	19	22	1.98
17157919--17157973	8	7.3	7	78	15	56	78	1	20	0	0.85
17157919--17157979	16	3.8	16	80	18	65	77	3	19	0	0.91
17157911--17157970	9	7.4	8	76	12	52	78	3	18	0	0.89
17157911--17157973	32	2.0	32	84	9	85	77	3	19	0	0.90
17157919--17157982	23	2.7	24	83	13	80	76	3	20	0	0.92
17158716--17158764	23	2.1	22	82	14	55	26	4	16	53	1.61
17159148--17159182	16	2.2	16	94	0	61	28	5	0	65	1.15
17161467--17161557	10	9.3	10	82	10	84	58	2	1	38	1.18
17163962--17164083	48	2.5	48	90	0	190	24	30	20	24	1.99
17191469--17191627	87	1.8	86	87	4	239	38	23	13	24	1.91
17194685--17194724	21	1.9	21	85	10	55	42	40	0	17	1.49
17197995--17198072	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
17205572--17205640	30	2.3	30	97	0	129	21	34	24	18	1.96
17205592--17205646	17	3.5	17	69	19	55	20	30	27	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17207291--17207329	17	2.3	16	86	8	51	23	2	5	69	1.21
17217859--17218037	83	2.2	83	91	0	286	35	10	13	40	1.78
17219265--17219290	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
17238158--17238197	19	2.1	19	85	0	53	55	7	2	35	1.42
17243078--17243245	84	2.0	84	100	0	336	30	25	5	38	1.80
17245390--17245488	27	3.6	27	70	20	96	13	14	21	51	1.75
17247283--17247333	26	2.0	26	96	0	93	29	13	11	45	1.79
17247668--17247707	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
17249540--17249594	27	2.1	26	83	10	67	34	1	1	61	1.17
17253582--17253642	20	3.2	20	80	11	58	62	0	6	31	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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