genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  79  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22263168--22263213	15	3.3	15	82	17	71	26	19	0	54	1.44
22263779--22263815	14	2.6	14	95	0	65	27	10	13	48	1.75
22263956--22264068	42	2.7	42	87	2	147	24	16	23	34	1.95
22268580--22268619	6	6.7	6	88	0	62	80	0	17	2	0.83
22272936--22273195	29	9.0	29	87	0	367	20	30	11	38	1.88
22278922--22278955	17	2.1	17	88	5	52	82	2	14	0	0.79
22279259--22279376	29	4.1	29	82	0	137	16	29	12	40	1.86
22279259--22279381	58	2.1	58	84	0	156	17	29	12	40	1.86
22279375--22279533	29	5.4	29	83	0	165	22	26	11	39	1.88
22279293--22279477	101	1.8	101	86	0	271	18	27	13	40	1.89
22279375--22279533	58	2.7	58	81	0	201	22	26	11	39	1.88
22287495--22287562	20	3.4	20	83	0	82	7	30	20	41	1.80
22287517--22287600	20	4.2	20	79	0	87	10	33	21	34	1.88
22287535--22287623	40	2.2	40	86	4	117	12	34	20	32	1.90
22289882--22289941	18	3.3	18	88	0	84	35	23	10	31	1.88
22290644--22290696	19	2.9	17	78	16	54	43	1	0	54	1.11
22290637--22290685	25	2.0	25	95	0	89	38	2	0	59	1.09
22290639--22290692	25	2.2	25	89	0	81	38	1	0	59	1.08
22290681--22290737	18	3.0	18	78	12	51	42	0	1	56	1.10
22295572--22295629	22	2.7	21	82	10	64	41	17	20	20	1.90
22295581--22295629	22	2.2	22	88	0	71	42	16	20	20	1.89
22297606--22297697	43	2.1	43	93	0	157	33	25	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22299625--22299689	32	2.0	32	96	0	121	40	16	15	27	1.89
22317069--22317095	12	2.2	12	100	0	54	37	0	0	62	0.95
22324390--22324446	29	1.9	30	82	3	71	50	7	15	26	1.69
22325726--22325767	3	13.7	3	90	5	66	69	0	0	30	0.89
22325734--22325766	16	2.1	16	100	0	66	69	0	0	30	0.88
22326244--22326335	19	4.8	19	89	5	150	38	15	9	36	1.80
22326221--22326335	38	2.9	38	89	5	167	38	15	9	36	1.80
22326221--22326335	19	5.8	19	85	4	140	38	15	9	36	1.80
22329203--22329287	38	2.3	38	81	2	100	43	11	14	30	1.81
22329221--22329294	38	1.9	38	91	0	121	37	16	16	29	1.90
22332278--22332355	24	3.2	23	71	20	59	37	17	10	34	1.84
22332296--22332376	24	3.2	26	70	25	73	35	16	12	35	1.86
22332258--22332514	50	5.1	50	80	2	300	38	19	10	31	1.86
22333088--22333130	22	2.0	20	82	8	50	23	27	9	39	1.85
22338527--22338742	40	5.6	40	78	14	190	25	28	22	24	1.99
22338625--22338689	32	2.0	32	100	0	130	24	30	20	24	1.98
22344838--22345053	40	5.6	40	78	14	190	25	28	22	24	1.99
22344936--22345000	32	2.0	32	100	0	130	24	30	20	24	1.98
22355147--22355214	34	2.0	34	100	0	136	41	11	8	38	1.73
22365456--22365673	28	7.8	28	78	7	120	34	22	15	27	1.94
22377693--22377902	33	5.8	34	69	19	138	21	19	26	32	1.97
22377691--22377900	76	2.8	75	89	0	321	20	19	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22393023--22393123	23	4.4	23	82	1	96	14	14	25	44	1.84
22394757--22394788	5	6.4	5	96	0	55	81	3	0	15	0.82
22394744--22394768	13	1.9	13	100	0	50	80	12	0	8	0.92
22394744--22394788	15	3.1	15	87	6	58	80	6	0	13	0.91
22400658--22400842	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	25	2.00
22400658--22400842	40	4.7	40	80	7	216	24	27	22	25	2.00
22416128--22416334	27	7.6	27	93	3	207	30	28	14	26	1.95
22416128--22416334	55	3.8	55	96	0	360	30	28	14	26	1.95
22425095--22425331	50	4.8	49	79	10	241	27	22	28	21	1.99
22425521--22425560	20	2.0	20	90	9	64	55	7	22	15	1.65
22429869--22429897	6	4.8	6	100	0	58	51	0	31	17	1.45
22435004--22435381	125	3.0	125	91	0	578	30	15	22	31	1.95
22438600--22439400	23	36.2	22	75	11	624	26	0	25	47	1.54
22438600--22439400	45	18.1	44	78	9	661	26	0	25	47	1.54
22438603--22439330	331	2.2	331	87	4	1013	26	0	26	46	1.55
22439565--22439612	21	2.3	21	78	7	53	2	27	41	29	1.67
22439873--22439907	18	1.9	18	88	0	52	42	8	28	20	1.81
22440555--22440587	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
22440757--22440794	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
22441686--22441725	21	1.9	21	89	0	62	65	2	0	32	1.06
22441780--22441834	11	4.9	11	77	16	60	41	0	30	27	1.56
22441780--22441833	23	2.4	23	84	9	67	40	0	31	27	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22446159--22446531	87	4.3	86	83	4	428	32	12	28	26	1.93
22446159--22446518	29	12.4	29	86	2	377	32	12	28	26	1.93
22458215--22458446	50	4.5	50	80	4	216	25	26	20	28	1.99
22460706--22460741	15	2.3	16	90	4	56	27	16	0	55	1.42
22460961--22461096	50	2.7	49	85	4	182	30	27	16	25	1.96
22464220--22464315	49	1.9	50	89	2	149	33	28	14	23	1.94
22476570--22477167	39	15.6	39	87	7	825	25	26	19	28	1.98
22476570--22477167	77	7.8	78	87	7	845	25	26	19	28	1.98
22476573--22477167	191	3.1	192	88	5	877	25	26	18	28	1.98
22484421--22485085	40	16.6	40	95	0	1114	25	27	19	27	1.99
22490335--22490385	26	2.0	26	88	0	75	27	27	23	21	1.99
22493219--22493275	26	2.3	26	81	6	64	73	1	19	5	1.11
22496319--22496356	16	2.5	15	87	8	51	28	2	5	63	1.30
22506609--22506648	14	2.9	14	92	0	71	32	5	15	47	1.66
22506632--22506671	20	2.0	20	95	0	71	27	10	10	52	1.66
22506617--22506683	34	1.9	35	90	3	109	31	7	11	49	1.67
22506611--22506687	14	5.0	15	75	20	52	32	7	14	45	1.73
22517271--22517347	38	2.0	38	90	5	120	25	22	28	23	1.99
22527430--22527524	48	2.0	48	93	0	163	41	28	7	23	1.81
22531686--22531747	19	3.3	19	65	13	56	62	3	12	20	1.43
22531683--22531759	37	2.1	37	100	0	154	61	5	10	23	1.49
22531835--22531867	10	3.5	10	88	12	52	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22532349--22532421	19	3.8	19	96	0	137	36	16	9	36	1.81
22532326--22532421	38	2.4	39	89	6	140	38	16	8	36	1.79
22532933--22534136	44	27.6	44	69	14	502	27	22	20	30	1.98
22532921--22533792	177	5.0	177	80	6	791	26	22	20	30	1.98
22533110--22534136	133	7.9	132	70	12	410	27	22	20	29	1.98
22533243--22533796	217	2.5	215	81	8	654	26	22	20	30	1.98
22532968--22533924	173	5.5	174	81	6	788	26	22	20	30	1.98
22532979--22533792	350	2.3	354	84	4	1076	27	22	20	30	1.98
22533417--22534138	217	3.3	213	80	7	615	27	21	20	30	1.98
22533751--22534153	216	1.9	218	89	2	641	27	21	20	30	1.98
22533553--22534045	172	2.9	173	81	7	472	27	21	20	30	1.98
22533239--22534136	389	2.3	390	92	0	1483	27	21	20	30	1.98
22534526--22534624	44	2.2	44	82	3	128	31	22	19	27	1.98
22534624--22535196	88	6.5	88	84	2	677	21	22	27	28	1.99
22537864--22538091	40	5.7	40	96	0	411	21	27	20	30	1.98
22546388--22546575	40	4.7	40	93	0	322	21	26	20	31	1.98
22549572--22549632	26	2.3	26	86	5	79	59	4	13	22	1.53
22556187--22556285	46	2.2	43	82	12	119	32	25	19	23	1.97
22562530--22562569	21	1.9	21	100	0	80	45	10	22	22	1.82
22565671--22565753	41	2.0	41	100	0	166	16	28	0	54	1.43
22565685--22565755	23	3.3	23	67	25	73	15	29	0	54	1.41
22565744--22565775	15	2.1	16	94	5	57	6	21	0	71	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22566627--22566697	29	2.4	30	85	2	90	9	14	4	71	1.26
22566627--22566704	30	2.6	31	84	10	99	11	15	3	69	1.32
22566742--22566773	12	2.7	12	100	0	64	12	0	6	81	0.87
22566743--22566795	23	2.4	22	84	9	63	13	3	5	77	1.09
22568743--22568871	56	2.4	53	83	7	156	23	28	22	25	1.99
22571071--22571204	72	1.9	72	85	0	187	25	24	17	32	1.96
22581826--22581864	15	2.6	15	83	0	51	28	43	15	12	1.83
22584218--22584246	15	1.9	15	100	0	58	34	13	13	37	1.85
22588773--22588860	43	2.0	43	95	0	158	35	26	19	19	1.95
22589750--22589808	30	2.0	30	90	3	93	47	11	6	33	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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