genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  81  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22982909--22982941	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
22982994--22983035	21	2.0	20	90	4	66	47	19	0	33	1.49
22983359--22983627	41	6.5	41	81	3	236	29	24	20	25	1.99
22983370--22983627	82	3.1	81	78	2	264	28	25	20	25	1.99
22983737--22983813	41	1.9	41	94	2	138	23	23	22	31	1.99
22984038--22984067	14	2.1	14	93	0	51	40	30	3	26	1.72
22984502--22984781	41	6.8	41	78	2	211	29	26	20	24	1.99
22984849--22984880	16	2.0	16	100	0	64	12	25	25	37	1.91
22984892--22984968	40	1.9	40	86	2	109	23	22	22	32	1.98
22985158--22985211	21	2.5	21	77	14	56	35	44	0	20	1.52
22985210--22985239	14	2.1	14	93	0	51	40	30	3	26	1.72
22985235--22985267	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
22985676--22985952	41	6.7	41	80	2	241	29	26	19	24	1.98
22986232--22986285	21	2.5	21	77	14	56	35	44	0	20	1.52
22986284--22986313	14	2.1	14	100	0	60	40	26	6	26	1.81
22986309--22986341	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
22986748--22986987	82	2.9	81	81	2	273	28	27	21	22	1.99
22986748--22986981	41	5.7	41	83	3	247	29	26	21	23	1.99
22986748--22986987	123	2.0	123	84	1	320	28	27	21	22	1.99
22987052--22987127	40	1.9	40	89	5	118	19	22	23	34	1.97
22987052--22987129	41	1.9	40	92	2	129	20	21	23	34	1.97
22987054--22987144	41	2.2	40	84	3	110	21	24	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22987100--22987210	54	2.1	54	92	0	186	28	21	14	35	1.93
22988960--22988986	12	2.2	12	100	0	54	29	37	0	33	1.58
22991608--22991712	54	1.9	54	84	0	138	27	12	23	36	1.91
22991607--22991697	27	3.4	27	86	3	112	23	15	25	36	1.94
22991617--22991732	54	2.1	54	80	0	133	25	15	25	33	1.95
22993564--22993853	50	5.7	50	82	4	321	24	29	20	26	1.99
22993564--22993861	100	2.9	101	83	4	366	23	29	20	26	1.99
22996867--22996950	19	4.4	18	81	8	71	39	7	17	35	1.78
22996869--22996943	19	3.8	19	89	6	114	38	8	16	37	1.78
22996870--22996932	21	3.1	21	93	4	103	39	7	14	38	1.75
22996922--22996967	23	2.0	23	87	8	67	36	4	19	39	1.72
22997381--22997420	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
22997365--22997419	15	3.7	15	74	16	53	30	0	1	67	1.01
22997367--22997418	12	4.1	12	80	14	52	28	0	1	69	0.99
23004695--23004964	88	3.1	88	91	0	432	27	28	24	19	1.99
23004900--23005014	57	2.0	57	89	0	176	30	26	25	18	1.98
23004812--23005109	145	2.1	145	91	0	479	28	28	24	18	1.98
23004957--23005315	88	4.1	88	90	0	547	28	28	23	19	1.98
23004724--23005197	233	2.0	233	89	0	725	29	28	23	18	1.98
23004691--23005285	321	1.9	321	90	0	967	28	28	23	19	1.98
23004957--23005362	176	2.3	176	87	3	523	28	28	23	20	1.99
23005329--23005516	44	4.3	44	86	2	270	26	19	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23005841--23006002	44	3.8	43	74	11	136	29	21	22	27	1.99
23005841--23006092	128	2.0	128	82	7	305	30	20	21	28	1.98
23006377--23006420	21	2.1	21	95	0	79	40	9	11	38	1.73
23006376--23006454	21	3.8	19	76	16	77	37	7	15	39	1.76
23006410--23006454	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
23006420--23006464	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
23006626--23006664	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
23006869--23006904	12	3.0	13	92	8	51	25	0	0	75	0.81
23006883--23006922	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
23006867--23006922	15	3.8	15	81	15	64	30	0	0	69	0.89
23006984--23007016	15	2.1	16	88	5	50	45	9	0	45	1.35
23015646--23015782	33	4.2	33	90	1	204	16	32	11	39	1.85
23015712--23015782	12	5.9	12	73	6	54	19	32	9	38	1.85
23022111--23022190	30	2.8	28	85	10	101	67	3	2	26	1.20
23022131--23022190	10	6.6	9	77	22	63	68	1	1	28	1.09
23022129--23022239	9	11.7	9	71	18	66	63	2	1	31	1.18
23022129--23022241	19	5.9	19	77	11	79	63	2	1	31	1.18
23022185--23022256	29	2.5	29	84	4	83	61	4	1	33	1.24
23023010--23023053	9	4.9	9	83	8	54	25	2	0	72	0.96
23023009--23023042	17	1.9	17	94	5	59	20	0	0	79	0.73
23023028--23023080	18	2.9	18	80	0	52	30	9	5	54	1.55
23023038--23023086	18	2.7	18	78	6	55	28	12	6	53	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23023641--23023676	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
23027003--23027045	18	2.4	18	84	7	61	23	4	9	62	1.44
23044727--23044759	13	2.4	14	90	5	50	18	3	0	78	0.87
23050724--23050820	32	3.2	32	65	11	94	32	13	16	37	1.88
23050726--23050846	60	2.0	60	95	0	215	32	14	16	37	1.88
23063106--23063179	27	2.7	27	87	10	107	6	14	41	36	1.73
23064609--23064848	50	4.7	50	78	3	176	29	19	26	24	1.99
23064662--23064848	50	3.8	50	78	0	187	27	20	28	23	1.99
23078654--23078946	52	5.7	52	84	2	349	26	11	20	41	1.86
23082438--23082619	28	6.5	28	96	0	312	25	12	28	32	1.93
23097226--23097494	40	6.7	40	82	13	338	22	27	20	29	1.99
23105790--23106137	40	8.7	40	97	0	633	22	28	20	28	1.98
23114166--23114193	14	2.0	14	100	0	56	42	7	28	21	1.79
23117976--23118194	52	4.2	52	83	2	287	27	11	20	39	1.88
23123916--23123965	25	2.0	25	100	0	100	16	8	28	48	1.74
23144618--23144802	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
23144599--23144802	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
23152509--23152689	39	4.6	39	78	10	181	24	27	22	25	2.00
23152509--23152690	40	4.7	40	81	7	205	24	27	22	25	2.00
23152509--23152690	79	2.3	80	82	6	203	24	27	22	25	2.00
23161380--23161416	19	2.0	19	89	5	58	70	0	10	18	1.16
23174378--23174661	42	6.7	42	80	5	295	18	26	33	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23174391--23174661	85	3.2	86	76	8	261	18	26	33	21	1.97
23174391--23174661	127	2.1	127	82	4	323	18	26	33	21	1.97
23174879--23174951	24	3.0	23	80	4	74	9	36	31	21	1.86
23174975--23175137	42	3.9	42	73	1	137	16	30	33	19	1.94
23174965--23175128	85	1.9	85	87	0	238	16	30	33	19	1.94
23178759--23179077	42	7.5	42	79	9	301	18	27	33	20	1.96
23178803--23179041	84	2.8	85	83	7	333	17	28	34	20	1.95
23178759--23179068	169	1.8	169	83	5	412	18	27	33	20	1.96
23179282--23179344	24	2.6	24	84	0	63	9	41	30	19	1.83
23179294--23179351	24	2.4	24	85	0	80	12	39	31	17	1.86
23179365--23180304	43	22.1	43	73	8	665	17	30	32	19	1.95
23179365--23180304	85	11.0	84	77	5	687	17	30	32	19	1.95
23179365--23180254	128	7.0	128	75	7	623	17	30	32	19	1.95
23179365--23180254	384	2.3	382	82	4	1019	17	30	32	19	1.95
23180474--23180532	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
23185617--23185674	23	2.7	21	79	10	71	31	5	18	44	1.72
23186040--23186378	43	8.0	43	76	4	319	16	31	33	18	1.93
23186040--23186445	85	4.7	85	78	6	349	15	30	34	19	1.93
23186054--23186445	43	9.2	42	74	10	183	16	30	34	18	1.93
23186102--23186445	128	2.7	127	76	9	356	15	30	34	19	1.93
23190040--23190088	20	2.5	20	93	0	80	20	30	34	14	1.92
23193054--23195186	85	25.0	85	79	4	1738	16	31	34	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23193055--23195186	128	16.7	127	76	7	1682	16	31	34	18	1.93
23193048--23195183	256	8.4	255	79	5	1904	16	31	34	18	1.93
23195113--23195206	44	2.2	44	90	1	145	13	29	38	18	1.89
23204159--23204206	25	1.9	25	86	0	69	27	29	10	33	1.90
23207483--23207586	5	19.4	5	72	17	52	73	4	0	21	1.08
23207483--23207567	31	2.7	31	74	17	77	71	5	0	22	1.07
23207483--23207586	19	5.1	19	69	23	61	73	4	0	21	1.08
23207544--23207582	9	4.2	9	80	6	51	82	0	2	15	0.79
23208285--23208368	7	12.0	7	81	5	89	41	44	2	11	1.54
23208365--23208429	7	9.3	7	75	6	60	13	44	24	16	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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