genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  32  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8870017--8870110	40	2.3	40	81	0	134	24	21	22	31	1.98
8878350--8878394	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
8878347--8878404	22	2.6	22	86	7	82	43	18	3	34	1.68
8886328--8886369	11	3.5	12	77	9	50	71	0	4	23	1.05
8887237--8887290	24	2.2	24	87	12	76	53	1	5	38	1.35
8888040--8888113	19	3.8	19	87	7	112	37	9	16	36	1.81
8888040--8888102	21	3.1	21	93	4	103	36	9	15	38	1.81
8890019--8890070	21	2.6	19	82	11	68	36	15	11	36	1.84
8890025--8890069	21	2.1	21	95	0	81	37	15	8	37	1.79
8890480--8890559	42	1.9	42	92	0	133	30	23	12	33	1.92
8890545--8890980	88	5.0	88	89	0	622	23	26	23	26	2.00
8890570--8890881	44	7.1	43	64	13	143	24	27	23	25	2.00
8896134--8896167	10	3.3	10	87	4	50	67	8	0	23	1.18
8897423--8897487	34	1.9	34	87	6	96	56	0	9	33	1.31
8897578--8897612	19	1.9	18	88	11	54	60	2	2	34	1.26
8897582--8897667	25	3.5	25	75	9	95	50	4	8	37	1.53
8897582--8897657	24	3.3	23	75	12	75	51	5	7	35	1.54
8897707--8897742	15	2.3	15	90	4	54	66	5	0	27	1.13
8897714--8897742	15	1.9	15	100	0	58	68	0	0	31	0.89
8897714--8897759	18	2.8	16	87	9	58	63	0	6	30	1.20
8898508--8898545	10	4.0	10	90	6	53	71	10	0	18	1.14
8898715--8898750	17	2.2	17	90	5	56	8	5	36	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8899189--8899442	44	5.8	44	73	8	194	27	24	18	29	1.98
8899186--8900565	132	10.5	132	86	2	1860	27	24	19	29	1.98
8900037--8900498	44	10.5	44	65	11	194	27	24	18	29	1.98
8901827--8901859	13	2.3	15	85	15	52	12	15	0	72	1.12
8901827--8901859	7	4.7	7	85	14	50	12	15	0	72	1.12
8906759--8906793	19	1.9	18	88	11	54	57	2	5	34	1.37
8906763--8906848	25	3.5	24	71	21	79	48	4	9	37	1.56
8906888--8906923	15	2.3	15	90	4	54	66	5	0	27	1.13
8906895--8906940	18	2.8	16	87	9	58	63	0	4	32	1.14
8906895--8906924	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8907687--8907724	10	4.0	10	90	6	53	71	10	0	18	1.14
8907894--8907929	17	2.2	17	90	5	56	8	5	36	50	1.56
8908121--8908151	10	3.1	10	90	0	53	51	0	0	48	1.00
8908135--8908246	31	3.5	31	89	7	145	51	0	5	42	1.24
8908428--8908466	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
8912951--8913013	30	2.1	30	81	0	72	17	30	25	26	1.97
8921874--8921925	24	2.2	24	82	0	59	55	11	1	30	1.46
8925817--8925855	8	4.6	9	87	12	55	84	0	0	15	0.62
8925817--8925855	17	2.3	17	90	0	60	84	0	0	15	0.62
8925817--8925855	9	4.6	8	84	9	51	84	0	0	15	0.62
8925842--8925924	17	4.5	18	76	18	64	74	0	18	7	1.03
8925846--8925924	6	13.7	6	83	12	58	73	0	18	7	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8925842--8925924	12	6.8	12	77	17	64	74	0	18	7	1.03
8925878--8925927	12	4.2	12	89	5	75	74	0	26	0	0.83
8925879--8925924	6	7.8	6	92	4	67	78	0	21	0	0.76
8930205--8930266	32	2.0	31	87	9	90	32	3	1	62	1.20
8930460--8930535	39	1.9	39	81	0	89	30	5	17	47	1.69
8930620--8930743	19	6.4	19	71	15	67	29	8	15	46	1.74
8936299--8936362	31	2.1	31	91	5	103	42	9	3	45	1.52
8943825--8943882	23	2.5	23	94	0	98	20	18	17	43	1.89
8943841--8943893	23	2.3	23	93	0	88	20	18	20	39	1.92
8967264--8967371	53	2.0	53	100	0	216	46	22	14	16	1.84
8967550--8967602	19	2.6	21	77	11	58	64	0	0	35	0.94
8968969--8968994	11	2.4	11	100	0	52	7	7	7	76	1.15
8969965--8970041	37	2.1	35	83	4	91	40	16	14	28	1.88
8971641--8971686	21	2.2	20	81	7	56	50	8	8	32	1.64
8974575--8974693	46	2.6	46	85	2	150	26	20	23	30	1.98
8982260--8982312	20	2.7	20	82	5	63	0	30	0	69	0.88
8983176--8983226	13	3.9	13	75	10	50	68	5	0	25	1.12
8983586--8983625	20	2.0	21	85	5	55	57	10	2	30	1.45
8984228--8984266	19	2.1	19	90	0	60	48	7	23	20	1.75
8990947--8990987	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
9006255--9006297	22	2.0	22	95	0	77	32	4	20	41	1.73
9009560--9009602	18	2.5	17	80	3	50	27	0	9	62	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9010691--9010723	15	2.2	15	94	0	57	33	0	3	63	1.10
9011025--9011074	20	2.5	20	80	6	57	22	4	38	36	1.73
9011083--9011114	14	2.3	14	94	0	55	37	9	15	37	1.80
9011723--9011764	21	2.0	21	85	4	57	61	7	7	23	1.47
9015041--9015083	18	2.4	17	77	11	50	58	9	0	32	1.30
9015067--9015091	10	2.5	10	100	0	50	56	8	0	36	1.29
9017927--9018005	33	2.4	33	89	0	122	45	17	20	16	1.85
9029155--9029188	18	1.9	17	88	5	50	64	0	2	32	1.08
9030698--9030752	26	2.1	26	96	0	101	41	14	21	21	1.89
9034176--9034231	8	6.9	8	82	11	69	25	0	3	71	1.02
9034173--9034226	26	2.2	25	80	16	67	25	0	3	70	1.04
9034165--9034231	16	4.1	16	81	11	73	28	0	4	67	1.10
9045815--9045867	12	4.6	12	74	9	56	66	0	33	0	0.92
9049524--9049576	20	2.6	20	82	17	65	62	0	15	22	1.32
9055341--9055401	29	2.1	29	96	0	113	50	11	6	31	1.64
9060263--9060304	13	3.0	14	79	6	50	45	14	0	40	1.45
9070495--9070525	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
9074931--9074979	23	2.2	22	88	3	71	79	6	4	10	1.03
9074896--9074965	26	2.6	27	75	11	72	75	5	2	15	1.11
9074975--9075035	26	2.4	26	81	8	72	67	4	8	19	1.36
9085193--9085239	19	2.5	19	76	13	53	68	4	4	23	1.26
9085184--9085238	18	2.9	19	76	10	60	65	3	3	27	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9085218--9085258	21	1.9	22	85	5	57	65	9	0	24	1.22
9090261--9090306	16	2.9	16	87	9	60	54	0	6	39	1.26
9100895--9100936	19	2.2	19	84	16	52	7	19	7	66	1.39
9102788--9102817	12	2.5	12	94	0	51	40	0	0	60	0.97
9104802--9104862	30	2.0	30	87	0	86	26	16	31	26	1.96
9109049--9109097	24	2.0	24	88	0	71	40	4	18	36	1.70
9115306--9115653	64	5.3	64	65	17	205	32	14	14	38	1.86
9115214--9115752	131	4.1	131	83	1	625	32	15	13	38	1.86
9115214--9115776	262	2.1	261	83	3	693	32	14	13	39	1.86
9116171--9116252	41	2.0	41	95	0	146	36	26	17	19	1.94
9126592--9126656	3	21.7	3	100	0	130	66	0	0	33	0.92
9129164--9129196	17	1.9	17	93	0	57	27	33	30	9	1.88
9130544--9130569	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
9132781--9132825	24	1.9	23	86	4	63	60	4	13	22	1.51
9132844--9132965	37	3.3	37	81	12	135	54	0	8	36	1.36
9135026--9135187	88	1.8	88	89	0	252	29	24	19	26	1.98
9135765--9135851	45	1.9	45	83	0	111	47	11	16	25	1.80
9136125--9136163	15	2.8	14	88	11	62	7	15	0	76	0.99
9142732--9142774	9	4.8	9	91	0	59	46	16	9	27	1.77
9142987--9143046	30	2.0	31	83	3	77	20	38	0	41	1.52
9146727--9146762	16	2.2	16	95	0	63	44	19	16	19	1.87
9147899--9147938	16	2.5	16	87	0	53	47	5	7	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9147927--9148136	68	3.1	68	95	1	370	41	4	7	45	1.53
9148982--9149026	24	1.9	23	86	4	63	62	6	13	17	1.52
9153076--9153352	147	1.9	147	83	1	358	29	20	20	29	1.98
9154897--9155279	188	2.0	188	90	1	599	37	23	9	29	1.87
9158273--9158329	27	2.1	27	100	0	114	61	7	7	24	1.47
9158505--9158696	98	2.0	97	88	3	287	48	13	17	21	1.80
9160002--9160037	18	1.9	19	88	5	56	38	22	16	22	1.93
9165618--9165642	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
9168223--9168326	55	1.9	55	95	0	190	17	25	33	24	1.96
9170438--9170563	64	2.0	63	82	1	153	22	18	23	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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