genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  205  of  214  ( 25680 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60170482--60170540	27	2.2	27	81	0	64	16	28	25	28	1.97
60170594--60170654	28	2.3	27	88	5	88	54	0	4	40	1.22
60171175--60171248	38	1.9	38	94	0	130	51	9	4	35	1.53
60182127--60182187	29	2.1	29	96	3	115	29	9	6	54	1.59
60182133--60182194	29	2.3	27	86	13	85	29	8	6	56	1.53
60190769--60190828	26	2.3	26	100	0	120	10	45	10	35	1.71
60191603--60191782	83	2.2	83	80	9	190	51	5	2	40	1.37
60192080--60192120	13	3.1	13	86	13	57	41	2	9	46	1.50
60193884--60193913	13	2.3	13	94	0	51	40	40	0	20	1.52
60194053--60194120	9	7.4	9	77	9	66	23	7	26	42	1.80
60194053--60194120	18	3.7	18	78	7	75	23	7	26	42	1.80
60194053--60194111	18	3.2	18	80	4	82	22	6	27	44	1.78
60203806--60203848	19	2.3	19	83	0	50	53	0	9	37	1.33
60212424--60212463	19	2.1	19	85	0	53	32	27	5	35	1.79
60217585--60217824	46	5.3	46	85	11	225	36	14	21	27	1.93
60217585--60217787	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
60217519--60217787	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
60217751--60217896	37	4.0	37	93	1	251	36	16	22	24	1.94
60219152--60219344	49	3.9	49	93	0	314	23	16	30	29	1.96
60222534--60222773	46	5.3	46	85	11	225	36	14	21	27	1.93
60222534--60222736	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
60222468--60222736	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60222700--60222845	37	4.0	37	93	1	251	36	16	22	24	1.94
60232272--60232345	29	2.6	27	81	10	60	39	2	0	58	1.13
60232265--60232345	27	3.0	25	85	12	99	38	2	0	59	1.11
60232263--60232339	38	2.1	35	90	7	118	33	2	0	63	1.08
60232307--60232335	11	2.5	12	94	5	51	41	3	0	55	1.17
60234653--60234693	21	2.0	21	100	0	82	34	0	9	56	1.32
60234862--60234911	26	2.0	25	92	4	82	40	0	0	60	0.97
60234668--60235122	120	3.9	118	90	5	700	42	1	4	51	1.31
60235068--60235102	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
60235330--60235360	16	1.9	16	93	0	53	19	32	6	41	1.77
60248634--60249053	107	3.9	107	92	0	680	28	19	19	32	1.96
60275946--60276011	21	3.2	21	64	23	59	24	15	16	43	1.86
60275929--60276011	40	2.1	40	100	0	166	26	16	14	42	1.87
60277343--60277379	19	1.9	19	94	0	65	32	18	18	29	1.96
60279396--60279430	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
60279289--60279572	120	2.4	120	90	2	446	44	1	4	48	1.34
60279516--60279550	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
60279516--60279570	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
60279786--60279837	16	3.2	16	94	0	95	38	34	0	26	1.57
60284744--60284775	8	4.0	8	100	0	64	75	0	0	25	0.81
60285690--60285732	22	2.0	22	95	0	77	39	2	9	48	1.48
60286207--60286246	20	2.0	21	85	5	55	47	10	2	40	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60286775--60286801	11	2.5	11	100	0	54	92	0	7	0	0.38
60286781--60287164	218	1.8	208	86	7	522	41	14	17	27	1.88
60286781--60287234	107	4.2	105	82	11	476	43	13	15	27	1.84
60287343--60287758	106	4.0	106	82	10	475	36	15	14	33	1.88
60287750--60287955	93	2.2	93	97	0	387	40	14	7	37	1.74
60289360--60289388	10	2.7	11	89	10	51	0	24	0	75	0.80
60297212--60297250	16	2.5	15	84	8	51	51	41	5	2	1.38
60297635--60297660	11	2.4	11	100	0	52	7	0	0	92	0.39
60298263--60298311	3	16.3	3	91	0	80	34	0	2	63	1.06
60298624--60298675	25	2.1	25	100	0	104	23	3	3	69	1.22
60300124--60300162	20	2.0	20	89	0	60	58	0	5	35	1.20
60300306--60300365	3	19.7	3	93	3	102	65	0	1	33	1.03
60312075--60312143	31	2.3	30	80	5	84	43	17	8	30	1.79
60312933--60312993	29	2.1	28	84	3	77	24	14	18	42	1.88
60333498--60333535	18	2.1	18	85	9	51	44	2	0	52	1.14
60333586--60333623	17	2.2	18	85	4	51	42	0	2	55	1.14
60335980--60336012	17	1.9	17	100	0	66	12	15	18	54	1.71
60336732--60336830	43	2.3	43	84	3	137	28	15	16	40	1.88
60337428--60337571	44	3.2	43	66	13	101	48	4	2	44	1.35
60337425--60337581	47	3.4	46	70	15	153	48	4	1	45	1.33
60337362--60337562	91	2.3	93	88	7	303	48	4	1	45	1.34
60337677--60337706	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60337698--60337732	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
60337578--60337986	120	3.4	120	95	0	730	43	2	4	49	1.36
60337622--60337933	63	5.1	63	66	24	202	42	2	5	49	1.40
60337939--60337972	18	1.9	17	88	5	50	44	0	0	55	0.99
60338229--60338258	9	3.3	9	95	0	51	0	13	10	76	1.01
60338829--60338883	25	2.2	25	87	6	76	41	0	0	58	0.98
60341064--60341115	23	2.2	23	93	3	86	26	19	7	46	1.77
60342047--60342086	18	2.2	19	86	4	55	32	0	7	60	1.25
60346656--60346708	26	2.0	26	85	7	72	32	7	1	58	1.37
60349225--60349250	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
60352131--60352185	17	3.0	19	71	17	53	56	1	3	38	1.28
60352132--60352171	17	2.4	17	87	8	55	60	0	5	35	1.19
60353435--60353492	28	2.1	27	90	6	91	34	10	3	51	1.53
60362916--60363011	31	3.1	31	93	3	165	45	14	9	30	1.76
60366143--60366241	11	9.5	11	71	20	79	1	13	12	73	1.14
60366146--60366181	18	2.0	18	94	0	63	0	11	13	75	1.06
60366145--60366282	53	2.6	53	88	7	187	1	15	11	71	1.21
60366831--60366926	31	3.1	31	93	3	165	45	12	9	32	1.74
60374040--60374092	8	6.8	8	86	4	72	47	1	0	50	1.12
60374011--60374086	28	2.7	28	80	11	84	50	1	1	47	1.18
60374101--60374151	26	1.9	27	88	4	77	68	5	23	1	1.22
60374817--60374863	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60376705--60376746	22	1.9	22	95	0	75	40	9	4	45	1.58
60380037--60380143	29	3.7	29	79	0	106	16	24	18	40	1.91
60381727--60381772	23	2.0	23	82	4	56	63	6	2	28	1.31
60384329--60384357	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
60387431--60387460	13	2.3	13	100	0	60	16	36	0	46	1.47
60389984--60390037	25	2.2	25	100	0	108	20	18	20	40	1.91
60395878--60395942	26	2.5	27	76	16	73	38	0	1	60	1.07
60395895--60395986	3	31.3	3	69	16	50	30	4	3	61	1.31
60413747--60413918	68	2.5	68	84	5	204	30	14	22	32	1.94
60414284--60414812	156	3.5	151	77	16	540	27	18	21	32	1.97
60413922--60414808	73	12.2	72	84	9	1049	28	18	20	32	1.96
60414200--60414796	232	2.6	225	86	5	773	27	18	21	32	1.97
60414501--60414886	159	2.4	159	82	6	451	26	18	21	33	1.96
60417189--60417244	12	4.6	12	78	10	51	37	0	1	60	1.07
60417189--60417283	38	2.5	38	81	5	102	33	3	3	60	1.29
60423089--60423157	20	3.6	19	80	16	81	36	2	0	60	1.11
60423116--60423154	10	3.9	10	80	12	53	38	0	0	61	0.96
60424042--60424070	9	3.0	10	90	10	51	10	0	0	89	0.48
60424044--60424069	9	2.9	9	100	0	52	7	0	0	92	0.39
60430288--60430332	22	2.0	23	82	4	56	35	22	13	28	1.92
60431717--60431758	22	1.9	22	90	0	66	38	0	2	59	1.10
60431953--60432044	43	2.1	43	95	2	166	42	8	25	23	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60456296--60456324	10	2.7	11	94	5	51	41	0	20	37	1.53
60456642--60456694	25	2.2	25	82	3	63	22	30	18	28	1.98
60456799--60456917	24	4.8	24	75	11	78	18	29	19	32	1.96
60457931--60457996	7	8.6	7	76	18	53	43	1	1	53	1.19
60457934--60457999	8	8.4	8	73	18	50	45	1	1	51	1.19
60457931--60457999	27	2.5	26	76	23	79	44	1	1	52	1.19
60457941--60458009	32	2.2	32	79	7	79	47	1	2	47	1.25
60458079--60458115	13	2.9	14	88	11	53	72	0	27	0	0.84
60458079--60458115	14	2.9	13	85	14	51	72	0	27	0	0.84
60460668--60460720	25	2.1	25	85	0	70	18	26	18	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214