genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  27  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7558867--7558901	11	3.3	11	84	8	54	22	0	2	74	0.95
7566298--7566348	26	1.9	26	88	4	75	45	9	9	35	1.71
7567882--7567930	25	1.9	25	87	4	71	32	2	16	48	1.57
7573464--7573496	16	2.1	16	94	0	57	6	15	15	63	1.49
7575742--7575810	33	2.1	33	91	0	111	34	1	11	52	1.47
7575849--7575890	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7575840--7575881	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
7576104--7576138	16	2.2	16	94	0	61	28	34	0	37	1.58
7578281--7578333	16	3.3	16	76	10	63	35	24	5	33	1.79
7578523--7578633	41	2.8	41	84	2	145	33	20	18	27	1.96
7579523--7579554	12	2.6	13	85	14	50	0	18	0	81	0.70
7579519--7579587	33	2.3	28	82	12	75	1	15	7	75	1.09
7579612--7579650	20	2.0	20	85	10	53	33	2	0	64	1.08
7586788--7586926	37	3.8	37	95	0	242	39	13	20	25	1.90
7586889--7587012	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
7589745--7589824	15	5.3	15	71	11	74	45	7	22	25	1.78
7589738--7589850	30	3.8	30	92	2	185	45	7	23	24	1.77
7589739--7589860	58	2.1	59	90	4	192	43	6	24	25	1.78
7594883--7594945	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
7596202--7596226	13	1.9	13	100	0	50	48	52	0	0	1.00
7615196--7615262	12	5.6	13	73	16	56	44	0	4	50	1.22
7615193--7615237	17	2.6	17	86	10	56	44	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7618875--7618906	16	1.9	17	93	6	57	53	0	6	40	1.26
7628033--7628112	24	3.2	25	76	5	81	56	1	2	40	1.21
7628188--7628244	25	2.2	26	84	9	73	1	66	1	29	1.12
7631055--7631102	3	15.7	3	91	4	78	31	0	2	66	1.03
7633571--7633616	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
7634414--7634438	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
7636091--7636252	41	4.0	41	91	1	245	28	20	27	22	1.99
7636088--7636287	41	4.9	41	88	1	240	30	20	26	23	1.99
7639171--7639196	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
7639154--7639283	37	3.4	39	82	10	176	31	3	0	65	1.08
7639193--7639227	9	4.0	9	85	7	54	25	0	0	74	0.82
7639194--7639227	17	2.0	17	94	0	59	26	0	0	73	0.83
7639193--7639245	9	5.5	10	77	18	51	28	1	0	69	0.99
7640947--7642084	44	25.8	45	64	8	242	28	18	23	29	1.98
7640864--7642194	132	10.1	132	94	0	2256	28	18	23	29	1.98
7640864--7642184	661	2.0	658	94	1	2295	28	18	23	28	1.98
7645959--7645997	19	2.1	19	95	0	69	41	23	5	30	1.76
7652325--7652417	35	2.6	35	82	1	123	15	9	31	44	1.78
7653095--7653169	19	3.8	19	87	6	105	38	9	14	37	1.79
7653096--7653158	21	3.1	21	90	9	112	39	9	12	38	1.76
7653780--7653829	25	2.0	26	88	4	75	32	8	4	56	1.47
7654493--7654687	98	2.0	98	92	0	327	29	10	23	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7656225--7656271	19	2.5	20	86	6	71	40	0	0	59	0.97
7656268--7656309	20	2.2	20	86	4	59	38	0	0	61	0.96
7664724--7664755	7	4.7	7	96	3	57	53	0	0	46	1.00
7665282--7665344	19	3.3	19	84	6	74	57	1	0	41	1.08
7665287--7665340	28	1.9	28	85	14	76	53	1	0	44	1.11
7665287--7665343	9	6.1	9	76	15	53	56	1	0	42	1.10
7665371--7665429	29	2.0	29	87	6	84	54	1	1	42	1.20
7665728--7665767	21	1.9	21	94	0	71	55	10	12	22	1.67
7666175--7666213	9	4.5	8	84	15	51	0	25	0	74	0.82
7666174--7666214	18	2.3	18	91	8	66	0	24	0	75	0.80
7668571--7668780	91	2.3	90	84	6	266	34	22	11	31	1.90
7668971--7669946	331	2.9	331	99	0	1916	30	14	15	39	1.88
7677297--7677480	45	4.1	44	89	2	269	40	19	19	20	1.91
7677296--7677502	45	4.8	42	82	7	188	39	20	19	20	1.93
7677281--7677480	90	2.2	90	89	3	312	40	19	19	20	1.92
7689886--7689948	32	2.0	32	100	0	126	50	0	9	39	1.35
7694097--7694172	37	2.1	37	100	0	152	52	36	2	7	1.45
7694164--7694210	20	2.3	21	78	10	53	61	23	4	10	1.46
7695278--7695310	15	2.1	16	94	5	59	36	0	0	63	0.95
7696068--7696365	109	2.7	111	93	1	510	30	14	19	35	1.92
7699613--7699656	17	2.6	17	96	0	79	40	18	0	40	1.50
7700252--7700308	30	1.9	30	88	0	87	12	31	35	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7705852--7706117	135	2.0	135	90	0	424	33	13	27	25	1.93
7706137--7706232	6	16.0	6	93	0	138	60	0	39	0	0.97
7709038--7709099	32	2.0	32	84	9	83	29	3	4	62	1.31
7709135--7709170	19	1.9	19	88	5	56	30	0	2	66	1.06
7709126--7709180	28	2.0	28	89	7	85	30	0	3	65	1.10
7710650--7710680	12	2.5	13	89	10	55	29	32	6	32	1.83
7715873--7715921	26	2.0	24	92	8	80	30	0	8	61	1.25
7719872--7719932	31	2.0	31	87	6	88	47	13	6	32	1.68
7722609--7722725	62	1.9	59	86	5	162	48	3	4	43	1.39
7722701--7722751	20	2.8	17	80	19	59	49	1	3	45	1.32
7727067--7727121	25	2.2	25	90	0	92	23	29	12	34	1.92
7742395--7742441	15	3.1	16	71	22	55	46	31	0	21	1.51
7742382--7742441	30	2.0	30	100	0	120	43	33	0	23	1.54
7749529--7749571	17	2.4	18	76	7	52	30	11	18	39	1.86
7761577--7761669	25	3.8	23	72	13	71	33	21	24	20	1.97
7762002--7762040	22	1.9	20	85	15	53	53	12	0	33	1.39
7769317--7769436	23	5.3	23	82	11	158	21	21	25	30	1.98
7769317--7769428	44	2.5	44	89	2	161	21	22	25	30	1.99
7772762--7772828	21	3.3	21	85	4	84	16	23	16	43	1.87
7773310--7773351	23	1.9	21	85	9	57	33	0	30	35	1.58
7773647--7773717	30	2.4	30	92	0	124	26	28	29	15	1.96
7773703--7773976	128	2.1	128	98	0	530	24	26	25	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7778500--7778661	51	3.2	51	93	0	279	33	14	20	30	1.93
7779551--7779661	19	5.8	19	88	0	168	38	9	13	38	1.76
7779558--7779661	38	2.7	38	96	0	190	39	8	12	39	1.74
7786499--7787530	132	7.8	132	93	0	1710	28	18	23	29	1.98
7787856--7787985	19	6.8	19	89	0	188	40	8	13	38	1.74
7787856--7787985	57	2.3	57	95	0	233	40	8	13	38	1.74
7787856--7788011	19	7.9	21	80	11	113	39	7	14	39	1.74
7789948--7790012	27	2.4	27	78	12	64	53	15	6	24	1.64
7792474--7792561	44	2.0	44	91	4	142	31	20	22	25	1.98
7796006--7796039	16	2.1	16	88	0	50	58	0	2	38	1.13
7796282--7796361	31	2.7	29	82	5	79	33	7	12	46	1.70
7796313--7796376	30	2.1	31	83	11	80	31	10	10	46	1.74
7818270--7818307	15	2.6	15	95	4	69	23	5	10	60	1.50
7826661--7826716	27	2.0	28	96	3	105	39	8	0	51	1.33
7826795--7826861	27	2.5	27	92	0	107	23	28	31	16	1.96
7826928--7827058	10	12.6	10	67	17	54	67	0	32	0	0.97
7826913--7826992	34	2.8	28	75	24	85	67	0	32	0	0.91
7826928--7827050	38	3.4	38	86	6	168	67	0	31	0	0.96
7826913--7827059	10	14.7	10	68	20	51	67	0	31	0	0.96
7827764--7827815	19	2.7	19	87	0	68	25	1	5	67	1.23
7827822--7827847	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
7827852--7827915	27	2.3	27	86	7	85	42	12	0	45	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7829014--7829042	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
7829250--7829366	10	11.9	10	71	16	84	0	31	0	67	0.97
7829273--7829383	18	6.1	18	74	15	95	0	32	0	66	0.98
7829266--7829374	38	2.9	38	90	2	157	0	33	0	65	0.99
7829310--7829383	14	5.1	14	72	22	55	0	31	0	68	0.89
7829304--7829383	34	2.8	28	75	24	85	0	32	0	67	0.91
7829315--7829386	10	6.6	10	73	17	54	0	31	0	68	0.90
7829344--7829386	22	1.9	23	85	4	61	0	30	0	69	0.88
7829306--7829387	28	2.7	30	75	19	89	0	32	0	67	0.91
7829285--7829400	42	2.9	40	80	10	105	0	36	0	63	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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