genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  5  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1454131--1454172	15	2.6	16	81	11	50	61	0	0	38	0.96
1459695--1459749	27	2.0	27	85	0	74	27	1	3	67	1.17
1459695--1459751	28	2.1	27	83	9	71	28	1	3	66	1.18
1460008--1460067	30	2.0	30	83	6	77	63	8	8	20	1.48
1460044--1460080	19	2.0	19	89	5	58	78	8	8	5	1.09
1460363--1460396	17	2.0	17	88	11	52	67	17	0	14	1.23
1460688--1460712	12	2.1	12	100	0	50	36	24	0	40	1.55
1461444--1461482	15	2.6	15	83	0	51	41	5	2	51	1.38
1472492--1472575	39	2.1	41	84	6	111	58	1	0	40	1.06
1472896--1472945	15	3.5	15	78	13	52	28	4	0	68	1.08
1479277--1479307	15	2.1	15	93	0	53	77	0	0	22	0.77
1479275--1479333	21	2.8	21	76	5	66	69	3	3	23	1.19
1480690--1480786	21	4.4	22	72	20	69	25	7	3	63	1.35
1480690--1480733	9	4.8	9	80	5	52	22	4	2	70	1.17
1480752--1480781	16	1.9	15	93	6	51	30	3	0	66	1.07
1488409--1488615	46	4.6	45	95	2	355	33	15	22	28	1.95
1488409--1488615	91	2.3	91	94	3	357	33	15	22	28	1.95
1492300--1492364	32	2.0	32	100	0	130	27	12	12	47	1.77
1495317--1495393	31	2.5	31	83	8	86	27	5	14	53	1.62
1496406--1496437	10	3.3	10	95	4	57	37	0	0	62	0.95
1507014--1507151	54	2.5	54	79	1	159	39	8	18	34	1.81
1512064--1512171	25	4.4	25	73	15	82	33	21	25	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1512066--1512136	25	2.8	25	85	8	83	32	21	26	19	1.97
1519040--1519073	14	2.4	14	90	9	52	55	0	2	41	1.15
1519715--1519768	26	2.1	26	96	0	99	38	22	9	29	1.85
1520398--1520448	17	3.1	17	72	13	52	23	19	23	33	1.97
1531019--1531221	46	4.5	46	96	1	365	33	14	23	28	1.94
1532478--1532619	49	2.9	49	84	4	178	26	12	26	33	1.92
1537326--1537526	45	4.5	46	93	2	329	31	13	24	29	1.94
1541035--1541070	18	2.0	18	88	0	54	19	8	19	52	1.70
1541353--1541410	20	2.9	19	82	10	62	36	0	5	58	1.20
1541512--1541572	20	3.2	19	75	13	54	29	3	4	62	1.32
1542134--1542188	21	2.5	22	76	2	67	67	16	9	7	1.40
1542935--1542991	30	1.9	30	85	3	80	19	12	1	66	1.32
1556714--1556752	16	2.4	16	82	0	51	38	2	23	35	1.68
1556919--1557044	58	2.2	58	86	2	173	51	3	1	43	1.27
1556919--1557081	58	2.8	57	81	9	145	53	3	1	41	1.29
1557795--1557987	98	2.0	98	89	0	296	37	24	9	27	1.87
1558250--1558274	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
1558778--1558802	8	3.1	8	100	0	50	16	36	0	48	1.46
1559771--1559803	14	2.4	14	94	0	57	15	18	30	36	1.91
1562598--1562866	41	6.6	41	90	0	403	28	20	27	22	1.99
1566444--1566473	14	2.1	14	93	0	51	83	0	16	0	0.65
1566516--1566549	16	2.1	16	94	0	59	20	5	20	52	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1566676--1566737	28	2.2	27	83	8	79	56	1	6	35	1.35
1567197--1567447	42	6.0	42	82	3	283	31	20	20	27	1.98
1567199--1567446	126	2.0	126	83	4	313	31	20	20	27	1.98
1567390--1567549	87	1.8	86	84	4	214	28	24	20	27	1.99
1567921--1567971	21	2.4	21	90	0	75	1	45	17	35	1.60
1573463--1573508	7	6.0	7	90	9	56	30	0	17	52	1.45
1573470--1573808	9	39.4	9	77	10	311	33	0	18	47	1.51
1573803--1573907	29	3.5	30	70	20	94	33	2	13	50	1.56
1573936--1573978	22	1.9	23	85	4	61	32	0	13	53	1.41
1573865--1574061	83	2.4	79	86	6	254	36	2	12	48	1.54
1574045--1574122	9	8.2	9	68	20	52	35	2	16	44	1.62
1574049--1574073	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
1574041--1574119	21	4.0	21	67	21	71	36	2	15	45	1.59
1574219--1574256	16	2.4	16	91	4	60	52	5	0	42	1.24
1574253--1574280	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
1574138--1574406	62	4.4	61	84	1	367	50	8	5	35	1.57
1574138--1574406	123	2.2	123	97	0	511	50	8	5	35	1.57
1574342--1574379	16	2.4	16	86	4	51	50	5	2	42	1.39
1574376--1574403	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
1574372--1574421	17	3.2	17	81	18	72	52	6	6	36	1.51
1577665--1577696	7	4.6	7	100	0	64	46	40	0	12	1.42
1578648--1578702	21	2.7	20	75	5	56	40	34	3	21	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1579184--1579398	114	1.9	114	87	5	319	32	20	13	34	1.90
1579960--1580012	17	3.1	18	75	8	56	22	18	22	35	1.95
1582793--1582896	32	3.1	32	67	26	88	49	7	0	42	1.38
1582788--1582932	68	2.1	68	90	2	227	49	5	2	42	1.37
1582805--1582949	68	2.1	69	84	3	186	51	4	2	42	1.33
1583196--1583255	11	5.6	11	74	20	56	35	3	0	61	1.12
1583191--1583267	31	2.5	31	89	4	120	33	3	0	62	1.14
1583191--1583273	30	2.8	28	84	14	103	31	3	0	65	1.10
1598166--1598219	23	2.3	23	84	6	65	53	1	1	42	1.22
1598179--1598229	23	2.2	24	92	3	86	54	0	1	43	1.11
1598193--1598286	40	2.3	40	85	3	136	60	0	2	37	1.09
1598983--1599020	17	2.3	17	82	17	53	36	0	0	63	0.95
1600418--1600451	13	2.8	12	86	8	50	67	2	0	29	1.05
1600423--1600452	13	2.3	13	94	0	51	70	3	0	26	1.03
1601005--1601048	22	2.0	23	90	4	72	54	0	0	45	0.99
1602432--1602461	12	2.4	13	88	11	53	23	0	0	76	0.78
1606822--1606940	42	2.8	42	83	5	141	26	27	25	20	1.99
1608866--1608892	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
1611097--1611406	107	2.9	105	85	3	415	29	12	11	46	1.76
1612336--1612406	36	2.0	36	83	5	90	35	39	0	25	1.56
1612335--1612379	14	3.1	14	81	15	56	31	46	0	22	1.52
1612406--1612447	14	2.9	14	82	6	57	35	35	0	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1612402--1612448	15	3.3	15	82	8	62	40	31	0	27	1.57
1612634--1612684	15	3.5	15	76	12	61	33	45	0	21	1.52
1613014--1613550	114	4.7	113	84	5	679	27	25	22	25	2.00
1614848--1614900	22	2.5	21	81	6	54	43	1	0	54	1.11
1631251--1631288	18	2.2	17	95	4	67	42	15	7	34	1.76
1640670--1640708	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
1640926--1641047	23	5.3	23	87	0	181	23	20	24	31	1.98
1640926--1641047	46	2.7	46	94	0	208	23	20	24	31	1.98
1643113--1643166	16	3.4	16	78	0	63	35	27	24	12	1.92
1643884--1643927	12	3.1	15	84	15	58	50	0	0	50	1.00
1643665--1644246	241	2.4	242	81	7	647	46	7	9	36	1.64
1652145--1652526	187	2.0	186	93	0	656	29	11	15	43	1.82
1653183--1653225	21	2.0	21	100	0	86	18	23	13	44	1.86
1667960--1668010	13	3.7	13	84	5	57	68	0	1	29	1.00
1667983--1668010	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
1672012--1672075	28	2.3	27	81	10	74	56	4	0	39	1.20
1672142--1672203	23	2.5	24	79	7	72	64	1	0	33	1.03
1672139--1672177	18	2.2	18	86	9	53	66	0	0	33	0.92
1672148--1672186	12	3.3	12	78	7	53	71	0	0	28	0.86
1681048--1681311	130	2.0	130	100	0	528	36	15	21	26	1.93
1686699--1686738	13	2.9	14	82	17	57	55	0	0	45	0.99
1690243--1690285	21	2.1	20	83	12	52	72	0	2	25	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1692705--1692768	11	5.9	11	79	3	76	65	3	0	31	1.08
1692698--1692767	22	3.2	22	95	2	124	62	4	0	32	1.14
1693766--1693803	15	2.4	17	82	13	53	39	18	2	39	1.65
1702095--1702128	14	2.4	14	90	0	50	29	0	5	64	1.17
1706146--1706211	26	2.5	26	90	0	105	42	19	13	24	1.87
1706411--1706610	99	2.0	99	96	0	364	39	7	6	47	1.56
1716208--1716254	23	2.0	23	83	0	58	2	27	2	68	1.13
1717873--1717963	41	2.3	38	89	10	148	32	2	0	64	1.05
1728621--1729272	216	3.0	216	97	0	1205	40	12	13	33	1.82
1730612--1731021	206	2.0	205	89	0	631	40	20	15	24	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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