genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5936033--5936061	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
5938365--5938422	23	2.8	21	80	19	68	18	10	0	70	1.15
5938978--5939003	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
5940529--5940663	69	2.0	69	90	0	216	16	15	20	48	1.82
5942627--5942695	29	2.6	25	78	13	66	33	5	1	59	1.30
5943411--5943636	123	1.8	123	89	1	355	36	13	26	24	1.92
5962523--5962581	30	2.0	30	89	0	91	32	25	3	38	1.72
5964411--5964445	18	1.9	18	100	0	70	28	22	11	37	1.89
5964326--5964481	86	1.8	83	85	6	215	28	26	14	30	1.95
5965463--5965518	27	2.1	27	93	0	94	25	35	12	26	1.91
5965490--5967235	636	2.7	636	98	0	3348	29	19	18	32	1.96
5969240--5969495	125	2.0	126	87	2	372	27	16	17	38	1.92
5969742--5969780	15	2.6	15	87	0	51	53	33	0	12	1.39
5973287--5973373	39	2.3	38	84	4	104	45	1	12	40	1.50
5973332--5973394	33	1.9	33	93	3	110	38	1	12	47	1.51
5973456--5973850	127	3.1	126	86	4	537	37	16	17	29	1.91
5974270--5974326	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
5976831--5976887	29	2.0	29	82	6	71	35	19	15	29	1.93
5987955--5987983	13	2.3	13	94	5	51	89	0	10	0	0.48
5990528--5990616	44	2.0	46	91	4	146	25	4	31	38	1.76
5990526--5990631	46	2.5	42	78	16	128	29	3	31	35	1.75
5990814--5990865	26	2.0	26	92	7	88	50	3	0	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5992333--5992436	49	2.1	49	89	0	154	50	10	7	31	1.65
5992544--5992658	56	2.1	56	96	0	212	36	12	6	44	1.69
5992832--5992881	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
5992875--5992937	32	2.0	32	100	0	126	36	9	12	41	1.76
5993140--5993201	25	2.5	25	91	0	97	41	19	9	29	1.83
5993697--5993721	10	2.5	10	100	0	50	44	28	8	20	1.79
6014357--6014449	40	2.3	39	83	7	114	31	21	24	22	1.98
6014384--6014480	40	2.5	40	83	5	117	34	21	22	21	1.97
6014530--6014704	41	4.2	41	92	2	280	25	21	23	29	1.99
6014530--6014704	82	2.1	83	95	1	316	25	21	23	29	1.99
6014971--6015016	18	2.5	19	72	13	51	34	0	13	52	1.40
6015122--6015149	7	4.0	7	100	0	56	14	0	57	28	1.38
6015192--6015352	82	2.0	82	91	2	261	25	1	27	44	1.64
6015729--6015762	16	2.1	16	88	5	50	70	2	2	23	1.15
6016016--6016075	26	2.3	26	82	2	66	65	11	3	20	1.39
6020723--6020888	43	3.9	42	82	2	161	21	17	28	32	1.96
6021364--6021452	28	3.2	28	80	3	108	21	16	6	55	1.64
6021364--6021471	56	1.9	56	86	3	155	21	16	7	54	1.66
6021382--6021497	28	4.1	28	79	3	126	21	18	5	54	1.63
6021764--6021833	34	2.1	34	91	0	113	34	12	11	41	1.79
6028870--6029093	9	23.6	9	68	15	78	61	2	4	31	1.30
6028989--6029037	21	2.5	20	83	12	66	63	0	2	34	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6029047--6029098	19	2.7	19	85	8	70	67	3	1	26	1.18
6029372--6029430	31	1.9	31	82	6	75	28	3	0	67	1.06
6029390--6029446	16	3.5	17	71	17	50	31	3	0	64	1.10
6029476--6029538	9	6.6	9	74	18	56	23	4	3	68	1.24
6031868--6032514	263	2.5	261	83	5	785	36	12	11	39	1.80
6040529--6040583	3	18.3	3	100	0	110	67	0	32	0	0.91
6041927--6041967	22	1.9	21	90	5	64	17	4	2	75	1.08
6043786--6043855	27	2.4	29	76	6	72	24	4	25	45	1.71
6045610--6045649	21	1.9	21	94	0	71	22	10	15	52	1.71
6047435--6047522	3	29.7	3	96	2	160	67	0	31	1	0.99
6049043--6049068	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
6049316--6049386	10	6.7	10	75	12	70	71	0	28	0	0.86
6049306--6049422	20	5.6	20	76	14	103	68	0	30	0	0.96
6049322--6049422	24	4.5	24	80	14	117	68	0	30	0	0.96
6049304--6049395	10	10.1	9	74	22	68	69	0	29	1	0.95
6051322--6051502	40	4.5	40	95	0	326	29	19	23	27	1.98
6057569--6057789	40	5.5	40	91	0	352	30	19	21	28	1.97
6063869--6064086	40	5.4	40	94	0	382	30	19	22	27	1.98
6065918--6066000	41	2.0	41	95	0	148	25	36	21	16	1.94
6073481--6073561	3	26.0	3	73	12	65	29	4	2	62	1.29
6073518--6073561	16	2.9	16	83	9	58	31	4	2	61	1.28
6080063--6080269	44	4.6	45	82	9	255	27	25	24	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6080061--6080269	89	2.3	89	95	0	382	26	24	24	23	2.00
6080063--6080310	45	5.6	45	80	5	263	27	24	24	24	2.00
6080277--6080664	95	4.1	95	90	2	582	30	16	22	30	1.96
6080652--6080920	132	2.0	132	87	2	380	35	17	21	25	1.95
6082243--6082340	3	32.0	3	73	11	74	30	4	3	62	1.29
6082402--6082470	31	2.2	31	92	0	111	33	8	10	47	1.68
6086340--6086383	23	1.9	23	86	9	63	38	4	2	54	1.33
6090276--6090329	25	2.2	25	86	0	72	20	24	46	9	1.79
6090361--6090398	18	2.1	19	90	9	62	10	5	39	44	1.61
6090366--6090405	18	2.3	17	82	4	53	12	5	37	45	1.64
6093243--6093276	17	2.0	17	100	0	68	35	5	29	29	1.81
6093765--6093872	29	3.7	28	79	7	117	37	20	3	38	1.70
6093765--6093880	58	2.0	58	81	9	139	36	18	5	39	1.74
6094084--6094117	12	2.9	12	91	4	52	88	2	5	2	0.70
6094211--6094247	11	3.4	11	85	14	58	70	0	29	0	0.88
6094330--6094375	4	12.0	4	81	9	60	82	0	17	0	0.67
6094339--6094378	7	5.4	7	88	11	62	85	0	15	0	0.61
6094823--6094865	15	2.8	15	82	3	50	74	0	20	4	1.00
6094815--6094865	16	3.1	16	78	10	59	74	0	21	3	0.98
6101000--6102367	456	3.0	456	99	0	2722	21	19	25	33	1.97
6102611--6102658	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
6106868--6107059	50	3.8	51	80	4	203	29	28	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6109978--6110183	28	7.4	28	91	2	281	32	28	13	25	1.94
6118209--6118251	19	2.3	19	100	0	86	32	0	23	44	1.54
6118292--6118492	50	4.0	50	69	10	149	31	25	16	25	1.97
6123375--6123416	21	2.0	21	100	0	84	38	14	14	33	1.86
6124195--6125254	76	14.1	75	82	3	1117	29	17	19	33	1.95
6124195--6125221	151	6.8	150	84	2	1126	29	17	20	33	1.95
6125549--6125672	29	4.3	30	86	4	148	35	21	4	38	1.73
6125549--6125672	58	2.1	58	86	2	178	35	21	4	38	1.73
6126014--6126049	11	3.3	11	85	14	56	72	0	27	0	0.85
6126015--6126056	22	2.0	20	90	9	66	69	0	30	0	0.89
6126163--6126244	4	20.5	4	78	14	89	75	1	23	0	0.87
6126163--6126232	28	2.5	28	86	6	99	74	1	24	0	0.90
6126175--6126232	28	2.1	28	93	3	100	75	0	24	0	0.80
6126579--6126614	10	3.6	10	88	0	54	86	0	13	0	0.58
6127781--6127826	23	1.9	25	91	8	78	28	21	4	45	1.71
6128477--6128585	46	2.4	45	92	3	182	27	27	8	36	1.85
6141043--6141111	20	3.5	20	72	18	63	62	0	4	33	1.15
6141086--6141159	22	3.3	22	74	12	71	67	1	1	29	1.07
6141093--6141142	16	3.1	15	81	18	57	76	2	0	22	0.89
6141096--6141141	23	1.9	24	86	8	67	76	2	0	21	0.90
6142248--6142395	73	2.0	73	90	0	233	31	6	25	35	1.82
6143029--6143087	30	2.0	30	89	0	91	25	27	25	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6144985--6145015	15	2.1	15	100	0	62	32	0	25	41	1.56
6149397--6149488	28	3.3	27	75	15	80	50	2	1	46	1.20
6152587--6152626	21	2.0	21	85	5	55	5	25	0	70	1.08
6159649--6159674	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
6161026--6161069	13	3.5	13	87	3	63	65	0	0	34	0.93
6161010--6161058	15	2.9	17	77	20	50	63	0	0	36	0.95
6171172--6171211	21	1.9	21	85	10	55	55	15	7	22	1.65
6172162--6172214	18	2.9	18	82	0	70	28	22	15	33	1.94
6178591--6178782	63	3.0	63	100	0	384	29	10	12	47	1.75
6188190--6188238	23	2.0	26	88	11	77	30	20	0	48	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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