genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  50  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13755146--13755187	10	4.1	10	85	11	50	16	4	0	78	0.91
13755135--13755175	16	2.5	17	84	8	57	12	7	0	80	0.90
13755873--13755924	16	3.2	16	88	0	77	30	0	34	34	1.58
13755905--13756014	45	2.6	43	77	9	120	34	5	28	31	1.80
13756137--13756191	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
13756332--13756542	88	2.4	89	82	7	268	47	3	3	45	1.39
13756366--13756505	44	3.2	43	66	16	106	47	2	2	46	1.32
13760000--13760040	17	2.4	17	88	8	57	70	0	7	21	1.11
13767468--13767510	21	2.0	21	100	0	86	16	27	18	37	1.92
13771861--13771908	21	2.3	21	85	0	69	37	6	16	39	1.74
13775014--13775057	21	2.1	21	86	0	61	18	25	20	36	1.95
13779310--13779370	26	2.4	26	81	13	65	19	1	40	37	1.62
13779321--13779372	26	2.0	26	96	0	95	15	1	38	44	1.58
13780228--13780473	39	6.3	38	83	5	271	39	17	13	29	1.88
13780227--13780473	117	2.1	117	85	5	340	39	17	14	29	1.88
13781500--13781541	17	2.5	17	88	0	57	38	0	11	50	1.40
13789297--13789329	18	1.9	18	88	11	52	39	0	12	48	1.40
13791934--13792025	24	3.8	24	74	8	87	21	31	17	29	1.96
13792303--13792339	16	2.3	16	95	0	65	45	16	13	24	1.83
13801709--13801949	50	4.9	50	80	5	240	27	20	28	23	1.99
13801721--13801900	99	1.8	99	86	2	263	26	20	30	23	1.99
13801718--13801942	99	2.3	100	80	6	244	28	20	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13801768--13801949	49	3.7	48	74	12	147	28	20	27	23	1.99
13804624--13804732	24	4.5	23	73	13	85	20	29	19	31	1.97
13813724--13813769	23	2.0	23	83	8	58	34	21	26	17	1.95
13816471--13816550	41	2.0	41	97	0	151	37	23	11	27	1.89
13818334--13818370	18	2.1	18	94	0	65	45	18	10	24	1.81
13818754--13818959	40	5.3	40	77	10	187	11	25	22	41	1.86
13818860--13819019	41	3.8	40	74	7	113	16	23	21	37	1.94
13818886--13819017	44	3.1	44	74	7	128	17	24	22	35	1.95
13820055--13820092	19	2.0	19	89	0	58	7	18	5	68	1.34
13820867--13820922	3	18.7	3	84	0	76	35	1	1	60	1.17
13821370--13821451	38	2.3	35	85	6	101	20	8	6	64	1.43
13821500--13821539	20	2.1	18	86	13	53	25	15	2	57	1.50
13821574--13822109	109	4.9	109	93	0	831	30	16	18	33	1.94
13824748--13824796	25	1.9	27	84	12	68	20	16	8	55	1.66
13825416--13825471	29	1.9	30	85	7	80	73	7	7	12	1.25
13825444--13825502	19	3.0	21	72	27	65	77	6	5	10	1.10
13825414--13825482	29	2.4	28	78	4	75	76	5	5	11	1.13
13825446--13825510	19	3.2	20	72	16	62	76	7	4	10	1.13
13827784--13828071	50	5.8	50	74	2	238	35	19	18	27	1.95
13827763--13828164	100	4.0	100	83	2	468	33	19	19	27	1.96
13827772--13828164	200	2.0	199	86	2	547	34	19	19	26	1.96
13828140--13828189	25	2.0	25	84	0	64	36	16	18	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13828040--13828273	125	1.9	125	89	1	362	34	19	18	26	1.95
13828310--13829297	44	22.9	43	68	11	362	31	21	21	26	1.98
13828491--13829248	85	8.8	84	70	13	305	31	21	20	26	1.98
13828665--13829375	129	5.5	129	91	0	1093	31	21	20	26	1.98
13830324--13830361	19	2.0	19	89	0	58	7	18	5	68	1.34
13831096--13831172	3	25.7	3	89	0	118	35	1	1	62	1.12
13831753--13831792	20	2.1	18	86	13	53	25	15	2	57	1.50
13831831--13832150	115	2.9	109	89	6	489	30	18	19	31	1.95
13834194--13834251	31	1.9	31	85	3	82	20	18	27	32	1.97
13836678--13836743	26	2.5	26	92	0	105	27	24	25	22	2.00
13840629--13840671	20	2.2	20	84	12	54	72	0	2	25	0.97
13841497--13841546	22	2.2	23	85	3	75	46	18	6	30	1.73
13856699--13856756	26	2.2	26	84	0	80	27	12	27	32	1.92
13865472--13865521	18	2.8	18	87	3	75	12	44	30	14	1.81
13867807--13867846	21	1.9	21	94	0	71	27	22	25	25	2.00
13876078--13876114	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
13881789--13881920	9	13.9	9	72	17	72	56	2	0	40	1.17
13881789--13881921	10	13.9	10	71	17	68	57	2	0	39	1.17
13881792--13881937	18	7.8	18	67	20	59	58	2	1	38	1.18
13881779--13881878	37	2.6	39	73	9	100	56	3	0	41	1.15
13881793--13881937	20	7.7	19	67	19	81	58	2	1	37	1.18
13881793--13881860	28	2.4	28	80	4	84	66	2	0	30	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13884037--13884074	18	2.1	18	100	0	76	50	10	5	34	1.59
13885773--13885866	38	2.4	39	85	7	129	65	9	7	17	1.43
13888834--13888967	37	3.4	40	73	7	112	32	24	16	26	1.96
13889799--13889861	22	2.9	22	71	21	60	1	22	4	71	1.13
13895084--13895110	14	1.9	14	100	0	54	51	14	3	29	1.60
13902272--13902347	40	1.9	40	83	5	100	30	25	28	15	1.96
13902427--13902638	41	5.2	41	81	2	219	16	26	24	33	1.96
13902427--13902705	82	3.4	82	78	3	204	17	26	22	33	1.96
13902427--13902705	41	6.8	41	78	3	184	17	26	22	33	1.96
13903221--13903258	15	2.5	15	86	0	58	21	0	42	36	1.53
13904558--13904629	37	1.9	38	88	8	112	22	1	38	37	1.63
13904727--13904798	38	1.9	38	86	8	103	25	1	37	36	1.65
13904547--13904889	169	2.0	169	94	3	602	26	2	29	41	1.67
13904969--13905037	35	2.0	36	86	11	99	55	7	0	37	1.28
13907919--13908385	56	8.2	56	94	2	790	46	11	1	40	1.50
13908133--13908178	22	2.1	22	95	0	83	47	10	0	41	1.38
13908190--13908234	22	2.0	22	95	0	81	46	11	0	42	1.39
13908246--13908352	22	5.0	22	69	22	86	48	11	0	39	1.45
13908373--13908505	9	15.7	9	69	14	86	42	18	1	38	1.59
13908373--13908505	25	5.2	25	67	18	71	42	18	1	38	1.59
13908367--13908505	34	4.1	32	70	18	86	42	17	1	38	1.58
13908453--13908503	16	3.1	16	83	10	75	43	23	1	31	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13908507--13908563	25	2.2	26	87	3	80	45	17	0	36	1.49
13914005--13914175	66	2.6	65	84	4	209	40	19	26	12	1.88
13914146--13914218	21	3.5	21	82	0	74	34	17	42	5	1.73
13914166--13914237	21	3.4	21	82	0	81	34	15	44	5	1.70
13914562--13914872	85	3.7	84	85	5	362	24	17	29	28	1.97
13914562--13914894	170	2.0	170	83	5	433	25	17	29	27	1.97
13914562--13914894	43	7.8	42	74	9	264	25	17	29	27	1.97
13918764--13918936	30	5.7	30	86	1	211	33	9	15	41	1.80
13921570--13921603	17	2.0	17	100	0	68	52	0	5	41	1.25
13921888--13921944	29	2.1	26	83	9	69	36	7	15	40	1.75
13923920--13923958	21	1.9	20	84	5	51	12	10	5	71	1.28
13924540--13924608	29	2.4	29	85	2	86	33	4	13	49	1.61
13926827--13926865	19	2.1	19	85	9	53	33	0	7	58	1.26
13926951--13927006	19	2.8	19	70	17	51	33	0	1	64	1.04
13926960--13927006	20	2.3	20	79	13	60	36	0	2	61	1.08
13943390--13943431	9	4.7	9	82	8	50	52	0	0	47	1.00
13952467--13952769	115	2.7	110	78	12	294	26	8	17	47	1.76
13952427--13952773	112	3.1	112	76	11	332	27	7	19	45	1.77
13953065--13953111	15	2.9	16	78	6	51	27	4	4	63	1.31
13962850--13962882	14	2.4	14	85	14	50	24	12	36	27	1.91
13966830--13966947	31	3.9	31	77	10	136	45	9	19	25	1.80
13966872--13966925	28	2.0	27	88	3	81	53	7	14	24	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13966944--13966969	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
13967913--13967969	30	1.9	29	89	10	89	31	0	28	40	1.57
13968256--13968476	49	4.5	49	91	1	345	23	2	13	60	1.44
13968299--13968417	16	7.3	16	65	17	66	26	1	10	61	1.39
13968527--13968579	26	2.0	27	88	3	81	33	3	28	33	1.75
13970085--13970119	14	2.5	14	95	0	61	31	14	8	45	1.75
13970733--13970797	24	2.7	24	74	11	62	26	35	26	12	1.91
13970933--13970998	33	2.0	33	93	0	114	18	42	10	28	1.83
13971253--13971459	49	4.3	49	88	2	269	44	13	11	30	1.79
13974921--13975106	51	3.7	49	81	6	205	23	17	27	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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